1、想要搞懂蛋白質的相關計算，胺基酸的結構通式是基本。
特點：①構成蛋白質的胺基酸，至少都含有一個氨基(-NH2)和一個羧基(-COOH)，並且都有一個氨基和一個羧基連在同一個碳原子上。
②R基不同，則胺基酸不同。
PS：構成蛋白質的胺基酸約有21種
2、脫水縮合的方式
兩個胺基酸通過脫水縮合形成一個二肽，並產生一分子水（一個胺基酸的氨基提供一個氫，另一個胺基酸的羧基提供一個氫和一個氧，脫去一分子水，並形成肽鍵）。由多個胺基酸脫水縮合而成的，含有多個肽鍵的化合物，叫做多肽。多肽通常呈鏈狀結構，稱作肽鏈。
3、胺基酸排列與多肽種類的計算
例題1：現在有三個胺基酸，分別用三角形、圓形、方形簡化代替。請問這三個胺基酸構成的三肽有多少種？
【解析】這其實是一個簡單的排座位問題，相當於問三個同學坐三個座位，請問有多少種可能性？大家可以這樣思考，先排第一個位置，三個同學都可以坐，也就是有三種可能性。再排第二個位置，由於第一個位置已經確定了，那麼第二個位置只能從剩下的兩位同學中選擇一位。當第一和第二位排好之後，第三個位置就確定了，因此總的排列可能性為3×2×1=6種可能性。也可以用列舉法的方式，列出所有可能性為6種，如圖。
那麼問題來了，圖第一種和第六種似乎倒轉一下就是一樣的，那是不是計算重複了呢？
為了搞清楚這個問題，大家可以思考一下以下圖中①和②號兩個不同的胺基酸構成的二肽，正著連和反著連是一樣的麼？
很明顯這兩種二肽是不一樣的！也就是肽鏈是有順序的！肽鏈可以分為-NH2和-COOH兩端。
例題2：現在有三種胺基酸若干，請問三種胺基酸構成的三肽有多少種？
【解析】這道題目看起來和之前那道似乎是一樣的，其實不然。這道題說的是三種胺基酸，也就是在排位置的時候，胺基酸可以重複用！那麼種類就有3×3×3=27種。
例題3：若20種胺基酸組成含1000個胺基酸的大分子蛋白質，有多少種可能？
【解析】還是排座位問題，相當於有1000個座位，每個座位都可以安排20種胺基酸的其中任一，也就是每個座位都有20種可能性，那麼總的可能性就是1000個20相乘，答案為201000。
4、胺基酸數與肽鍵數之間的關係
由此可知，對一條肽鏈來說，肽鍵數比胺基酸數少一個。
蛋白質分子可能含有一條或幾條肽鏈。
那麼如果是兩條肽鏈構成的蛋白質，那麼肽鍵數就應該比胺基酸數少兩個。
以此類推，可知對於一個蛋白質分子來說
肽鍵數=脫水數=胺基酸數—肽鏈數目
若為環肽，則 肽鍵數=脫水數=胺基酸數（題目沒有特別指出是環肽，則都以肽鏈進行考慮）
例題4：兩條肽鏈一共由146個胺基酸構成，這些胺基酸在脫水縮合過程中生成的水分子數是？
【解析】肽鍵數=脫水數=胺基酸數—肽鏈數目
肽鍵數=脫水數=146-2=144
5、蛋白質中游離的氨基和羧基的計算
例如圖中的一個四肽，一條肽鏈的兩端一定有一個游離的氨基和羧基，R基上也可能有氨基和羧基，因此對於一個可能含有多條肽鏈的蛋白質來說，
游離的氨基數=肽鏈數+R基上的氨基數
游離的羧基數=肽鏈數+R基上的羧基數
例題5：有100個胺基酸，共含有125個-NH2，130個-COOH，這100個胺基酸構成了含有3條肽鏈的蛋白質，請問有游離的-NH2多少？ -COOH多少？
【解析】100個胺基酸有125個氨基，每個胺基酸上都至少有一個氨基，因此這100個胺基酸的R基上共有氨基125-100=25個，同理這些胺基酸R基上共有羧基30個。因此，游離的氨基數=3+25=28，同理，游離的羧基33個。
6、蛋白質相對分子質量的計算
PS：由於胺基酸之間要通過脫水縮合才能形成蛋白質，因此要考慮脫去水的相對分子質量。
例題6：40個胺基酸組成2條肽鏈構成的蛋白質。已知胺基酸的平均分子質量是100，求此蛋白質的分子質量？
【解析】蛋白質分子質量=40×100—18×（40—2）
7、關於二硫鍵
有些蛋白質還可能含有二硫鍵，形成一個二硫鍵要脫去兩個氫，相對分子質量減少2
例題7：該蛋白質由m個胺基酸構成，求一個該蛋白質生成時減少的相對分子質量？
【解析】由圖可知，該蛋白質由兩條肽鏈和一個環肽構成，它們之間通過2個二硫鍵相連。
蛋白質生成時減少的相對分子質量包括了兩個部分：①脫去的水的②生成二硫鍵減少的氫。
該蛋白質的脫水數是m-2個，兩個二硫鍵脫了4個氫。
因此，減少的相對分子質量=18×（m-2）+4
8、蛋白質中N原子、O原子、H原子的計算
N原子數=肽鏈＋肽鍵＋R基上的N原子
（一條肽鏈的兩端至少有一個游離的氨基，含一個N。每個肽鍵一個N，R基上也可能有N）
O原子數=肽鏈數×2＋肽鍵＋R基上的O原子
（一條肽鏈的兩端至少有一個游離的羧基，含2個O。每個肽鍵一個O，R基上也可能有O）
PS：若題目中問 「一條肽鏈至少有多少個N原子？」 則不考慮R基上的N原子
例題8：某蛋白質含有兩條肽鏈，共n個胺基酸，問該蛋白質至少有多少個氧原子？
【解析】O原子數=肽鏈數×2＋肽鍵＋R基上的O原子
O原子數=2×2+n—2= n+2
9、由多肽分子式判斷胺基酸的組成
解答此類給定了肽鏈分子式的問題，關鍵在於找不同胺基酸R基團的不同，然後一般都是從N原子和O原子數量的角度進行考慮，少量題目會從C原子或S原子角度考慮。
例題9：某一條肽鏈C22H34O13N6，水解後產生如下3種胺基酸，求水解後產生幾個穀氨酸？
【解析】題中給定了三種胺基酸，先找這三種胺基酸R基的不同。甘氨酸的R基是—H，丙氨酸是—CH3，穀氨酸是—C3H5O2。
共同點：三種胺基酸R基都沒有N原子
不同點：穀氨酸的R基有2個O原子
根據：N原子數=肽鏈＋肽鍵＋R基上的N原子，
可知6=1+肽鍵+0，肽鍵=5
O原子數=肽鏈數×2＋肽鍵＋R基上的O原子
可知，13=1×2+5+R基上的O原子，該肽鏈R基上的O原子共有6個。
每一個穀氨酸的R基上有2個O，則共有三個穀氨酸。
當然掌握這些計算方法只是基本，具體題目還需要靈活運用。