北平，一座風華絕代的城，在古今更替的節點處，充滿了黑暗血腥的廝殺，鶯歌燕舞的旖旎，風波詭譎的變幻，小小北平少年因一場變故，成長為一個，戰鬥值爆表，國際范加身的英雄，再回故土，臨近七七事變的爆發，形形色色的人穿梭在北平城裡，明槍暗箭撲面而來，《邪不壓正》的故事開始拉開序幕。
在黑暗時代的夜裡，一切顯得更加幽誨，一場中國人與日本人的對話，在靜謐雪地里布滿陰謀和詭異，朱潛龍(廖凡飾演）與根本一郎，正在做一場叛家叛國的交易，此時朱潛龍的師父，在大堂里高坐，忙著促成小徒弟李天然，和自己女兒的婚事。
本是良辰美景結良緣的時刻，朱潛龍和根本一郎兩個不速之客，將夜晚的黑暗帶進明亮的大堂里，他表明來意，希望師父讓出地盤來，為日本人種植鴉片，師父聽見如此大逆不道的話，憤然拒絕，緊接著迎來的，就是一連串刺耳血腥的槍聲，本還在其樂融融談話的一家人，此刻都已變成了冰冷的屍體。
只剩李天然一人還在掙扎，然而令人沒想到的是，在這命懸一線的時刻，李天然竟然可以躲開，連發如閃電，並且直擊面門的子彈，但手無寸鐵終究無法反轉，被打中背部之後的李天然，和師父一家的屍體躺在一處，朱潛龍一把火放完，信步離去。
美國醫生亨德勒，開車經過雪地時，一個耀眼的火人出現在了他的面前，李天然背部受火，一雙眼裡滿是怨氣，停在車前不願離去，他在求救。
1937年初 美國紐約，長大後的李天然(彭于晏飾演），正迎著安寧的陽光和輕柔的風慢跑，那些線條中間都攢著露水般晶瑩的汗水，不時發出有頻有率的喘息，這讓男人女人都無法拒絕的完美體格，是英雄形象的標配，等了這許多年，他終於接到受命，帶著接應接頭人的暗語，重回北平。
「七七事變」之前，這座文化之都，早已經不復當年的繁華安寧，在這暗無天日的年代，北平城內魚龍混雜，黑白顛倒，日本人、法國人、美國人，都在這片土地上謀取利益，就連許多麻木的中國人，都走上叛國通敵的漢奸之路，而這時的朱潛龍，已經成為了北平警察局的局長，權勢滔天，身後又有日本人在暗中相助，一時間風光無比。
李天然回國後，化名小亨德勒醫生，身份為一名婦產科大夫，他與亨德勒爸爸，住在前朝武人藍青峰(姜文飾演）的宅子裡，在此期間，他見到了由許晴扮演的唐鳳儀，這是一個顛覆了傳統女性標準的女人，她姿態美艷，明晃晃地展示著前凸後翹的身形，旗袍下的秀腿裸露出來，話語中帶著十足的調情，這是個風情萬千的女人，並且有點婀娜得放肆了，她的來意，是尋求不會讓美人衰老的美顏針，針要打在臀上，她就享受這種撫摸和針效，放浪無比。
而就是這樣的女人，正合了朱潛龍的胃口，她是朱潛龍的小老婆，李天然找到了一個中間人，與此同時，李天然的行跡也已經引起朱潛龍的懷疑，朱潛龍暗中與藍青峰做了個交易，他要李天然的命，而藍青峰則要根本一郎的命。
同樣懷有復仇之心的關巧紅，(由周韻飾演)，與李天然在一個誤會下相識，她與唐鳳儀不同，她心中裝有大義，有一股隱隱約約的英氣，但同時又帶著傳統女性溫淑，有種剛柔並濟的魅力。
在關巧紅的慫恿下，李天然闖進根本一郎的學堂，偷出他的印章和佩劍，並將印章印在了唐鳳儀的臀上，這是赤裸裸地發出挑戰，朱潛龍看見後大發雷霆，卻不料唐鳳儀咬死不說章印從何而來。
隨即他在法國餐廳組了個宴席，想邀李天然入局，但亨德勒為了保住自己的養子，並未帶其出席，朱潛龍由此心生不滿，對亨德勒起了殺心，誰知李天然竟已悄悄混入法國餐廳，試圖殺死朱潛龍，亨德勒發現後急中生智，讓餐廳中的法國人介入，導致宴席極其混亂不堪，在這樣的場面下，父子倆才有一線生機，逃出生天。
然而，早在朱潛龍準備動手之前，藍青峰就已經再次和根本一郎做了交易，在藍青峰殺死亨德勒後，根本一郎會提供投降日本的漢奸名單，宴席結束後，心有餘悸的亨德勒正好去找藍青峰理論，但藍青峰反手一推，將其掀下城樓，兌現了他對朱潛龍的承諾，並偽造了亨德勒畏罪自殺的證據，把自己摘得乾乾淨淨。
緊接著，他說出了當年他和亨德勒一起救人的事實，讓李天然認自己為父，亨德勒的死將影片推向了高潮，在亨德勒去世之後，李天然聽命於藍青峰，他被派去鐘樓上敲鐘，目的是藏身於此處，避免受到朱潛龍的迫害。
有了幾次三番的挑釁，朱潛龍加大了搜尋力度，他將藍青峰軟禁起來，逼問李天然的下落，李天然得知消息後，去藍府打探，這時藍青峰暗示他轉移朱潛龍的注意力，自己好想辦法脫身，從藍府離開後，李天然徑直奔向了日本的鴉片庫，一把大火點起，頃刻之間，大批的鴉片消失在火光里，這下根本一郎與李天然的矛盾達到了極點。
根本一郎與朱潛龍聯合起來，把不肯亮底牌的藍青峰關進一片漆黑的牆洞裡，五天之後，藍青峰見情勢已經沒有轉機，終於決定來個魚死網破，他將李天然這個最後的籌碼給賭上，和朱潛龍、根本一郎共同設局，準備一場精心策劃的謀殺，他負責帶李天然去北海瓊島，而為了讓其相信這不是個陷阱，他要求朱潛龍和根本一郎撤掉一部分人馬，這樣的做法，看似在為他們二人精心布局，實則是在給自己留下機會，突破口。
就在朱潛龍人馬遣散的幾個地方，藍青峰轉而把自己的人，安排在那裡，朱潛龍告訴了唐鳳儀自己的計劃，本是想給她示威，但對李天然暗生情愫的唐鳳儀選擇將消息傳遞給關巧紅，讓她前去解救李天然。
在去往北海的路上，藍青峰選擇攤牌，把出賣李天然的事告知了他，李天然知曉計劃的原委後，明白這是一場真正的廝殺，胸懷復仇之心的他，此刻的已經不再動搖，他決定與那兩個逍遙法外的惡人正面決鬥，恰好，關巧紅騎的摩托車趕上了藍青峰的車，藍青峰趁此機會把李天然放走，自己和其他人手留下來對付朱潛龍。
關巧紅將李天然送到了根本一郎的府邸，向其發出決鬥戰書，選擇留在瓊島的藍青峰則被朱潛龍給抓住，被帶回去之後，他受到了嚴酷的刑罰，慘不忍睹。
收到戰書的根本一郎如約赴戰，他本以為可以一刀解決這個年輕人，誰知根本一郎早已經不是李天然的對手，他被其打傷，口中還不放棄地念叨著援軍的名字，李天然恍然大悟，自己中了日本人的圈套，但隨即，他聽到了不遠處傳來的日軍哀嚎，原來，關巧紅早已經埋伏在遠處，與自己的手下，擊斃了這群援軍。
受了重傷的根本一郎被李天然帶回府邸，李天然設了個局，正等待第二個仇人的到來，此時朱潛龍正在對藍青峰瘋狂拔牙，他準備聯繫根本一郎，詢問那邊的消息，誰知電話那頭傳來的答音，只有一句重複的摩西摩西，朱潛龍無奈之際，決定親自去一趟根本府，臨走之前還不忘吩咐，把藍青峰的牙給拔乾淨。
到了根本府後，迎接他的，是穿著日本大褂的李天然，他倆本是師出同門，如今，卻要用相同的招式決一死戰，他們打了無數回合，一直決不出勝負，兩人一同長大，一招一式全在一塊練，如同照鏡子一般，根本找不出對方的破綻，於是兩個人都選擇用招數以外的方式決鬥，朱潛龍本來占了上風，但李天然在生死之際，踩蹋了房頂，與朱潛龍共同跌落在地。
而此時的根本一郎已經拿起劍站在他的面前，準備一刀刺死李天然，身形敏捷的李天然在刀鋒即將入心之前，閃身躲過，那把鋒利的日本刀，最終插在了朱潛龍的身上。
事成之後，李天然從朱潛龍的口中知曉，藍青峰殺死亨德勒的真相，他是疑惑不解的，但最後，接住自己那句暗語的，結果是藍青峰，他們的終極任務，就是要拯救能夠扭轉局面的張將軍，而這位張將軍，指的其實就是張自忠。
《邪不壓正》不像其他歷史體裁那樣嚴肅，整體基調是幽默詼諧的，演員的台詞功力都很強，能夠將許多隱藏的含義給暗示出來，引人深思，姜文式的電影，需要慢慢品味，整個故事脈絡看起來好像是李天然的復仇，其實遠不止如此，影片蘊含了很多更加深刻的含義，藍青峰被關在牆洞中時說過一句話：這麼黑，我哪知道，哪天是哪天，在這裡，我們已經體會到，故事發生的背景，是怎樣一個昏暗無明的社會。
從朱潛龍殺死養育自己的師父開始，我們就能看出，在那個暗黑時代，人心已經被蒙蔽，朱潛龍選擇將自己的良知摒棄，要在這亂世中闖出一番天地，這從側面反映了，其實尋常百姓的生活是百般痛苦的，吃不飽穿不暖，不斷遭到列強和政府的欺壓，整個國家都是一派民不聊生的景象。
影片中的人物形象很飽滿，比如藍青峰，他為了自己的利益，幾次三番出賣自己人，但他的兩個兒子皆為國犧牲，自己也在暗中追查投降的漢奸，並拼死保護可以和日軍抗衡的張將軍，所以他是一個既自私又偉大的人，沒有好壞之分，還原了真實的人性，藍青峰的歷史原型，其實是電影原版小說作者的父親，張子奇，張子奇曾到過日本俄國考察，武昌起義時，剛剛十六歲的他跟著閻錫山鬧革命，1993年，擔任馮玉祥察哈爾抗日同盟軍的交際處處長，解放前又曾任天津電話局局長和副市長，但不管是在歷史上還是電影裡，他都是一個爭議很大的複雜人物。
再來看看女性人物，唐鳳儀生在亂世，唯一能依靠的只有朱潛龍，但作為小老婆的她，無法決定自己生命的去留，她不斷地打針，想要留住青春美貌，早日成為正房，這樣就可以逃脫陪葬的命運，在打針的過程中，她結識了滿身正氣的李天然，並芳心暗許，一次次地暗中保護他，奈何李天然心中早已愛上關巧紅，拒絕了她一起私奔去大洋洲的邀約，最後，她的命運還是沒有辦法改變，在朱潛龍死後，她身著單衣，不復當初的美艷，帶著滿心的絕望，跳下城樓，結束了自己在亂世中的命運，她是一個時代的悲劇，也是戰爭的犧牲品。
而另一位女性關巧紅的歷史原型，其實是當年因刺殺孫傳芳而名震四方的施劍翹，電影中的關巧紅，最後選擇放棄與李天然的誠摯愛情，繼續背負著復仇的使命，默默離去，，在兩位女性角色中，唐鳳儀代表了依附，關巧紅代表了獨立，而對於那個時代的女性來說，這是最難做的選擇，因為不管是依附還是獨立，都並不是一條好走的路，沒有生在正確的時代，幸的也許能存活，但不幸的，也只能做戰爭的陪葬罷了。
電影接近尾聲時，李天然選擇寬恕藍青峰，但藍青峰卻不想再做他的父親，他說：「你該去找一個自己的兒子了。」這是全片的點睛之筆，李天然的命運，何嘗不是那個時代的命運，在清政府的無能統治下，我們的領土任人宰割，對列強的無理要求，只能聽之任之。
李天然殺的兩個人，一個是漢奸，一個是日本人，這其實是從點及面，暗示的是中華民族，最終會除去漢奸，會打敗日本人，會結束列強的侵略，我們憑藉自己的努力，建立了一個全新的中國，如今祖國的繁榮富強，已經告訴了世人一個永恆的真理:邪不壓正！