1938年9月29日，英國首相內維爾-張伯倫、法國總理愛德華-達拉第、納粹德國元首阿道夫-希特勒和義大利國家元首貝尼托-墨索里尼在慕尼黑締結協議，授權法西斯德國吞併捷克斯洛伐克領土，這就是臭名昭著的「慕尼黑協議」（Münchener Abkommen）。
墨索里尼左手的是義大利外長加萊亞佐·齊亞諾伯爵。後排從左往右分別是：不知名人士（可能為英國外交官）、 法國外交官亨利-弗洛馬約，德國外交部長約阿希姆-馮-里賓特洛甫、德國外交部國務秘書弗雷赫爾-恩斯特-馮-魏茨澤克、法國外交官亞歷克西斯-萊格（也是諾貝爾文學獎得主）
1939年3月15日德國張貼在布拉格的第一份告示，以德語與捷克語書寫，意為：
「全體居民注意。奉元首和德國國防軍最高統帥之命。本人從今日起接管波西米亞省的行政權。布拉格總部，1939年3月15日。第3集團軍群指揮官，布拉斯科維茨步兵上將。」
此告示的捷克語翻譯有許多語法錯誤，德國人作為一種輕蔑的形式有意而為之。
1938年9月，布拉格居民在城中挖掘防禦戰壕，背景是布拉格城堡（Pražský hrad）。幾天後，納粹軍隊開進了捷克斯洛伐克內的德意志族聚集區。希特勒謊稱說此次吞併是「我在歐洲提出的最後一個領土訴求」。
1939年3月，納粹德國侵入了捷克斯洛伐克剩餘的領土，3月15日，希特勒在布拉格城堡宣布成立由德國管理的自治領土「波西米亞和摩拉維亞保護國」（ Protektorat Böhmen und Mähren），成為「大德意志帝國」的一部分。
1939年，德軍在瓦茨拉夫廣場 (Václavské náměstí）閱兵該廣場原名馬市廣場（Koňský trh），在中世紀，此處曾是馬匹市場，1848年以波希米亞的主保聖人聖瓦茨拉夫改為現名，是布拉格新城的商業和文化中心。
廣場盡頭的高大建築物為國家博物館（Národní muzeum），由捷克著名新文藝復興建築師 約瑟夫·舒爾茨 建於1885 - 1891年。1945年布拉格戰役時博物館受到炸彈轟炸，但藏品已被轉移，未受破壞。1947年重新開放。1968年布拉格之春事件時立面嚴重受損，砂岩石柱遭槍擊形成許多彈坑，一些雕像也受到損壞。1970-1972年進行了修復。
1941年布拉格舊城，胸前戴著大衛星的著名猶太裔畫家羅伯特·古特曼，同年10月16日，他被送上第一列離開布拉格前往波蘭羅茲猶太區的遣送列車，次年3月12日身亡。在整個納粹統治時期，有超過77000名捷克和摩拉維亞猶太人被殺害
1941年10月，黨衛隊頭子希姆萊在布拉格城堡入口檢閱儀仗隊，他左邊的是波西米亞和保護國總督（Reichsprotektor）萊因哈特·海德里希。歷史上波西米亞國王、神聖羅馬帝國皇帝、捷克斯洛伐克和捷克共和國總統都曾在此地辦公，波西米亞王冠也保存在城堡中的一個密室中。
海德里希走馬上任後，也將總部設於此地，據說他曾把王冠試戴在頭上;根據傳說若篡位者把王冠戴於頭上，就註定在一年內死去。1942年5月27日，海德里希上台不到一年，在前往城堡的途中遭到了在英國訓練的捷克軍人的刺殺--即「類人猿行動」，一周後因傷重不治身亡。
海德里希遇刺身亡後，作為報復，德國人封鎖了布拉格附近的利迪策村，處決了173人。剩下大多數婦女和兒童都被送進了集中營。共有340名村民被殺害，包括狗在內的所有動物也悉數殺死，村莊隨後被夷為平地。
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1939年在布拉格市政廳天文鐘前閱兵的德軍。該鐘於1410年安裝於此處，是世界上第三古老的天文鐘，為布拉格市內最著名景點之一，在1945年5月的布拉格戰役中遭嚴重損壞，後經修復，是世界上至今仍在運行的最古老的時鐘。
1941年布拉格老城廣場（Staroměstské náměstí） 上的巨幅希特勒肖像。照片中央的建築-石鐘樓（Dům UKamenného zvonu）在戰後被拆除了巴洛克式立面，露出了下面的哥德式石雕。屋頂也進行了徹底改造。
1943年，行進在布拉格城堡後鵝卵石路上的希特勒青年團員們。
1943年，掛滿希特勒青年團團旗的布拉格魯道夫音樂廳（Rudolfinum ），這德國人是為躲避盟軍轟炸而被疏散到農村的孩子們舉行的告別活動，該音樂廳於1885年2月8日開放，以出席開幕式的奧地利王儲魯道夫為名。1919年至1939年，此地為捷克斯洛伐克議會所在地。今日為捷克愛樂樂團的主演奏廳。
1945年2月14日，布拉格皇家葡萄園區（Královské Vinohrady)遭到美軍空襲後的景象。美軍這次空襲的目標原本是位於布拉格西北145公里處的德國城市德勒斯登，但導航錯誤導致轟炸機群向布拉格投擲了152噸炸彈，造成701人死亡。
此次空襲造成大約100棟房屋及歷史遺蹟損毀，下圖中的這棟建築就是犧牲品之一，後於1996年在原址修建了綽號為「跳舞的房子」（Tančící Dům）的荷蘭國民人壽保險公司總部大樓，風格脫穎於新巴洛克、新哥德與新藝術運動的建築之間，是今日布拉格十分馳名並具代表性的建築。
1945年5月9日，蘇聯紅軍進入布拉格
戰爭結束後，德意志族人正等待被運出布拉格。根據波茨坦會議的規定，1946年1月25日到當年10月，捷克斯洛伐克境內有大約160萬德意志族人被驅逐到後來西德的美占區，80萬人被驅逐到蘇占區(即後來的東德)，期間過程中有大約15000人死亡，約3400人自殺。
蘇台德的德國人被迫走過30具被德國黨衛軍餓死的猶太婦女的屍體，1945年5月11日