崇禎十七年甲申之變後，入關的清軍在收納明朝遺產、疆土的同時，也接收著明朝的麻煩。因為導致明朝覆滅的原因之一「黨爭」，並沒有跟隨明朝一起滅亡。
崇禎登基後不久，短暫復興的東林黨因為「會推」和「己巳之變」激怒了崇禎，大量東林黨骨幹要麼被罷斥，要麼被貶遷到南京閒差上。朝堂也就此形成了北方系官員打壓南方系（東林為主）的南北之爭。
註：崇禎元年會推內閣大學士，在東林的操縱下崇禎授意的周延儒始終入不了會推名單，最終崇禎罷免了東林骨幹錢謙益。崇禎三年，溫體仁、周延儒借「袁崇煥案」，推倒了東林內閣，從此東林勢力被擠出了朝廷並向南方轉移。
清軍入關後，北黨骨幹紛紛投降了滿清並進入新朝廷供職，這其中的代表人物是天啟朝知名的閹黨馮銓（唯一一個在明清兩朝都出任內閣大學士的人）。在他的引援下，不少原先依附閹黨的人都在新朝廷獲得重用。
換句話說閹黨在滿清朝廷復起了，而此時南方系的官員則堅持明祚，組建了弘光朝廷。因此南北兩派不但涇渭更加分明，雙方的矛盾也更深。不過滿清很快就填平了兩者之間的鴻溝。
順治二年（1645年）五月清軍攻克南京並俘虜了弘光帝，南黨成員也紛紛投降滿清併入朝為官。雖然又走到了，但是相互之間的仇視一點也沒減輕。
北黨中的原閹黨分子想要報仇。對於南黨來說不但舊怨未了，昔日仇人還把朝堂不少要職給占據了，怎麼能不爭，怎麼能不鬥。
首先發難的是北黨成員孫之獬。
清軍剛入關時就發布了「剃髮令」，孫之獬等首批投降的官員就依令剃了發。但很快多爾袞考慮到剛入關立足未穩，為了減弱漢民的抵抗，又收回了強制剃髮的命令。因此南黨官員大量投降後，朝堂的漢族官員就出現了剃髮和未剃髮共存的場景。
雖然是五十笑一百，但南黨也不願意放過這個機會。開始拿剃髮這事恥笑孫之獬等北黨成員，羞惱不已的孫之獬遂出了狠招，他奏請多爾袞重新執行剃髮令。把你們的頭髮也剃掉，看你們還怎麼張嘴？
陛下平定中國，萬事鼎新，而衣冠束髮之制，獨存漢舊，此乃陛下從中國，非中國從陛下也。
新仇舊恨之下，南黨也展開了猛烈的報復。
順治二年七月，浙江道御史吳達開始「預熱」。他上奏攝政多爾稱，現朝堂之中多為原明朝官員，其中有不少貪腐敗類、逆黨成員，需要甄別出來並罷斥。
沒經歷過「明式」朝堂鬥爭的多爾袞，對這種泛泛之詞並未重視。他只是表示朝廷肯定會重用忠良、罷斥奸佞，但是彈劾要具體而且得有實證。
八月吳達再次上奏多爾袞，彈劾北黨領袖馮銓置地方災害於不顧、票擬自專、擅權索賄、認魏忠賢為父、招納原閹黨成員結黨等五大罪狀。
緊接著給事中杜立德、許作梅、莊憲祖，監察御史李森、羅國士、桑芸等十幾人一擁而上，紛紛彈劾馮銓，並要求斬馮銓父子以謝天下。最後在南黨的發動下，朝堂很多漢官也紛紛上疏附議。
這就是明朝朝堂鬥爭的標準流程 – 去皮見骨，從小到大逐步醞釀出輿論。彈劾是不是事實不重要，有沒有證據也不重要。即便是能自證清白又怎麼？大家都認為你有罪，就是你無法洗脫的罪。
多爾袞一下就陷入尷尬之中。
群議紛紛之下，不處理馮銓，就難以服眾收心；處理馮銓，又會打擊那些實心為滿清效力的漢臣的心。兩難的多爾袞，十多天都沒有表態，似乎打算把這事情給拖下去，不了了之。
杜立德認為多爾袞的沉默代表他在猶豫，他覺得再加把力多爾袞就屈從朝堂的壓力，處置馮銓。杜立德繼續上奏稱，馮銓勢大，刑部都不敢言其罪。一是進一步製造攻擊馮銓的輿論，二是逼迫刑部堂官們出來表態，拉他們下水。
在杜立德的帶動下，言官們發起了第二輪彈劾，被裹挾進來的朝堂官員也越來越多。
多爾袞是在猶豫，但是他不是在猶豫要不要處置馮銓，而是在思考怎麼處理這場風波。因為此時多爾袞已經看出，馮銓僅僅是開始。
一旦處置了馮銓，南黨勢必繼續攻擊北黨其他成員。不說自己會被牽著鼻子走，如果形成南黨把持朝廷之勢，局面只會更麻煩。而這場風波又不是駁回幾個言官的彈劾就可以平息的。
一番準備之後，多爾袞召集滿族大臣、內院大學士、刑部、科道官員等官員在重華殿舉行滿漢大臣會議，親審此事。
首先，多爾袞要求刑部、科道、馮銓就彈劾的具體罪狀進行三方對質。但是鞫問的結果，是言官們的彈劾全都沒有實據。多爾袞不但斥責了言官們「蹈明陋習，陷害無辜」，還將他們定性為結黨。並且還給之前被攻擊的孫之獬等人站隊，表揚他們率先剃髮投誠的忠心。
王於重華殿傳集內院大學士等官、及刑部科道各官、逐一鞫問。所劾馮銓、孫之獬、李若琳各款、俱無實跡 ……
據爾等所劾三人、皆系恪遵本朝法度者。即此足見爾等結黨謀害 ……
《清世祖實錄·卷二十二》
禮科給事中龔鼎孳不滿意這個結果，但是他也沒有實據給馮銓定罪，於是就開始翻舊帳，把話題往馮銓的閹黨身份上去引。他站出來彈劾馮銓，「乃背負天啟，黨附魏忠賢作惡之人」。
註：滿清入關之初的打的旗號是為明朝報仇、正溯。因此明面上持尊明朝諸帝，反對李自成、張獻忠、閹黨等的態度。
馮銓辯解稱自己也曾上疏彈劾過魏忠賢，先帝（崇禎）清理閹黨時沒有降罪殺他也旁證了他不是閹黨。而且他指出龔鼎孳投降過李闖，貨真價實的叛逆，沒資格責難他。被揪住辮子的龔鼎孳以魏徵為例，替自己辯解。
多爾袞逮住這個機會就訓斥龔鼎孳，做了叛逆也就算了，現在居然還敢將逆賊李自成比作唐太宗，居心何在？在多爾袞的上綱上線之下，眾言官也就偃旗息鼓，被他煽動起來的群議也就此平息。
流賊李自成、將我故主崇禎陷害，竊取神器。鼎孳何反順陷害君父之李賊？竟為北城御史。王曰：「此言實否？」鼎孳曰：「實。豈止鼎孳一人，何人不曾歸順？魏徵亦曾歸順唐太宗。」王笑，曰：「人果自立忠貞。然後可以責人。已身不正，何以責人，鼎孳自比魏徵以李賊比唐太宗？」
《清世祖實錄·卷二十二》
不過多爾袞也沒有借這個機會對言官們和南黨官員們下狠手。相關言官都沒有治罪，自取其辱的龔鼎孳後來還升遷為太常寺少卿。
因為北黨獨控朝堂，對多爾袞而言也不是件好事兒。因此他在維護馮銓為代表的北黨的同時，也提拔著南黨官員。這兩黨的共存和平衡，會互相刺激對方更忠心於他。這就是制衡的「美妙」，也是千年不變的帝王權術。