「高皇帝在九京，不管亡家破鼎，那知他聖子神孫，反不如飄蓬斷梗。十七年憂國如病，呼不應天靈祖靈，調不來親兵救兵；白練無情，送君王一命。傷心煞煤山私幸，獨殉了社稷蒼生。」這是清代著名戲曲家孔尚任在《桃花扇》中，駐守武昌的左良玉聽聞京師陷落、崇禎皇帝自縊煤山後，捶胸頓足後的一段唱詞。
崇禎十七年，當李自成的農民起義軍攻陷北京後，崇禎皇帝急忙在宮中鳴鐘召集百官，意圖尋求自救，然而，此時的文武百官早已不知逃到哪裡去了，竟然沒有一個人前來應詔。崇禎皇帝長嘆一聲，為了避免重蹈北宋徽欽二宗的悲慘遭遇，令後宮妻女遭受凌辱，他命後宮眾妃嬪立即自盡，又親自砍死自己的女兒。崇禎皇帝原有七個兒子，其中4個兒子早年已經病逝。崇禎皇帝無論如何也捨不得將剩下的三個兒子殺死，就讓他們換上老百姓的衣服，在幾個太監的護送下趁亂逃出了皇宮。這三個兒子分別是十六歲的長子朱慈烺；十三歲的三子朱慈炯；十二歲的四子朱慈照。
據《明史》記載，李自成攻破北京城後，馬上派兵四處搜尋崇禎皇帝的後代，並令文武百官三日內前來拜見。沒有逃出北京城的太子朱慈烺領著兩位弟弟前去投靠自己的外公周奎，想不到周奎不僅吝嗇小氣，並且還目光短淺、膽小如鼠，竟然不敢讓外孫登門，就這樣，太子朱慈烺和皇三子朱慈炯、皇四子朱慈照落到了李自成之手。李自成於是就將朱慈烺等人交給劉宗敏監管，後來還將朱慈烺封為宋王。李自成兵敗山海關後，撤離北京城時，就將明皇宮及九門城樓付之一炬，並「挾太子、二王西走」，從此，崇禎皇帝的三個兒子不知所蹤。
也正因為他們的下落成為了不解之謎，明朝的遺老遺少們就利用他們的名號登高而呼，打著「反清復明」的旗號，發動了多達七十多次的民間起義，困擾了順治、康熙、雍正、乾隆四代皇帝近百年歷史。
順治說，不管真假，抓住就殺！
順治元年冬，有一個姓劉的年輕人，自稱是崇禎太子朱慈烺，來到太監楊玉的家中。楊玉就給他換了衣服，送到了他的外公周奎的家中。劉姓年輕人說，他在北京城陷落之時，逃到了李國公家，可是李國公的家人也都逃散了，他只好跟著一個賣豆腐的老婆婆生活了三個月。周奎見太子前來，非常高興，並跪獻酒食給他。但是時間一長，又覺得其中有詐，於是就報告了朝廷。清政府就命袁貴妃及東宮太子府的太監前來辨認。幾個人看後，也覺得不太像，就問他當初宮中的舊事，劉姓年輕人也回答不出來，於是袁貴妃及東宮太監就上報朝廷，認為該年輕人是假冒的。清政府經過覆審以後，對稱宣傳該男子假冒太子，予以處決。
順治元年底，鴻臚寺少卿高夢箕的奴僕穆虎從北方南下，途中遇到一位英俊少年，於是，他們就結伴而行。夜晚睡覺的時候，穆虎發現少年內衣之上繡有龍紋，大吃一驚，慌忙問其身份。少年說：我乃崇禎皇帝太子，山海關一戰被吳三桂抓住 ，後來又把我丟到了民間！穆虎不敢怠慢，日夜兼程，將其送到高夢箕處。少年見到高夢箕後，將自己在宮中生活的往事一一說給高夢箕聽。高夢箕也無法判斷少年身份的真假，只好將其安頓下來，之後又派人送他到了蘇州，不久以後，又將其移送到杭州、金華居住。
少年到了杭州甚至招搖，不久以後，他的身份就被當時的南明小朝廷獲悉。於是，南明弘光皇帝就立刻派出太監李繼周前去調查，並將少年接到了南京城，安置在太平門內的興善寺住下。弘光皇帝第二天上朝時說：「有一稚子言是先帝東宮，若是真先帝之子即朕之子，當撫養優恤，不令失所。」為了證明少年太子身份的真偽，弘光皇帝就找來多位官員前來辨認。大學士王鐸曾經擔任東宮教官三年，經過他的辨認，認為該少年為假冒。弘光皇帝對該少年審訊得知，該少年實為附馬之侄孫，名叫王之明，在南下逃難時，受人指使，就假冒崇禎之子，以謀求富貴。但是由於沒有查出謀後主使是誰，就將該少年關進了監獄待審。不久清兵南下，弘光皇帝南逃，該少年就被清兵押解到了北京，不久就和朱由菘一起被清政府處決了。
關於北京和南京先後出現的明太子孰真孰假，不論在清初還是在現在，都多有爭論，但是我們從其中也可以看出來，不管是南明小朝廷還是新興的清政府，都不願意承認他們是真的。雖然弘光皇帝聲稱「若是真先帝之子即朕之子，當撫養優恤」，其實，如果弘光皇帝真的承認了南京少年為崇禎皇帝之子，那麼，弘光皇帝的合法性就會面臨前所未有的挑戰。比如，就在南京少年被扣押期間，寧南侯左良玉借題發揮，向朝廷發難，自稱奉皇太子之命，前來「清君側」，攻入了南京城。南明小朝廷發生了內訌，這也註定了南明小朝廷命不久矣。至於清政府，更不願意承認北京和南京出現的兩位少年是崇禎之後，如果那樣的話，無論是殺是放都極為棘手，殺之，必將引起明朝遺民更大的反抗；放之，則會讓更多的明朝遺民奉其為正統，引起不必要的動亂。所以，最好的辦法就是，一律對外聲稱北京和南京兩位少年均是冒牌貨。
清政府雖然先後將南北兩位假冒的太子處決，但是也讓更多居心叵測的人有機可乘。順治八年，陝西隆德縣王道真自稱是明天啟東宮太子，暗地裡招募英雄好漢，密謀「恢復故業」，被陝西平涼府捕獲。雖然經過調查，王道真確為明宗室後人，清政府仍然按假冒前明東宮太子罪予以處決。
康熙說：天下怎會有這麼多「朱三太子」，一定都是假冒的，殺！
到了康熙年間，隨著前明皇子隱匿民間的傳說廣泛傳播，全國各地的反清組織紛紛打著明皇子的旗號與清廷鬥爭，尤其以楊起隆自稱的「朱三太子」最為出名。
康熙十二年，楊起隆趁吳三桂造反，秘密潛入北京，在八旗奴僕之中展開了秘密活動，並計劃於康熙十三年新年期間在北京城放火起義。楊起隆本就是一市井無賴，雖然沒有什麼政治立場，卻利用了當時的滿漢矛盾，以謀天下最大的富貴。於是，他就假冒民間不知所蹤的朱三太子之名，秘密壯大自己的隊伍。
十二月二十一晚，楊起隆聯絡了鑲黃旗監生郎廷樞家中的奴僕黃裁縫、正黃旗周公直家中的奴僕陳益等三十多人來到北京西城鼓樓西街周公直家中召開秘密會議，就起義的相關事宜作出了具體布置：1、楊起隆自稱「萬歲」，建年號」廣德」；2、義軍稱「中興官兵」；3、二十三日五更，以白布裹頭，紅衣為號，約於北京城內外放火共舉義事。可惜就在他們在室內密謀的時候，引起了周公直家中一個家僕的懷疑，就稟告了周公直。周公直感覺事態嚴重，就上報給了鑲黃旗監生郎廷樞。正黃旗都統圖海、祖永烈等迅速點起官兵，親自包圍了周公直的府邸。楊起隆組織起義官兵頑強對抗，但畢竟雙方兵力太過懸殊，義軍很快就被鎮壓下去，除楊起隆少部分人得以逃離北京城，正黃旗周公直家中的奴僕陳益、楊起隆的妻子馬氏及隨從均被清軍俘虜。為了搜捕楊起隆及其跟隨者，清政府在北京城大肆搜捕，數百人被抓獲，上千人受到牽連，其中有200多人被處決，並在全國通緝首惡楊起隆。
影視劇中的「朱三太子」；可是轉眼三年過去了，「朱三太子」不僅沒有捉拿到案，在福建反而又冒出了一個「朱三太子」。這個「朱三太子」原為福建漳州府龍溪縣人蔡寅，以「種園為主」。康熙十六年，鄭成功之子鄭經的部隊在泉州、漳州被清兵擊潰後，被迫撤離到了廈門。蔡寅糾集了海上一些散兵殘勇，派許挺潛入泉州，並聯絡鄭成功之子鄭經，試圖與鄭經裡應外合，奪回被清政府收復的泉州。其間，起義軍以白布裹頭，時人謂之白頭賊。起義軍在南靖、長泰、同安等地秘密開展反清活動，多次挫敗了清軍，有力的支援了鄭經。由於敵我雙方兵力懸殊，不久兵敗於清軍，只好投靠了鄭經，並改名為蔡文明。
康熙十八年，清太祖愛新覺羅·努爾哈赤之孫岳樂駐師楓木嶺時，在湖南省新化縣僧寺抓獲一個人，此人自稱為崇禎太子朱慈燦。據其供述，李自成破京都以後，他從北京逃出，前去南京投靠福王朱由菘。朱由菘為了證明自己的合法性，就將朱慈燦關押了起來，釋放後被貶為平民。輾轉流落到河南，落髮為僧，跟朽木和尚習佛法。後來因病還俗，就在永州、寶慶一帶密謀反清。康熙皇帝看了岳樂的奏摺，說：我曾此事問過了前明太監，李自成破京城時，朱慈燦年紀尚幼，怎麼能逃出京城，現在怎麼還能活著？康熙皇帝為了證實此人的真偽，命岳樂將其押解到北京再行審議。到了北京後，康熙皇帝讓他和楊起隆的妻子及相關跟隨者對質，不僅楊起隆的跟隨者不認識，就連楊妻也不認識。於是，康熙皇帝以假冒太子罪將其斬首示眾。
康熙一朝，各地反清義軍動不動就借用「朱三太子」的名頭號召群眾朝廷反清鬥爭，「朱三太子」也有多個說法，有的說是朱慈燦；有的是說是朱慈煥，其實，真實的朱三太子到底是誰，當時他是否真的活在世上，已經不重要了，重要的是，清政府始終堅持的民族歧視和民族壓迫政策，讓漢民族感情上的創傷短時期無法癒合，不斷出現「的朱三太子」起義軍也在情理之中了。
雍正說：我封你一個「朱三太子」，讓你榮華富貴如何？
到了雍正皇帝執政的時候，他看到天下的「朱三太子」像割韭菜一樣，好不容易把這茬割完了，又冒出來新的一茬，何時是個頭啊，既然有人懷念「朱三太子」，那麼我就通過官方指定一個真的「朱三太子」，看你們還會以何種名義鬧下去！於是，雍正皇帝通過考證，找到了朱元璋第十三子朱桂的後代朱之璉。崇禎年間，朱之璉的祖父朱彝某被清軍俘虜後編入鑲白旗下。康熙年間，朱之璉入仕為官，頗有名聲。雍正皇帝查找崇禎後人時，有人就將其報到了朝廷。雍正皇帝非常高興，將其召入朝廷，直接賜一等侯，世襲罔替，並將其抬入三旗之一的正白旗。每年春秋祭明孝陵時，朱之璉就以前明後人的身份去南京，行明朔，用明禮之實，祭祀朱元璋。
但有一些歷史專家認為，朱之璉的身份可疑，一個最重要的證據就是，朱元璋生前就給自己二十六個兒子的後代排列了輩分，比如，長子朱標後世的輩分是：允文遵祖訓，欽武大君勝，順道宜逢吉，師良善用晟；四子朱棣後世的輩分是：高瞻祁見祐，厚載翊常由，慈和怡伯仲，簡靖迪先猷； 十三子朱桂後世的輩分是：遜仕成聰俊，充廷鼐鼎彝，傳貽連秀郁，炳燿壯洪基。不僅如此，朱元璋還規定，子孫後世名字最後一個字還必須是以五行做偏旁的字，五行以」木、火、土、金、水」為順序，比如朱元璋的長子為朱標，長孫為朱允炆。據此而言，朱之璉字輩為貽，最後一個字應該是一個「土」字旁的漢字。當然也有人認為，根據朱之璉的祖父朱彝某的名字推斷，朱之璉應該為朱元璋十三子朱桂的後裔，至於朱之璉不再使用祖宗留下的字輩起名，大約這個時候明朝早已滅亡，清政府四處迫害前明宗室後裔，躲都躲不及，誰還敢再往槍口上撞，為保平安，只好改名。
總之，不管朱之璉否真為明朝皇室後裔，但是對於朱之璉來說，真是天大的幸運。朱之璉的子孫世代享受著一等侯待遇，甚至清朝滅亡了，被袁世凱歸到了清朝皇室，仍然可以從民國政府領取一大筆生活補助。對於清政府而言，有這麼一個正宗的大明宗室後裔在此，其他心懷叵測的人再也不能以故明太子的身份造反了，花錢買到天下太平，實在是天下最划算的買賣。
乾隆說：逆境中的「朱三太子」能能活！
雍正立朱之璉為前明皇室後裔後，民間的反清組織雖然仍然不絕，甚至到了乾隆年間，仍然有人在菲律賓北部的呂宋島打著「朱三太子」的名號組織反清活動。傳聞說在崇禎主政的時候，就知道大明王朝早晚得完，就下拔數百萬銀子前往呂宋島安置移民、興建島嶼。李自成破城後，崇禎皇帝就讓自己的兒子前往呂宋島，領導那裡的前明遺民進行反清活動。
此時，離明朝滅亡已近百年，如果真有朱三太子的話，恐怕也超過了100多歲，更是不足為信。
縱觀歷史，其實自滿清入關到宣統退位，從清初的「朱三太子」、到後來的「紅花會」、「白蓮教」、「太平天國」，民間起義組織一直不斷，這也說明了，清政府推行的民族歧視和民族壓迫政策引起了廣大人民群眾的不滿，他們渴望回到漢人統治的大明王朝。而至於一直出現的「朱三太子」只不過反清復明組織秘密結社的一種手段罷了。至於真正的朱三太子，是死於了明末清初那場戰亂中，還是隱匿在了民間已經不重要了。也許，對於崇禎皇帝的兒子來說，能在清廷的統治之下，在民間能夠晨炊星飯、 承星履草平平安安過完自己的一生，又何嘗不是一種幸運呢？