公元1644年，清軍鐵騎入關，占領了中原，大批明朝皇室和大臣逃到了南方，相繼建立了多個政權。這些政權都使用明朝國號，統稱南明。南明政權繼續對抗清軍，又堅持鬥爭長達十八年之久。
明朝實行兩京制，除了北京以外，南京作為陪都，所設機構和官員與北京相同，北京政權垮台了，南京的機構還完整地保留著。在北京戰亂之時，一些皇室貴族紛紛逃到了南京。
北京陷落、崇禎皇帝自縊之後，南京醞釀擁立新皇帝，延續大明。當時主要有兩個人選，一是福王朱由崧，二是潞王朱常淓。南京兵部尚書史可法等人主張擁戴朱常淓，因為他比較賢明；鳳陽總督馬士英等人則主張擁戴朱由崧，理由是他血緣關係最近。最終，正統觀念占了上風，朱由崧被擁立為南明皇帝。
於是，朱由崧在南京登上帝位，建立了南明第一個政權，年號弘光。朱由崧是福王朱常洵的兒子、崇禎皇帝的堂兄，時年三十八歲。朱由崧隨父親在洛陽生活，李自成攻陷洛陽，殺了朱常洵，朱由崧僥倖逃脫，輾轉到了南京，此時建立了弘光政權。
弘光政權是南方的合法政權，擁有江北四鎮等十幾萬兵馬。可是，朱由崧胸無大志，能力平平，不修內政，沉湎酒色，所以，雖有史可法等人盡心輔佐，也難有作為。
清軍在擊敗李自成、占領中原之後，開始大舉南下，一月之間，破徐州，渡淮河，抵達揚州。史可法率領軍民奮勇抵抗，清軍破城後進行報復，屠城十日，殺死幾十萬人，史稱「揚州十日」。
清軍在攻占揚州以後，繼續南下，渡過長江，占領了南京。朱由崧逃到蕪湖，被清軍抓獲，押往北京，不久遇害。弘光政權只存在一年就垮台了。
弘光政權雖然垮台了，但抗清鬥爭仍在繼續。在杭州、撫州、桂林的幾個王爺，繼續打著弘光政權的旗號，與清軍戰鬥，可惜時間不長，都被清軍滅掉了。
弘光政權垮台以後，南方沒有了統一的政權，各地抗清武裝紛紛自立，繼續抗擊清軍。由於沒有強有力的領袖人物，無法將分散的抗清力量聯合起來，形成了各自為戰的局面。
公元1645年6月，唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人擁立下，在福州稱帝。朱聿鍵是朱元璋的九世孫，登基後被稱為隆武帝。隆武政權實際上是控制在鄭芝龍的手裡，鄭芝龍是鄭成功的父親。
鄭芝龍是福建南安人，建立了一支民間水師，有人說他是海盜，其實他主要從事海外貿易。鄭芝龍逐漸形成了很強的勢力，後來歸附明朝，被授予官職，如今擁立隆武帝有功，被冊封為南安侯。
公元1646年6月，清軍分兩路進攻福建，隆武軍隊在仙霞關、分水關阻敵失敗。不久，福州陷落，隆武帝被俘後絕食而死，隆武政權存在一年後也垮台了。鄭芝龍投降了清朝，兒子鄭成功卻不肯投降，繼續從事抗清鬥爭。
與隆武帝同時建立政權的，還有魯王朱以海。朱以海是朱元璋十世孫，他在紹興建立了政權，在浙東一帶從事抗清活動。隆武帝死後，許多不願降清的人紛紛歸附魯王，使他一度實力大增，曾收復福建一些地方。但終因勢力單薄，內部爭鬥，最後歸於失敗。
在南明各個政權當中，持續時間最長、較為強盛的，是永曆政權。永曆政權是永明王朱由榔建立的，朱由榔是萬曆皇帝的孫子。
公元1646年年底，朱由榔在廣東肇慶稱帝，年號永曆。不久，清軍進攻廣東，永曆帝抵擋不住，逃往廣西梧州，後又逃往桂林。永曆帝本來勢單力薄，但卻得到了李自成大順軍餘部的支持，勢力逐漸強盛起來。大順軍遭到清軍重創，但在李自成犧牲的時候，餘部還有三十萬之眾，勢力仍然不小。
大順軍最兇狠的敵人是清軍，將士們與清軍有著刻骨仇恨，於是，他們歸順了永曆帝，與明軍聯合，共同抗擊清軍。大順軍的戰鬥力雖然趕不上清軍，但比明軍強，經過與清軍幾年的戰鬥，也積累了一些經驗，因而是一股很強的力量。
大順軍分成了兩部，分別由郝搖旗、李過率領。郝搖旗本名叫郝永忠，作戰勇猛，常執大旗衝鋒陷陣，人稱郝搖旗。郝搖旗率部進入廣西，在全州大敗清軍，之後又率部進入了湖南。李過是李自成的侄子，驍勇善戰，人稱一隻虎。李過也率部進入湖南，轉戰于衡州、永州一帶。
大順軍在湖南與明軍並肩戰鬥，接連取得勝利，沉重打擊了清軍，幾乎收服了湖南全境，抗清氣氛一時高漲。
受此鼓舞，廣東、福建等地反清鬥爭再起。鄭成功、張煌言在東南沿海發動攻勢，連續取得磁灶大捷、錢山大捷、海澄大捷等一系列勝利，後來又收服了廣東。鄭成功等人接受了永曆的封號。
占據四川的張獻忠也聯明抗清，與清軍作戰。張獻忠犧牲以後，他的部將孫可望、李定國等率部歸附了永曆政權。張獻忠的部隊戰鬥力很強，連戰連勝，收復了廣西等地，給清軍以沉重打擊。
公元1648年至1658年十年間，永曆政權處於興旺時期，控制了廣西、廣東、雲南、湖南等地，抗清鬥爭形成了高潮。
然而，永曆政權內部卻存在許多問題，主要是派系林立，政令不通，不能團結對敵。後來，郝搖旗犧牲，李過病逝，大順軍遭受重大損失；孫可望、李定國之間產生了矛盾，導致張獻忠餘部分裂。清朝利用矛盾，招降納叛，分化瓦解，各個擊破，永曆政權走向衰落。
公元1658年，清朝集中大批兵力，分三路進攻，攻占了湖南、廣東、廣西等地。永曆帝被迫轉入雲南，清軍緊追不捨。永曆帝逃入緬甸，西南抗清鬥爭陷入低潮。在東南方面，鄭成功繼續在廣東沿海一帶與清軍奮戰。
公元1662年，緬甸王迫於清朝壓力，將永曆帝交給清朝。吳三桂將永曆帝絞殺於昆明，永曆政權垮台。堅持十八年的南明抗清，終於落下了帷幕。
在南明抗清鬥爭中，湧現出兩位英雄人物，一個叫史可法，一個叫鄭成功。請看下一集，史可法喋血揚州。