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「我們無視你被逐出教會，這對我們來說無關緊要。」
到了17世紀，前往威尼斯的遊客被告知，不要過於隨意地談論政治，也不要像狂熱的新教徒威廉·里斯高那樣冒犯宗教敏感性，後者在教堂里看到冒犯他的雕像時，把它華麗的法衣撕了下來。
但舉止得體的外國人不太可能像在義大利其他一些城鎮那樣感受到宗教裁判所密探的威脅。
這種對宗教裁判所的恐懼，在義大利其他地方人們的想像中是如此的陰暗，在最近這段時間，確實不太合理。
然而，直到1638年，魯斯勳爵的新教導師約翰·摩爾（John Mole）在被監禁30年後，在羅馬的監獄中去世。當時費恩斯·莫雷森在羅馬，他認為明智的做法是在復活節前的星期二離開這座城市去錫耶納（Siena），並在復活節前夕「假裝有大生意」，趕到佛羅倫斯過一天，然後趕去比薩，最後再回錫耶納。
他解釋說：「因此，通過頻繁變換地方，我避免神父詢問我的情況，這在復活節期間是最危險的，因為那時所有人都要接受聖禮。」亨利·沃頓爵士覺得有必要裝扮成德國天主教徒前往羅馬，在帽子上插「一根巨大的藍色羽毛」，並說明他戴藍羽毛的原因：「首先，我會被認為不是英國人。其次，人們會認為我的思想和穿著一樣膚淺（這樣的人不危險）。第三，沒有人會認為我想默默無聞，因為我戴著那根羽毛，幾天之內就能在羅馬出名。」
在威尼斯可沒有必要作出這樣滑稽的舉動。
共和國引以為傲的是，它反對教會的嚴苛立場並對教皇保持獨立的態度。威尼斯的教會財產也像其他財產一樣被徵稅；而被指控犯罪的牧師則在世俗法庭受審。
宗教裁判所可以行使職權，但前提是必須有三名非專業人員在場；在該城被處決的少數異端分子沒有被公開處死。
大議會在星期日和節日舉行會議。威尼斯從未受到過薩伏那羅拉（Savonarola）式人物的困擾。來自瑞士的新教徒商人和工匠被允許在她的領土上定居；只要信仰是私下而謹慎地進行的，就不會受到迫害。
希臘人有他們的聖喬治教堂（San Giorgio dei Greci），在城裡有一所學校，在聖拉扎羅島上還有一所修道院；新教徒在德國沿岸街（Fondamenta dei Tedeschi）做禮拜；猶太人在猶太人居住區做禮拜；穆斯林在土耳其商館（Fondaco dei Turchi）朝拜。
共和國曾與撒拉遜人作戰，但也樂於與他們進行貿易；如果教會反對，參議院就會用一句古老的格言來回應：「首先是威尼斯人，然後是基督徒。」
當教皇抗議亨利·沃頓爵士將新教祈禱書帶到威尼斯，並在他的私人禮拜堂做聖公會禮拜時，教皇收到一個堅定的答覆：「共和國絕不能搜查英國大使的行李，因為眾所周知，大使過著平靜、無可指責的生活，不會製造任何醜聞。」
的確，共和國由於對宗教儀式、教會財產和教會任命的獨立態度，經常與教皇發生衝突。
雙方意見分歧很大，當時梵蒂岡抗議說參議院不能再理所當然地批准威尼斯主教的任命；隨後發生了另一場爭端，當時共和國拒絕廢除一項限制修建教堂的法律，並拒絕向教會當局移交兩名聲稱是牧師並犯下若干不雅罪行的威尼斯人。
經過幾個月的爭論，共和國任命才華橫溢、多才多藝的威尼斯聖母忠僕會管事保羅·薩皮為代言人，他出生在一個貧窮的威尼斯商人家庭。
時年53歲的薩皮是數學家、神學家、植物學家、語言學家、哲學家、解剖學家和配鏡師，似乎只要他肯鑽研，他能成為任何學科的專家。
他曾在帕多瓦大學與伽利略討論過望遠鏡的建造問題；他在科雷爾—馬爾蒂寧哥—拉娃宮（Palazzo Corner-Martinengo-Rava）會議上發表過演講；他在血液循環和瞳孔手術方面有重大發現；他寫過磁學方面的論文和權威的特利騰大公會議（Council of Trent）歷史；他是個才華橫溢的辯論家；他的一句名言已經成為威尼斯的一句諺語：「我從不說謊，但我不會對每個人說真話。」
作為一位學識淵博的神學家，他並不否認教皇在信仰問題上絕對正確，但僅限於信仰問題。他對梵蒂岡抗議的巧妙回應在羅馬遭到了憤怒的拒絕，羅馬教皇將其斥為異端，並威脅要將威尼斯逐出教會並封殺。
薩皮和威尼斯被證明是棘手的，判決及時宣布，並且，可以預見，沒人會理會這個判決。
爭論還在繼續，薩皮在城外被判為反基督者，在城內被人親吻他的腳。教堂仍然開放，彌撒繼續進行，牧師們不受干擾地履行日常職責。
在羅馬，人們最終不情願地承認威尼斯是不會被征服的：在教皇的威望受到進一步損害之前，必須解除禁令。
但是，在同意解除禁令後，極為富有的博爾蓋索教皇保羅五世認為，引發該禁令的爭端不應以有利於威尼斯的方式解決。
1607年10月25日晚，薩皮從總督府穿過聖福斯卡大橋回家時，被人用匕首刺傷臉部和頸部，後來人們看到行刺者拿著匕首在羅馬的街道上行走。
薩皮受了重傷，待他康復後，有人給他提供一處離總督府更近的房子，在那裡，他的建議仍然幾乎每天都需要徵求。
他拒絕了這所房子，但同意乘坐貢多拉，他可以通過一個有遮蓋的通道從碼頭進入貢多拉。即使如此，打手們還是找到了機會，又襲擊了他兩次。不過，他兩次都倖免於難。
1623年，他臉上蓋著一塊黑色裹傷布，遮住了刀傷的裂口，平靜地去世了，享年70歲。去世前，他嘴裡喃喃地念著「願她永存」，為這座他所服務和深愛的城市祈禱。
教廷在他死後也不放過他，他說第一次遭襲時他就知道是教廷乾的。羅馬強烈反對在威尼斯為他修建紀念碑，直到1892年，現在的雕像才在聖福斯卡廣場（Campo Santa Fosca）豎立起來。
儘管與其他義大利城鎮相比，外國遊客在威尼斯不必擔心好奇的牧師和間諜，但他們很清楚，共和國擁有無可倫比的能力，可以隨時揭開秘密。
外國家庭、大使館、旅館、宿舍和妓女的公寓都受到政府間諜的嚴密監視，他們定期向十人委員會報告。
1618年5月，成群結隊的外國人湧向這座城市，見證新總督選舉和慶祝海婚節的活動，這時可以看出這種特工網絡的有效性。
在經過小廣場的路上，這些遊客看到了令人毛骨悚然的景象。兩根柱子之間有一個木頭平台，支撐著一個絞刑架，三個人的屍體頭朝下懸在絞刑架上，屍體上可以看出可怕的酷刑痕跡。沒有跡象表明他們犯了罪，但據說，他們的出現一定意味著十人委員會打算把這次展覽作為一種警告，因為近年來，罪犯和賣國賊都是私下處決的。然而，儘管有傳言說西班牙人參與了針對威尼斯的陰謀，但直到5個月後，一些細節才被公布。