在大運動時期，作為總政部主任的蕭華，無可避免受到衝擊，尤其在1967年多次被批鬥。上級也幾次保他，最終還是沒有保住，消失7年時間。
自1965年以後，羅瑞卿離開總參，不再主持軍委日常給工作。葉帥、楊成武、蕭華組成三人領導小組主持軍隊工作。尤其在文革初期，地位非但沒有下降，而且仍然得到重用。
在此後成立的全軍文革領導小組，徐向前擔任組長，蕭華、楊成武、王新亭、徐立清等人為副組長，他的排名在楊成武之上，很多時候全軍文革工作由蕭華代理。
這一階段他處於風口浪尖，表面上是看不出任何危險的。
1967年2月19日，軍委、中央文革、全軍文革在京西賓館召開一個小型會議，重點是批評總政部主任蕭華對軍隊「文革」運動領導不力。
作為中央文革小組組長陳伯達首先發言，給蕭華扣上「資產階級政客」的帽子，把軍隊文革搞的冷冷清清，一路過三座門就有氣，那裡官僚嚴重，是個閻王殿。
當蕭華想要申辯幾句，被頂回去：我們不願意聽你的講話！此時的蕭華，只能緘口不言，因為根本就插不上話，有多人都是「有備而來」。這是蕭華沒有想到的，也是其他軍隊將領沒有想到的。
作為軍隊的一份子，哪裡能容忍別人這樣詆毀軍隊，橫加指責軍隊將領。
此時參加會議的葉帥、徐帥坐不住了，葉帥拍案而起怒斥陳伯達：你憑什麼對蕭華橫加指責？你這是對解放軍的污衊。你們已經把地方搞亂了，現在又想把軍隊也搞亂。你們這樣搞究竟對誰有利？你們究竟想幹什麼?
這樣一番講話，會上的氣氛就很緊張了。
葉帥與陳伯達是槓上了，陳伯達也沒有太多造次。為了緩和會場的氣氛，徐帥就不得不出來批評了蕭華幾句，因為他擔任全軍文革小組組長，要顧及中央文革，也要顧及軍隊情況說道：你蕭華是有錯誤的，你把軍隊的政治工作搞成了這個樣子，影響了我們全軍。
當蕭華被批評的消息傳出來後，北京軍區文工團和一些軍事學院的造反派就要抄家，還要揪斗他，多虧反應及時，跑到葉帥家躲起來。
事情發生後，葉帥向林彪匯報情況，列舉軍隊院校造反派的學員要揪斗蕭華。蕭華是林彪的老部下，得知後就把江青叫去大發脾氣。江青沒辦法就來到蕭華家裡，對那些造反派說：是誰讓你們揪斗蕭華的，趕緊撤出去，隨後把搶奪的文件、檔案給歸還。
這樣，對蕭華的問題才算告一段落。
幾個月後，發生五一三事件再次被推到風口浪尖。事件比較簡單，就是軍內兩大派在《在延安文藝座談會上的講話》獻禮演出中發生矛盾，進而演化成武鬥的一起事件，最後蕭華被揪斗。隨後總政部被軍管，蕭華被秘密看押，神秘「失蹤」7年，直到1974年才得以解放。