南通礁位於皇路礁之南，靠近曾母暗沙。南通礁位於北緯6度20分，東經113度14分。南通礁是封閉獨立深海小型干出環礁。南通礁附近水深為9米，礁體基座為1.5千米。南通礁長度為1.8千米，寬度為0.9千米，整個面積為0.2—0.32平方千米。南通礁的環礁成不連續。
1935年國民政府公布南海島礁標準，當時公布南海島礁標準名稱為南通礁。當時我國漁民一直把南通礁稱為丹積。南通礁海域一直都是我國漁民傳統漁場。
20世紀60年代，馬來西亞擺脫英國獨立建國。馬來西亞剛剛獨立時期，發現南海海域擁有豐富石油，馬來西亞開始逐步走上侵占南海島礁步伐。
1977年馬來西亞偷偷派遣海軍部隊登上南通礁，彈丸礁，南海礁，皇路礁等十幾個南海島礁。馬來西亞向聯合國申請大陸架延伸，其中南通礁距離馬來西亞沙撈越海岸線只有170海里，馬來西亞藉口南海島礁是屬於馬來西亞大陸架延伸，馬來西亞經濟專屬區延伸到南海南部，把南沙群島部分島礁劃到馬來西亞大陸架上。
1979年，馬來西亞登上南通礁，並樹立主權碑。不久，馬來西亞開始在南通礁南坪修建航海燈柱，為混凝土高塔，這個航海燈柱高度為8米，塔體還鑲嵌馬來西亞國旗。
1987年，我國組建南沙群島考察隊，這次一共花費46天，航程為4627海里。這次先後登上南沙群島大部分島礁並在南通礁設立主權碑。這次考察對我國修建永暑礁提供資料基礎。
1984年，汶萊脫離英國宣布獨立。汶萊獨立後，馬上宣布本國領海為12海里和200海里經濟專屬區範圍。汶萊把南通礁島礁劃到汶萊大陸架上。汶萊宣布擁有南通礁主權。馬來西亞看到南通礁劃到汶萊地圖上，馬上向汶萊提出交涉。汶萊藉口南通礁位於汶萊大陸架延伸上。南通礁一直都是屬於我國固有領土。
1993年，馬來西亞直接派遣軍隊控制南通礁，但是沒有在南通礁修建高腳屋或者軍事設施。馬來西亞對南通礁舉行定期巡邏。馬來西亞並在南通礁修建燈塔，也是通過這種方式宣傳所謂國家主權。
20世紀90年代末，馬來西亞宣布在彈丸礁，—皇路礁—南通礁附近海域開發成為旅遊景點。馬來西亞把這片海域開發成為旅遊景點。
1995年，我國南海考察隊在南通礁附近海域捕撈一些清朝瓷片或者一些生活用品。我國南海考察隊還一度登上南通礁並詳細記錄南通礁水文等資源。
2009年，馬來西亞與汶萊關於南通礁主權問題達成協議。馬來西亞把一口油井給汶萊開採。馬來西亞還把南通礁移交汶萊。汶萊主動放棄林夢地區領土主張。
林夢地區是位於馬來西亞沙撈越州北部市鎮，總面積為3978平方千米，林夢地區面積為7萬。林夢地區東部與西部都是屬於汶萊領土，林夢地區將汶萊國土一分為二。林夢地區歷史屬於汶萊故土。英國把林夢地區侵占後移交馬來西亞。馬來西亞獨立也把林夢地區也更獨立。
現在南海問題比較複雜。南沙群島情況比較複雜，南沙群島一共44個個島礁被外國侵占。越南侵占南沙群島29個，馬來西亞侵占南沙群島6個，菲律賓侵占南沙群島8個，汶萊侵占南通礁。我國目前駐守南沙七島，但是實際控制南沙群島40個島礁。台灣駐守太平島，監控中洲礁。現在南沙群島一共230個島礁。