其次是歧視性的用人政策。
滅國後怎麼安置敵國的既有實力派，是新的統治秩序能否貫徹下來的重要因素。
楊堅生性嫉刻，對被征服者似乎一直沒有什麼好感。隋代北周時，楊堅對宇文氏皇族進行了滅絕性的殺戮，雖說事有其因，不得不以屠殺安定局面，但也招致後人的強烈譴責。於楊堅本人來說，屠殺後沒有引發反對浪潮，或許令他對被征服者的心態有所低估。
陳朝平定僅僅一個多月，甚至比周隋禪代還容易。楊堅對陳朝宗室施以寬大之恩，並沒有屠殺。後來陳叔寶被封為長城公，陳氏宗室被遷徙到河西隴右，賜以田地，讓他們自力更生。對陳朝皇室來說，這自然是一種優待，亡國之餘，他們根本不敢奢望在政治上還能有什麼前途。
對陳朝各級官員，楊堅也一依宗室之例，絕大部分除名不用，全以隋朝官員代替。如果只是罷用高級官員，倒也還可以容忍。然而隋朝做得非常決絕，原陳朝各州縣的長官也都撤換，改用隋官鎮撫地方。
本來改朝換代對底層民眾及低級官員並無多大實際影響。為了儘快恢復統治秩序，新朝大多會繼續任用基層官員，以便通過他們掌握基層情況、維持既有秩序。但隋朝對這個慣例混不在意。
全部改用隋官，不僅使隋朝無法快速掌握基層，更嚴重的是打擊面驟然增大，激化了征服與被征服者的矛盾。
陳朝吏部尚書沈君道，世代居於吳興，是三吳地區的首望之族。陳朝滅亡後，他與許多高官一同被俘送長安，罷免了一切官職。可憐這位尚書一夜之間從雲端跌落凡塵，在長安艱難度日，靠給別人抄書維持基本生計。
有「三吳之望」之稱的陸知命，陳滅後在家中賦閒，數年不被起用。
享有盛譽的虞世基，陳滅後，也是靠幫人抄書補貼家用。
江南人士普遍被刻意打壓，造成了政治集團中出現不小裂痕。
基層州郡方面，揚州、蔣州、洪州、處州等幾乎所有重要的州縣，都有隋官赴任的記錄。隨著隋朝科舉制的興起，州縣官署的屬官，也都被中央收取。以往，江南地方豪強還可以憑藉州縣薦官，在政權之中占有一定資源。但在隋朝強硬的政策之下，他們幾乎一夜之間退出了政治舞台。
其三是暴烈的行政措施。楊堅開始在南方強力推行自己全隋一盤棋的戶籍制度。
由於南陳屬於斬首行動的和平解放，這意味著南方的所有生產關係和階級都沒有變動，江南自東晉以來無政府主義兩百年了，除了桓溫和劉裕這倆猛人局部修修補補外，多少年了，戶籍和執法就是個笑話。
隋朝在北方實行均田制，前提是充分掌握戶口情況。因此各級政權機關對戶口的控制和檢索很上心，「大索貌閱」政策在北周和北齊境內都得到了徹底的執行。南方也確實應該推行，但在隋朝官員手上執行得走了樣。
如何走了樣？隋朝官員幾乎是憑著主觀印象，揣摩著楊堅的心思，拍著腦袋就作出了推行戶口檢括政策。平陳之後，楊堅派官員巡撫江南，還沒有調查清楚南方實際情況，就轟轟烈烈地戶口清理工作。楊堅雖然一度對戶部尚書張煚說道未免有點太著急，但大約只是淺嘗輒止地表達了態度，續後並未真正制止。
江南豪強可以不做官，但絕不願意乖乖交出戶口。戶口隱附是南朝數百年的積弊，北朝由於朝代更迭、胡族入侵，舊的土地兼併、戶口隱附的基礎，屢次被強有力的胡族君主摧毀，故而隋朝在北方推行戶口清理政策很順利很自然。
但南朝不一樣。南朝傳統的王謝高門真實是戶口隱附的大戶，後來在政治演進中逐漸被江南土著豪強取代。他們通過占有大量的戶口，與國家分割一定權力，同時也幫助國家實行一州一縣一地的統治，兩者始終維持在一個微妙的平穩之中。
南陳建國之後，一度對豪強勢力大施雷霆之手，發傾國之兵消滅了占據江州的熊、周、留、陳四大豪強勢力，但戶口隱附這個頑固問題並沒有真正解決，陳朝既拿不出十分的魄力，也沒有良好的策略。
這是數百年社會問題積累所致，需要長期漸進的方法去解決，而且，隨著王朝力量的強大，地方勢力逐漸萎縮，這個問題也必將解決。
楊堅有此決心，卻有意無意忽略了南北朝幾百年社會結構的巨大差異，也沒有看到決絕的政策會帶來什麼後果。
後果是什麼呢？直觀地說，江南豪強最後一點權力都被奪取了。
吳興沈氏自劉宋時代便已逐漸崛起，歷南四朝一百餘年長盛不衰，文臣武將歷世不乏其人。宋齊梁陳，朝代更替，都始終不影響沈氏家族的興旺。但隋朝政策一來，如同長江決口，一舉衝垮了江南豪強的權力基礎。沈氏家族被連根拔起，一夜之間淪落為閭左平民，再不能作威作福。
以沈氏為代表的江南豪強，從此對隋朝產生了強烈的怨望之心。他們的怨望並非針對楊堅個人，根源在於對隋朝體制和政策的牴牾，這決定了矛盾的長期性和頑固性。
其四是走火入魔的文化統一。
楊堅為了大功率宣傳自己的好思想，命尚書右僕射蘇威撰寫了《五教》政策宣導文件，要求江南百姓無論男女老少都得背誦楊堅好思想。
「五教」是《尚書·舜典》中提到的，《左傳》將之詳列為父義、母慈、兄友、弟恭、子孝。這本是儒家思想中的一部分，由於其意外地契合當年西魏北周社會凌亂、政治秩序重建的社會特點，而被關隴集團採納為社會教化的核心內容。
平陳之後，楊堅忙不迭地下詔宣布在江南實施太平之法，要讓江南百姓在學習五教的過程中迅速導入隋朝的統治文化，形成隋朝所期望的社會秩序。
然而南北社會數百年形成的差異，又豈能因為同根同源就立時抹平？
蘇威負責「五教」的具體推行，他把這套江南人本就不熟悉的東西，又加上囉嗦鄙碎的解說，強令江南人不分男女老少，都要認真學習遵行。
五教的核心，事實上是以孝的名義，將社會秩序統合於君主統一領導之下。但在江南，這恰好是一副毒藥。江南豪強勢力的核心訴求是與皇帝共享天下，你居九五之尊，我占鄉土之民，雙方各有空間，豪強的私屬勢力不容侵犯。
現在隋朝人一來，馬上就要豪強拱手把勢力讓出來。表面上是文縐縐的教化，核心卻是明晃晃的刀子。
當時江南民間又傳言隋朝將要把江南百姓都遷徙到關內去，於是遠近驚駭。
江南豪強明白了這一切，立時就亮出了他們決絕的態度：武力反抗。
借著這股風，婺州汪文進、越州高智慧、蘇州沈玄儈都起兵造反，各自稱天子，設置百官；各地還出來一群大都督，起兵攻陷隋朝州縣。
南陳舊境幾乎全部反叛，大幫會數萬人，小幫會幾千，他們互相聲援，抓獲隋朝縣令後就抽腸扒皮怒道：「看你還讓不讓我們背《五教》！」
大隋官僚系統的執行力已經很恐怖了！
得是多麼大的仇恨，才會「執縣令，或抽其腸，或臠其肉食之」。
對於這種情況，自古倆辦法：
一、懷柔對待，選拔當地大族進中央熟悉政策，然後派本地人來搞試點，用收買地方上層階級打開局面，然後幾十年的時間完成過渡。
二、暴力對待，用高洋同志的好思想就是「快刀斬亂麻」，既然已經盤根錯節捋不清了，那就消滅吧。
都不用猜，你別指望楊堅那邊會讓步和懷柔。
楊堅面對江南的遍地游擊土匪表示給我打！派出了楊素為行軍總管，率軍前去討伐。同時楊堅下令，讓楊素在平定起義軍後，把男俘虜都殺掉，女俘虜都充當戰利品，只有陣前投降的人，可以免除一死，但也要淪為奴隸。
有司整理了相關叛亂奏報，大致有二十多股亂軍，這二十多股亂軍總體有三個特點：
一、江南大族占了主導地位。隋滅陳時，韓擒虎進兵建康一帶，江南百姓紛紛到軍前表示擁護，可見當時陳朝已經不得人心。此時豪強造反，顯然也不是為故陳招魂，而是為他們自己的利益而戰。
二、叛亂範圍很大——北至京口，東及大海，面及交州、廣州。
三、不帶有反隋復陳之目的。除了高智慧、汪文進，沈玄儈三個野心較大的稱了帝，其他人都沒有明顯的政治傾向，大部分是隨意起一個大都督之名號以利於統軍，有的甚至連旗號都沒有，就是單純的起兵反隋。相同的是，他們沒有利用故陳的旗幟，大多各霸一方，自為其政。