基督教與天主教重要分別之處便是對設立教皇的態度，有些剛接觸基督教歷史的人認為當今的基督教是從天主教分出來的新教，這種思維與看法其實是錯誤的，他們只注重馬丁路德宗教改革產生了所謂的「基督教」，而完全忘記了自從耶穌降世一直到使徒，基督教便已經存在了。按照正統教義解釋：基督的門徒稱為基督徒，基督徒組成的組織便是基督教會，簡稱基督教。正如使徒行傳載明：門徒稱為基督徒是從安提阿起首。
基督教和天主教在信仰上的主要區別之一：其中便是否承認教皇地位的問題。天主教有教皇的依據是馬太福音中耶穌的一句話：「我要把我的教會建造在這磐石上。」 磐石這個字是石頭之意，而彼得的名字含義也是岩石。這個「磐石」是不是就是彼得呢？
不是。雖然天主教說：這個磐石就是彼得，因為彼得的意思就是石頭。可耶穌從沒有表達過：我把教會建造在彼得（人）的基礎上，所以彼得就成為教會的根基。彼得會說：你不要亂說，我沒有那樣講。彼得書信裡面自己說的是：耶穌基督是房角石，基督是房角的頭塊石頭。所以那個「磐石」就是「基督」，這不是天主教教皇講的，也不是教會歷史學家講的，這是彼得自己講的。
所以依據雙方的聖經，客觀實事求是的考證，天主教認為耶穌的使徒彼得是第一任教皇，這第一把交椅十分牽強而且不成理由的。相反的，耶穌教訓門徒說：「你們知道外國人有君王為主治理他們，有一臣操權管束他們，只是你們中間不可這樣，你們中間誰願為大的就必作你們的用人，誰願為首領就必作你們的僕人。」所以天主教有教皇的設立是與聖經的明文直接衝突的。
耶穌說：我要把我的教會建造在這磐石上。這是什麼意思？教會要建立在基督和對基督正確的信仰上，彼得自己也是這樣相信的，耶穌就可以把他的教會建在這種信仰的基礎上面。因此，真正的教會是以基督為磐石的。磐石就是耶穌基督，耶穌基督是誰？教會的根基。所以對教會歷史和對基督論正確的認識，才能明辨是非。
天主教傳說彼得在主後42到67年這25年中在羅馬作教皇，這是完全沒有聖經或歷史根據的。而且在這些年間彼得是否到過羅馬也沒有聖經的記載。保羅在主後56年左右寫信給羅馬教會，曾經向27位信徒問安，卻沒有提彼得的名向他問安，倘若當時彼得是在羅馬，保羅是沒有理由不問彼得的安；因為彼得在他的書信中稱保羅為「親愛的弟兄保羅」，保羅又曾在羅馬寫過六封書信給其他各地教會，六封書信沒有一封提過彼得的名字。
天主教認定彼得是第一任教皇，又擅自定了條例以為教皇必須有人承繼。他們認為教會必須有看得見的元首，羅馬教記載他們歷代的教皇歷史時，從彼得以後到羅馬教成立之間，好些「教皇」都沒有史實可記，況且使徒中最後離開世界的是使徒約翰，倘若教皇是應當有人繼承的話，使徒約翰理當是最合適、最有資格的人選了。可是年老的約翰在他的書信中沒有半點吐露他是教皇，只稱自己為長老。
真理是越辯越明的，人貴在知道，知錯就一直照著錯誤去行；知對就在理性上面朝大海、春暖花開。