華格納事變後，普京開始清算。
首先葉夫根尼·普里戈任旗下多家出版物的媒體已不復存在。據俄羅斯多家頻道報導，普里戈任控股的多家媒體開始被清算，員工被解散。與此同時，俄羅斯已經屏蔽了普里戈任控股的幾家出版物的網站。它們在網絡上已經無法打工。
其次是對駐敘利亞的華格納部隊清理，這裡可以說是華格納的大本營。現在俄國防部給出的新政策是：在敘利亞作戰的華格納面臨著一個選擇：要麼永久離開敘利亞，要麼與俄羅斯軍隊簽訂合同並留在該國服役。
此前，俄羅斯副外長謝爾蓋·維爾希寧訪問大馬士革，親自向巴沙爾·阿薩德 總統傳達信息：華格納派將不再在敘利亞自主活動。
據統計，目前至少有2000名華格納留在敘利亞——他們多數是國家的人，也有一部分是有戰鬥經驗的塞爾維亞人。
華格納動員了3000多名敘利亞人，其中一些人繼續在該國服役，一些人在其他國家（包括烏克蘭）執行戰鬥任務。
自2015年俄羅斯反恐行動開始以來，華格納一直在敘利亞活動。例如，在2016年12月攻占阿勒頗和2017年3月攻占巴爾米拉的過程中，華格納發揮了重要作用。據俄羅斯國防部稱，在巴爾米拉的地面行動中，至少有1000名恐怖組織武裝分子被打死，華格納估計損失為「幾十人」。敘利亞軍方在俄羅斯軍方和華格納的支持下，在朱布·賈拉村追查到了恐怖分子頭子哈桑。在一次特別行動中，埃米爾及其手下於 2017 年 2 月被清算。
華格納部隊分散在敘利亞各地：巴爾米拉、代爾祖爾、阿勒頗、哈薩克，甚至大馬士革本身都有華格納部隊。在敘利亞的華格納」的月薪估計在1200美元至4000美元之間。
敘利亞的華格納部隊通常負責保護巴迪亞特沙姆沙漠（包括與伊拉克邊境的地區）的石油、天然氣和磷酸鹽礦床。天然氣田位於霍姆斯地區，甚至大馬士革附近。
磷酸鹽礦床位於霍姆斯市東部以及敘利亞西部沿海地區，俄羅斯和塞爾維亞公司投資開發這些礦床。
自 2016 年以來，在拉塔基亞的薩爾瑪村設立了一個營地，華格納在敘利亞新兵被送往戰區之前對他們進行訓練。華格納的另一個主要基地位於沿海省份拉塔基亞的拉比亞小鎮。
華格納部隊不僅駐紮在沙漠中，還駐紮在敘利亞北部的緩衝區，該地區由俄羅斯軍隊與共同控制。華格納的基地之一位於卡米什利市，該市被認為是敘利亞庫爾德斯坦人自封的首都。顯然，未經庫爾德當局同意，華格納部隊不能出現在這裡。
阿勒頗和巴爾米拉之戰後，俄羅斯與華格納在敘利亞的活動保持距離。2018年，華格納部隊襲擊了哈沙姆市和代爾祖爾省，那裡有大型油氣田。俄羅斯方面已正式明確表示，華格納並非按照其命令行事，而是自主行動。
然後很快遭到美國報復。當時一支多達600人的華格納部隊試圖封鎖從科尼科氣田到伊拉克邊境的道路。敘利亞民主力量（美國和北約支持的武裝叛亂分子）的縱隊本應沿著這條道路通過，以奪取當時由伊斯蘭國武裝分子控制的油井。2月7日至8日夜間，北約飛機襲擊了華格納行進的道路，整個縱隊600人被摧毀。