日本天皇號稱萬世一系，存在了大約2600年，從傳說之中的神武天皇到明仁天皇，一共125代，乃是世界歷史上存在時間最長的君主制度。
由於天皇存在了兩千多年，這也使日本從古到今都沒改朝換代。但是，人們只要看日本天皇，才發覺沒有世界君主制國家王室國王的英俊瀟灑或者是面如冠玉。日本皇室的天皇很多是又矮又丑，大鼻子、尖下巴、禿嘴巴、眯眯眼、發育畸形。更誇張的是，近代四位天皇發育都是全部畸形。
為什麼日本天皇的顏值一點都不高，與我們看到皇室威風凜凜的王室成員形象一點都不符合，這主要也是因為近親結婚的結果。
日本皇室號稱自己是天照大神的子孫，以及「天神後代」，出身高貴。所以，皇室成員都是神一樣存在，生來就不低於普通人，自然不能與凡夫俗子，也就是民間的平民結婚，結婚對象都是皇室成員，也就是天皇宗室的親密家庭，從而保障天皇血脈的純淨。因此，日本天皇選妻子，對象一般是自己的表妹或者表姐。
於是，日本天皇家族長期實行內部通婚制度。從日本的17代天皇到44代天皇，其中22位都是近親結婚。如有些天皇與自己姐妹結婚，有的娶自己的親姑姑。如敏達天皇曾經退婚，嫁給同父異母的哥哥。昭和天皇與香傳皇后也是屬於近親結婚類型。甚至有些天皇亂倫，娶了自己的母親為妻子。
日本天皇的家族內部通婚制度，這也使得日本天皇通婚對象可選擇範圍是比較窄。雖然古代歐洲王室也是近親結婚，但選擇範圍比較廣，都可以在全歐洲眾多小國家王室混著結婚。
但日本就是一個小小島國，四面環海，沒有鄰居。所以，天皇家族成員通婚，只能自己跟自己玩，家族成員內部通婚。在傳承126代，以及近千年的過程中，沒有皇室更替和改朝換代，這也使近親結婚基因可選擇範圍越來越小，近親結婚熬的粥，也是越熬就越咸。
所以，近親結婚的壞處在日本皇室體現得淋漓盡致。如近代的日本明治天皇睦仁，五官凸嘴是比較明顯，與父親統仁一樣，五官上頜和下頜都是不正常地前突，也伴隨著嚴重的牙齒下墜。
之後，明治天皇在皇族內部通婚，孩子生了不少，足足十五個，最後活到成年就只剩下一個兒子——嘉仁天皇。由於近親結婚影響，患著腦膜炎、糖尿病、腦血栓、精神病等多種疾病。而且，嘉仁天皇體弱多病，也有著嚴重的精神問題，智力低下，上學一直留級。
此外，這也使日本天皇皇室家族成員都普遍患著腳氣病，這也是家族成員的遺傳病。日本皇室也還有駝背的遺傳性基因，哪怕在公共場合應該使勁挺直腰板，改變不了一米六幾的身高。
日本皇室潛意識也意識到近親結婚的問題。據說在唐朝時候，日本也曾派過年輕的王室成員去大唐王朝，想娶一位中國女子為妻，潛意識改變家族成員的基因問題。因為當時大唐文化先進，日本天皇認為唐朝是天朝上國，自然把唐朝女子視為聖女，能配得上天皇——天神後代的子孫。
但是伴隨天皇勢力的衰微，天皇去中國選女子計劃也沒有長期實施過。在明治維新之後，明治天皇也意識到這個問題，於是在選妻子上不再局限於皇室成員，可以在貴族中選擇，但依然擺脫不了近親結婚的圈子。直到1959年，作為平民王妃的代表美智子嫁到日本明仁天皇，才扭轉這個陋習。
雖然平民嫁給了日本皇室，改變了日本皇室近親結婚的陋習，但近親結婚的弊端在日本皇室依然存在。如日本的德仁天皇身體也是有問題，那就是不孕不育，唯一女兒——愛子就是人工授精問世的，長相與他的爸爸一樣，大鼻子，咪咪眼。
由於德仁天皇沒有兒子，弟弟文仁親王一共有二個女兒與一個兒子，分別是真子內親王，佳子內親王，悠仁親王。現在日本皇室唯一男性繼承人就是悠仁親王，也是他爸爸在四十歲時候生下了他，也是日本皇室隔著四十一年誕生第一位男性成員，他的母親也是一位平民子女，由於兩個平民子女基因的沖淡，才消除了近親結婚基因對日本皇室消極的影響，日本皇室的奇特容貌才消失。