小龍女和尹志平有什麼過節，她最後又為何放過他，這得從小龍女和楊過的曲折經歷說起。
小龍女是終南山古墓派傳人，楊過則機緣巧合之下成為小龍女的徒弟，兩人一起在古墓習武、生活。小龍女和楊過雖是師徒，但都是青春華年，在古墓相處的那段年月，兩人已相互生出了情意，只是兩人當時都不懂，以為只是師徒之情。
後來李莫愁到古墓逼小龍女交出玉女素心劍法，情急之下，楊過甘願為小龍女而死。聽到楊過此話，小龍女才明白自己喜歡楊過。楊過為保護她，抱著她時她只感到嬌羞，並沒有拒絕。小龍女為了困住李莫愁，把古墓的出口都堵死了，她打算與楊過在古墓中同生共死，兩人一起躺進一口石棺中，那時她也曾希望楊過可以伸手抱著她。她是個非常單純的人，一旦明白自己的心意，便希望和楊過一起廝守，哪怕是死在一起也好。
好在天無絕人之路，他們誤打誤撞居然找到了一個秘密的出口，得以離開已被封死的古墓，重見天日。
古墓派的祖師李朝英因自己一生為情所困，她定下門規，古墓派的傳人一生不能離開古墓，除非有一男子可以為她而死，則這個規定才能破。如今楊過心甘情願為小龍女而死，那麼這個規定對小龍女來說便已破除。因為愛著楊過，小龍女和他一起走出了古墓。
外面的世界對小龍女來說很新鮮很熱鬧，但這些也比不上她對楊過的愛，她覺得只要與楊過在一起，不管在什麼地方都是好的。
但是那一晚，終南山下，她與楊過一起練武時，瘋瘋癲癲的歐陽鋒過來尋找楊過，要教他蛤蟆功。歐陽鋒擔心小龍女偷看，趁她不備時點了她的穴道，然後拉了楊過走開。被點了穴道的小龍女躺在地上動彈不得，半晌卻有人用帕子蓋住了她的眼睛，並對她親吻起來。
小龍女一開始以為是歐陽鋒，後來發現來人皮膚細膩，她便以為是楊過。她心中愛著楊過，雖然覺得他胡鬧，但也由他。他對她又摟又親，最後褪下她的衣物，她芳心顫動，又覺得無限柔情蜜意。
楊過回來後扶起她，她仍似水一般躺在他懷裡，嬌羞無比。她說他如今對她做了這樣的事，她自然不能再當他的師父，她要做他的妻子，問他願不願意。楊過當然也喜歡她，只是一時之間有些突然，他的發愣卻讓小龍女以為他不願意娶她。她傷心失望之下，一個人默默的走了。
待她離開後，楊過才恍然回過神來，兩人一起相伴時不覺得什麼，小龍女離開後，他才深深明白自己對她的愛。他到處尋找小龍女，途中也遇到了陸無雙、程英等姑娘。小龍女也是離開楊過後，才發現自己根本無法放下楊過，她無時無刻不想起和楊過在古墓相處的時光，那是他們擁有過的最美好的時光。只是江湖遠闊，一時也難以再重逢。
陸家莊，郭靖和一眾江湖英雄在召開英雄大會，推選武林盟主。楊過和小龍女終於在這裡重逢了。人頭洶湧的場面中，小龍女的眼中卻只有楊過一人。她知道了楊過喜歡，她說她也喜歡楊過，她是他的師父，也要做他的妻子。她不懂人情世故，當著數百人的面吐露她的心事。
她超凡脫俗，心底沒有任何世俗的約束，心裡有什麼便說什麼，並不在意眾人異樣的眼光。但是她不在意，楊過也不在意，郭靖卻在意。郭靖認為自己是長輩，沒有管教好楊過是他的責任，不尊禮教目無尊長，這是罪大惡極的行為，他寧願出手殺了楊過也不願意看著他墮落。
楊過與小龍女一樣，也是個不受禮教管轄的浪子，他感激郭靖對他的照顧，但要他放棄小龍女卻絕不可能。最後還是黃蓉說服小龍女離開楊過，黃蓉說楊過縱然愛小龍女，但一輩子和她住在古墓會悶，會想要出來看看外面的世界，但是他若和小龍女在一起，他一輩子都要被人瞧不起，旁人都會輕賤於他。小龍女喜歡他疼愛他，為了他要她的性命她也願意，但是她卻不能讓他一生過得不快樂，所以她含淚離開了楊過。
小龍女再次離開，途中舊傷復發吐血暈倒，被絕情谷主救起，並同意與絕情谷主公孫止成親。小龍女實在太單純，對人完全沒有防範和心機。公孫止救了她一回，她便認為公孫止是好人。而她那時也因為無法與楊過在一起而情緒失落，既然不能嫁給楊過，那嫁給誰都一樣，所以她輕易答應了公孫止的求婚。
後來楊過和金輪法王等人因追周伯通來到了絕情谷，再次見到楊過，小龍女的心又活過來了。她本來覺得與楊過相守無望，對人生也失去了熱情，但是楊過出現在眼前時，她的心還是會痛，她還是捨不得放下。兩人都中了情花之毒，時日無多，楊過為了她，將艱難得來的唯一一顆絕情丹給小龍女服下。而他自己只有十八日的時光，在公孫綠萼的求助下，裘千尺拿出了僅剩的一顆絕情丹，但她只給了楊過半顆，另外半顆要楊過拿郭靖黃蓉的人頭來換。
為了心愛的人，楊過答應裘千尺的要求，他們從絕情谷出來，來到襄陽找郭靖報仇（楊過以為郭靖黃蓉是他的殺父仇人）。楊過想報仇也想拿到絕情丹救命，但是他卻一次次被郭靖的大義感動，郭靖守護著襄陽，守護著全城的百姓，俠之大者，為國為民。心中有所感動的楊過放下了私人的恩怨，與郭靖一起抵抗蒙古兵的入侵。
襄陽存亡之際，大武小武卻因誰娶郭芙而起內訌，兩人要進行生死決定，勝者則娶郭芙。武三通眼見兩個兒子骨肉相殺，傷心落淚，楊過為了挽救他們，故意說郭靖黃蓉早已將郭芙許配於自己，並口口聲聲稱郭芙為自己未過門的妻子，還稱郭靖黃蓉為岳父岳母。
楊過本是胡言亂語的故意讓大武小武對郭芙死心，不想這話卻被小龍女聽到了。她哪裡知道楊過說的乃是假話，只當他句句真話。她覺得楊過之所以不殺郭靖，原來是因為郭芙的原因，楊過不願意拿黃蓉剛出生的孩子郭襄去絕情谷找裘千尺換解藥也是因為郭芙的緣故。小龍女傷心之下，將自己的淑女劍給了郭芙，說郭芙與楊過才是天生一對，她再次哭著離開。
本來小龍女聽到楊過說郭芙是他的未婚妻子，她已傷心欲絕，哪知她接著又聽到了趙志敬和尹志平的談話，得知被點穴那晚與她親熱的人竟然是尹志平。瞬間她的心都碎了，她說難怪過兒當時不願意娶她，現在又與郭芙定親，肯定是過兒早就知道了。
知道真相的小龍女恨不得立刻殺了尹志平和趙志敬兩人，可是她突然之間又神思恍惚，陷入迷糊的狀態。郭芙的事已讓她神魂不在，尹志平的事更是讓她糊塗了，她一時之間根本不知道該怎麼辦。她想殺了他，可是縱使殺了他，她自己也是不清白的了，她再也不能和楊過在一起。這個事實讓她痛徹心扉，可是她又不能放過尹志平，因此她一直在後面跟著尹志平和趙志敬兩人，跟蹤了很長一段時間。她不知道該怎麼辦，但她也不能讓他們走掉，所以她只能一直跟著，就這樣一直跟到了全真教。
全真五子閉關修煉，尹志平接任掌教，蒙古忽必烈派人赦封全真教，尹志平不願受降蒙古。趙志敬以小龍女之事威脅尹志平，尹志平將掌教讓給他。趙志敬準備接受蒙古的赦封，全真教眾人不同意，爭執之下，金輪法王帶人圍攻。
小龍女也到了，她心中只想殺趙志敬和尹志平，但趙志敬是蒙古漢奸，金輪法王等人護著他，尹志平也自有全真教的人護著，小龍女一人力戰眾多高手多時，已顯不敵。打鬥中她見到松樹旁邊生有一叢玫瑰，嬌艷欲滴，便突然想起了當年與楊過隔著花叢練玉女心經的光景。她覺得自己已見不到過兒，那便臨死時心中想念著他。這樣一想，她便沉浸在冥想之中，完全忘了身邊的勁敵。
蒙古高手尼摩星趁機將手中的鐵蛇揮了過去，眼看小龍女危急，尹志平突然出手相幫，並將劍遞給小龍女，小龍女還沒回過神來，金輪法王的金輪又到，尹志平一把撲了過去，用自己的背替小龍女擋下了金輪，站立不穩又剛好衝到了小龍女手中的劍刃上，背胸都受了致命重傷。
眼見尹志平為了救自己而受傷，那一瞬間，小龍女對他的滿腔憎恨化為了憐憫之意，她說，「你何苦如此？」尹志平命在垂危，承認自己罪不容誅，問小龍女能否原諒自己。小龍女本已心軟，但一想到楊過對她深情不悔，立誓不悔變心，不料卻決意和郭芙成親而拋棄自己，覺得楊過定了知道了自己被尹志平所污。想及此，她心中的憐憫又轉為憎恨，一咬牙準備殺他，但是生平從未殺過人，雖然滿腔悲憤，但是劍在他胸口，她卻刺不下去。
全真五子及時出手救下尹志平，金輪法王等人也加入戰局。小龍女一人對抗九大高手，豈容分心。但她突然感覺了青松樹下的那叢玫瑰中有楊過的身影，她已顧不得背腹都是敵人，背心硬生生的受了全真五子的七星聚會，胸口又中了金輪一擊，她卻只是痴痴的望著那玫瑰花叢。原來楊過果然在那裡，他瞬間將小龍女抱在懷中。
她身受重傷，全身發冷，只覺得自己的靈魂都要抽離，她要楊過僅僅的抱著她，然而她發現楊過的右臂竟然沒有了，這份心痛比她自己受傷還要痛千倍萬倍，她可以不顧念自己，但是她全心全意的關懷著他。對方比自己的生命還要重要，沒有了對方自己決不能再活。
眼下小龍女生死難料，楊過沒了一臂又身中情花之毒無藥可解，剎那之間，只覺得世間恩怨都拋到了九霄雲外，眼中只剩下彼此。楊過救姑姑要緊，無意與全真教相鬥，丘處機這邊也覺得古墓派和全真教淵源極深，不應拼個你死我活。
但重傷的小龍女還在找尹志平，她低聲問尹志平呢？奄奄一息的尹志平迷迷糊糊中聽到小龍女問自己，他不知哪裡生出的力氣，馬上站起說，「龍姑娘，我在這兒！」小龍女見他滿身鮮血淋漓，臉上全無血色，不由得萬念俱灰，顫聲對楊過說，「過兒，我的清白已為此人玷污，縱然傷愈，也不能和你長相廝守。但他捨命救我，你也別再難為他。總之，是我命苦。」
數百人面前，她將自己的悲苦說了出來，尹志平聽了她的話，不由得心如刀剜，他一心痴迷小龍女，對她敬若天人，但自己一時慾令智昏，傷害了小龍女，造成她終身不幸，百死難贖其咎。他讓全真五子不要為難小龍女和楊過，自己撲向道士們手中的劍，數把長劍穿身而過，登時斃命。他終於用他的命贖了罪，小龍女與他的恩怨情仇到此結束。
小龍女自知道尹志平污辱自己的真相，是一心想要殺了他的，只是她當時傷心太過，身神俱裂，又以為楊過已決定娶郭芙，她根本無法理清自己的思維。她不知道要怎樣宣洩心中的這種恨和遺憾。她知道她一定要殺了尹志平，但是她不知道如何出手，她心地善良，從來沒有殺過人，所以她一直跟著尹志平，一直在迷迷糊糊中記著要殺他。
她是真的想要殺了尹志平，還有趙志敬，只是一直被金輪法王阻攔，後來尹志平拼命救了小龍女，小龍女的心中左右矛盾，想到自己的不幸恨不得馬上殺了他，但想到他用命來救自己又覺得他可憐，無法下手。
後面楊過終於出來救了她，可是她已心灰意冷，一是自己重傷難以活下去，二是自己縱然傷好了，她清白被毀已無可能再陪伴楊過。再者楊過又失去一臂，身既中毒現又已殘疾，她不忍心他再為她報仇。就算報得了仇又如何，她與他的現狀已無法改變，所以她寧願和楊過一起渡過最後的時光，忘掉那些讓人心痛的過往和仇恨。她不是不恨，她只是已無能為力，絕望到極點便是選擇遺忘。