原來馬來西亞也有「一國兩制」，西馬人到東馬只能停留三個月，到期後必須離開？而東馬人到西馬卻沒有任何限制，進出自由？為何只有沙巴和砂拉越州擁有自己的移民自主權？而馬來西亞其他的州或省則沒有了？
馬來西亞位於東南亞，是5個東協創始國之一，總面積達33萬平方公里，比日本稍微小一點，被南中國海分割為東西兩部分，因此西馬和東馬是隔海相望的，最近處相距600海里，其中西馬即馬來半島占總面積的40%，13.2萬平方公里；而東馬則占60%，即19.8萬平方公里，如果是以面積來看的話，東馬占據主導地位，也就是說如果馬來西亞是一家公司，那東馬來西亞就是其最大股東並且持股過半。
而馬來半島當年為了爭取與在婆羅洲的沙巴和砂拉越來共組馬來西亞聯邦，確實做出了很多讓步，也讓東馬來西亞保留了很多權力，包括教育、移民、宗教和官方語言等，在移民的那部分，當年的馬來西亞協議就規定，東馬的移民事務應由馬來西亞聯邦政府與東馬政府聯合管理，但聯邦政府對東馬的一切移民事務，應先得到東馬政府的首肯，東馬政府入境與出境事務中有保留權，聯邦政府不可在沒有獲得東馬來西亞政府的同意下，擅自修改東馬來西亞的移民條例。
比如說：有些馬來西亞聯邦政府政客跑去東馬來西亞打算辦政治講座，結果被東馬來西亞政府拒絕入境，就是這樣，因為東馬來西亞有這種權力。他們也不喜歡西馬來西亞的政治人物或政黨在東馬來西亞插旗，更不希望把西馬來西亞的種族政治伎倆帶入東馬來西亞，破壞當地各族人民的團結。你在東馬來西亞現在或許還可以看到不同種族的人，可以坐在同一家華人茶餐室內用餐，而在西馬來西亞已經沒有這種文化了。
在2006年以前，西馬來西亞人要到東馬來西亞去的話，必須申請國內護照，而且每次進入只有3個月的有效停留期限。在2006年以後，馬來西亞廢除了國內護照，西馬來西亞人只要持馬來西亞國家身份證就可以進入東馬來西亞，但是期限一樣不超過3個月，如果要在東馬來西亞工作的話，則需要另外辦理工作證，類似中國大陸人去香港的情況，如果西馬來西亞人要獲得在東馬來西亞的正式居留身份，包括獲得在東馬來西亞的選舉權和被選舉權，需要得到東馬來西亞政府的准許。那麼為什麼西馬來西亞人到東馬來西亞，最多只能停留3個月？這是因為東馬來西亞地廣人稀，占整個馬來西亞60%的面積，卻只有不到17%的人口，這是2010年的人口數據，所以可能吸引來自人口稠密的西馬來西亞的移民，東馬來西亞擔心來自西馬來西亞的無限制移民會影響他們的利益。
因為東馬來西亞希望他們的土地、貿易和職業不被西馬來西亞的移民所占取，當然，東馬來西亞也需要發展、需要進步，因此，東馬來西亞需要來自西馬來西亞的勞工和技術人員，只是這些人員應該以合理的速度引進，但上述規定是單向的，就西馬來西亞到東馬來西亞會面對這些限制，而東馬來西亞人到西馬來西亞則沒有這些限制。這倒不是因為西馬來西亞沒有權力對東馬來西亞提出類似的要求，而是因為西馬來西亞不要認為有那個必要，也歡迎東馬來西亞人來西馬來西亞發展。
除了移民，東馬來西亞也在官方語言上與西馬來西亞不同調，東馬來西亞除了把馬來語定位為官方語言，也把英語定位為官方語言，所以從以上可以看出，馬來半島當年為了爭取東馬來西亞共組馬來西亞聯邦的時候，做出了很大程度上的妥協，現在在很多政策上依然保持著傾斜。