由於安卓系統是所謂的開源作業系統，因此在安全方面不像封閉的蘋果系統那樣穩定。因此安全性能一直存在很大問題。雖然谷歌一直在修補安卓系統的漏洞，但是在谷歌商店中不斷出現的惡意應用程式讓安卓系統的名聲受到一定的影響。同時一些容易受到黑客攻擊的第三方安裝安卓系統的設備，也讓安卓設備的形象受損。
近期，一些從事網絡安全的研究人員在新加坡舉行的安全會議中發表報告，指出大約有890萬部手機感染了惡意軟體，這些受感染的手機涵蓋50多個品牌。其中在谷歌的應用商店中就包含至少15個含有惡意軟體的應用程式。
研究人員指出，這些受感染的設備會定期與遠程控制的伺服器進行通信，檢查是否有新的惡意程序需要安裝。有些黑客會通過這些惡意程序收集用戶的個人信息，然後將這些數據出售給廣告商。研究人員還指出，有些黑客會偷偷地安裝攻擊性廣告平台，這些平台會儘快地耗盡行動裝置的電池能量，從而降低用戶的體驗。並且有些廣告只向特定地區的用戶顯示。
受到惡意程序感染設備最多的5個國家是美國、墨西哥、印度尼西亞、泰國和俄羅斯。
安卓設備中惡意軟體增多可能跟幾個原因有關。
1.一些設備製造商為了賺取更多的錢，會在設備中預裝一些惡意軟體。這些軟體通常是不可卸載的，並且會收集用戶的個人信息並將其出售給廣告商。
2.一些設備製造商可能會在更新設備軟體時，將舊的惡意軟體替換為新的惡意軟體。
3.許多用戶並不了解如何檢查自己的設備是否感染了惡意軟體，也不知道如何安全地使用他們的設備。這使得惡意軟體可以輕易地感染和擴散。
4.美國對於設備製造商和軟體開發商的監管還不夠嚴格。這使得他們可以輕易地逃避責任，並且繼續在設備中預裝惡意軟體。
雖然谷歌一直在努力消除惡意軟體對於安卓系統的影響，但是如果缺乏美國監管機構的支持，這個問題，仍然非常難以解決。