從皇祐三年（1051）余靖知虔州，到余靖卒於任上，這一時期余靖再也未入京任職，但他在地方的政績也頗豐，其中最主要的就是皇祐年間協同朝廷其它官員平定儂智高事件。
余靖在京任職期間雖然參與朝政，提出自己的治國方針，但儂智高事件卻是余靖在地方上首次直接應對的一場危機。
儂智高事件涉及邊疆、盜賊等問題，具有一定的特殊性，處理過程中稍有不慎就會使宋朝南部邊疆陷入內外夾擊的戰亂中。
面對嚴峻的危機，余靖仍然本著治邊以安民、安民以安天下的治國理念來處理此事。這是其思想的一次重要實踐，從一個視角體現了余靖的理念。
南部疆域問題與儂智高事件
仁宗皇祐四年，廣西儂智高反，宋朝南部疆域陷入戰亂。儂智高起兵，源於儂智高與交趾之爭。
因廣源州內有金礦，交趾重稅其地。儂氏的家族原本是世襲廣源州酋長，儂智高稱廣源州節度使，隸屬於交趾國的役使，因為金坑的緣由，再加上交趾的人斂財無厭，使當地人苦不堪言。以儂智高的父親為質，讓儂智高大量加納金貨，最終在交趾的壓迫下，其父去世。
儂智高準備不再忍受交趾的欺壓，但歸附宋朝，朝廷害怕會導致邊疆生事起亂，沒有接納他。於是儂智高十分怨恨，起兵做起了盜賊。
在皇祐年間，儂智高成為朝廷面對的一個比較棘手的問題，從最初的拒絕其內附，到後來出兵剿滅，宋朝既要安撫南方民眾，又要與交趾保持和平關係。
儂智高與交趾結仇，於是自行建立南天國，自封皇帝。皇祐二年五月，廣南西路轉運司言，交趾發兵捕廣源州賊儂智高，其眾皆遁伏山林。
此後，儂智高先後多次向宋朝進貢，請求內附，但都被拒絕。雖然儂智高因內附不成而起兵，但對於此時的宋朝來說，拒絕其內附亦有為國家安定方面考慮的因素。廣源州雖然是宋朝的領土，但當時實際上對廣源州進行管理的是交趾。
況且自天聖以來交趾頻頻寇邊，天聖六年（1028）五月，廣西南路轉運使言：「交趾入寇，已令都同巡檢領兵及發溪洞丁追取所略戶口。」
慶曆六年（1046），仁宗與輔臣議曰：「如聞交州李德政近取占城，慮漸畜奸謀，為五嶺之患，宜下廣西轉運司豫經制以聞。」
慶曆六年十月，御史中丞張方平上疏，言：「海南、交趾氣炎漸張，路接邕、容，頗連溪峒，南方之事理須經略。」
由此可見，從天聖到慶曆年間，交趾之於宋朝，雖尚未無重大事件，但宋朝南疆亦存隱患。而對於皇祐二年、三年儂智高的多次請求內附，宋朝以「廣源州本隸交趾」為由拒絕，實際上並不是不承認廣源州是宋朝的領土，而是考慮到儂智高僅為區區一蠻族首領。
況儂氏久役於交趾，若拒絕其內附，則交趾自會平定儂智高，宋朝只需稍作防範；如若接受其內附，則面對的就不僅僅是蠻族問題。
儂智高因與交趾結仇而起兵，宋朝納其內附，交趾必生怨仇，天聖以來就存在的交趾擾邊很有可能演化成又一次大的邊疆危機，則南疆又受戰亂之禍矣！這是剛剛度過西北邊疆危機的宋朝所不願看到的。
此時的儂智高處於兩難的境況，請求內附不得，又與交趾為仇，於是起兵內寇。儂智高起兵亦是有一定計劃性的：
從經濟上來說，廣源州有金礦，儂氏獨占之；
從勢力上來說，儂氏世代為廣源州首領，在當地少數民族部落中有較高的威望；
從群眾基礎來說，廣源州長期遭交趾重稅盤剝，州人苦不堪言；
從外部條件來說，廣源州雖屬邕州羈縻，但實際上並不對其進行直接管理，邕州以其勢弱並不為防備。
就人才方面來說，儂智高善於招納人才為其效勞，廣州進士黃瑋、黃師宓皆日夜為其謀劃。這一切都為儂智高起兵做好了充分準備。
皇祐四年四月，儂智高起兵內寇，軍隊進寇速度可以說是非常驚人，從五月九日至十七日，相繼攻入橫、貴、供、藤、梧、封、康、端八州，甚至一日之內竟可接連攻下三州。所過州境，知州大多棄城逃走，僅封、康二州知州留下與儂智高進行抗擊。
但儂智高軍隊來勢洶洶，二州抵抗之眾皆為臨時募集，士卒人寡，又不善斗，最終未能守住州城，知州曹覲、趙師旦亦死於戰亂。二十二日，儂智高直抵廣州城下。
儂智高不足一月即攻至廣州，但此時的宋朝仍然不以為意，甚至在儂智高至廣州前二日，有人告急，知州仲簡仍以為是謠傳，將告急之人囚禁起來，並下令若再有傳言儂智高將至的人，一律處斬！
由是，廣州城內由民至官皆不以為備，及儂智高至廣州城下，州民爭搶入城，踐踏死者甚重，未及入城者皆沒入儂智高部。廣州城雖未破，但儂智高圍城五十七日，至七月十九日方撤去，一路上氣焰仍盛，九月、十月相繼破昭州、賓州。
儂智高起兵雖然是迫於無奈，但軍隊所過之處皆燒殺淫掠，民不聊生。百姓欲求得朝廷保護，但虛弱的防守兵力以及官員的擅自出逃，使得南方諸州深受儂軍之害，宋朝邊疆守備不嚴的問題，也再一次在南部邊疆凸現出來。
余靖在《大宋平蠻碑》中對這一事件有這樣的評述：朝廷沒有在嶺南駐紮重兵，所以盜賊起兵三個月導致後面的軍隊聚集。南方諸州連連失守，知諸州者或棄城、或戰死，這也使宋朝意識到了儂智高事件的嚴重性。
余靖處理儂智高事件的謀略與得失
皇祐四年（1052）儂智高入寇時，余靖在家為父守喪，其間協助官府修葺城牆，共商防禦之計，又自募鄉兵，協助兵甲防衛。
為了平定南疆之亂，皇祐四年六月，朝廷起用熟知南方諸州事的余靖，並對其委以重任，先為秘書監、知潭州，後七日，又改為廣南西路安撫使、知桂州。
時直使館楊畋為廣南西路體量安撫提舉經制賊盜。但諫官賈黯擔心在平定儂智高時余靖與楊畋皆為統領大員，恐生指令不一之局面，上奏建議得到批准後，於是，廣南東、西兩路皆由余靖經制。九月，朝廷又命樞密直學士孫沔、入內押班石全彬與余靖一同討伐儂智高。
但儂智高部的迅速發展使得朝廷仍深感擔憂。樞密副使狄青上表請戰。於是以狄青為宣徽南院使，宣撫荊湖南北路、經制廣南盜賊事。
皇祐五年（1053）正月狄青合孫沔、余靖之兵，自桂州次賓州。狄青出自行伍，向來為文臣所輕，南方諸將都想在他到任之前搶立戰功。狄青到任，首先對擅自出兵的廣西鈐轄陳曙處以軍法，將其斬首以嚴軍紀。
狄青之斬陳曙，是所有將領沒有想到的。但狄青此舉，卻令軍中上下一致，再無人敢不令而行。狄青整頓軍紀後，自己將前陣，孫沔將次陣，余靖將後陣，次崑崙關。
皇祐五年正月，狄青于歸仁鋪擊潰儂智高之眾，儂智高燒城遁走，其下黃師宓、儂建中等人皆戰死。二月，朝廷詔余靖留屯邕州，經制儂智高餘黨，待餘黨處置完畢再還桂州，狄青與孫沔皆還。給南方諸州帶來深重災難的儂智高事件基本告一段落。
余靖在儂智高敗走之後，獲悉其母阿儂與其弟儂智光、子繼宗、繼封皆入保特磨寨，收殘眾蓄謀再入寇。十二月，余靖督部吏黃汾、黃獻珪、石鑒及進士吳舜舉發峒兵入特磨掩襲。儂智高之母、弟、子皆被擒，余靖依詔將其押送入京師。
儂智高仍未知下落，民間對於儂智高的去向傳言紛紛。至和年間，黎州言儂智高自廣源州遁入雲南大理，朝廷由是詔益州路鈐轄司，應蠻人初入處擇人防備。
由於儂智高之亡走不得確切之地，西南夷邛部川又傳言儂智高在南詔，欲寇蜀，蜀人不安，築城備寇，日夜不得安寧。知益州張方平斬妄言者，又遣散民夫、弓手，蜀地稍安。
至和二年（1055）六月，余靖和知邕州蕭注等招募死士使大理國，儂智高為大理所殺。至此，儂智高事件劃上句號。
就整個儂智高事件來說，起兵實迫於無奈，交趾的壓迫與北宋朝廷的不接納迫使儂智高不得不帶領州人起兵，至今散居在廣西與雲南的儂氏後人及壯族人民仍稱頌儂智高為英雄首領。但儂智高起兵之後對南方諸州的寇掠又使得這場起兵演變為叛亂。
其入寇之時，一年之內，於廣東、廣西之地如行無人之境，州官棄城逃逸，民眾苦不堪言。其遁亡之後，亦對西南之境造成恐慌。儂智高事件對宋朝南部疆域造成了很大影響。
在儂智高事件中，狄青雖為武將卻有勇有謀，對於儂智高事件的最終平息也往往歸功於狄青，卻對於余靖則鮮有提及。
余靖在平定儂智高事件中的作用是不應忽視的，從皇祐四年（1052）六月，朝廷任命余靖為廣南西路安撫使，直至至和二年（1055）儂智高事件被平定，在整個事件中，余靖的謀略可以說是有得亦有失，大致體現如下：
其得：對平蠻之事，余靖一直堅持的是孤立、分化儂智高的策略。一開始余靖募能獲智高者，有孔目官楊元卿、進士石鎮等十人皆獻策請行。
余靖以楊元卿之策為上，楊元卿引二族出，余靖皆許予其職，厚賞賜之。於是轉相說諭，稍稍請降。此外，永州人石鑒亦提出建議，余靖於是以石鑒為昭州軍事推官，招募儂、黃姓酋長，使各峒聽朝廷節制。
朝廷慮余靖所招九溪峒蠻，恐畜奸謀，或陰為賊用。余靖希望以招撫的方式使諸峒蠻不與儂智高合作，雖然不能夠期許他們能助朝廷平定儂智高，但至少能夠起到孤立和削弱儂智高的作用，從一定程度上分解了儂氏勢力。
其失：除了孤立、分化政策外，余靖還一直堅持的是聯外策略。在余靖聯合諸峒酋長的時候，交趾屢屢請求與宋朝一同討伐儂智高，於是余靖向朝廷請求允許交趾出兵。
朝廷不願交趾插手此事，但余靖言儂智高乃交趾叛者，交趾出兵乃其善意，宜聽其出兵。如若不然，交趾必然忿而助儂智高。但此策略遭到狄青的堅決反對。
在此問題上，余靖的堅持固然有其合理性，若交趾真能出兵助宋平儂智高，則宋朝可不必興師南下，既不耗費兵力，又不傷民力。
但交趾自天聖年間就已頻頻在南疆生事，若是真如李德政所言統領步兵五萬、騎兵一千，則交趾大軍可藉助宋平蠻這一正當理由進入其覬覦已久的宋朝南部疆域，南疆之勢又平添一亂。
在這一點上，狄青與余靖最基本的出發點就不同，余靖的出發點是儂智高乃交趾叛者，認為儂智高事件為外事，交趾可以介入其中；而狄青的出發點是儂智高事件為內寇，同意交趾出兵，即是借外兵以平內事。
況且作為武人出身的狄青考慮到的另外一個問題是國家的兵力問題，如果堂堂中原大國連廣源州首領儂智高都不能平定，那麼又以何兵力對抗頻頻生事的交趾一國？因此，狄青竭力反對交趾出兵。余靖在此事上確有思慮欠妥當之處。
余靖在對儂智高用兵之時，亦有不當之處。典型之例即陳曙一案。皇祐四年，朝廷以狄青為宣徽南院使，並下令嶺南用兵皆受狄青節度。狄青未至之時，因為先前蔣偕、張忠皆因輕敵而敗死，於是告誡諸將聽其令而為，不得擅自與儂智高斗。
但諸將聞宣撫使將至，欲爭先立功。余靖遣廣南西路鈐轄陳曙率軍萬人擊儂智高。十二月一日，儂智高與陳曙交戰於金城驛，陳曙戰敗。
狄青至賓州，諸位將軍把將帥當做同僚，無所畏懼，每次議事，各抒己見，爭得頭破血流。於是狄青召集諸將，對陳曙擅自出兵之事做出決斷，曰：「令之不齊，兵所以敗」。
抓到陳曙等三十人，按以敗亡狀，驅出軍門斬之。余靖雖言陳曙之失乃是其節制之罪，狄青仍以余靖乃文臣而不追究。但陳曙之被斬確與余靖用兵之失有莫大關係。
此事件從另一面反映出余靖雖以國家大義為主，但人無完人，亦存為己私慮的一面。且余靖向為儒臣，此番儂智高之事，余靖雖在韶州防守有功，但要其統兵謀劃作戰，則非其所長。余靖並非武將，卻在歸仁鋪一戰中與孫沔一同隨狄青出戰。
余靖政治思想評析
余靖在名臣濟濟的中國歷史上並非特別傑出，即使是在北宋仁宗朝，與跟他同時期的范仲淹、歐陽修等人相比，余靖的影響力也遠遠不如他們。就從政Z思想方面來說，余靖也沒有形成自己較為系統的理論體系。
但在儒家思想薰陶下，余靖的仕宦生涯始終都貫穿著宋代文人以憂天下為己任的特色，這也為余靖的政Z思想貼上了人文色彩的標籤。
余靖雖然沒有出身在一個世代為官的大家庭，但父親餘慶從小對他的教導卻很用心。
余靖牙牙學語的時候，他的舅父黃正就教他誦讀古詩。
四歲時，父親餘慶請當時以文學稱著鄉里的梅鼎臣作他的啟蒙老師。
六歲時，父親送他到翁源靜源山耽石院讀書堂，由頗有文才的住持釋慧周監讀。
十五歲時，在准岳父林從周的推薦下，余靖徒步至杭州，師從林逋、張伯端。
二十一歲時，余靖又奉師命到江蘇吳縣藏書鄉天池山吳中書屋從胡瑗學經義，在此期間孫復訪胡瑗，並在此講學一段時間。
余靖的老師幾乎都是宋代名家，既有宋代著名隱士林逋、張伯端，又有「宋初三先生」中的胡瑗、孫復，而三先生中的另一位——石介，與余靖曾是同窗。入仕前的余靖輾轉求學，精通經義，所交往的也都是名師名家，這對他的思想形成有著深遠的影響。
任何人都是生活在特定時代中的人，任何思想也都是反映了當世當時的社會現狀，余靖思想的形成同樣也離不開宋朝文人官僚化的影響。
宋代是在經歷了五代之亂後又重新統一的一個朝代，自唐末至趙匡胤建宋，長期的藩鎮割據、軍閥混戰使得禮義道德屈服於武力，儒家所推崇的倫理綱常遭到嚴重破壞。
因此，宋代自建立之初就重用文人儒士，目的是為了重建儒家倫理綱常，重回以禮治天下的局面。開國皇帝宋太祖曾立下不殺士大夫的規矩，此後的太宗、真宗、仁宗都繼承了尊崇儒士、以文治國的方針。
宋代的科舉考試也是推動文人入仕的一個強大動力，宋代大批出身平民的文人儒士通過科舉考試躋身統治階級的行列，由此逐漸形成了與唐代完全不同的重文輕武局面。
余靖的思想中也透露出重文輕武的特點，尤其在選官用人方面，極力強調武將不可獨任。實際上余靖只是整個社會重文輕武思想大環境下的一個代表而已。
此外，由於宋代科舉取士的推廣，為官者皆以文見長。這一點，從余靖流傳後世的《武溪集》中可窺一斑。《武溪集》中所收余靖作品文體多樣，詩、文、記且不提，即使是判詞、奏議也必定是引經據典。
如果說判詞是余靖的應試之作，均為虛判，必須以經典為支撐，那麼余靖的奏議突出的是以禮為依據。這也是宋代文人當政的一個特色——以禮治天下。且宋代與唐代相比，通過科舉選拔的文官更有助於宋朝統治者重建倫理道德，他們在朝政大事上有了更多的話語權。
具體到仁宗朝，仁宗又是一個善於納言的皇帝，使得這一時期湧現出了大批具有強烈社會責任感的名臣，他們在堅持儒家禮義道德的同時，又能「自覺地把自身的命運同王朝社稷的命運緊密地聯繫起來，表現出一種強烈的仕以行道、以天下為己任的精神風貌」。
與余靖同時期的范仲淹就有過「先天下之憂而憂，後天下之樂而樂」的名言。而余靖的奏議中也有過勸諫仁宗「勤勞罪己、憂人之憂」之言。正是這樣一種身先士卒的精神，使得余靖的思想中又始終賦有濃郁的人文情懷。
「人文」一詞，最早出現於《易經》中賁卦的彖辭：「賁亨，柔來而文剛，故亨。分剛上而文柔，故小利有攸往，天文也，文明以止，人文也。觀乎天文以察時變，觀乎人文以化成天下」。
「人文」一詞的意思，既包括與「天文」（自然界的法則、秩序）相對應的人類生活或人類世界的法則、秩序，也包括人道或為人之道。而儒家之「人」，尤其把「仁」看得最重，仁不僅是人道，而且是天道。
儒學的人文主義，是「在人文關懷中實現人與自身、人與人、人與社會、人與自然之間的整體和諧，同時也就實現了人的生命價值」。中國古代文人普遍有著一種儒家的人文主義精神，表現為對天下百姓的憂苦，對社會的責任感，對自身沉浮的豁達。
余靖的政Z思想中同樣也充滿了人文情懷，且更多是對天下蒼生的憂苦之情，在他的思想當中「民生」始終貫穿其中。
余靖雖非出身貧寒，但自求學之時，余靖就能堅持清廉樸素的作風，十五歲前往林逋處求學時，為表虔誠，余靖就曾徒步穿越閩境。
而縱觀余靖的仕宦生涯，在其初入仕階段，天聖二年（1024）舉進士，授為贛縣尉，天聖八年余靖書判拔萃科登第，改知新建縣，仍然是在地方為官。
可以說將近十年的基層為官經歷，余靖經常奔走在外，接觸最多的是底層的百姓。在余靖的政Z思想中，最根本的出發點是「民」，在他最出名的《從政六箴》中首篇就是《清箴》。
《清箴》開篇即「政為民綱，清本士節」。正是因為對下層社會的深入了解，余靖在入為京朝官之後，仍然關心民生。
在慶曆時期，余靖所上的一系列奏議中，也不難看出其中滲透的人文關懷。無論面對的是國家的內憂還是外患，余靖思考問題的出發點也是「民」。
就「治邊」來說，宋朝與西夏、契丹之間若有戰事，必然會帶來動亂，亂則傷及民眾；且以宋夏三次交戰來看，宋朝一時之間還擺脫不了不利之局，國家臨危，百姓亦危；加之若是常年交戰，國力吃緊，只能通過重稅來支撐，重稅又將傷民。
余靖的治邊思想，實際上就是和平息戰，說到底仍然可歸結為安民。再看災異、盜賊之事，余靖始終堅持安民為主，並強調「安民之術，則但不奪其時，不傷其財」、「勤勞罪己，憂人之憂，則四方之民安居」。
余靖的晚年雖然不再身居要職，但此時他的安民思想又實踐到了南方諸州的安定中。在平定儂智高事件中，余靖所堅持的孤立、聯外政策，雖有考慮不周到之嫌，在實施過程中也未達到預期目的，但其出發點是為了避免大的戰爭，將損失減至最小。
在經歷了儂智高事件之後，南方諸州田地荒蕪、百業俱廢，余靖大力落實朝廷的恩赦令，不僅使南方各州經濟恢復、民心安定，事件始發地邕州也逐漸步入穩定局面。
在宋代，有著強烈社會責任感的文人很多，首屈一指的要數范仲淹了，范仲淹每遇國家大事，總能不顧安危慷慨直言，他那種以天下為己任的風範令後世稱讚，但余靖與范仲淹相比也毫不遜色。
孔子曰：「不在其位，不謀其政」，但余靖在他初入京之初就已以言獲罪，只因直言范仲淹不當遭貶。余靖並非不知道百官內外各有職分，但考慮到國家大體，則不得不越職進言。
擢為諫官之後，余靖將直言進諫作為自己的使命來履行，有時甚至有一種不達目的誓不罷休的勁頭，如《論狄青不可獨當一路》就接連上四疏，《論災異實由人事》連上三疏，《乞楊畋近邊差遣》又連上三疏。
但也正是因為余靖的直言，難免會得罪同僚，最終被迫離開朝廷任地方官。余靖為人清廉，離京回韶州後，兩袖清風，在二弟、三弟的資助下建了「西園別墅」隱居江邊。對於仕途的沉浮，余靖抱有豁達超然的態度。
這與宋代士大夫普遍與禪僧建立廣泛的交往有關，在余靖留下的詩作中，有不少是贈予僧人的作品，也有不少是與友人同游禪寺所作。加之餘靖早年師從林逋、張伯端，此二人皆是淡泊功名、孤高恬淡之人，對余靖的影響也較深。
因此，余靖的思想當中所滲透出的人文情懷，除了兼濟天下的入世態度，還有超然淡定的處世之觀。