「合成一個大黨」——中國同盟會成立
1905年孫中山第三次赴日。7月下旬，經宮崎寅藏介紹，孫中山與黃興在東京神樂阪鳳樂園會晤，商討革命問題，並提議興中會與華興會聯合，共圖革命大業。黃興深表贊同。
7月28日，孫中山與宋教仁、陳天華等會晤於《二十世紀之支那》雜誌社，磋商聯合問題。
據宋教仁記載，孫中山是這樣論述革命聯合的必要性的：
逸仙乃縱談現今大勢及革命方法，大概不外聯絡人才一義，言中國現在不必憂各國之瓜分，但憂自己之內訌。此一省欲起事，彼一省亦欲起事，不相聯絡，各自號召，終必成秦末二十餘國之爭，元末朱、陳、張、明之亂，此時各國乘而干涉之，則中國必亡無疑矣。故現今之主義，總以互相聯絡為要。
7月29日，宋教仁、陳天華同至黃興寓所，商討與孫中山聯合的問題。黃興主張「形式上入孫逸仙會，而精神上仍存吾團體」。陳天華主張以華興會團體與孫中山聯合。宋教仁則說，既然有入會與不入會兩種意見，那麼應當研究將來入會者與不入會者之間關係如何處理。劉揆一主張不入孫中山的組織。華興會的主要領導人黃興、宋教仁同意與孫中山聯合，問題便基本解決。華興會會員在留日學生中占有優勢，該會贊同聯合，則組建同盟會便不成問題。
由眾多革命小組織「合成一個大黨」，這是20世紀最初幾年革命風潮發展的必然結果。這個「大黨」不是創建於國內，而是出現於中國留學生及流亡者群集的日本東京，也有其必然性。當時留日學生提倡革命者甚多，幾達萬人以上，而內地革命失敗之同志，復紛然來集。
1905年7月30日，孫中山約集各省在日本的革命分子，在東京赤坂區檜町三番黑龍會本部（內田良平宅），召開中國同盟會籌備會會議。到會者除孫中山外，還有黃興、張繼、陳天華、胡漢民、馮自由等，計73人，大部分為留日學生。與會者分屬興中會、華興會、光復會、科學補習所等組織。
孫中山在會上演講了三民主義，及革命須團結之理由，呼籲分散在全國各地的革命組織結成新的統一組織的必要。
關於組織名稱，有人提議用「對滿同盟會」。孫中山解釋說，革命的宗旨，不專在對滿，其最終目的，尤在廢除專制，創造共和。他提議用「中國革命同盟會」；另有人主張此為秘密組織，以不明用「革命」二字為好。最後定名為「中國同盟會」。
關於組織宗旨，孫中山提議採用以下16字作為同盟會宗旨：「驅除韃虜，恢復中華，創立民國，平均地權。」雖有數人對「平均地權」持有異議，經孫中山解釋後，仍獲通過。
隨後，黃興建議贊成者「書立誓約」，當由孫中山起草盟書，黃興、陳天華稍加潤色，制訂誓約：
「當天發誓，驅除韃虜，恢復中華，創立民國，平均地權，矢信矢忠，有始有卒，如或渝此，任眾處罰。」
孫中山帶領眾人舉行宣誓加盟儀式畢，推舉黃興、陳天華、馬君武等8人草擬同盟會總章，交付成立大會討論。
8月13日，東京中國留學生在麴町區富士見經樓召開了歡迎孫中山大會。1000多人前來赴會。東京自有中國留學生以來，留學生集會從來沒有像這一天那樣人數多、秩序好，真是盛況空前。
孫中山說：
鄙人往年提倡民族主義，應而和之者特會黨耳，至於中流社會以上之人，實為寥寥。乃曾幾何時，思想進步，民族主義大有一日千里之勢，充布於各種社會之中，殆無不認革命為必要者。雖以鄙人之愚，以其曾從事於民族主義，為諸君所歡迎，此誠足為我國賀也。
8月20日下午，中國同盟會成立大會在東京赤坂區靈南坂日人本珍彌子爵（眾議院議員）宅第召開，約有一二百人與會。日本友好人士頭山滿、犬養毅、內田良平、宮崎寅藏、平山周等亦列席。革命精英，濟濟一堂，極一時之盛。
會期3天，會議通過《中國同盟會總章》，規定同盟會總部設在東京，並推選孫中山為同盟會總理。
在中國國民黨歷史發展進程中，它進入第二個階段——由興中會發展成中國同盟會。
中國同盟會總部成立後，孫中山緊接著派人到香港、澳門、廣州、上海及各省成立同盟會分會，積極發展革命組織。
中國同盟會的特點
經過合併與改組，興中會發展成同盟會，在中國國民黨歷史發展過程中是一件重大的事。以同盟會的政治綱領、組織章程與興中會相比，具有以下特點：
（一）政治綱領更完整。
《中國同盟會革命方略》是同盟會的一份綱領性文件。1906年秋冬間，由孫中山與黃興、章太炎在日本制定。1908年河口起義後，孫中山與胡漢民、汪精衛在新加坡修訂此件，增加了《招軍章程》《招降清朝兵勇條件》兩個文件。
修訂後的《中國同盟會革命方略》，包括《軍政府宣言》《軍政府與各處國民軍之關係》《軍隊之編制》《戰士賞恤》《軍律》《招軍章程》《招降清朝兵勇條件》《略地規則》《因糧規則》《安民布告》《對外宣言》《招降滿洲將士布告》《掃除滿洲租稅厘捐布告》13篇，供各地同盟會組織發動武裝起義時作指導。其中《軍政府宣言》是綱領性文件。
《軍政府宣言》開宗明義指出，同盟會的革命不同於元末朱元璋起義及洪秀全太平天國革命：
唯前代革命如有明及太平天國，只以驅除光復自任，此外無所轉移。我等今日與前代殊，於驅除韃虜、恢復中華之外，國體民生尚當與民變革，雖經緯萬端，要其一貫之精神則為自由、平等、博愛。故前代為英雄革命，今日為國民革命。
《軍政府宣言》對同盟會的宗旨——「今日革命之經綸暨將來治國之大本」，作了如下的闡釋。
驅除韃虜：「滿政府窮凶極惡，今已貫盈。義師所指，覆彼政府，還我主權。」
恢復中華：「中國者，中國人之中國；中國之政治，中國人任之。驅除韃虜之後，光復我民族的國家。」
創立民國：「今者由平民革命以建國民政府，凡為國民皆平等以有參政權。大總統由國民公舉。議會以國民公舉之議員構成之。制定中華民國憲法，人人共守。敢有帝制自為者，天下共擊之！」
平均地權：「文明之福祉，國民平等以享之。當改良社會經濟組織，核定天下地價。其現有之地價，仍屬原主所有；其革命後社會改良進步之增價，則歸於國家，為國民所共享。敢有壟斷以制國民之生命者，與眾棄之！」
以上謂之「四綱」。實施步驟有三：「軍法之治」「約法之治」「憲法之治」。「約法之治」共6年，期滿後制定憲法，軍政府解除權力，國民公舉大總統，一國政事，依於憲法以行之。基本精神是「循序以進」，使國民「養成自由平等之資格」，在此基礎上實行「憲法之治」。
同盟會宗旨已具備三民主義的三個組成部分。「驅除韃虜」「恢復中華」為民族主義之中心，「創立民國」已有民權主義之內容，「平均地權」為民生主義思想之重要表現。同盟會已具備較為完整的資產階級革命綱領，興中會與它不能同日而語。
（二）黨內民主化的目標更明確
《中國同盟會總章》原有30條。現今看到的是1906年5月16日的修訂本，共24條。《總章》規定，同盟會最高領導是總理，總理對外有代表本會之權，對內有執行事務之權。總理4年更迭1次，可獲連任。總理之下分設執行、評議、司法三部，以體現黨內民主監督之精神。
另外，在同盟會成立時發生的一件事，也很有意思。當時有人突然起立，詰問孫中山：「他日革命告成，孫先生要當皇帝，還是要民主？請孫先生明確回答。」據說孫中山和黃興一時都不知道怎麼回答。
程家檉急中生智，回答說：革命是中國人大家的事情，孫先生可能當皇帝，還是可能要民主，由我們這些人的思想決定；如果我們都不想當皇帝手下的大臣，不羨慕「從龍之榮」，那麼，君主就不可能出現；今天的會議，只當討論清朝應當不應當革除，而不應當用當皇帝還是要民主這樣的問題來問孫中山。
實際上，那位提問者提的問題，對革命黨人來說，是非常重要的。革命黨人推翻君主專制制度以後，能否代之以真正的民主共和制度？革命黨人推倒帝王，能不能剷除自己頭腦中的帝王思想？能否不貪戀權位？這樣的問題，革命黨人在革命過程中，尤其在革命勝利後，是不能不考慮的。因此，不能說與會議的主旨無關。
從後來孫中山的一系列談話看，他對于堅持民主政治、反對封建帝王思想，是很重視的。他曾說，太平天國革命失敗的主要原因，是洪秀全等人有帝王思想：
洪秀全之所以失敗……最大的原因，是他們那一班人到了南京之後，就互爭皇帝，閉起城來自相殘殺。
1906年12月2日，孫中山在東京《民報》創刊周年慶祝大會發表演說，諄諄告誡革命黨人：
唯尚有一層最要緊的話，因為凡是革命的人，如果存有一些皇帝思想，就會弄到亡國。因為中國從來當國家做私人的財產，所以凡有草昧英雄崛起，一定彼此相爭，爭不到手，寧可各據一方，定不相下，往往弄到分裂一二百年，還沒有定局······我們定要由平民革命，建國民政府。
（三）參加同盟會的人數更多、素質更高
孫中山多次高度評價同盟會成員。1905年9月30日在《復陳楚楠函》中說：
近日吾黨在學界中已聯絡成就一極有精彩之團體，以實力行革命之事。現捨身任事者已有三四百人矣，皆學問充實、志氣堅銳、魄力雄厚之輩，文武才技俱有之。現已各人分門認擔一事，有立即起程赴內地各省，以聯絡同志及考察各情者……將來總可得學界之大半；有此等飽學人才，中國前途誠為有望矣。
他又說：
及乎乙巳，余重至歐洲，則其地之留學生已多數贊成革命，余於是揭櫫生平所懷抱之三民主義、五權憲法以為號召，而中國同盟會於以成立；及重至日本東京，則留學生之加盟者，除甘肅一省未有留學生外，十七省之人皆與焉。自是以後，中國同盟會遂為中國革命之中樞，分設支部於國外各處，尤以美洲及南洋為盛。而國內各省，亦由會員分往，秘密組織機關部，於是同盟會之會員，凡學界、工界、商界、軍人、政客、會黨無不有同趨於一主義之下，以各致其力。
同盟會成立後。雖然孫中山做了很多宣傳闡釋工作，但是，同盟會成員中還有很多人對該會綱領的理解不深，流於表面，各有側重。
孫中山說：
當初同盟會還只明白民族主義，拼命去做；至於民權、民生兩主義，不很透徹，其實民族主義也還沒有做完。至於我主張的五權憲法，那時不懂的更多。
《劍橋中國晚清史》有一段分析很形象。它說，
同盟會實現了「革命運動中令人注目的前所未有的大統一」。它「成立的頭一年內約有1000人入會，大多數是來自學生團體」「聯合從一開始就是脆弱的，到1907年就開始破裂了」「雖然它在1910年重新恢復起來，但在1911年各地起義推翻清王朝時，同盟會會員不足1萬人」。
該書最後說：
「1905年建立的同盟會把革命運動帶到一個新階段，但同盟會此時與其說是推進的力量，不如說是一個象徵。對於一個運動來說它是一個傘形組織，這把傘容納不下這個過於多樣和過於廣泛的運動。」