太平天國初期，太平軍一度氣勢如虹，甚至將清廷逼到崩潰的邊緣。尤其是二次鴉片戰爭前後，對於清廷來說，無疑是最危險的一段歲月：南方太平天國運動如火如荼，北方又面對英法聯軍的進攻。

不過，隨著太平天國後期，尤其是天京之變後，太平天國的形勢就急轉直下，太平軍也幾乎不再是清軍的對手。而這背後的因素，可謂繁多。

1、精銳問題

其實早在天京之變之前，太平軍在精銳部隊問題面前就出現了危機：對於太平軍來說，來自紫荊山（廣西）的原始部隊，算是太平軍的存量精兵：畢竟，廣西兵被視為太平軍中最能打的一部分軍隊。

而太平軍之前的北伐，在很大程度上，消耗了存量精銳的數量。雖然之後太平軍也不斷補充兵源，但是其質量壓根無法和廣西老兵相提並論，其戰鬥力也相對之前存在大打折扣的現象。

反倒是清軍（這裡主要指湘軍），得以在通過長期和太平軍交戰的過程中，戰鬥力不斷得到鍛鍊和提升。

2、內耗問題

對於洪秀全來說，天京之變很大程度上幫自己鞏固了權力：畢竟，天京之變導致了東王楊秀清、北王韋昌輝相繼被殺，同時逼走了翼王石達開。太平天國的大權也從此真正轉嫁到了洪秀全手裡。但是，天京之變也在事實上動搖了太平天國的國本。

本來太平天國的軍事運籌和行政管理，是楊秀清一手負責。而天京之變導致了楊秀清被殺的同時，也導致了真正能為太平軍提供後勤保障的團隊陷入癱瘓。畢竟楊秀清一死，洪秀全無力真正意義上主持局面，所以天京之變的太平天國處於管理混亂的狀態。而太平天國高層的混亂，也導致前線處於混亂狀態：比如李秀成和陳玉成多次作戰都出現不協調狀況，這無疑很大程度制約了太平軍的戰鬥力乃至戰鬥成果。

同時，天京之變逼走了石達開以及石達開旗下的大量精兵，這也在很大程度上削弱了太平天國的軍事實力。

石達開出走以後，最終流亡到四川地區，在大渡河附近被清軍消滅，而石達開敗亡沒多久，太平天國也隨之滅亡。假設太平天國沒有這一系列內耗，或許敗亡依舊不能避免，但最起碼可以多和清廷周旋很多年。

更為嚴重的是，天京之變的內耗，也讓太平天國失去了凝聚力。甚至當時很多基層的太平軍戰士都流傳這樣的歌謠「長毛非正主，依舊讓咸豐」。人心渙散也意味著，太平軍想在聲勢上恢復天京之變之前的狀態，也是萬萬不能的情況。

反倒是清朝，雖然嚴重腐化，但是在行政運籌這方面，還是要強於太平天國的。尤其是二次鴉片戰爭結束以後。

3、列強幹涉

二次鴉片戰爭結束後，清廷從咸豐朝廷更新為同治朝廷。和咸豐帝仇恨西洋文明不同，同治朝廷的實際上的最高話事人當時願意面對現實，於是推行洋務運動。在洋務運動下，清軍的軍事實力得到提升，與此同時，列強也相對認可清廷對中國的代理統治，所以在態度上開始傾向清朝。就這樣，太平軍遭到了洋務運動加持下的清軍絞殺的同時，又需要面對洋人的壓力。

本來就處於內訌、精銳消耗殆盡的太平軍，突然遭到了對手綜合實力大幅度上升的局面。其敗亡當然是必然的事情。