巴黎大學成立之初，法蘭西國王經常對其放任不管。隨著羅馬教權日漸式微，王權日漸強盛，國王逐漸控制了巴黎大學，逐步授予巴黎大學更多特許權。菲利普四世重申巴黎大學之前的特許權。法蘭西國王有其自身的政治和宗教目的，即君主的政治抱負，學者的個人魅力，王侯的聲望渴求，大學給王國帶來財富、榮耀和知識，為王國培養出一批世俗高級官員。因此，他們希望像統治自己領地上的居民，對其統治領域的大學成員行使自己的權威。
菲利普二世特許狀
根據現有文獻資料顯示，1200年，菲利普二世授予巴黎大學特許狀，是法蘭西國王授予巴黎大學的第一則特許狀。當國王看準大學發展所帶來的經濟效益和滿足其統治所需的人才，積極參與大學建立和發展。面對巴黎城教師和學生的請願，他主動地授予巴黎大學特許狀，給予巴黎大學諸多特許權，把大學置於自己的羽翼之下，促進巴黎大學繁榮發展。
巴黎大學與巴黎城的矛盾
巴黎是當時西歐最大的城市，巴黎城滿足巴黎大學發展所需的方方面面，比如衣食住行、學術自主和發展空間。所以，從來沒有人意圖把大學建立在鄉村或山中的要塞中。同時，巴黎大學可以為巴黎城創造不同的商機。
巴黎大學和巴黎城之間的矛盾和衝突具有必然性和普遍性，因為大學出現於巴黎城之中，巴黎大學的人數、質量和組織形式，使市府和城市居民感到不安和厭惡，酒館、妓院和遊戲場地成為流血鬥毆的高發場所。
但是，巴黎城市民與巴黎學者更多的時候是和平共處，兩者在一次又次的衝突和危機中總能找到妥協點，使兩者之間利益相互平衡。正是由於大學和城市之間的衝突才促使大學爭取更多特許權，實現學術自主和內部自治。這種自治從本質上講是一種生存和發展。
權力衝突
經濟復興促使中世紀歐洲城市興起。在法蘭西自治城市中，巴黎城的地位極為特殊。從10世紀晚期，卡佩王朝國王選定巴黎為王廷所在地，巴黎城的重要性與日俱增。自11世紀起，為了吸引商人或者市民前來巴黎城，推動城市擴建，促進貿易發展，領主間相互競爭，並頒布特許狀，讓渡一些權利。
巴黎城市民原來是封建社會的一部分，由於經濟發展，漸漸與封建社會制度漸行漸遠。巴黎城市民要求人身自由，設置特別法庭，要求在城市中建立治安，要求廢除與從事商業和手工業以及占有和獲得土地最不相容的那些捐稅，要求實現相當廣泛的政治自治和地方自治。
巴黎城逐漸取得這些特許權，它創造了一定的自由的空間，並不斷地擴大。正是因為這些權利，城市市民被承認是一個法律的主體，城市居民享有了某種程度上的自由。在封建社會框架中，自治權相當於貴族和教會的豁免權和特殊的社會地位。
市民社會明顯區別於封建和教會所建立的社會秩序，是在於它孕育和加強了西方世俗的自由權利。巴黎大學特許權經過長期積累之後，使其成為巴黎城中一個享有各種特許權的法人社團，這就無形之中削弱了市民的權力，市民不願意看到巴黎大學學者凌駕於共同命運之上，不喜歡看到巴黎大學學者擺脫市民的管轄，巴黎大學特許權也往往成為其與市民之間衝突的根源。
學者數量和質量威脅城市治安
中世紀城市自身就是一個由本城市中的居民所組成的全城公社。市民們彼此熟識、互相信任和相互依賴，構成了城市中不可分離的部分，由此保證了城市治安的穩定。巴黎大學教師和學生的數量和質量，是一種令城市勢力感到不安的力量。在12—13世紀，巴黎城約有6萬多住戶，人口8萬。
學生的數量卻達到了3000至3500人，這沒有把學生所帶的僕役計算在內。學生和學生的僕役在巴黎城占據相當的比例。巴黎城市民與學生在精神層面的對立。當時巴黎城的學生幾乎是年輕的男子，年齡在十幾歲或者二十幾歲，正值放蕩不羈的年紀，來自於不同的階層。
他們有著自己的語言、文化和風俗習慣等等，尤其是年輕的神職人員享有教會特許權保護，無需承擔神職人員的職責，構成了一個躁動不安的群體。他們擾亂治安、酗酒、唱歌、起鬨、整日喧鬧不休、入室偷竊、攔路搶劫、姦淫和鬥毆，這種有傷風化的事例也屢見不鮮。
這些與巴黎城市民生活理念存在著一定程度上的差異，也打破了市民原有的生活環境和治安秩序，成為兩者衝突爆發的緣由。從一些文獻中可以發現巴黎市民對巴黎大學學生的負面評價較多。當時一首流行的打油詩是對巴黎城學生真實的寫照。
打油詩的內容是：「身在教堂，心在市場，或在飯桌，或在床上。」此外，歷史學家、樞機主教夏克·德·衛托利是一位以十字軍來剿減阿比爾教派的代表人物，也建議以同樣的方式來對付巴黎大學教師和學生。
夏克·德·衛托利還做出更進一步的抨擊：巴黎所有學生，不管是本地人還是外地人，除了讀書或聽課外，絕不從事其他事務。有的是為求知而學，這是閒事。有的是為聲譽而學，這是虛榮。有的是為謀利而學，這是貪財和買賣聖職。有的是為成己成人而學，絕無僅有。他們因派別或意見爭吵，地區不同導致他們分裂、怨恨和相互辱罵。
此外，巴黎大學校長雷沃斯廷對巴黎城學者的描述也十分尖銳，部分學者每天晚上全副武裝地在街上遊蕩，闖入民宅，在教堂院子裡放肆喧譁。每天都有人控告他們，原因是學者打人、撕爛別人衣服或剪短別人頭髮。有些學者夾刀帶棒遊走於巴黎城街道，他們大呼小叫，擾亂市民正常休息，肆意侮辱無辜路人。
這樣的描述過於浮誇，但可以看出市民與大學之間的衝突十分普遍，以至於市民對於巴黎大學學者生活的評價相當低。巴黎市民和學生有史可查最早的嚴重衝突發生在1200年。這次巴黎市民與巴黎學人共同體之間的衝突，使巴黎學人共同體取得第一份國王特許狀。
巴黎市民與學者衝突的經過
酗酒是巴黎城學者最為常見的不道德的行為。作為學者生活中的一項基本消遣方式，飲酒作樂是巴黎大學一種司空見慣的現象。不管是大學的重要事件，還是學者學術生涯每個階段的晉升，一般都要舉行酒會慶祝。巴黎城有不計其數的酒館，學者們常常在此流連忘返。不幸的是，在酒精催化作用下，學者情緒過度興奮，常常把一件小小的爭執升級為暴力衝突，最終釀成人員傷亡的悲劇事件。
總之，為了逞一時之快，巴黎大學教師或學生肆意妄為。一位日耳曼籍學生的隨從到小酒館中購買酒，因商家索價過高而與商家發生爭執，結果這位隨從遭到攻擊，並且受傷。於是，這位日耳曼籍的學生亨利·德·傑西亞便與幾位同鄉前往小酒館，不僅破壞了酒館，並且嚴重地傷害了酒館老闆。
為了報仇，酒館老闆便與幾位鄰居向巴黎城警長求助，在警長湯瑪斯的帶領下，對學生進行殘忍的報復行動，導致5名學生被殺，其中包括烈日主教候選人本人。隨後，巴黎大學師生便不分緣由地加入了這場動亂，聲稱為了保護學術特許權而終止一切課程活動，並威脅國王如不提供賠償、懲罰主事者和共犯，他們將集體離開巴黎城。卡佩王朝國王菲利普二世很快決定滿足教師和學生所有的要求。
菲利普二世對巴黎學人共同體的期許
菲利普二世會毫不猶豫地答應巴黎大學教師和學生的要求，是基於以下考慮： 其一，當時將近2500到5000的教師和學生居住在巴黎，其日常生活所需品為巴黎城的商人帶來不菲的經濟收入，同時也是國王稅收的來源之一，可以說是一項極大的經濟來源。如果不順應巴黎大學教師和學生的要求，不僅巴黎城會失去大量的學術人口，同時也會給市民和國王造成重大的經濟損失。
其二，如不能及時滿足巴黎城教師和學生的要求，動亂勢必擴大，國王必須動用更多人力進行鎮壓，需要花費更多的人力與財力以維護巴黎城安全。
其三，在巴黎城教師和學生遭到侵犯時，國王及時給予援助，將會使教師和學生更加體認到卡佩王朝對於學者的恩惠，以達到收攬人心的效果，彰顯國王贊助學術的雅譽。
其四，這是一個向教皇出擊的絕佳機會。與教團或主教控制的教師相比，巴黎學人共同體能更好地服務於國王。基於上述原因，1200年7月，卡佩王朝國王菲利普二世頒布特許狀，懲戒傷害教師和學生的主事者和共犯，支持巴黎學人共同體。