1399年，在議會支持之下，亨利·博林布魯克加冕為國王，史稱亨利四世，由此開啟了蘭開斯特王朝的統治。
亨利四世與大學特許權
在位期間，亨利四世一直受貴族叛亂和疾病困擾。在天時、人和、精力和財力欠缺的情況下，亨利四世沒有發動對外戰爭，而是關注國內高等教育的發展。亨利四世給予牛津大學的特許權，主要集中在司法管轄權和校長權力執行範疇。
設置執事法庭。1406年，亨利四世頒布特許狀，該特許狀規定：「如果特權階層以重罪之名被起訴，他們享有自首權。」
針對該特許權，1406年6月2日，牛津大學校長組建了一個新的管理機構，通常被稱為「執事法庭」，該法庭負責審理針對大學成員的重罪訴訟。目前，牛津大學仍然設有執事法庭。
設置執事法庭的原因
如果牛津大學成員犯罪，案件不適宜由校長法庭審判，那麼案件就由教會法庭審判。在多數案件中，犯罪者一般會被准許「自行滌清罪行」，贖罪方式是自願加入一組自願削髮的贖罪者團，發誓從此自己永不犯事。通過上述行為，犯罪者可以獲得保釋。
對於那些拒絕贖罪宣誓，或者沒有遵守贖罪誓言者，教會法庭可能處其以無期監禁，並羈押在主教監獄之中。在大多數案例中，大學成員選擇保釋。但是，在校長管轄區域之外，牛津大學成員觸犯法律，無法享有這種優待。因此，設置執事法庭變得十分必要，使大學成員免於被世俗法庭起訴、判決和監禁。
執事法庭的運行機制
執事法庭的負責人被稱為法庭顧問或者執事。牛津校長推薦法庭顧問，經國王批准方可任職。對於前來自首的特許權階層，執事法庭的審判遵循民事法程序，由陪審團進行審理。陪審團一半來自特許權階層，另一半來自按照地方習俗召集的市民。
設置執事法庭，進一步擴大了牛津大學司法權。牛津城市民要求廢除執事法庭，他們認為執事法庭違背了憲法精神，使犯罪分子逃避應有的懲罰。由於國王青睞牛津大學，市民的努力是徒勞的，這項特許權至今存在。
明晰校長權力執行範疇。1406年，亨利四世下令取消民事審判和刑事審判的限制。該特許狀規定：「凡是牛津城發生的有關學者的案件，即使是謀殺和故意傷害罪，均歸校長管轄。倘若不把學者案件移交至校長，將要受到罰款，一律罰款200英鎊，上交給國王100英鎊，另外100英鎊屬於大學。」
1411年5月13日，亨利四世頒布特許狀，該特許狀規定：「如果學者在牛津大學城周圍做出違法行為，牛津大學校長負責調查和審判，市長或執達官無權過問，只有議會才可以更改特許狀內容。」牛津城市民一直請願要求明確牛津大學校長權力執行區域，亨利四世徹底解決了此問題。
在法令中，亨利四世明確了牛津大學校長權力的管轄範圍，東至聖巴塞洛繆救濟院，西至博特利鎮，北至哥德斯托橋，南至巴格雷樹林。在上述區域內，校長可以執行以下權力。第一是行政管理權。校長有權設定麵包、啤酒、麥芽酒和葡萄酒的價格。校長有權制定和監督度量衡法定標準。校長有權沒收學者和市民攜帶的武器。校長對商業活動具有監管權，比如缺斤少兩、坐地起價和質次價高等。
校長監督牛津城市民清理街道。第二是司法管轄權。當市民和學者發生衝突時，無論是民事案件還是刑事案件，只要發生在校長管轄範圍內，除極個別情況外，校長法庭皆有權進行獨立審判。其中，百分之九十的案件都會訴諸於仲裁，也有一些案件在校長支持下雙方達成和解。校長法庭擁有調查牛津城內道德風氣的權利，重點關注對象是賣淫、招妓和嫖娼。
校長法庭不僅有權向市民徵收罰金，而且還可以把違法亂紀者暫時、長期甚至終生驅逐出城。在中世紀，驅逐、罰款和宗教救贖是最具有威懾力的懲罰措施。在中世紀法律體系中，驅逐是對犯罪者最為嚴重的懲罰。
這些懲罰措施主要是達到讓違規者蒙羞的目的。根據1890年《牛津大學法》，牛津大學校長法庭的宗教管轄權被廢除。此後，該法庭的刑事案件審判權也被廢除。
亨利四世以法令形式確認了牛津大學校長職權，明確規範校長權力執行的區域範疇。從亨利四世之後，牛津大學特許權開始走向衰落。
英法百年戰爭以英國失敗而告終，戰爭給牛津大學帶來了嚴重的消極影響，它從國王和教皇手中獲得的特許權難以為繼，牛津大學教師和學生陷入困境。與此同時，市民階層逐漸崛起，在政治舞台上發揮著越來越重要的作用。
英法百年戰爭催生了歐洲人的民族主義情結，急需通過各種途徑加以宣洩，牛津大學自然而然地成為宣揚民族情感和地域精神的重要源頭。
15世紀中後期，以市民階層為主體的下院獲得立法權，成為制約王權的一股力量。1485年，亨利七世重申了牛津大學所有特許權，並承諾保持與先王同樣的友善，條件是大學恭順地服從。
1498年，為了防止牛津大學教師和學生依仗司法特許權連續犯罪，亨利七世頒布的特許狀規定，如果牛津大學教師和學生首次犯罪，可以由教會法庭審判。
為了避免牛津大學教師和學生肆無忌憚地犯罪，根據所犯罪行，罪犯左手拇指刻上字母，從M到T進行區分。根據1559年的《至尊法案》和相關信仰條例，王國所有的人都要信奉安立甘宗，牛津大學把非英國國教排斥於校門外。
在1564至1565年間，伊莉莎白女王頒布《伊莉莎白法令》，該法令細緻地規定了牛津大學教師和學生閱讀書籍、課程內容和學位授予要求等，進一步削弱了牛津大學自治權。
中世紀歐洲大學的發展
巴黎大學和博洛尼亞大學自發形成的，要麼依附於教權，要麼依附於王權，在神權和王權鬥爭的夾縫中生存與發展。
正如英國歷史學家艾倫·鮑爾弗·科班指出：「中世紀大學是在衝突中不斷發展，抗爭伴隨著大學每個發展階段，大學通過教權和王權的特許狀取得合法性認證，教權或王權賦予大學諸多特許權，特許權保障大學自治，大學竭力維護自治。」牛津大學形成和發展路徑也是如此。
關於牛津大學的創建形成了三種觀點，分別是神話傳說、遷徙而成和自發而成。根據現有史料分析，牛津大學是自發而成。首先，牛津城自然環境優越、交通便利和豐富且廉價的食物。其次，充足的師資和生源是牛津大學得以創建的重要條件。
教師們絡繹不絕地來到牛津城講學，教師們吸引了無數追隨的學生。最後，國王和教皇授予牛津大學特許狀，使其取得法人身份。因此，牛津大學是自由生長起來的，並非遷徙而成的。
由於地理因素和英格蘭王權強盛，羅馬教廷很少干涉牛津大學事務。牛津大學屬於林肯教區，林肯主教常常干涉牛津大學事務，兩者之間矛盾不斷。在大多數情況下，羅馬教廷調解牛津大學和主教之間的矛盾。
其中，1214年，英諾森三世授予牛津大學特許狀，是牛津大學最早的官方文件。該特許狀源於1209年牛津城與大學的衝突，該特許狀明文規定了牛津大學校長任命方式、校長職責、房屋租賃特許權、資助貧困生和商品共同定價權等等，特許權促進了早期牛津大學的發展。
自13世紀至15世紀，國王把牛津大學視為自己的直屬封臣，或者是親密寵臣。在處理牛津大學與牛津城的衝突時，國王往往偏袒牛津大學的教師和學生授予牛津大學各種特許權，以法律的形式確認牛津大學所持有的特許權，使其以相對對立的學術王國的形式存在於世，保障了牛津大學的自治和自由。
國王處於維護牛津大學特許權的核心地位，有必要時也從羅馬教廷中獲益。牛津大學在這種安全環境中平穩發展，並逐漸凌駕於牛津城和市民之上。牛津大學的自治地位不斷提升，但是國王也不斷藉助各種方式加強對牛津大學的干預。
總之，中世紀牛津大學的發展史，是一部牛津大學自治史。自牛津大學創建之初，它向教權和王權爭取特許狀，並取得各種特許權。作為獨立法人社團，牛津大學妥善處理同教會、教皇、國王和城市之間的關係，有權獨立自主處理大學內部各項事務。牛津大學自治精神一直延續至今。
大學興起於歐洲中世紀，其興起是諸多因素交織的結果，其形成方式分為自發而成、遷徙而成和創建而成。
12世紀至13世紀，為了生存、發展和維護權益，義大利博洛尼亞城、法國巴黎城和英國牛津城教師和學生效仿商業行會或手工業行會，自發組成學者行會，亦稱學人共同體，故學者行會是一個由教師和學生組建的鬆散社團。
學者行會對內實施自我管理，維護本行會的秩序，對外保護學者行會利益不受侵犯。教師和學生以行會模式適應了時代發展，使其在王權和教權的夾縫中艱難地生存和發展。
因此，學者行會是歐洲大學最初的形態，或學者行會是12—15世紀歐洲大學最基本的組織形式。