英格蘭基因組學公司最近安裝了Sectra的成像系統，用於管理放射學和病理學成像數據，使其能夠訪問來自30多家英國國家衛生服務醫院信託的醫學圖像。這家英國公司旨在將數字病理學和放射學數據與其全基因組測序數據集結合起來，創建一個新的癌症多模式研究平台。
據英格蘭基因組學公司的臨床數據和成像主管Prabhu Arumugam，他也是一名病理學家，說，該公司對這一新興的數據資源有短期和長期計劃，但已經讓工業界和學術界的一些早期用戶訪問了它。起初，研究將集中在將眾所周知的癌症相關變體，如HER2，與從患者身上收集的相關成像數據進行關聯。另外，研究人員希望通過在未來結合成像和基因組學，臨床醫生將能夠改善診斷，並對治療做出更明智的決定。
Arumugam說：「這可能需要幾年的時間來了解數據集的全部內容。」
英格蘭基因組學公司目前的計劃是開始研究有效的癌症生物標誌物。展望未來，研究人員可以跟蹤通過磁共振成像捕捉到的疾病進展，回顧其DNA的任何變化，然後利用這兩個數據源為新的診斷方法提供信息。
「它變得非常有趣，因為我們可以使這對腫瘤學家和個別患者有用，這將是我們和癌症界的一大步。」
總部位於瑞典Linköping的Sectra長期以來一直向英國國家衛生服務機構提供其圖像交換門戶。該系統的核心是有一個供應商中立的檔案，使用戶能夠將各種成像數據整合到一個地方。為了方便向英格蘭基因組學公司傳輸NHS的病理學和放射學圖像，該公司去年決定安裝Sectra系統，安裝工作已於上個月完成。相關合同的金額沒有披露。隨著圖像交換門戶的安裝完成，英格蘭基因組學公司已經開始將自己的全基因組測序數據與從NHS獲得的成像數據聯繫起來，以建立其平台。
據Arumagam稱，32個NHS信託機構將使用Sectra圖像交換門戶提供實體瘤數據。信託機構是NHS的一個單位，服務於一個特定的地理區域或在某種程度上是專門的。英格蘭基因組學協會將能夠訪問其癌症隊列中16000名參與者的大約25萬張病理圖像和20萬張放射學掃描圖像。所有的圖像都被數位化並去掉標識，以便由國家病理成像合作組織（NPIC）進行分析，這是英國去年開始的一項病理圖像數位化的舉措。
一旦系統中的放射學和病理學數據與基因組學數據相匹配，多模態數據將被研究人員用來調查和確定癌症診斷和治療的標誌物。為了保護參與者的身份，英格蘭基因組學協會以外的研究人員將只能獲得一個識別號碼、參與者的年齡以及收集數據的地點名稱。
Arumugam指出，Sectra系統安裝在亞馬遜網絡服務雲上，這將使英格蘭基因組學公司能夠擴大自己的研究工作，並使更多的研究人員能夠訪問基因組學、病理學和放射學數據，從而有可能導致新的發現，影響臨床護理。目前，只有少數用戶可以訪問這些數據，儘管英格蘭基因組學公司計劃在未來幾個月內再加入大約半打用戶。
掃描本身提供了對疾病進展的洞察力，從診斷到手術和化療，這意味著研究人員可以看到腫瘤大小與治療之間的關聯。
Arumugam表示：「我們可以問，基因組標誌物和我們在掃描中看到的東西之間是否有關聯。但也需要注意，研究人員需要一兩年的時間才能在縱向疾病發展的背景下理解基因組學數據。」
英格蘭基因組學公司可以說是全球首屈一指的基因組學研究機構之一，它成立於十年前，負責監督10萬個基因組計劃。Arumugam三年前加入該公司，監督其向醫學成像領域的擴展，作為建立癌症研究多模式數據集的努力的一部分。
雖然基因組學在英國醫療系統中的部署仍在繼續，特別是通過NHS基因組醫學服務，但Arumugam說，數字病理學在英國的推廣「仍處於起步階段」，儘管他認為NPIC對病理學家進行了新平台的教育，並為一些人提供了掃描儀。該國一直在投資人工智慧和數字病理學，2018年，它投資了5000萬英鎊（6400萬美元）來支持英國各地的五個中心。
然而，這些新技術的發展讓一些放射科醫生和病理學家感到擔憂，他們擔心從新的多模態數據集等資源中開發出來的基於人工智慧的工具會減少對他們工作的需求，不過Arumugam強調情況並非如此。
「我們把這看作是一種研究資產，需要時間來了解它的價值，與人們所擔心的相反，這些數據一開始將更有可能被用來支持治療決策，以及用於臨床診斷。這就是我們希望這個數據集能夠幫助臨床醫生、學術界、製藥業和工業界的地方，以加快他們的知識和加快[開發]他們的工具。」
據Sectra執行長Torbjörn Kronander說，他的公司與NHS的合作關係可以追溯到幾十年前。例如，該公司去年宣布了與東薩福克和北埃塞克斯NHS基金會信託基金以及西薩福克NHS基金會信託基金的交易，「我們在英國有很大的影響力，在NHS有很多客戶。」
對於與英格蘭基因組學的新夥伴關係，該公司將提供基於雲的數據存儲和管理服務，鑑於基因組學和成像數據的規模，這將是一個巨大的挑戰。
Konander說，與英格蘭基因組學的關係對Sectra來說是「重要的」，因為它將使瑞典公司能夠從世界上最大的隊列之一中學習，「我們希望這能成為我們未來可以發展的夥伴關係。」
Sectra在使其成像平台對基因組學研究人員有用方面有經驗，並在去年創建了一個專注於基因組學的新業務部門，他在當時的一份聲明中說這符合該公司成為「診斷信息技術領導者」的雄心。當時，Sectra還與賓夕法尼亞大學的科學家圍繞開發管理基因組學和成像數據的系統展開了合作。
Kronander說：「我們確實有很多處理基因組學數據的經驗，分子病理學家想知道標本中的測序數據是來自哪裡。可能是種系DNA或體系DNA，我們可以幫助他們回答這些問題。」
Sectra與賓夕法尼亞大學的合作夥伴正在開發的功能還沒有提供給英格蘭基因組學公司，但Kronander說這些功能將來可能會提供給該公司。此外，他強調，Sectra與賓夕法尼亞大學和英格蘭基因組學正在進行的工作是醫療保健產業化大趨勢的一部分。
「工業化可能聽起來很冷硬，但我們所做工作的並不是這樣，醫學工業化意味著以可承受的價格提供可重複的質量，護理可以對患者儘可能地好，對提供者來說仍然是有效的。」
然而，實現這一目標需要時間。對於英格蘭基因組學來說，當前的目標是準備好一個數字圖書館，其中包括在雲端提供的基因組學、病理學和放射學圖像。Arumugam還希望今年在英格蘭基因組學的多模態癌症數據環境中至少有10個用戶，「我們的大目標是引進圖書館，引進早期用戶，並推動診斷工作。」
Arumugam補充說，早期用戶還將幫助英格蘭基因組學公司確定可能需要哪些工具來幫助研究人員瀏覽數據集，「我們在明年將學到的是如何做一個端到端的分析管道，以及如何使這個平台可用和可共享。」
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原文連結（英文）
https://www.360dx.com/diagnostics/genomics-england-partners-sectra-combine-genomics-digitized-medical-imaging-data#.ZA6ClXZByXc
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