對於馬尼拉的守軍來說，狀況已經變得越來越糟糕。由於其在呂宋島的全部交通都因為菲律賓游擊隊對馬尼拉的包圍而中斷，馬尼拉城的所需物資只能全部依靠海上運輸來供給,然而杜威嚴格的海上封鎖政策已經完全阻隔了馬尼拉同外島的海上聯繫，使得馬尼拉城與外界的物資供應渠道已經完全被切斷。
早在五月間，菲律賓總督奧古斯丁就通過英國領事羅森·沃克向杜威表示了願意投降的想法，然而當時杜威斷然拒絕接受他的投降,因為那時杜威還沒有力量占領馬尼拉，擔心如果接受西班牙人的投降，將有可能最終讓馬尼拉落入菲律賓人的手上，而菲律賓人占領馬尼拉之後,就有可能在城內對西方人採取復仇和掠奪政策。
七月,由於英國領事羅森·沃克已經身患重病而不久於人世，奧古斯丁轉而請求比利時駐馬尼拉領事愛德華·安德利作為中間人，再次向杜威表達了願意投降的建議，但是這一次梅里特卻對西班牙人的投降誠意表示了懷疑，依然拒絕了西班牙人的投降。
七月底，奧古斯丁被西班牙政府撤除了總督的職務，原因在於他寫信給西班牙政府，表示了他對馬尼拉目前的局勢嚴峻的擔憂，對其防禦現狀的絕望。
他認為，目前西班牙駐馬尼拉的軍隊已經趨於崩潰，物資供應嚴重短缺，然後隨著在馬尼拉附近登陸的美軍數量在迅速增加之際，此時卻又獲知原本來支援菲律賓的卡馬拉艦隊返回了西班牙,奧古斯丁頓時陷入了徹底的絕望中，他宣布自己拒絕對目前的狀況承擔任何責任。
此外，西班牙議會也接獲一則情報，說奧古斯丁也和菲律賓游擊隊的領導人曾取得過聯繫,情報說奧古斯丁有可能在不放一槍的情況下，向菲律賓人或美國人投降，因此西班牙政府將其就地免職，其職務轉交給其副手費爾明·若登內茲。
接任職務的若登內茲同時接到了從國內發來的命令,讓他堅守馬尼拉，不得投降或從馬尼拉撤出，因為即將開始的巴黎和談將會受戰爭結局的影響,包括菲律賓在內的各個戰場的勝負狀況將決定談判雙方在和談中的談判地位。
西班牙因此希望若登內茲能夠保住馬尼拉，但是若登內茲卻依然延續著前任的政策，保持著同安德利的協談，並且在一系列談判中也已經取得了進展。在談判中，若登內茲指出西班牙政府要求自己不得主動向美軍投降，因此只有遭到美軍的攻擊，才能選擇「被迫投降」。
雙方達成協議，若登內茲承諾馬尼拉的岸防火炮艦隊不會對準艦隊開火，杜威則保證當美軍向馬尼拉發動進攻時,杜威艦隊不會向馬尼拉城內開火。雙方秘密約定，一旦美軍發起進攻，西班牙將會放棄馬尼拉城的外圍防禦工事，退回到馬尼拉城內，美軍則不再猛烈攻擊馬尼拉城。
若如選擇投降，美軍的「奧利匹亞號」上將會在雙方約定的一個時刻升起一面表示信號旗，信號旗上顯示為國際代碼「D.W.H.B",意即要求西班牙人立即「投降」,而西班牙人則會在馬尼拉城城牆上的某個特定位置升起一面白旗作為響應。
雖然就有關投降的條件，雙方還沒有達成明確的協議，但是杜威和梅里特明確告知若登內茲，西班牙人投降之後是否能得到美軍寬大政策，在很大程度上取決於西班牙人是否只進行短暫的抵抗。
整個談判一直持續到美軍發動進攻的前一天，雖然西班牙人意識到他們現在除了投降別無他路，但是他們依然決定為了免於西班牙政府的苛責，不能不加抵抗就直接向美軍投降。
1898年8月7日，梅里特和杜威聯合向若登內茲發表了通牒，要求西班牙在48小時內投降，否則美軍將會發起進攻，「自你方收到本函之時算起的48小時之後，美國陸海軍將可能在任何時間對馬尼拉城防工事發動進攻，如有必要，進攻時間也可能將會提前。
我們發出本通牒的最後目的，是希望您能有機會將所有的非戰鬥人員從馬尼拉城撤出。」面對梅里特和杜威的通牒，若登內茲當天就對梅里特和杜威的最後通牒予以了回復，他懇請美方，自己沒有辦法轉移非戰鬥人員。
「我很榮幸地通知閣下，我方已於今天中午12點半收到了貴方的最後通牒，貴方知會我方，將會在48小時後或稍早時間，如果二位將軍麾下所屬將對我軍發起動攻擊，就意味著將向我方這座設有城防工事的城市發起進攻。
您的公告傳達給我，意即希望能夠確保城市內非戰鬥人員的安全。我向您的崇高行為表示感謝，您的行為體現出來的您內心的人道主義信念。但是我方目前的處境是，環顧四周，我方已被菲律賓起義軍所包圍。
除了馬尼拉的城牆外，我已經沒有其他地方可以收容與日俱增的傷員、病人、婦女和兒童。若登內茲向杜威和梅里特著重強調自己迫於無奈，已將城內傷病號和婦孺安置在城牆之上，防止美軍炮轟馬尼拉城。
若登內茲之所以這麼做，是他希望藉此來為自己贏得時間，減緩美軍可能對馬尼拉發動的攻擊。看到若等內茲如此的回答,杜威和梅里特的第二封通牒的語氣，相比前一封，已經發生了不小的改變。
「萬一出於戰爭的需要，我們必須要摧毀傷員、婦孺所聚集的城牆上的那段工事的話，那麼呆在城牆上的他們所將遭受的苦難自然無法避免。然而另一方面卻希望能將我們對閣下的憐惜順利地傳遞給您，您能在損失了整支海軍艦隊，又再無救援希望的情況下還能表現出的堅定意志和頑強的抵抗讓人深表同情。
因此,在不影響閣下所表現出的崇高榮譽感和責任感的前提下，我們認為，隨著對您城市各個陸地方向包圍的兵員數量在不斷增加，橫亘在您面前的還有一支強大的艦隊，您已沒有獲得任何增援和援助的希望。
如果我方開始發動攻擊，出於人性各個方面的考慮，您都不應該讓您的城市遭到恐怖的轟炸。根據我方的要求，馬尼拉市和你麾下的所有士兵必須向我方投降。收到這封措辭已顯強硬的通牒之後，若登內茲隨即召集其下屬召開會議來討論相關對策，與會人員最後舉行投票，參會的14人中有7人投票同意立即和談，7個表示反對。
若登內茲最終決定繼續採取拖延政策。若登內茲向美軍提出自己尚未得到西班牙政府的授權,因此希望得到允許能夠使用香港的海底電纜而與馬德里取得聯繫之後再做答覆。8日，若等內茲向杜威和梅里特又發出了一封信函，詳細說明這一要求，以求換得更長的時間。
「我已收到閣下所發給我的信息，您希望為了我和您所共同堅守的人道主義信念,我應當帶領我的這座城市和我的所有部隊向您投降。為此，我已經轉就您的提議而召集了我們防禦委員會的所有成員舉行了會議。
然而，會上所達成的決議是我們無法同意您提出的建議，但是正如您所說的我們城市目前所處在這種最為特殊的處境之中，不幸的是,這一點我完全贊同,因此我希望閣下能夠寬有給我一些必要的時間，讓我能夠通過香港與我國政府取得聯繫，向他們徵詢該如何定奪。」
針對若登內茲關於這一提議遭到了杜威和梅里特的拒絕。10日，在給若登內茲的回函中，梅里特和杜威答覆到「就您提出希望我們在為您延長最後期隈的請求，我們謹以此函件通知閣下，我們對您上述要求的答覆是，我們拒絕延長給您的最後期限。」
儘管西班牙人拒絕了投降，但是自8月7日收到美軍的第一次通牒，西班牙的城防工事和美軍的陣線上實際上就停止了相互炮擊，西班牙也未再在夜晚發動炮擊。杜威仍未放棄和談的努力，他通過比利時駐馬尼拉的領事愛德華·安德烈與若登內茲取得聯繫，並通過這一私人渠道，再次提請若登內茲考慮他提出的有關西班牙人向美軍投降的建議。
若登內茲這次並沒有斷然拒絕杜威的要求，他同意考慮杜威的提議，但是堅持他必須要保衛這座城市以捍衛西班牙人的榮譽。
若登內茲之所以轉變態度，除了意識到自己已經難以抵禦美軍的進攻以外，更讓若登內茲茨擔憂的是，菲律賓軍隊已經來到馬尼拉城附近,若登內茲擔心如果最終他不得不向菲律賓人投降的話。
這將會讓菲律賓軍隊進入到馬尼拉城內，而他們出於殖民政府曾經對他們的盤剝和壓榨政策，出於報復，菲律賓軍隊將有可能會對城內的西班牙居民實施殘忍的政策，而如果殖民政府選擇向美國人投降，就可以共同將阿奎納多的隊伍拒之城外，確保這些西班牙官員的生命、財產安全。
9日，美軍開始做出將向馬尼拉發動攻擊的準備。他們通知其他國家依然滯留在馬尼拉附近的戰鬥人員和停泊在馬尼拉港口附近的難民,讓他們迅疾離開戰場。
德國和法國的軍艦停泊到馬尼拉城以北的位置，而英國和日本的船隻則停泊在甲米地港口為了確保最後的馬尼拉城攻防戰不會受德國人的干涉,杜威派遣「康科德號」和「海燕號」帕西格河河口的防波堤一英里左右的地方，這裡離德國軍艦下錨處不遠，用來監視德軍的動向。
10日上午，所有戰前準備都已經基本就緒，杜威艦隊準備向馬尼拉港口進發。然而，梅里特將軍突然登上「奧林匹亞號」上，告知杜威，第八軍這時還沒有準備完畢，因此梅里特和杜威決定將發動進攻的時間予以推遲。
兩天之後，即8月12日，美軍宣布將在次日發動對馬尼拉的攻擊。當夜，天空飄起陣雨，空氣悶熱難耐。13日凌晨，天氣開始轉晴，悶熱天氣得以部分消解。8點45分，甲米地內的杜威艦隊啟程向馬尼拉進發，各艦進入到預定的戰位:「
查爾斯頓號」、「波士頓號」和「巴爾的摩號」停泊在盧內塔炮台)附近，「蒙特利號」的戰位則用來對準馬尼拉市區內的炮台，「奧林匹亞號」、「雷利號」、「海燕號」、「卡亞俄號」和「麥卡洛克號」則對準阿巴德要塞，這個位置極為重要，不僅能壓制住這個要塞的炮火，並且能夠對整條西班牙的防線實現縱向射擊。
與美艦同時啟程的還有奇切斯特所率領的兩艘英國軍艦「不朽號」和「伊菲格尼亞號」，兩艘英艦停泊在美艦和德艦之間，這其實也就確保了杜威艦隊左翼的安全。當各艦分別進入自己的作戰位置之後，上午9點35分鐘，各艦的輔助艦炮對準各自的目標開始炮擊，整個炮擊時間持續了大約一個小時，在此期間，西班牙人的岸防工事沒有任何還擊。
在艦炮的掩護下，美國第八軍從兩條戰線同時由南向北向馬尼拉發動了進攻,格林所帶領的第二旅和麥克阿瑟所帶領分別從兩個方向向馬尼拉城靠近。雖然西班牙的抵抗比梅里特開始所設想的要頑強得多,但是依然無法抵禦住美軍的進攻而節節敗退。