在美國陸軍到達菲律賓之前，杜威鼓勵阿奎納多和他的革侖部隊同西班牙戰爭。6月1日,阿奎納多最為信任的夥伴，年僅23歲的格雷戈里奧.德爾.皮拉爾將軍,率領軍隊在馬尼拉以北的布拉坎地區登陸，不費吹灰之力就消滅了此地的西班牙軍隊，並進而開始向馬尼拉方向進軍。
同月，阿奎納多宣布組建菲律賓新共和國，而這支菲律賓人的軍隊也隨之成為了菲律賓共和國的正規軍。
但是，這支所謂的「正規軍」不僅缺少武器，而且也沒有嚴明的組織紀律。於是,阿奎納多參照歐洲人的軍事建制來組建這支軍隊，軍隊人數也漸漸達到了5萬人之眾。6月中旬以前，到達菲律賓的美軍人數有限，實力並不足以單獨打敗西班牙人。
菲律賓軍隊與美軍還有著共同的目標一打敗西班牙人,這成為雙方能夠站在一起的基礎。隨著西班牙的節節敗退，特別是在進入馬尼拉城的問題上,美國人對菲律賓人的歧視越來越明顯地表現出來。
在6月下旬，隨著遠征軍逐漸到達菲律賓，美國人同菲律賓人的摩擦逐漸增多。對於如何處理菲律賓人的問題，美國人並沒有明確的政策，也沒有考慮一旦西班牙人被擊敗之後，美國身在菲律賓將扮演什麼角色。「在這個政治掛毯上交織著美國軍隊對菲律賓人民的種族偏見，許多士兵認為菲律賓人民是低人一等的。
除了含糊不清的政治指示外，這種態度問題對未來美國同菲律賓人的關係將不是好兆頭。」雙方所表現出最明顯的分歧是，阿奎納多希望得到美國對於菲律賓共和國的承認，以及全力支援菲律賓共和國打敗西班牙。美國政府則不願承認任何形式的菲律賓政府，梅里特拒絕和阿奎納多有任何形式的會談。
8月30日，由於身體原因，梅里特被麥金萊召回國內，第八軍交由埃爾韋爾.奧蒂斯少將指揮。梅里特將作為巴黎和談委員會的代表，參與到同西班牙人的談判中,作為談判代表的梅里特向麥金萊建議，不能允許菲律賓共和國的部隊進入馬尼拉城，因為這樣將會導致在未來的巴黎和談時，菲律賓人也將有權利會作為談判的一方而參與到和談之中。
另一方面，隨著美軍逐漸推進到馬尼拉，菲律賓開始進入雨季,雙方在馬尼拉的火炮和步槍都不得不頻繁失效而需更換。負責進攻馬尼拉的格林不僅僅面臨著持續增加的傷亡人數,也開始面臨著新的危機。
菲律賓人最初對美國人的到來已經漸漸不再是欣喜地接待，轉而隨之美國開展的軍事行動,開始懷疑美國人來到菲律賓的動機,而菲律賓人也逐漸感受到美國人對他們的態度越來越敵對，阿奎納多在自己的敘述中，記錄下杜威態度的變化:
杜威曾經向阿奎納多表示，他喜歡阿奎納多的誠摯,認為美菲兩國人民「就應該以同盟者的態度來對待彼此」，美國人也以自己的名譽擔保，「將會承認菲律賓人未來的獨立地位」,但是隨著到達菲律賓的美軍士兵數量不斷增加,雙方的分歧日益增加。
美軍進攻馬尼拉城時，菲律賓人注意到馬尼拉城牆上的西班牙守軍卻「從未向美國軍隊開槍」，美國人要求菲律賓軍隊必須撤到菲馬尼拉郊區而不得進入市區,阿奎納多認為杜威的這種態度的變化就是受到了「帝國主義分子的慫恿」。
在對馬尼拉城的圍攻的問題上，雙方之間的矛盾開始顯露出來。在麥克阿瑟向馬尼拉城進發的時候,菲律賓共和國也希望參與到占領馬尼拉的軍事行動之中。麥克阿瑟認為正是菲律賓人的行為，造成自己部隊的行軍比原計劃要困難得多。
一方面他需要應對西班牙人的阻擊所帶來的日益增加的兵員傷亡,所面臨的最大挑戰確實要確保菲律賓起義部隊不會隨著美軍一同向馬尼拉進發離馬尼拉越近，麥克阿瑟的部隊與菲律賓打交道的次數就越多,因此他需要不停地提醒他部下，要確保菲律賓軍隊不會靠近馬尼拉。
美軍和西班牙在8月22日所達成的協議中，雙方雖然沒有作出任何明確承諾，但是他們約定，如果西班牙人投降的話，要確保菲律賓共和國的軍隊被阻擋在馬尼拉城之外。在馬尼拉城的西班牙人向美軍投降之後，美國要求菲律賓軍隊必須從馬尼拉周邊撤離，以防止兩軍交火。
雖然阿奎納多勉強同意了美國人的要求，他解釋自己之所以讓步，原因在於為了讓馬尼拉城的居民看見菲律賓軍隊所取得的戰績，以及看見菲律賓同美國的「親密同盟關係」,但是雙方仍不時有零星的摩擦發生。
面對這種威脅，讓杜威再一次不得不面臨著新的威脅。麥金萊政府原本希望停戰和約簽訂之後，就將杜威調回國內，但是杜威在8月20日發給海軍部的電報中，就婉拒了這一要求。「我相信現在沒有必要把我調回華盛頓，在目前情況危急的情況下，讓我離開此地，我將會悔恨終生。」
麥金菜和海軍部同意暫不把杜威調回國內，而就杜威對於目前馬尼拉局勢的看法能夠與梅里特酌情而定。在杜威看來，即使西班牙人被擊敗之後，馬尼拉依舊沒有實現絕對的安全，不安全的因素依然存在，在杜威看來，只有美國在菲律賓建立起民治政府，才能讓菲律賓人明確其未來的方向，也才能確保其安全。
正如杜威在1899年1月7日發給海軍部的電報所言，「儘管總統宣布了這項消息，然而菲律賓群島的局勢目前仍然極不穩定。依然還留在菲律賓的西班牙人仍在散布一些消息，說是西班牙人很快要回到這裡，當地居民被這些消息所誤導，他們既顯得興奮又害怕。
所以現在將這些西班牙人儘快遣返回西班牙,並且強烈敦促總統儘快派遣一個小型的民治委員會來協調這個社會中所存在的分歧,這個委員會應該是有擅長外交和政治的人員來組成。」總統很快批准了這一建議。朗在12日的回電中,告知杜威，麥金萊已經同意調派三位官員前往菲律賓，同杜威和奧蒂斯一起，共同組成五人的菲律賓管理委員會。
然而，僅僅一個月之後，美國人同菲律賓當地人的矛盾最終激化，並爆發了戰爭。次年2月4日，美國的一名哨兵打死了馬尼拉市郊德爾蒙特兵營內的一名菲律賓士兵，為時兩年多的美菲戰爭全面爆發。
但是對於身處菲律賓的美國人來說，造成威脅的還不僅僅是菲律賓人,在美國沿途占領的島國同樣給美軍的補給線帶了威脅。即使不放一槍就輕鬆獲得的關島，也沒有因為美國對當地的占領而很快穩固下來。
就在格拉斯帶領艦隊離開關島的幾天之後,曾在西班牙殖民政府任職過的菲律賓人何塞西斯托就放逐了波圖沙，成為新一任總督，但是很快當地人查莫羅人又將西斯托推翻，直到1899年1月，美國海軍重新抵達關島，打敗查莫羅人，西斯托才又重新成為關島總督。