決策機關

清朝的政治體制基本上沿襲明朝的君主集權制度，不置宰相，但先後有議政王大臣會議、內閣、南書房、軍機處等輔政機構。官員等級分九品十八級，每等有正、從之別。不在十八級別以內的叫做未入流，在級別上附於從九品。清朝制定內國史院、內秘書院與內宏文院等內三院為內閣，作為中央最高決策機關。設大學士滿、漢各二人，協辦大學士滿、漢各一人，學士滿六人、漢四人，下轄中央執行機關六部。內閣的地位雖高，殿閣大學士自雍正朝起為正一品官階，但實際權力比明朝小，掌握權力的機關會隨時代不同而改變。後金時期，議政王大臣會議是皇帝與王公貴族討論國事之處。

1631年皇太極為了中央集權，仿明朝制度設立六部與內閣以分議政王大臣會議的權力。入關之後，1677年康熙帝設立南書房，削弱議政王大臣會議權力，同時將外朝內閣的某些職能移歸內廷，實施高度集權。雍正帝為了西征準噶爾準備設置軍需處，雍正十年改稱軍機處。軍機處機構精簡，行政效率高，能迅速處理軍國大事，進一步加強君主專制主義中央集權。鴉片戰爭之後，為推行自強運動，先後於1861年與1870年成立總理各國事務衙門與北洋通商大臣，負責對外關係與自強運動的策劃與推行，成為自強運動期間最高行政機關。實施清末新政之後，1911年5月18日清廷宣布廢除軍機處，仿西方國家與日本實行內閣制，內閣總理大臣和諸大臣組成的內閣成為最高行政機關。

清初康熙帝一方面則通過各種手段限制滿洲貴族的權力，如剝奪各旗王公幹預旗務的權力，破除軍功勳舊諸王統兵征伐的傳統，削弱議政王大臣會議的政治影響等；另一方面提出要建立由皇帝個人獨裁的專制政體，天下大權當統於一，天下大小事務，皆朕一身親理，無可旁貸。若將要務分任於人，則斷不可行，亦表示：天下大事，皆朕一人獨任，康熙要掌管用人之權，以阻止朋黨的形成，免得鰲拜掌權時期結黨專權和罔上行私的情況再度發生，也為了防止不同派別黨派之間互相鬥爭。康熙帝確立的君主專制制度主要包括三方面：

用人之權、獎懲之權由皇帝親自控制，不許臣僚干預
通過特務統治、密奏制度，對臣僚實行嚴密的監督和防範
反對朋黨，嚴防臣僚結黨對抗皇權。

在明代，文人結社超出了文學和學術的領域而成為政治上的一支重要力量。清朝統治認為前朝文人團體的龐大和干政是明亡的重要原因之一。有見及此，清初統治者吸取前朝教訓，於順治九年（1652年）下令生員不許糾黨多人，立盟結社和所作文字不許妄行刊刻，違者聽提調官治罪。康有為對此作出評論，指出中國數千年來的黨派皆為君主所深惡，又以漢代黨錮之禍，唐代清流，宋代元祐黨籍碑和明朝東林黨為例。近代日本學者宗方小太郎評論：「（清朝）建國之初便多方預防弊政，防止禍亂於未萌狀態，其中如以法令嚴禁組織會黨，故在三百年之治世中黨禍頗少者即系此故。」

康熙帝確立的君主專制原則，被雍正、乾隆二帝繼承和發展，雍正帝的專制體現在他私派特務人員監視全國各地地方長官一切活動，許多地方官的私生活，連家裡的瑣事都瞞不過他。

學者錢穆從傳統夷夏之辨與近代民族主義相結合的角度強調清朝的斷裂性，在界定清朝的性質時以漢人文明的尺度衡量其價值的優劣，認為是滿人只有接受漢人的先進文化才能步入文明的境界，才具有延續前代王朝正統的資格，是近代史學中漢化論的表現。錢穆的論證基於傳統漢化的歷史觀，對滿人的統治評價負面。他引據革命家鄒容的《革命軍》的內容認為中國由漢唐等朝代的士人政權在清代變為部族政權，認為蒙古人和滿洲人變為中國內的特權階級或特殊分子。

亦認為清朝政權始終是維護和偏袒滿洲人，須滿洲人在後擁護，才能控制牢固，以及清朝的政治，制度的意義很少，法術的意義多，批評清朝政府發布最高命令的手續，比如他認為「寄信上諭」是清朝特有的，不按照中國向來的程序，而是直接由皇帝軍機處寄給受命令的人，旁人都不知道。他亦認為，清朝在政治上還限制發言權、結社和出版自由。在清朝，除了六部尚書和侍郎可以向皇帝講話，其他的不論什麼人都不許向皇帝講話，而一直得到中央重視的翰林院等，向來他們可以向政府講話的，但是到了清朝也不准專折言事。在地方上，只有總督、巡撫、藩台、臬台可以向政府講話，其他的府縣均不可，又認為在明代的布衣也可以直接向皇帝講話。他又批評在地方上，清朝也不允許民間有公開發言權。

在順治五年立在府學、縣學明倫堂里的臥碑就足可以證明。在當時府學、縣學都有明倫堂，清朝在每一個明倫堂里都設置一個石碑，而這個石碑不是豎立的，而是橫躺在那裡，所以叫臥碑。在臥碑上有三條禁令：第一，生員不得言事；第二，不得立盟結社；第三，不得刊刻文字。然而史學家徐復觀指出錢穆的「士人政權」說並不正確，因為政府的性質必須就權力根源之地是由誰來運用而言。

他亦指出通過《二十四史》一直到現代，都證明凡是站在平民的立場進入到仕途的人地位愈高，與皇帝愈接近，命運性的困擾、艱難必定來自專制的機構與專制的觀念。他批評錢穆對專制下的必然產物例如「外戚宦官」和漢代統治者的暴行視而不見，以及把中國歷史中成千上萬的殘酷地帝王專制的實例置之不顧，且根據《報任安書》，凡是皇帝親自交下與皇帝自己有關的案子，承辦的官吏決不敢問是非。

新清史學派認為，滿人採取的政治制度在明代的基礎下有所創新。比如軍機處就從帶有臨時性的純粹軍事諮詢組織轉變成了一種常規的政治治理機構，由此提高了統治效率。密折制度的建立完全改變了君臣之間相互溝通的傳統方式，使得君主控制臣下的能力大大增強。八旗駐防城使漢人人口占絕大多數的城市染上了頗為濃厚的異族色彩。內務府的設置與運行，嚴格了宮廷內部的禮儀規範，與明代的內廷制度有了本質的區別，宦官外戚干政的現象也由此完全絕跡。

西方傳教士如南懷仁等人記載康熙經常親身到各地巡視，以便了解百姓的生活情況和官吏們的施政狀況，亦會允許「最卑賤的工匠和農夫」接近自己，諭令衛兵們不許阻止百姓靠近，康熙會向百姓提出各種問題，包括詢問百姓對當地的官吏的滿意度，以便對官員作出獎勵或處分。另外，在清朝敢言且未被追究的學者有反對專制思想的袁枚、著書批評君權的唐甄、一道反朝廷的黃宗羲以及顧炎武等學者。

南書房

南書房於康熙十六年（1677年）設立，起初是康熙帝為了與翰林院詞臣們研討學問，吟詩作畫而設。因在乾清宮西南角特辟房舍故名南書房。由於南書房非崇班貴檁、上所親信者不得入，所以它完全是由皇帝嚴密控制的一個核心機要機構，隨時承旨出詔行令，這使南書房權勢日崇。南書房地位的提高，是康熙帝削弱議政王大臣會議權力，同時將外朝內閣的某些職能移歸內廷，實施高度集權的重要步驟。

軍機處

軍機處原稱軍需處，歷來被視為清朝的最高決策部門。雍正八年（1730年），清軍在西北與準噶爾激戰，為及時處理軍報雍正皇帝始立，雍正十年改稱軍機處。軍機大臣以下設章京等官，從六部員司和內閣中書里選用。章京的任務是繕寫諭旨、記載檔案、查核奏議，作軍機大臣的輔助人員。章京也是滿、漢人員各兩班，每班八人，各設一領班。章京參與機要，草擬聖旨，俗稱「小軍機」。

乾隆皇帝即位後服孝，安排數位「總理事務王大臣」進入軍機處，故改名總理事務處。乾隆二年（1737年）乾隆服滿親政，總理事務王大臣等自請罷職，恢復軍機處名稱，自此遂成定製，軍機處成為直接對皇帝負責的核心權力機構，滿洲議政王大臣會議的地位更被削弱至幾乎可忽略不計，政治權力全部掌握在皇帝手中，成為清代中央集權制度的頂峰。

《清史稿》記載，乾隆時軍機處雖然只有兩名漢人，但漢人的地位都很高，張廷玉是太保、大學士、三等伯，徐本是太子太保、大學士，高於除了鄂爾泰之外的所有同僚。至於鄂爾泰的地位之所以穩居軍機大臣之首，則與他在改土歸流、混一華夷過程中曾立下的功業恰成正比。到了清季，軍機處仍不改諸族合作之傳統，吳郁生、榮慶和世續等軍機大臣，在國勢陵夷的光緒與宣統時期，依然在默契地合作。

宣統三年（1911年）四月初十清廷宣布成立責任內閣，軍機處廢止。

責任內閣

宣統三年四月初十（1911年5月18日），清政府宣布廢除軍機處，實行內閣制，任命內閣總理大臣和諸大臣組成內閣。由慶親王奕劻組成中國歷史上第一個現代意義上的責任內閣。由於閣員中過半數為皇族，時人譏之為皇族內閣。當時的內閣學士李家駒指出：

當時中國唯一具有憲法性質的《欽定憲法大綱》並沒有規定皇族不能組織內閣。
日本憲法也沒有類似規定（李家駒曾充駐日公使和出使日本考察憲政大臣）。
奕勵內閣只是暫行閣制，具有過渡性質。

中國歷史學博士李細珠指出，與其說奕勘內閣是因皇族親貴太多，不如說是因清朝皇族親貴為滿族，滿漢矛盾才是問題的焦點。該內閣在辛亥革命後倒台，由袁世凱組成的新內閣所取代。

執行機關

與漢地地方行政制度一樣，清朝中央執行機關基本沿襲明朝體制，只有少量機構調整，大致上可以總結為七部院五寺察院兩府。

七部院包括六部（吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部）與理藩院，為清朝最高執行機關，各部長官稱尚書，副長官稱侍郎，以前尚書均由滿人擔任，順治元年（1644年）規定尚書及侍郎滿、漢各一，只有新設的理藩院因為與漢地事務無關而多涉及旗務，始終不設漢缺。

清朝以前的政治，因為政治的公開性和六部尚書是全國行政首長的關係，由外部送到內部的公事，都是先送到六部；而皇帝拿出來的公事，六部也一定要得先看，例如有關教育的公事一定要經過禮部，而不能由皇帝私下決定，到了清朝卻非如此。清朝的六部雖然沿襲明朝，但是清朝的六部的權力不如前朝，六部尚書更不能直接對部下發命令，而六部尚書也不是行政首長。六部的權限權力集中到皇帝手裡，同時還有滿漢之分，有一個漢人尚書，就必須有一個滿洲尚書，並且始終以滿尚書為主。

五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合為三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱為大理寺卿，也是九卿之一。其餘四個寺的卿職權較低。太常寺負責祭祀；太僕寺管理馬匹；光祿寺負責壽宴；鴻臚寺負責接待外賓。

都察院是最高監察機關，架構基本沿襲明制，以左院察京畿，右院刺外藩（故直省督撫均領右都御史或右副都御史銜），所不同者，隨著君主專制的高度加強，都察院的諫諍職能遭到空前削弱。因為同樣的原因，明朝具有批駁權和言官職能的六科也只餘下分察六部的監察職能，故於雍正年間被併入都察左院。為加強監督管理，凡天下文武官員，都要定期進行考察。規定三載考績，以定升降獎懲。京官叫京察，外官叫大計。對武官的考察，每五年一次，稱為軍政，由兵部主持。但是，不論京察、大計還是軍政，在實行中都是瞻徇情面，弊端叢生。後來更成為故事具文，走走過場而已。

內廷事務方面，鑑於明朝太監亂國，清朝皇帝獨創內務府以管理宮禁事務。其成員由內務府三旗（正黃旗、鑲黃旗、正白旗）的15個包衣佐領、18個旗鼓佐領、兩個朝鮮佐領、一個回子佐領和30個內管領的包衣及太監組成，其機構組織兼容清初內務府和十三衙門兩種制度的內容和特點，並最終形成以七司三院為主幹兼轄其他40餘衙門的龐大的宮廷服務機構。

宗室管理方面，清朝仍設宗人府管理宗室覺羅事務，但與明朝宗人府人浮於事只用於優待親王的狀況不同，由於八旗制度的存在，數量龐大的宗室覺羅成為清廷的核心軍事力量，管理他們的宗人府也成為重要的實權部門。

清末新政中，對此前的制度進行大量的改革，此前的七部院被改革為十一部，長官（國務大臣）均為責任內閣閣僚；大理寺改組為大理院，根據司法獨立原則不再是刑部的覆審機關，而是全國最高審判機關，與最高監察機關都察院同為全國最高司法機關。下四寺進行省革而歸入新官司，內務宗人兩府儘管保有舊時職權，但隨著軍制改革，權力也大為下降。

刑律

順治四年（1647年），《大清律例》編修完成。《大清律》基本上承襲《明律》的內容。後經康熙、雍正兩朝屢次增刪，並於雍正五年公布。但清朝最經常起作用的是例，而不是律。胡林翼說：《大清律》易遵，而例難盡悉。胥吏都諳熟例案，常可執例以壓制長官。清廷對各少數民族地區還有各種特訂的法律，如對蒙古族有蒙古律，對維吾爾族有回律，對藏族有番律等等。

清朝皇帝為打壓漢人反清復明運動與防止散播不利皇帝的消息，屢興文字獄以控制士大夫的思想。文字獄之案件常是無中生有，小人造謠所為。較大規模的文字獄甚至可以牽連多人受害。柳詒徵稱前代文人受禍之烈，殆未有若清代者。故雍乾以來，志節之士，蕩然無存。稍一不慎，禍且不測。順治四年（1647年），發生第一起文字獄函可案。一位法號函可的和尚因藏有逆書《變記》而被逮捕，後來流放到瀋陽。順治末年又發生莊廷鑨明史案，並驚動朝廷中的輔政大臣鰲拜等人。清朝諸例文字獄中，有名的有康熙時期的南山案、雍正時期的查嗣庭試題案和呂留良案等。

《劍橋中國史》評價：清代文字獄中禁止的大多數作品一直被保存下來，而大多數遺失的作品不在被禁之列。這可能是直到今天在許多國家看到的現象的又一種說明。一本被列入禁書名單的書，被認為有特殊價值，從而被小心地保存下來。禁令實際上是最有效的廣告形式。