元朝，統治者採取民族高壓政策，排斥漢人，致使社會動盪，民心浮動，內亂不斷，經濟遲滯，教育文化蕭條。在此大背景下，邑境亦受影響，各方面均進展緩慢。但相對而言，因邑境僻處東南沿海，遠離動亂地區，加上尚有部分較為清廉的官員執政地方，能採取一些措施，保護民力，完成一些農耕、水利、橋樑等公益性、開發性工程。
宋至元初，興化縣治原設仙遊縣游洋。由於游洋地處群山峻岭，山路崎嶇，只容行人挑夫跋涉，貨物交流不暢，經濟落後，人氣零落。但其境東部廣業里（今涵江區白沙、新縣、莊邊、大洋一帶)，有部分山間小平原，農產品和山貨較豐富，居民較集中，經濟較有起色。加上文化積澱深厚，特別是聞名史壇的鄭樵，使其境聲名遠播。這一「冷」一-「熱」的對比，使興化縣的遷徙勢在必行，順理成章。
皇慶元年（1312)，已在游洋苦熬300多年的興化縣治，終於遷徙到湘溪，隨後此地便被稱為「新縣」。可是，與莆田、仙遊縣治相比，湘溪充其量仍不過是彈丸之地，人口稀少，民間交易僅為數日一墟集，縣衙開支捉襟見肘，是個地地道道的「貧困縣」。至正十三年（1353)，知縣臧吉主持重建小縣衙，東為幕廳，西為庫房，中間為正堂，左、右兩廂為吏舍，並把制錦坊改為譙樓。至正二十年(1360)，知縣實克己和教諭李季昌主持重修縣學，以期中興山區教育。但在元政權的壓制和當地經濟、文化條件制約下，人才難出。在近百年的元朝，興化縣籍生員未有一人上進士榜。
元時，邑民自強不息，在與大自然搏鬥中，屢創佳績，最著名的是架設寧海橋。該橋位於木蘭溪入海口的橋兜(今白塘鎮鎮前村)，是溝通涵江與黃石、飭石、秀嶼的主要通道。此橋興建前,這裡僅有一處渡口，幾隻小舟，幾位躺公，一次僅能擺渡少量人貨，嚴重製約平原與沿海之間的人員往來和經濟發展。
元代中期，龜洋寺（今城廂區華亭龜山）名僧越浦，知難而上,主持興建寧海橋。為了籌集資金，他先在木蘭溪北岸蓋起一座吉祥寺(今尚存)，作為募捐和施工場所。元統二年(1334)開始興建。針對溪面寬闊、海潮落差大、地質鬆軟的特殊情況,越浦借鑑蔡襄修造晉江洛陽橋的方法，採用「筏型基礎」建橋基，並「種蠣於礎以為固」。即先用船運來大石塊，拋於墩址水下，形成沉降石基，再在石縫間廣種牡蠣。利用牡蠣生長過程形成盤根錯節的蠣殼，使石基連為整體，橋基更加穩固。之後，在橋基上建14個船形橋墩，工程最為艱巨的要數架石板梁，聰明的工匠利用海水浮力進行架設。漲潮時，運石樑的船乘潮而進，纜系橋墩，待退潮時，石樑自然落架在墩上。最終建成全長225米的興化路第一大橋。其高超的橋樑建築技術，顯示了境民的聰明才智。至今，它仍然在使用之中。
寧海橋建成後，成為溝通南北洋平原的黃金路，而且增加一條閩中通向莆田沿海、仙遊及閩南的官道。壯觀的寧海橋猶如一條長虹，臥波飛架木蘭溪。每當晴朗的早晨，佇立橋上,遠眺東方，但見一輪紅日，從海天之際噴薄躍出，萬頃波濤，閃金耀銀，極其壯麗輝煌。「寧海初日」因之得名，並躋身莆田二十四景之一。
在修橋的同時，延祐年間(1314～1320)，興化路總管郭朵兒重建望江里金墩陡門(今三江口鎮芳山村金墩自然村),陡門為雙門，左門闊0.99米，右門闊0.97米，為望江泄洪增加流量，保住望江里數千畝良田免受澇災。特別是延祐二年(1315)，郭朵兒主持修建新港陡門，其功最大。因新港地處太平陂、泗華陂、楓溪諸水交匯處，每逢暴雨季節，宣洩不暢,使周圍北洋數以萬畝計的良田浸淹。先朝數次在此建閘，均告失敗。郭朵兒下定決心，率眾興建，歷時數年，建成水泄，初解水患。延祐四年（1317)，擴建成可排可蓄的永久性陡門。門高3.59米，設雙門，每門闊2.21米。一閘雄鎮，萬畝無虞。至今，新港閘門仍作為北洋水系骨幹排洪工程發揮其作用。
有元一代,統治者排斥漢人，使邑民產生逆反心理,許多社境興建神宮寺廟，祈求佑境庇民。其中主要的有:僧孤峰、敬翁在至元二年(1336)，創建佑聖觀，後改名東嶽觀(位於江口鎮江口村)，該觀祀東嶽泰山神，典型反映漢人維護華夏文明的傳統觀念。現已列人莆田文物保護單位。
元朝實行的高壓統治政策，加劇社會矛盾，激化民眾的反抗情緒。邑境百姓亦舉起抗元義旗，並留下戰鬥遺址。如元末兵亂時期，鄉民為了自衛,在位於今涵江區莊邊鎮莊邊村五斗山上壘建五斗寨，寨踞山巔，圈地3300平方米，周長1800米，夯土牆，外砌石塊，高2.5米，寬1米，開有2個寨門。山寨據險而設，易守難攻，體現了境民保衛家園的頑強鬥志。
元末，興化路遭遇長達9年的亦思法杭兵亂，治所多次淪陷，興化縣治亦在劫難逃，一度被柳伯順兵攻陷，生靈塗炭。
至正十七年（1357)，在泉州經商的波斯（今伊朗)亦思法杭人寨甫丁、阿迷里丁等一夥，因協助元軍彈壓農民起義有功，被元廷任命為義兵萬戶，其所組織的軍隊稱「亦思法杭兵」。至正十九年(1359)，阿迷里丁及部下趁元末之亂，企圖割據自立。他率領亦思法杭兵，多次攻陷興化路，燒殺搶劫。其間，亦思法杭兵數次攻陷興化縣、涵江、江口等地，肆意洗劫，人民生命財產遭到巨大損失。在湘溪的興化縣治亦兩次淪陷，民眾大量外逃，使本已人口稀少的山區「十室五六空」。至正二十六年（1366)，亦思法杭叛亂最終被平息，但對興化路全境的禍害之烈，僅次於明代倭患。