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小夥伴們，大家好呀，很高興和大家見面，最近看到有果粉提問關於TCGA數據沒有正常組數據的問題，大部分的癌症數據的分組均是完整的，即均有腫瘤與正常組，對於有些特殊的疾病它僅保存了腫瘤分組數據，這時就需要用到另一個資料庫：GTEx。

今天呢我們來聊聊小夥伴們關於TCGA與GTEx資料庫的疑惑。走神的小夥伴，還沒有準備好的小夥伴，此時可千萬不能打瞌睡，說不定你的幾秒鐘的專注一不小心就能解決你心中的疑惑，快快來看這吧。

疑惑一：什麼是GTEx資料庫？

答：GTEx全稱是Genotype-Tissue Expression，稱為基因型組織表達。GTEx首次出現是2013年在Nature Genetics雜誌上發表的文章The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project中，該文中首次介紹了Genotype-Tissue Expression，並成立了Genotype-Tissue Expression Consortium。2015年發表在Science上標題為The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: Multitissue gene regulation in humans文章中。

為了檢查個體內組織之間的遺傳表達如何變化，基因型組織表達（GTEx）聯盟收集了1641個屍檢樣本，涵蓋了175個個體的54個體位點。2017年在Nature上發表了4篇文章，其中標題為Landscape of X chromosome inactivation across human tissues的文章，指出GTEx整合來自449個個體的5500多個轉錄組，29個組織的940個單細胞轉錄組，並結合基因組序列數據。我們可以使用該資料庫進行查詢幾乎所有轉錄基因的基因表達數據。

疑惑二：什麼時候用到GTEx資料庫？

答：在使用TCGA資料庫的時候，有些癌症的項目收納的正常組織數據是非常少的，換句話說就是有很多病人，但是這些病人的正常組織的轉錄組測序結果沒有。比如說卵巢癌，乳腺癌，這些疾病的正常組樣本非常少。此時我們就要去想辦法從其他資料庫著手找到正常組織的樣本數據，此時GTEx資料庫就是不錯的選擇，這樣在與TCGA數據整合到一起，樣本量就比較多一些了。

至此，今天的答疑就結束了，小夥伴們有疑問可以給小果留言，小果期待與各位夥伴的交流。

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