第二次世界大戰的爆發，阿爾及利亞的穆斯林與他們在第一次世界大戰中的選擇一樣，站在法國的一邊。但是德國迅速占領法國，並建立了維希政權。殖民地的居民普遍支持維希政權，對阿爾及利亞的猶太人構成了威脅。
維希政權對阿爾及利亞猶太人公民權的剝奪
阿爾及利亞政府大力執行維希政府實施的反猶法律，剝奪了阿爾及利亞猶太人的法國公民身份1940年6月，法德簽署了停戰協定，將法國南部置於維希政權的統治之下。維希政府在菲利普·貝當的領導下，保留了對法國殖民地的行政控制，包括阿爾及利亞、突尼西亞和摩洛哥。同年10月，維希政權將種族法引入北非地區，這些法律在北非地區以不同的方式實施。
儘管法國宣稱阿爾及利亞是其領土的延申，但很少有柏柏爾人和阿拉伯人被法國授予公民身份，因此這些人是法國臣民，阿爾及利亞猶太人則被歸入到另一個法律類別——法國公民。對於摩洛哥和突尼西亞，法國實行間接統治，法國政府通過駐軍行使權利，允許地方君主擁有名義上的權力。
在維希政府之下，反猶主義成為了一個官方的項目。維希政府進行反猶立法，不僅從義大利和德國的反猶立法中吸取了靈感，而且也從本國的反猶傳統中得到經驗。維希政府希望通過這種方式能夠保留一定的自治權。維希政府在1940年和1941年分兩個階段進行了反猶立法，這些法律完全是由維希政府制定實施的。
1940年，維希政府的第一項反猶太立法中對猶太人的定義比納粹的更為嚴格：如果（外）祖父中有三人為猶太人，或者配偶是猶太人，均可視為猶太人。在這部立法中，要求大幅減少猶太人對法國社會的參與，首先猶太人被排除在陸軍軍團和軍事職位、政府高級行政職位以及任何其他影響公眾輿論的工作之外。
與納粹的9月法令相比，維希政府這一法令具有如下特點：一是將更多與猶太人有親屬關係的人定位猶太人；二是有具體的限制猶太人的措施，這兩點，都是維希政府的創造。1941年的法令對猶太人的定義更為嚴格，並且呼籲將猶太人從工業、商業等職業中移除。據統計，「在1940年10月8日至1941年9月16日期間，法國官方公報上就發表了26項關於猶太人的法律、24項條例和6項命令，猶太人已經成為二等公民了。」
這對於法國猶太人來說是一種嚴重的倒退，他們自法國大革命以來被賦予的公民權被剝奪。在1940年10月3日維希政權頒布第一部反猶法令之後，四天後，維希政權以不願挑起穆斯林與猶太人的爭端為由廢除了《克里米厄法令》，阿爾及利亞的大多數猶太人不再是法國公民了。
其中規定：法令廢除後阿爾及利亞本土猶太人的政治權利參照本土穆斯林的權利，他們的公民和個人地位仍然受法國法律的管轄，那些1914—1918和1939—1940為戰爭服務的，和獲得軍事榮譽、獎章的，保留法國公民的政治地位。
其餘也有一些限制條款：對於那些認為自己對法國做出貢獻的猶太人想要保持原有的地位，則必須簽署相應的證明，而這項新頒布的法令適用於《克里米厄法令》的所有受益者及其後代，且這項法令將發布在阿爾及利亞的官方公報上。1940年10月7日的法律引起了嚴重的混亂。
例如，一些猶太人認為他們有權保護自己的全部公民權利，因為他們在1939—1940年為法國而戰。也許對猶太人來說，他們並沒有想到，在成為法國公民70年後，自己的地位再次變為殖民地的臣民，他們也沒想到，剝奪公民身份只是維希政府邊緣和迫害他們的第一步。
事實上，德國並沒有要求維希政府將反猶法令延伸到北非地區。維希政府此舉一方面是受法國傳統的反猶主義影響，另一方面是為了證明自己對阿爾及利亞仍然有絕對的霸權。包括阿爾及利亞在內的法國猶太人被禁止以任何公共身份工作。猶太人被開除軍隊（少數退伍軍人除外）、公共行政部門、公務員和教師行業（但他們被允許繼續在猶太學校提供教學）將每個行業的猶太人人數限制在總數的2%。
此外，維希政權將法國猶太學生（包括阿爾及利亞的學生）的百分比限制在14%，最終完全禁止他們接受公共教育。這些法律在阿爾及利亞得到了嚴格的執行，對許多自願融入法國的阿爾及利亞猶太人和猶太家庭產生了很多負面影響。維希政府並不是制度反猶的源頭，法國有著悠久的反猶傳統，阿爾及利亞的反猶主義也並非突然爆發，殖民地長期的反猶運動為維希政府的法令提供了一個良好的環境。
阿爾及利亞猶太人在這些反猶法令的影響下，逐漸被推到了法國殖民社會的邊緣。阿爾及利亞的猶太社區面臨著困境。在這種情況下，猶太人展現出了自己強大的韌性，猶太社區為阿爾及利亞的猶太的貧困家庭提供經濟支持、醫療照顧和教育資源。
1941年11月25日法國關於猶太人財產的法律擴展到了阿爾及利亞，實質上是剝奪了猶太人擁有房地產的權利，行政長官擁有了管理猶太人財產的權力。1942年，維希當局建立了阿爾及利亞以色列人總聯盟，這是一個社區管理機構，作為維希政府與阿爾及利亞猶太社區之間的中間人，這個機構將權力滲入到了社區內部，實際上削弱了社區自治。
阿爾及利亞的猶太人對維希政權制定的所有種族主義法律的反應是越來越內向。猶太社區（就像在德國和整個被占領歐洲建立的許多隔都一樣）建立了自己的教育體系。失去工作的猶太老師們自發組織起來，為被剝奪教育權利的學生提供課程，但是這些活動在被當局發現後，很快就會強制取締。
對於被開除的中小學生，猶太人設立了私立猶太教育中心辦公室，創建了一個猶太學校網絡，由阿爾及爾、奧蘭和君士坦丁的猶太行政人員管理。這些學校的課程與公立學校相似，他們似乎在極力強調自己的法國性。除了在經濟和教育方面對猶太人的壓制，維希政府還建立了早期的集中營。
其實這種集中營不同於納粹的死亡集中營，它更像拘留營、集中勞動營。這一政策同樣延伸到了阿爾及利亞，一些猶太人被關押在集中營里，被迫參與勞動。面對維希政府的迫害，阿爾及利亞的猶太人也組織了一些活動來進行反抗。
在1940—42年期間，許多猶太人加入了抵抗運動。阿爾及爾的一部分猶太青年決心組織自衛和地下活動。在盟軍登陸北非的過程中，阿爾及利亞抵抗組織中的猶太人參與了地下工作。如果不是1942年11月盟軍解放阿爾及利亞，那阿爾及利亞的猶太社區很有可能在維希政權的統治下覆滅。
歐洲人對猶太人的敵意根深蒂固，以至於1942年11月盟軍登陸時，反猶太法沒有被廢除。在英國人和美國人的支持下，阿爾及利亞的新任總督維持了維希法律對猶太人的制裁。直到1943年10月戴高樂的到來，所有的反猶法律終於被取消，阿爾及利亞的猶太人再度成為法國公民。