2000年前，艾爾迪亞部落里有個叫尤彌爾的少女，她是一個奴隸。有一天她將部落里圈養起來的豬放走，從而遭到了奴隸主弗利茨王的放逐。
在逃亡的過程中，她不幸跌入一顆大樹樹洞的水潭裡，在水潭中，一隻長長的蟲子貼合到她脊椎中，於是尤彌爾獲得了變成巨人的能力。第一個巨人由此誕生，也是我們所說的始祖巨人。
始祖巨人尤彌爾回到了弗利茨王身邊，繼續為艾爾迪亞部落效力。她開墾了荒地、開闢了道路、架設了橋樑；同時她也是征戰馬萊部落的武器。
作為回報，她可以留在弗利茨王身邊，並為弗利茨王生育子嗣。
有一天，在一場典禮上弗利茨王受到偷襲，尤彌爾替弗利茨王擋箭身亡，而那一天剛好是尤彌爾變成巨人的第13年。
弗利茨王為了巨人之力能夠延續下去，他命令尤彌爾的三個女兒吃掉了尤彌爾的屍體。
出乎預料的是，巨人之力真的就這麼傳承了下來。
自此以後，兩千年的光陰里繁衍出了無數的尤彌爾子嗣，而他們都是擁有巨人之力的人。
只不過變成巨人後，擁有特殊能力且保留人類意志的巨人只有九位，他們並稱為九大巨人，而其中一位依然保留著始祖巨人的核心能力。
當變成巨人的時候，巨人之力的持有者會感覺到有一條看不見的道路，組成巨人的血肉和骨骼會從道路傳到自己的身體上。
而千萬條道路的交匯處，那便是坐標，也就是始祖巨人控制的地方。
獲得九大巨人之力之時，這些人的壽命便縮短為13年。
而其它的人則是會變成沒有個人意識，只能聽從命令的無垢巨人。
當然九大巨人之力是可以繼承的。當一個無垢巨人吸收掉九大巨人的脊髓液之後便會變回人類，而九大巨人之力和前任宿主的記憶也會繼承到這個新任宿主身上。
否則，13年的壽命結束後，巨人之力會隨機的進入一位剛出生的艾爾迪亞嬰兒體內。
在巨人之力的威懾下，艾爾迪亞部落最終征服了世界，始祖巨人之力也在弗利茨王族中代代相傳。
直到始祖巨人傳到了145代，145代王認為千百年來艾爾迪亞人帶給世界的只有戰爭和毀滅，他認為艾爾迪亞人是罪惡的。
他與戰錘巨人一同策劃，將帝國的主宰權交給馬萊人，然後自己帶領一部分艾爾迪亞人出走了大陸旁邊的島。
他與自己身體中的始祖巨人立下了不戰之約，並創造出數千萬個超大型巨人，利用巨人的硬質化建立了三道圍牆。
他同時威脅牆外世界，若牆內的生活被干擾，他會發動地鳴：放出城牆中的巨人們踏平整個世界。
牆內人稱145代王為初代王。
初代王利用始祖巨人之力篡改了艾爾迪亞人的記憶，使他們在牆內安居樂業的生活了一百年。
另一方面，沒有了始祖巨人的力量權衡，艾爾迪亞帝國逐漸瓦解，馬萊人建立起馬萊帝國，並掌握了九大巨人中的六個。
而剩下未到牆內的艾爾迪亞人則被馬萊帝國驅趕至收容所，他們只能在收容所受監控的生活，如果有誰觸犯鐵則，就被送往「樂園」。
有一天，一位叫格里沙·耶格爾的人不聽母親的勸阻，腦子一熱便帶著妹妹跑出了收容所去看飛艇。
後來自然被馬萊士兵發現並面臨懲罰，哥哥一馬當先說妹妹的懲罰也由他承擔。
於是一個馬萊士兵帶妹妹回收容所，而哥哥被另一個馬萊士兵狠狠地踢了一腳以作懲罰。
回到家後發現妹妹並沒有回家。後來得知妹妹被馬萊士兵放狗咬si。
格里沙·耶格爾對馬萊帝國的憎恨與日俱增，他加入了艾爾迪亞復興會，誓要推翻馬萊帝國重建艾爾迪亞。
艾爾迪亞復興會在馬萊政府內線「梟」的情報下正如火如荼的發展，格里沙·耶格爾作為熱血青年自然也被復興會中其他成員看好，並在其中成為舉足輕重的人物。
他認識了一位擁有王族血統的艾爾迪亞妹子，他們結了婚並生下了兒子吉克。
那一天，馬萊帝國開始在艾爾迪亞少年中挑選馬萊戰士作為獸之巨人候選人，格里沙想讓他兒子吉克參加，如果能獲得巨人之力，那麼對艾爾迪亞的復興非常有利。
一次意外，吉克得知馬萊政府早已掌握了艾爾迪亞復興會的存在，在明知是死的情況下，吉克選擇了出賣父母以保全自己和爺爺奶奶。
從那天起，吉克心中便期望有那麼一天可以消除世界對艾爾迪亞的憎恨。
在吉克的揭發下，這些艾爾迪亞復興會成員們自然被馬萊政府送到了樂園。
原來所謂的樂園，就是當初艾爾迪亞人出走的那個島，而馬萊人也早已經通過巨人的脊髓液研製出能讓人變成無垢巨人的藥劑。
而這些送往樂園的人會被注射變成只會吃人的無垢巨人，然後永遠的在小島遊蕩，或者死亡。
看著自己的妻子和朋友都變成了無垢巨人，格里沙萬念俱灰。
就在格里沙的生死關頭，梟出現了。他變成了巨人殺掉了這支馬萊小分隊所有人。
原來那天看飛艇時抓住他的馬萊士兵就是「梟」。梟的真正名字叫 艾倫·克魯格。
梟的壽命將至，他希望格里沙能夠接替自己，進入牆內奪回始祖巨人，利用始祖巨人的力量將艾爾迪亞人從世界的憎恨中解救出來。
弗利茨王族是不會反抗的，因為當他製造圍牆的時候就決定了帶領族人在牆內等待毀滅。
所謂不戰之約，就是始祖巨人的力量只能在王族血統人內使用，但是王族血統的人獲得始祖巨人的力量後也會被145王的消極思想所支配。
梟把這個使命和巨人之力交託給了格里沙。
九大巨人各有其名，這個為自由而戰的巨人叫做進擊的巨人。
格里沙·耶格爾進入了牆內，在裡面成了家，生下了艾倫。
而馬萊政府也派出了4位擁有巨人之力的少年，任務是進入牆內奪取始祖巨人之力。
或許是這4位少年經驗尚淺，在面臨突如其來的無腦巨人時竟亂了分寸，其中一位少年被無腦巨人吞噬。
得到巨人之力後，這位在小島徘徊了60年的無腦巨人終於變回了人類，她就是後來的104期成員尤彌爾。
剩下的三位便是女巨人、超大型巨人、鎧巨人。
格里沙在牆內暗中調查，終於發現了王族人的居所，始祖巨人近在咫尺他卻遲遲下不去手。
不知為何，兒子艾倫的聲音在他耳邊響起，在這聲音的鼓勵下他狠下了心變身巨人吃掉了始祖巨人，王族人也被他屠戮殆盡。
很快，瑪利亞之牆被超大型巨人和鎧巨人摧毀，牆內人類失去了1/3的領土。
那一天，艾倫眼睜睜的看著自己的母親被巨人吞噬，他暗自發誓：一定要將這些敵人從世界上驅逐。
格里沙·耶格爾在倖存者營地找到了兒子艾倫，含淚將使命和巨人之力託付給了艾倫，囑託艾倫一定要奪回瑪利亞之牆，一定要進入自家地下室，那裡有很重要的東西。
對牆內人來說最寶貴的，這個世界的真相。
隨後便將巨人之力傳承給了艾倫。
艾倫、三笠、艾爾敏、薩沙、尤彌爾、克里斯塔、萊納、貝爾托特、讓、柯尼等人作為104期新兵加入了調查兵團。
這段期間，艾倫掌握了變身巨人的能力，而隨著女巨人阿尼被擒，萊納和貝爾托特居然是破壞瑪利亞之牆的始作俑者。
同時雷耶斯王族的真相也逐漸浮出水面。
調查兵團扶持希斯特里亞登上王位，順理成章的奪回了政治的主權。
瑪利亞之牆奪還計劃隨即重啟。
調查兵團組成的208人的隊伍，承載著人民的希望上路，前往破牆開始的地方----瑪利亞之牆的希甘希納區，也就是艾倫的故鄉。
希甘希納區內外調查兵團與野獸巨人吉克、超大型巨人貝爾托特、鎧之巨人萊納、車力巨人皮克及被控制的無腦巨人展開戰鬥。
在戰鬥中，吉克與艾倫相見，看到艾倫，吉克心中的計劃終於可以實現。
最終，調查兵團以犧牲199人為代價獲得勝利，獸之巨人吉克被利威爾兵長擊敗，鎧之巨人萊納被三笠等人擊敗，而艾爾敏則獲取了超大型巨人的能力。
吉克、萊納等人倉惶逃回馬萊大陸。
隨後調查兵團前往了格里沙·耶格爾家，也就是艾倫家的地下室獲取了牆外世界的真實面貌。
凱旋而歸的人們接受了女王希斯特里亞的授勳，艾倫在接觸女王手的一瞬間似乎過去的、未來的記憶開始並行出現，那就是進擊的巨人的力量。
一年以後，調查兵團探索到了帕拉迪島的邊緣，那是一片大海。調查兵團的成員們感受到了從未體驗過的、自由的感覺。
此時艾倫指著大海問大家：大海的另一邊，是敵人，倘若我們把敵人sha光，就能獲得自由嗎？
自瑪麗亞牆內戰役失敗後，馬萊軍方已經意識到現在的帕拉迪島不是從前那個帕拉迪島了，沒有弗利茨王族的約束，帕拉迪島上的「巨人」又開始威懾著全世界。
在之後4年的時間裡，在吉克幫助下，帕拉迪島的科技水平突飛猛進並不斷與外部世界縮短差距。
而這4年中，馬萊也一直策劃對帕拉迪島發起進攻，目的是奪回始祖巨人，一方面可以繼續增加巨人的力量，另一方面可以徹底解決掉帕拉迪島的威脅。
那一天，戰錘巨人家族造訪馬萊政府，並與軍方協商進攻帕拉迪島的事宜。
而馬萊政府內相關的動作都被吉克透露給了調查兵團，調查兵團也在策劃著對馬萊進行奇襲。
那一晚，馬萊政府協同戰錘巨人家族在艾爾迪亞收容區展開了一場祭典，並在祭典上對帕拉迪島進行了宣戰。
祭典過程中，潛伏的艾倫突然變身為進擊的巨人，並血洗了會場。
此時帕拉迪島的部隊現身，在團員們的高度配合下，艾倫成功吃掉戰錘巨人，吉克也佯裝假死被調查兵團帶回帕拉迪島。
不過計劃並沒有太過順利，在返回帕拉迪島的飛艇上，馬萊戰士候補生賈碧和法爾科通過立體機動裝置也來到飛艇上，並開槍擊中104期成員薩沙。
薩沙殞命。
返回帕拉迪島後，賈碧和法爾科被關押。
艾倫由於在馬萊的擅自行動也被關押，而吉克，由於島內勢力對他並不是很信任，則由兵長利威爾負責單獨看守。
自艾倫看到未來的記憶後，艾倫明白了自己的使命，也對自己接下來要做的事情一清二楚。
艾倫利用戰錘巨人的能力逃出了地牢，並與自己親信耶格爾派碰面，他現在需要尋找吉克。
吉克此時被利威爾囚禁在巨木森林等待高層的命令。
利威爾迫切的想殺掉吉克，而吉克迫切的想擺脫控制與艾倫碰面。
自他與帕拉迪島聯手以來，就不斷地往帕拉迪島運輸摻有自己脊髓液的馬萊紅酒。
未參與馬萊奇襲戰的兵團幹部與士兵統統喝了吉克的脊髓液，此時吉克一聲巨吼，巨木森林的100名士兵變成巨人朝利威爾撲來。
一番廝殺，吉克再次被利威爾擊敗。
絕望的吉克殊死一搏，強行引燃雷槍，自己身體被炸的四分五裂，而利威爾也被炸飛。
吉克彌留之際見到了一位少女。他被少女帶到一片沙漠，沙漠的上空飄著幾道極光，極光在一望無際的前方匯聚。那便是坐標之力的道路。
此時馬萊的部隊也抵達到帕拉迪島，雙方勢力交匯在希甘希納區。
希甘希納區的戰場，艾倫依靠戰錘巨人的能力，以一人之力與鄂之巨人、鎧之巨人、車力巨人周旋。
在車力巨人與反巨人炮加持下，艾倫最終敗下陣，此時野獸巨人吉克趕到。
原來吉克在彌留之際見到的少女便是始祖巨人尤彌爾，尤彌爾在坐標道路上依靠沙子修復了吉克的身體。
如今王族血統持有者和始祖巨人持有者就在眼前，為了不讓他們解開不戰之約，馬萊勢力開始拼了命的阻止他們接觸。
吉克一聲怒吼，所有喝過紅酒的人全部變成巨人，包括法爾科。在巨人的掩護下艾倫即將抵達吉克的位置。而法爾科也吃掉了鄂之巨人。
此時一旁的賈碧拿起步槍，一槍擊飛了艾倫的頭。
艾倫的頭不偏不倚的落到吉克的手上。
那一瞬間，艾倫就像開啟上帝視角，一切盡收眼底。
無數的記憶畫面出現，艾倫看到了自己的出生，看到了父親格里沙在始祖巨人面前無法下手的樣子。
在記憶的世界裡，艾倫鼓勵父親變成巨人搶奪始祖巨人之力，甚至控制巨人吃掉了自己的母親。
一切的一切都是艾倫的計劃。
坐標道路中，天空上的極光匯聚的交點處，一道光束落到地上，就像一顆發光的大樹。
吉克的理想終於可以實現。
吉克自小以來便希望艾爾迪亞的憎恨從世界上消失，瑪麗亞之牆奪還戰中第一次見到自己的親弟弟。
如果自己的王族血統加上弟弟艾倫的始祖巨人能力，便可解開不戰之約。利用始祖巨人的能力改變艾爾迪亞人的身體結構使人們絕育，百年之後世界上便再也沒有艾爾迪亞人了。
艾倫拒絕了吉克的提議，兩兄弟在坐標道路上產生了分歧。
坐標道路中是沒有時間的，現實的一瞬間在道路中可能是數千年，現實的數千年在道路中可能只是一瞬間。
道路上的尤彌爾就像是個無個人意志的少女，在這無盡的時間裡，她只知道聽從弗利茨王族的命令，如果有需要，就在這裡用沙子砌成一個又一個的巨人，通過坐標之力傳送到現實艾爾迪亞人的身體上。
最終艾倫喚醒了她，尤彌爾的意志得到解放。
現實世界中，艾倫掉落的頭突然長出一條長脊椎並連接到身體上，城牆逐漸坍塌瓦解，組成城牆的巨人開始朝海的另一頭行動，地鳴開啟了。
與城牆一起瓦解的還包括女巨人阿尼的硬質化水晶。
巨木森林的河邊，韓吉救起重傷的利威爾。
城中阿尼與104期成員相遇。
他們有一個共同的目標，找到艾倫，阻止地鳴。
在東洋人的幫助下，這支小隊乘上飛機，追逐著巨人的步伐朝大海的另一邊駛去。
馬萊大陸上，軍隊早已做好一切部署，他們看到了巨人在海中朝著這邊走來，巨人群中，有個無比巨大的、就像蟲子一樣僅靠骨骼向前蠕動的巨人，那是進擊的巨人。
所有的人，建築，樹木都被巨人一踩而過。牆外的一切，被地鳴毀於一旦。
104期成員們終於抵達了進擊的巨人所在之處，他們落到進擊的巨人骨骼上開始尋找艾倫。
此時艾倫召喚出了歷代的九大巨人，104期的成員們與歷代九大巨人展開戰鬥。而阿爾敏則被艾倫困在了坐標道路上。
坐標道路上，阿爾敏看到了無精打采的吉克。阿爾敏說服吉克，一起想辦法離開這裡，阻止艾倫。
吉克被阿爾敏打動，此時道路上九大巨人歷代持有者們出現。在他們的幫助下，阿爾敏離開了坐標道路。
阿爾敏變身超大型巨人，利用變身產生的爆炸炸毀了進擊的巨人。
巨人之力的源頭，也就是2000年前貼合在尤彌爾背部的那條蟲子出現。
此時倒下的進擊的巨人重新站起來，與阿爾敏展開搏鬥。
最終三笠在進擊的巨人嘴巴里找到了艾倫，斬斷了連接艾倫頭的脊椎。
就這樣，巨人之力源頭的蟲子被消滅，所有巨人之力都消失了，變成了巨人的人也恢復了原貌。巨人之力徹底從世界上消失了。
牆外世界的倖存者僅剩20%。
隨後世界秩序重建，人類秩序重新開始。
島上在狂熱的耶格爾派的帶領下不斷完善軍備以應對未來可能會發生的戰爭。
三笠回到了小時候艾倫午睡的樹下，並將艾倫葬在此處。
不知過了多少年，世界大戰再次發生，一位垂死的少年逃到樹下，當年的樹如今長得無比巨大，而樹底部是一個樹洞，樹洞裡仿佛有一個水潭。
巨人的故事結束。