新築室町御所
信長沒有進入幕府機構，保持了獨立的立場。但是，正因為有將軍，信長才能把京都和畿內收入囊中。而將軍也正因為有信長做後台，才保持了自己的地位。所以兩者之間是一種互補關係。但同時，在政治實權到底由誰來掌握這一點上，兩者之間從一開始就存在對立。下面就讓我們具體看看這種關係的兩面。
信長上洛那一年的年底，三好三人眾開始反擊，於永祿十二年（1569）正月四日攻入京都。被信長從美濃驅逐的齋藤龍興也加入了這一陣營。他們火燒勝軍山城，在栗田口等地放火，五日開始進攻義昭居住的六條本圀寺。交戰開始後，雙方都死傷慘重。三好三人眾雖然最終被擊退，但他們在京都內外肆虐了三天，充分表明反信長勢力不可輕視。
為了確保義昭的安全，信長決定在義輝御所的遺址上為義昭修築新御所，並於二月二日開始砌石牆。城館四周環繞著護城河，裡面是石牆，被公家山科言繼稱作「武家御城」，西邊的石牆竟有8米之高，堅固程度遠超義輝原來的御所。昭和五十年（1975），京都市在修築地鐵時發掘出了城館遺蹟。遺址南側護城河寬達26米，北側護城河也有8.5米寬。石牆所用石材中有大量石佛、石五輪塔、石碑、石燈籠等與宗教有關的物品，有些石佛的脖子還被砸斷了。將這些物品當作單純的石材使用，從中可以感受到當時的風潮。從那以後，也經常可以從城寨的石牆中看到同樣情形。
工程動員了尾張、美濃、伊勢、近江、伊賀、若狹、山城、丹波、攝津、河內、大和、和泉、播磨等地的大量人力，並從洛中洛外召集了大量鐵匠、木匠等匠人。利用朝廷名義向武士及其下屬發布命令，集中人力砌築城館，表明信長的統治權已經觸及權力中心，而這也正是信長所追求的。另外，信長也沒有忘記以自己的方式造聲勢，吸引人們的注意力。為了從管領家細川氏的宅邸里搬運一塊名叫藤戶石的巨石，放到自家院子裡，他親自指揮人們用綢緞包裹巨石，並裝點各種花束，綁上粗大繩索，鑼鼓喧天地進行搬運。從那之後，信長和秀吉經常用這種方法造勢，甚至到了江戶時代還有人效仿。另外，他還把慈照寺（銀閣寺）一塊名為九山八海的巨石以及洛中洛外的大量名石名木集中起來，於四月十四日搬運到足利義昭的新築室町御所，還在御所周圍給義昭的家臣們新建了宅邸。接著，他又著手修繕天皇居所，任命日乘朝山、村井貞勝為奉行（執行人）。這也意味著信長改造了京都。
殿中掟
新築義昭御所，一來是為了保障義昭的安全，二來也是為了信長自己。對信長當時採取的統治方式——通過將軍義昭掌握京都及畿內近國——來說，如果義昭本人的安全受到威脅，便意味著信長的統治缺乏穩定性。修繕天皇居所，也是因為天皇及公家對信長有利用價值，所以有必要整備其居所和基礎設施。但是，所有這些活動，都被限制在不對信長的政權構想造成負面影響的範圍內。
在新築室町御所之前，信長於一月十四日制定了九條殿中掟，十六日又追加了七條，並讓義昭承認。最早的九條中有四條是將軍的親信、公家、番眾等人拜見和問候將軍時的規定。第九條規定各寺院的坊官、山門徒眾、醫師、陰陽師等人不得隨意拜訪將軍，足輕、猿樂若無將軍的命令也不得隨意來訪。這顯然是要限制義昭與社會各階層的聯繫。第五條到第八條是有關訴訟的規定。
五、訴訟時，未經正規手續不得向將軍告密；
六、將軍在徵求奉行眾的意見時（應聽從他們的意見），不得自行判斷善惡；
七、審理和判決日期依照慣例；
八、訴訟結果由專人通報，他人不得隨意公開。
應注意，信長並沒有想否定幕府的審判權。這是因為幕府的判決仍在一定程度上發揮著作用，官衙和奉行人積累了豐富的法律、判例以及審判經驗，也有很多人期待由幕府來處理各種糾紛。在歷史悠久、權力關係錯綜複雜的洛中洛外，新來的信長不可能有處理各種糾紛的經驗和能力。既然幕府的判決權不可能被否定或吸收，那麼對信長來說，上策就是保證將軍不在時也能以官衙和奉行人為中心行使審判權，且這種權限不會被義昭隨意扭曲，能夠正常發揮作用。因此，信長才規定了審判日程、審判結果由專員通報以及採納奉行人意見等審判制度，目的就是防止義昭隨意判決。
上述殿中掟規定了幕府內的秩序與手續，與之相對，追加的部分則規定了與幕府政策相關的基本法。第一條為「嚴禁隨意侵害寺社本所領內當知行地之事」。這說明幕府和信長採取了對寺社、天皇以及公家領地中當知行（實際統治並徵收年貢等稅役的狀態）之地實行承認領有（安堵）的方針。也就是說禁止任何人在無正當理由的情況下強奪和占領這些土地。第七條規定，對該類當知行地的認定要以提交保證書為前提來執行。第四條是「嚴禁不合理的催促」，也是與所領統治有關的問題，禁止無正當權利者強行徵收年貢和公事，或者在違反慣例的時期、以違反慣例的方法徵收。這樣看來，第三條「禁止鬥毆爭吵之事」似乎也是針對所領紛爭的規定，但是因為後面又說應依據法律懲處爭吵鬥毆、參與者同罪，等等，所以似應將其看作獨立的喧譁停止令。
上述法令是審判的依據，與殿中掟及其追加條款關係緊密。幕府和義昭都只能遵守信長制定的這些法令。雖然不論在政治形態還是審判方式等方面，信長都還不得不依賴幕府，但義昭卻沒有操縱幕府的力量，實際上還是信長控制著一切。而這一開始就是信長的目的。
幕府以應仁之亂為分水嶺走向衰落，到了15世紀末，經歷過以明應政變為標誌成立的細川政權及其激烈的權力鬥爭、天文年間的一向一揆和法華一揆、三好政權的成立及衰落等動亂，寺社逐漸失去了對領有土地的控制。儘管如此，靠蠶食寺社領土起家的武士階層變動也很激烈，每次政權交替都伴隨著知行人的變更。話說回來，即便是在同一塊土地上也交織著不同人的權利，從過去到現在，各種人都在主張自己的各種權利。所以畿內近國的人們都期待著出現一個能夠認定土地的正當權利人並保障其實際統治的政權。要想建立政權，解決這個問題就成了當務之急。為了應對這一問題，信長和幕府採取了「當知行安堵」（承認土地實際統治者的所有權）的政策。因為信長和幕府歷來都採取這一政策，所以兩者之間基本沒有矛盾。下面就讓我們來看看具體情況。
「當知行安堵」政策
讓我們以京都仁和寺的所領承認（安堵）為例。
現貴門跡領散布於各地及其領界境內等事，遵照當知行的內容，可全部領知。將軍旨意如此，傳達事項如上。
（松田）
永祿十一 秀雄（花押）
十月九日 （松田）
御室御門跡雜掌 賴隆（花押）
這是幕府奉行人遵將軍之命下達的室町幕府奉行人聯署奉書。它表示，仁和寺所領包括寺院境內的土地和散布於各處的土地，對其中實際受控制（當知行）的部分，承認仁和寺的領知權。此即所謂「當知行安堵」。從前擁有但當下並未實際控制的土地則不包括在內。信長也隨即下發同樣內容的朱印狀。
現貴門跡領散布於各地及其領界境內等事，遵將軍之命，領知無誤。
永祿十一 彈正忠
十月九日 信長（朱印）
御室御門跡雜掌 成多喜御房
有「遵將軍之命」一文，說明先有遵照將軍之命下達的幕府奉行人聯署奉書，然後才有信長下發的朱印狀。像這樣，同日發出一式兩份的寺社本所領「當知行安堵」文書，是這一時期知行政策的特徵。當時此類文書被發給許多寺社本所。因為需要此類文書的人認識到將軍和幕府是依靠信長的力量而存在，所以在收到幕府文書的同時，也希望得到信長的保證。這種朱印狀就象徵著這種保證。另外，信長也通過下發朱印狀，向世人昭示自己權力的獨立性。
但是，如果評價信長是一個採取革新政策的革命者，或者舊體制的破壞者，那麼他為何又採取了姑息舊勢力的政策呢？對這個問題，人們一般解釋為畿內近國的各種舊勢力仍然強大，所以信長不得不妥協，另外他也覺得利用他們對自己比較有利。也就是說，將其解釋為信長進行了違背自己本意的政策轉變。但是，在統治尾張和美濃的時候，信長也對己方武士和沒有敵對行為的寺社實行了「當知行安堵」政策。畿內的大部分寺社和天皇、公家對信長上洛都沒有採取敵對態度，反而以朝廷為首表示了熱烈歡迎，所以信長採取的「當知行安堵」政策只不過是原有政策的延續，並非在此時進行了政策轉變。因此我們應該認為，信長在土地政策問題上，並沒有徹底否定和埋葬舊勢力。在這一點上，他也沒有與義昭和幕府的政策產生對立。上述殿中掟附加條款的第一條也僅是確認了這一政策並以明文表述。而且，這一政策在信長於天正元年（1573）驅逐義昭後也沒有改變，「當知行安堵」狀也繼續發布。
木下秀吉的違亂停止命令
「當知行安堵」政策並沒有對散落在各地的小面積土地逐一做實地調查，確認是誰在實際管轄，也沒有對寺社的境內土地以及界線（四至）進行確認。這些行為都只有依靠檢地才能實現，而信長在這個階段還未進行檢地。所以「當知行安堵」依據的是所有者自己的申報、主張以及提交的佐證材料，還要提交材料屬實的保證書。殿中掟追加條款第七條就反映了這一情況。
但是，因為當時沒有土地台帳，所以即使得到了「當知行安堵」，還是會發生土地糾紛。某年的七月十日，信長家臣木下藤吉郎秀吉給義昭近臣一色藤長寫了這樣一封信：
有關多賀枇杷莊內大喜多之當知行地，汝應即刻停止侵占。既有將軍之命及朱印狀，汝應早早醒悟。謹以言上。
在這之前，大喜多拿到室町幕府的奉行人聯署奉書（「御下知」）和信長的朱印狀，接受了「當知行安堵」，卻遭一色違亂（侵占），於是向秀吉告狀。秀吉認為大喜多的申訴正當合理，便命令一色停止違亂。一色很有可能是從義昭處得到了對多賀枇杷莊內所領的分封（宛行，也有可能是「安堵」），所以才發生糾紛。在這種情況下，正因為大喜多接受了「當知行安堵」，可以向上控訴自己權利受到侵害，結果權利得到保護，違亂也被命令停止。但如果沒有接受「安堵」，肯定就不會這樣。這說明，以「將軍之命及朱印狀」為依據的「當知行安堵」具有實際效力。這也是因為有秀吉這樣能命令停止違亂、執行「安堵」政策的人。
再來看一個京都市西北部松尾社的例子。松尾社於永祿十二年六月提交保證書，接受了對「松尾社領山城國境內及河上、田富、山林等諸散在之地」的「當知行安堵」。但是，元龜三年（1572），義昭卻把這些土地分封給了自己的親信上野秀政。上野秀政任命住在松尾社附近的國人革島秀存為代官徵收年貢等物，於是松尾社通過秀吉的家臣蜂須賀正勝，請求秀吉制止違亂。松尾社提交了義昭及各代將軍的文書，證明該土地屬於自己。秀吉查看文書後承認了松尾社的訴求。松尾社還想要信長的朱印狀，秀吉也答應從中斡旋。
義昭獎賞自己的家臣是很自然的行為，但用於獎賞的土地應該是「當知行安堵」以外的土地，而他違反了這一原則，也就是說違反了已成為幕府法的殿中掟追加條款第一條。另一方面，秀吉對兩起案件的裁判都依據這第一條。所以義昭自己也不得不遵從。
雖然秀吉在這一時期的正式官職和權限都不是很明確，但能確定他有向信長報告寺社的訴訟和請願、發行信長朱印狀副本的權限。另外還有執行信長決定的權限和某種判決權。丹羽長秀和佐久間信盛等人也擁有上述權限，信長通過他們對京都和山城等地區實行統治，發揮獨立的行政機構功能。這種職能既不是來自於義昭原本有權任命的守護職等幕府官職，也不是來自於義昭的任命。
相對的，義昭身邊雖然也有各種親信和奉行人組織，卻沒有能實際行使行政權和警察權的組織和人才。他也沒有畿內近國守護的任命權。義昭的家臣明智光秀雖有才幹，但在被信長重用後具有了雙重屬性。幕府和將軍的政治權力雖然包括「當知行安堵」權和訴訟審判權，但這些權力都不能單獨行使，必須要有信長的朱印狀。「當知行安堵」的申請人和訴訟人都希望得到信長的朱印狀。這樣一來，他們自然就逐漸了解到，向幕府申訴還不如向信長及其家臣申訴更有實際效果。信長確實振興了將軍家，也復興了幕府，但是正如上文所述，他從一開始就對將軍和幕府的權力設限，並將自己置於其體制之外。因此，信長並不是想通過復活幕府及其守護體制來達到統治全國的目的。我們雖然不能忽視，為了在短時期內將畿內近國置於自己治下，信長有必要利用將軍和幕府，但義昭必然很快便會感到束手束腳，意識到自己被別人架空。他採取了各種手段對抗信長，希望強化自己的權力基礎，像前文中那樣分封親信之人領地就是其中之一，但是因為多與「當知行安堵」原則矛盾，時常遭到信長一方的否定。
信長的領土擴張政策
信長上洛後歸入其勢力範圍的土地只有畿內近國內的一小部分，除此之外的土地都只有依靠實力征服。
信長在臨上洛前攻下了伊勢北部，制服了當地有名的國人神戶氏，並送三男信孝為其養子。永祿十二年八月，他又出兵南伊勢，攻打大名北畠具教占據的大河內城（今三重縣松阪市）。於十月完成征服後，送次男茶筅丸（信雄）為其養子，篡奪了北畠家。在進攻期間，信長命令瀧川一益火燒了長期作為北畠家大本營的多氣（同縣美杉村），破壞了田丸城等城寨。應該注意的是，此時信長已經開始施行破城（城割、城破）政策。
信長在上洛途中，占領了伊賀國上野城，並指派胞弟織田信包為上野守。因為伊賀國原守護家仁木實際上已接受信長所派瀧川一益的勸降，所以出兵伊賀只不過是為了宣告世人。但是伊賀國的大部分國人實際上並沒有服從信長。
上述行動代表了信長的領土擴張策略，即第一階段先派使者向一國的守護家或相當於守護家的當地實權人物送勸降書，同時提出授予其「當知行安堵」狀以及分封新領地等條件。接受勸降的一方為了表示服從和忠心，便擇機親自拜見信長，出仕並執臣服之禮。然後信長承認（安堵）他們的統治權或分封土地。
大和國的松永久秀也屬於這種情況。松永久秀於永祿十一年十月四日前往拜見義昭和信長，於是其對大和一國的支配權得到了承認。但是大和國並沒有因此被松永久秀和信長完全掌握。因為有相當一部分的國人並不願意臣服於松永久秀。在此情況下，信長迅速向大和派出兩萬大軍，攻擊那些國人居住的城郭。此時信長派出的是義昭的部下細川藤孝和自己的家臣佐久間信盛等人，將那些反抗松永久秀的地方勢力定性為不僅是信長、也是義昭（將軍）的敵人。此舉非常巧妙。但是，即便如此，他也沒有實行徹底的討伐作戰，而是在攻下幾座國人的城池、掌握奈良後便撤軍。先設法令對方臣服，不行再以武力攻取。法隆寺等勢力表示臣服時，信長便要求其繳納高額禮錢作為臣服禮儀之一。這與向堺等地徵收矢錢一樣。是否繳納此類金錢，成為衡量是否臣服的一個重要標誌。另外，對於那些表示臣服並接受了所領承認或分封的勢力，則會在修築城寨和御所等建築時對其所領知行徵收知行役（一種兵役），以此確認每個武士、每座寺社與自己之間的服屬關係。
委任「天下之儀」的邏輯
信長與義昭關係的惡化已經不可迴避，表面化也只是時間的問題。永祿十二年十月，信長在平定伊勢後上洛，第七天卻突然又回到岐阜。對此，《多聞院日記》中有「信長因與上意（義昭）有爭執，故回領地了」的記載，說明信長與義昭之間的對立已經風傳到大和國。聽說信長突然回到岐阜，天皇非常吃驚，竟專門派敕使前往岐阜詢問其理由，無疑說明了事態的異常。
從這件事也能看出，天皇因信長的行動而一喜一憂，總是注意不去惹惱他，毫無左右其行為的能力。另外，認為信長的政治行動和權限來自於天皇的委任這種看法也是不正確的。當時的天皇和朝廷幾乎沒有什麼實質上的政治權力。即便有時看起來像是有權力，那也只是武家政權出於自身需要而讓他們扮演了這種角色。所以天皇與朝廷自然會按武家政權的期待進行表演，並因此得以存續。這也意味著，直到這個時期，武家政權也沒能擺脫天皇和朝廷，成立獨立的政權。
信長對義昭步步緊逼。元龜元年（1570）正月二十三日，他向日乘上人和明智光秀下達了以下五項條款，並迫使義昭承認。
一、向諸國發送御內書時，必須告知信長其內容，並附上信長副書。
二、至今下達的將軍義昭之命全部作廢，經考慮後重新起草。
三、若欲恩賜、褒獎（向義昭）盡忠之輩，但無所領，可據上意從信長分領賞賜。
四、因天下萬事已託付於信長，故不論何人何事，可不問上意，以信長之意處置。
五、天下已太平，盡忠天皇之事，不得怠慢。
其中最應該關注的是第四條，它明確指出，天下的統治權已經歸於信長，所以他對任何事都可以不請示將軍、自行決定。這才是信長的最終目標。但也應注意到，信長的權限仍然來自於「天下萬事託付於信長」，也就是說其邏輯在於信長接受了將軍的委任。信長此時仍需要義昭。後來的豐臣秀吉則把將軍換成天皇，自任為關白，採用了接受天皇委任的邏輯。
信長將義昭的所有行動都置於自己的監控之下，無論是寄信給諸國還是恩賜家臣都不能單獨進行。比如關於第一條，就有毛利輝元接受右衛門督一職時的例子。信長寫信給毛利，告訴他將有義昭的御內書送達，最後要求他今後繼續盡忠。毛利輝元雖然以收到御內書為榮，並單純地為之高興，但也沒有忘記在回信時說「承您美言」，對信長表示感謝。這才是信長希望與義昭建立的關係。
但是，義昭在上洛以前就曾寫信給諸國大名，要求他們上洛並對自己盡忠，他的願望顯然是在上洛後親率各路大名復興幕府。此舉會強化義昭的權力基礎，信長是不會允許的。信長連他的通信自由都剝奪了。第二項條款則更為嚴厲，命令義昭將此前下達的所有決定和命令都廢除。這樣一來，義昭便什麼也不能做，唯一能做的就是維護與朝廷的關係。信長想從事實上架空義昭。