山崎之戰
本能寺之變發生時，秀吉正在備中攻打高松城。柴田勝家和前田利家等人在越中與上杉景勝對峙，丹羽長秀與織田信孝在大坂準備出兵四國。家康與穴山信君雖然在堺，但正在遊山玩水，並無大軍跟隨。因此，光秀殺死信長父子後，馬上給反信長陣營的毛利和上杉等人報信，勸說諸將領跟隨自己，並迅速壓制了安土城、長濱城、佐和山城。因為選擇了最佳時機，在光秀看來自己似乎是成功了。但蒲生賢秀父子等近江眾卻沒有接受他的邀請。
或許是以為這下光秀取代了信長，天皇和公家在六月七日即向安土派出敕使，計劃在九日光秀上洛時，全體在途中迎接。當年殷勤迎接信長上洛的這些人，現在又準備讓殺了信長的光秀取而代之。光秀對娶了自己女兒的細川忠興、織田信澄和大和的筒井順慶抱有極大期待，希望他們加入自己的陣營，可是信澄為丹羽長秀所殺，細川和筒井也按兵未動。
據傳秀吉是在六月三日晚上得知本能寺之變的。秀吉按下信長死亡的消息，加快議和交涉，讓對方以高松城主清水宗治切腹、開城並割讓備中、美作、伯耆為條件簽訂了和約。而毛利因為一直避免直接與信長交戰，所以稍晚一些才得到消息，這造成了兩者此後命運的決定性不同。秀吉展現了冷靜的判斷力和巧妙的交涉能力。他於六日從高松出發，途經姬路，於十二日抵達富田（今大阪府高槻市），一邊等待中川清秀、池田恆興等人參戰，一邊召開軍事會議。十三日午間，丹羽長秀和織田信孝也終於趕到。
另一邊，光秀卻在所期待兵力並未加入的情況下，把軍隊推進到了淀城（今京都市伏見區）和勝龍寺城，計劃以此為據點，在秀吉軍穿越天王山山麓的山崎隘口時攻擊他們。這樣，山崎之戰便於十三日傍晚打響。兵力上占優勢的秀吉軍勢如破竹，將光秀軍逼退至勝龍寺城，很快便決出勝負。光秀雖然趁夜色逃出了城，但在逃到小栗棲（今京都市伏見區）的樹林時遇到了正在附近追捕殘黨的野伏（農民），受了槍傷後自殺而亡。副將齋藤利三在近江堅田被活捉，在洛中遊街後被殺。這是一個僅僅存在了十二天的、虛幻的「天下人」。雖然有人推測光秀舉兵的背後有天皇親信積極謀劃，但證據不足。義昭是幕後主使的說法也站不住腳，因為他沒有政治力量。
安土城於十五日燒毀，原因不明。秀吉第二天進入安土，在奪回長濱城後，又進入美濃和尾張，控制了包括山城和近江等國在內的信長、信忠父子的大本營。這與安土城被燒毀一起，宣告了織田政權的滅亡。
本能寺之變時身在堺的家康來到伊勢，從白子（今三重縣鈴鹿市）乘船逃回了本國三河。穴山信君覺得家康行蹤可疑而與其分頭行動，結果在途中被殺。家康十四日以討伐光秀為名出兵尾張，在接到秀吉撤出尾張的要求後撤兵。家康又向甲斐派兵，控制了穴山領地和被一揆勢力（可能為原武田信玄軍）殺害的河尻秀隆的領地。至於信濃，由於信長家臣森長可和毛利秀賴逃回了美濃，上杉景勝從北方、北條氏直從東方、家康從南方分頭攻進，瓜分了信濃的領土。上野的瀧川一益也在遭受北條氏直的攻擊後逃走。
清洲會議
六月二十七日，織田信雄、織田信孝、柴田勝家、羽柴秀吉、丹羽長秀、池田恆興（其母為信長奶媽）聚集在織田信忠之子三法師（三歲，即後來的織田秀信）避難的清洲，在四位宿老的主持下召開了清洲會議。信雄和信孝都瞄準了織田家家督的位子。勝家推舉信孝，秀吉推舉三法師，兩人之間產生了激烈的衝突。雖然勝家在四名宿老中門第最高，也一直受到信長重用，但秀吉為信長父子報仇的功績實在太出眾，增加了發言的分量。結果，會議決定由三法師當家督，諸位宿老共同輔佐。
隨後進行了分國，信長和信忠的領國、明智領國被他們瓜分，他們還對上述決定起了誓，寫了按血印的誓約書。堀秀政負責照顧三法師，四宿老聯署，任命他為三法師兩萬五千石領地的代官。這看起來似乎是四宿老體制的肇始，但其實只是暫時的，四人也各自回了領國。隨著信長去世，織田政權的統治機構、政治組織都不復存在，甚至連政府所在的安土城都消失得無影無蹤。這正好證明了信長政權的獨裁性質。清洲會議實際上向世間宣布了織田政權的瓦解。
柴田勝家自殺
秀吉獲得京都、山城的意義重大。他進駐本圀寺後，眾公家絡繹不絕地前來拜訪。毛利派安國寺惠瓊前來祝賀他在戰爭中獲勝。秀吉在扼制西國街道的天王山修築山崎城作為統治山城的據點。十月十五日，他在京都大德寺為信長舉行了隆重的葬禮。棺材裡放進信長的木像，池田恆興之子池田輝政和身為秀吉養子的信長第五子秀勝分別在前後抬棺。因為朝廷追封信長為從一位太政大臣，故信長法號為「總見院殿贈大相國一品泰嚴大居士」。秀吉在大德寺修建安置信長牌位的總見院，並捐贈了一萬貫錢等物。通過這些活動，秀吉給世人留下了自己才是信長繼承者的印象，然後開始準備打倒他最大的對手柴田勝家。
十二月，秀吉算準勝家因大雪不能出動，出兵攻打了勝家養子柴田勝豐所在的近江長濱城，還順路攻打了岐阜城，信孝投降。秀吉擁戴與信孝對立的信雄，將自己攻打信孝的軍事行動正當化。第二年天正十一年二月，為了攻打信孝一方的瀧川一益，秀吉出兵伊勢。勝家則與加賀的佐久間盛政、能登的前田利家等人出兵至江北柳瀨（今滋賀縣余吳町）附近。為了結成對秀吉的包圍網，勝家和信孝試圖聯絡一心想返回朝廷的義昭、毛利、德川以及四國的長宗我部元親、高野山等勢力，還敦促伊賀眾也向南近江出兵，但沒能趕上。
秀吉也出兵江北，與勝家對峙。進入四月後，信孝呼應勝家舉兵，十六日秀吉緊急轉移到大垣城以應對信孝。趁這個空當，佐久間盛政在二十日襲擊了中川清秀防守的大岩山要塞，清秀戰死。接到大岩山要塞被襲的消息後，秀吉從大垣城出發，急行軍至木之本，於翌日二十一日清早就對盛政軍展開了進攻。福島正則和「賤岳七本槍」在這場戰役中立下了戰功。盛政軍被秀吉軍過於快速的反擊打了個措手不及，戰敗逃走，勝家眼看沒有支援，也只好撤兵，退回越前北莊。秀吉軍緊追不捨，先攻克了越前府中城，令前田利家投降，然後以此地為先鋒，於二十三日包圍了北莊城。二十四日清晨，勝家把妻子阿市的三個女兒送出城，託付給秀吉，然後登上天守閣，先殺死表示願意殉死的阿市和眾妻妾，然後放火、拔刀自戕，享年六十二歲。
秀吉繼續向加賀進軍，在平定了能登和越中後撤軍。信孝在被信雄攻克岐阜城後逃到尾張，五月二日在野間的大御堂寺（今愛知縣美濱町）自殺。七月，瀧川一益投降。
至此，以瓜分信長的天下統一事業遺產為中心，舊織田家中的主導權爭奪戰就告一段落了。除舊武田領地以外，信長原有的版圖被原封不動地劃給了秀吉。五月，秀吉向小早川隆景詳細通報了戰果。其中第十七條說，東至北條氏政、北至上杉景勝都已歸順，若毛利輝元也做好歸順的準備，那麼「日本之治，莫非超乎賴朝以來哉？」對天下統一做出展望。他舉出武家政權創始者源賴朝之名，在將自己定位為其繼承者的同時，也預言自身的政權將擁有比賴朝以來所有武家政權更強大的統治力量。這封信中沒有一處提及信長。秀吉的目標是脫離信長，建立屬於自己的政權。
為此，秀吉將大本營設在大坂。五月二十五日，他將美濃國交給本來領有大坂的池田恆興，移居到大垣城；六月一日，進入京都；二日，在出席為信長一周年忌舉行的法事後進入大坂。規模遠超安土城的巨大城池——大坂城的營造工程開始了。
馬回和外樣的配置
在消滅柴田勝家後，為了鞏固自己的立足之地，秀吉需要逐漸加強對畿內近國的控制。
在進行戰後的論功行賞時，他首先於六月五日獎賞了有「賤岳七本槍」之稱的加藤清正、脅坂安治、加藤嘉明、平野長泰、片桐直盛（且元）、糟屋武則、石川一光（戰死，由其弟石川一宗繼任）和福島正則等人。他們都是秀吉的馬回，除福島以外本來都是只有三百石左右俸祿的小人物，這次因在秀吉面前立下大功而被封賞了三千石的領地。
信雄得到北伊勢、尾張和伊賀三國，住在清洲城。丹羽長秀得到了原屬柴田的越前國和加賀的兩郡。前田利家也得到了加賀兩郡，入主金澤。美濃的原信孝領地被分給了池田恆興。另外，稻葉一鐵、森長可等人原有的領地也得到了承認。其他信長重臣繼續管理東國與北陸，可以說領地均有增加。筒井順慶領有的大和、細川藤孝領有的丹後都未受到干涉。
但秀吉並沒有對他們放鬆警惕。他派馬回木村重茲入駐若狹的佐柿（今福井縣美濱町），派堀尾吉晴入駐高濱城（同縣高濱町），把丹波分給養子秀勝，把但馬和播磨分給了胞弟秀長。他還重視控制近江，把淺野長政安排到坂本，把加藤光泰安排到高島城。為了控制通向東國的交通要道，他把佐和山和自己的姓氏羽柴都給了堀秀政。除了大和以外的畿內諸國要麼成了直轄領，要麼分給了馬回。在播磨，龍野已經有了蜂須賀正勝，淡路也有仙石秀久駐守，瀨戶內海東部已在掌控之中。雖然可以看出秀吉的族人和馬回被安置在各個要衝，但這也表示秀吉自己的勢力範圍其實僅限於一個不太大的、以山城和攝津為中心的同心圓。
小牧、長久手之戰
西邊的毛利自從天正十年的和解以來一直與秀吉交好。秀吉消滅勝家、掌握信長全部舊有領地後，毛利答應送上人質。這樣，秀吉眼下的任務就只有征服東國了。
織田信雄在被秀吉利用的情況下仍然不斷擴大自己的領地，且為了對抗秀吉私下與家康接近。家康把勢力擴大到甲斐和信濃一帶，在天正十年十月二十九日，與同樣從信濃進軍到甲斐的北條氏直議和，約定甲斐和信濃為家康領地，上野為北條領地。第二年，家康的女兒督姬與北條氏直成婚，兩者的同盟關係加強，形成了與秀吉對抗的一大勢力。在信濃地區，上杉景勝控制北信四郡，武田舊臣真田昌幸控制著小縣郡，除此以外，西部還有木曾義昌和小笠原貞慶等人。家康收編了真田及其手下，與上杉對抗。北條不斷侵略常陸和下野，同時試圖奪取真田領地內的北上野（沼田領），結果為自己招來滅頂之災，於天正十八年滅亡。為了對抗北條、德川同盟，上杉景勝和常陸的佐竹則向秀吉靠攏。
天正十二年三月，信雄命令三名與秀吉私通的家老切腹。因為事先約好以此為信號，家康馬上帶了一支三千人的軍隊前往清洲，十三日與信雄會合。他們與四國的長宗我部元親、紀州的雜賀一揆和根來眾、越中的佐佐成政等人聯手。為了與之對抗，秀吉與北陸的前田、丹羽、上杉等人結盟以防備成政，並命令宇喜多防備毛利。
信雄勢力攻打伊勢龜山城時，美濃的池田恆興和森長可等人趁機攻占了尾張的犬山城。為此，家康和信雄在要衝之地——小牧山設下陣地，秀吉也向尾張進發。但因為紀州的一揆勢力帶領三萬大軍攻打和泉岸的和田城，另有一支隊伍攻向大坂城，使秀吉動彈不得。直到中村一氏和黑田長政等人擊退了一揆勢力，秀吉才終於在二十八日將軍隊推進到樂田（今愛知縣犬山市），與小牧山對峙。
四月六日，秀吉任命侄子三好秀次（後改名豐臣秀次，秀吉姊之子）為大將，率池田恆興父子和森長可等一萬六千大軍向家康後方的三河出發。得知此事的家康悄悄尾隨其後，於九日清早在長久手（今長久手町）發動突襲，活捉了恆興父子和森長可，逼退秀次，獲得了全面的勝利。這就是長久手之戰。此後雙方紛紛撤軍，雖然也發生過局部的攻防戰，但未能決定勝負。於是，秀吉嘗試同信雄議和，向其施加壓力，並於十一月十五日達成和解。家康也順勢響應，送次子義丸（十一歲，改名秀康）到大坂做秀吉養子（實際上是人質）。但這並不意味著家康敗北或者臣服。
秀吉並沒有取勝。他的閃電作戰遭遇了挫折。家康成了秀吉統一天下事業最大的障礙。一直以來，秀吉沿著信長「天下布武」——也即武力統一的道路一路邁進，但是當戰局陷入僵持且沒有任何好轉的跡象，他便果斷地決定轉變路線。