在法國歷史上，「宗教戰爭」的影響是不容忽視的。事實上，與國內外天主教反對勢力戰爭的結束並不意味著宗教戰爭的完結，兩派教徒間信仰矛盾與利益衝突等同樣是宗教戰爭不斷發展的重要原因。

1597年，就在對抗天主教反對勢力的戰爭接近尾聲時，王國內新教徒的離心力反而強化，一份新教徒的「申怨書」在王國內印刷流傳，呼籲法國國王亨利四世關注他曾經的效忠追隨者新教徒的利益，甚至出現他們不惜用兵的傳聞。

不過此時，法國國王亨利四世已從對敵戰爭中逐漸脫身，終於更有精力與實力解決國內新教臣民的長期訴求經過多次談判協調，他領導簽署了著名的《南特敕令》。（1598年4月30日）該敕令於次年被巴黎高等法院查核登記，自此正式頒布。

這份寬容敕令相對而言得到一定程度推行，具有重要的時代與歷史意義，被法國歷史學家雅妮娜·加里松評價為：「奠定法國今後80宗教和平的基礎」，「是日後宗教寬容的先驅」。

法國國王亨利四世若不能兼顧兩派教徒的迫切需求，信仰分歧還會成為封建勢力對抗王權的藉口，宗教戰爭難以畫上圓滿句號，就這一點而言，南特敕令的頒布可被視為宗教戰爭結束的重要標誌與最後階段。

美國學者皮茨概括指出兩派教徒的主要意見分歧：「長期以來，新教徒的要求包括：在王國各地公開禮拜的權利、接受公正司法的權利、傾向兩教派混合式的司法機構的管理、在大學學習以及從業的權利、進入公職的權利（包括司法職位及王室任命）；強調保安措施，要求維持駐防地、控制要塞及設防城鎮的權利。」

與此同時，天主教徒則抨擊新教徒已取得的特別待遇，並對以下兩點憤憤不平——即新教徒拒絕放棄從天主教堂搶走的財產或其他要物，而且他們在其管轄地區禁止天主教禮拜。此外，新教徒嘲笑、違背天主教儀式及宗教節日的行為，也讓天主教徒甚為惱怒。

據官方史學家帕爾馬-卡耶，新教派方面還希望不再繳納「什一稅」，以便保證新教牧師的薪俸。由此可見，兩派教徒的矛盾不單涉及信仰分歧，還牽涉社會權益、經濟軍事利益與文化衝突等多方面的問題，因此比較棘手，甚至到了「牽一髮而動全身」的地步。如何解決這些問題，考驗著執政者的手腕與智慧。

就雙方爭執的安全地而言，正如法國歷史學家雅妮娜·加里松教授所強調的：「安全地不僅在保障新教徒安全方面有重要作用，對於新教顯貴更是尤為重要，後者在其駐防地擔任督軍或官員法國國王亨利四世在接管巴黎後自視所有效忠臣民的保護人，強調兩派宗教人士和解，在官員任命受封方面兼顧雙方利益。

宗教之間的矛盾與戰爭

但宗教矛盾依舊存在，新教徒在很多社會權益方面沒有實質性改觀。1594年9月，對於新教大臣布永受封法蘭西元帥一事，重建的巴黎高等法院表現出抵制與拒絕，最終在國王亨利四世的強烈要求下，布永公爵的元帥之職才勉強得以登記。

宗教矛盾與戰爭沒有隨著巴黎的歸順而停息，占多數群體的天主教徒難以接受宗教寬容思想，新教方面自法國國王亨利四世改宗後承受著巨大壓力與焦慮，他們需要王國法律層面的正式承認與保護。

法國國王亨利四世改宗前曾經多次承諾會保障新教徒的社會權益，1593至1596年，新教大會在迪普萊西-莫爾奈等大臣的發起與法國國王亨利四世默許下逐年召開，不斷向國王提出要求。

然而直至1597年，法國國王亨利四世一直處於兩難境地，阻礙其兌現承諾的困難重重。首先，他在進入巴黎後仍面臨宗教信任危機，天主教方面懷疑其改宗真誠性的聲音尤在，狂熱信徒耶會會士不斷製造刺殺活動。

1594年底，19歲青年讓沙泰爾欲行刺殺未遂，但刺傷法國國王亨利四世的唇部及牙齒，此人被處死後卻受到天主教同盟殘餘力量的褒揚，被贊為殉教者。這種社會思潮無疑會動搖亨利四世的統治與權力基礎，民意的洶湧讓他不得不慎重對待新教方面的種種事務。

其次，他需要獲得教皇的信任與承認，這既有王國政治層面的考慮，也有其個人需要——法國國王亨利四世與王后瑪格麗特的婚姻多年來名存實亡，他沒有合法繼承人，他需要教皇同意解除自己與瑪格麗特的婚姻。

此外，國王頒布的赦令需要經過巴黎等地高等法院登記才有效，早在瓦盧瓦王朝弗朗索瓦一世時期，未經高等法院登記的法律與判決在民眾看來就是缺乏權威的。

1591年，亨利四世特地確認前王朝曾經頒布的宗教寬容救令，但高等法院人士拒絕接受其中一些條款如允許新教徒「擔任王國內任何身份、官職與頭銜」，因此當時的圖爾高等法院「阻止任命新教徒擔任官職」，新教徒「在王家官職就任者寥寥無幾」。

因此，法國國王亨利四世必須有能力說服高等法院登記宗教寬容救令。最後，阻礙王國實現宗教寬容還有一個重要的外界因素——即西班牙的干涉，這一點早在瓦盧瓦王室末年凱薩琳攝政時期就很明顯。

西班牙國王菲利普二世堅決反對新教在法國發展，並一再給馬延公爵等天主教同盟殘餘勢力提供軍事與財力幫助，因此從進入巴黎至1597年，法國國王亨利四世切需要解決西牙干涉內政的問題，他於1595年向西班牙宣戰，將更多精力花費在平息內外戰爭方面。

由於以上諸多阻礙，法國國王亨利四世未能儘快從王國法律方面實現保障新教徒及其派別的利益。

法國歷史學家喬治·杜比主編的《法國史》一書概括指出南特救令前的王國危機：「新教徒對他們這位從前的教友懷有疑慮和怨恨之情。

他們的少數派地位、針對他們的敵意言行，都使他們長期處於焦慮和好鬥的狀態，他們在9個大省擁有自己的議政會，可自行決定召開年度大會以商討本教派事務……王國出現了分裂。在君主制的法國，還存在一個宗教少數派構成的共和制聯邦。」

教會的分裂與新的內戰

王國的分裂和新內戰的危險並非一句空話，亞眠城牆下的新教首領拉特雷姆瓦爾和布永就曾拒絕加入國王的軍隊。據帕爾馬-卡耶記載，新教大會中多數代表還是持溫和立場的，不過在布永公與拉特穆瓦耶等大領主周圍聚集了少數強硬「憤懣派」，加劇著新教大會的分裂傾向。

原追隨者的分裂傾向讓法國國王亨利四世頗為擔憂，國內外戰爭尚未完全結束，面對新教大會不斷威逼以及布永等將領的撤軍威脅，法國國王亨利四世在老臣迪普菜西-莫爾奈調和下，於1596年9月承諾擬定宗教赦免條令。

1597年解救亞眠城事件，讓他體味到被原追隨者拋棄的滋味，最終王軍在缺乏新教軍事主力的情況下收復亞眠。

這場戰爭讓法國國王亨利四世感到新救令的迫切性，但也為他贏得制衡新教派的籌碼，同時自1597年起，對抗國內外天主教反對勢力的戰爭進入尾聲，他有精力解決宗教寬容赦令問題，也有更多權威迫使兩派和解讓步，達成新的寬容令。

1598年2月，布永公爵等新教代表與國王方面代表再度討論，達成一致意見，4月30日南特赦令最終得以簽署。

縱觀南特救令簽署的背景，新教徒方面施加的壓力以及其憤港人士的分裂傾向、對抗國內外天主教反對勢力的逐步勝利，這兩方面固然是該救令得以簽署的重要與直接原因；而自瓦盧瓦王朝末年不斷發展的寬容敕令以及新教團體多年的獨立發展則是其深層次歷史原因，新教徒人數雖少但軍事外交實力不可小覷，切實推行宗教寬容是當時結束法國宗教戰爭的必經之路。

同時法國國王亨利四世以統一所有效忠臣民、建立新法蘭西統一體為使命，他的堅強意志與決心更是促成南特敦令誕生的重要因素，新教徒在他眼中與原天主教徒一樣是法蘭西臣民，新教徒歷經數十年宗教戰爭頑強存在，改變了法蘭西原有天主教一統的格局，是新法蘭西臣民不可或缺的部分。

作為這一新法蘭西的國王，法國國王亨利四世有必要保障這部分臣民的社會權益，並促成所有新法蘭西臣民群體的融合與和解，沒有救令就無法鞏固和平成果，因此，王權與新統一體的利益成為關係到南特救令頒布的關鍵要素。