濫刑廢止後，武則天的政治歷史進入了一個新的階段。這個階段的開始，當以聖曆元年(698年)九月復立廬陵王李顯當太子為標誌。這是武則天稱帝的後期。這時武則天的地位鞏固了，政治上出現了與以前實行恐怖政策時期大不相同的景象。
首先，這是因為武則天最後放棄了酷吏政治，酷吏大多罹罪。丘神勣、周興、索元禮、來子珣、侯思止、王弘義、來俊臣等在萬歲通天二年前相繼被殺。萬國俊等六道殺流人使也相繼死或流放而終。郭霸在聖歷年間發瘋自殺。到神龍元年三月中宗下詔懲治酷吏時，所列舉的27人中，在世的僅劉景陽、唐奉一、李秦授、曹仁哲四人，他們在武則天晚年多已配流，不見有什麼活動。刑部、大理寺和御史台等司法監察機構盡用了「用法平允」的徐有功和反對酷吏的魏元忠、張柬之、桓彥范、袁恕己、宋璟、韋嗣立、紀履忠等人。
第三，在這階段里，武則天還按群臣的要求，多次發布詔敕，雪免過去陷於濫刑的人。長安二年(702年)八月，武則天下敕：「自今有告揚州及豫、博餘黨，一無所問，內外官司無得為理。」十一月，武則天命蘇頲複查來俊臣等辦的舊獄，「由此雪冤者甚眾」，長安四年(704年)十月，武則天起用岑長倩侄岑羲為天官員外郎，「由是諸緣坐者始得進用」。神龍元年(705年)正月初一，武則天大赦「非揚、豫、博三州及諸反逆魁首」的所有自文明元年(684年)自己臨朝稱制以來的「得罪者」。這是應李嶠、崔玄暐、桓彥范等一再奏請雪免被周興等所劾破家者辦的。可以說，武則天在退出政治舞台前，自己把搞濫刑造成的冤獄基本上平反了。
在政治氣氛改善的背景下，武則天復立廬陵王為太子。
武則天以一個女性稱帝，改朝換代，建立武周是成功了，但不可避免地在儲君問題上要遇到麻煩。如果傳位給兒子，那勢必復辟李唐王朝，使武周政權一世而亡；如果要保持武周王朝，只得傳位給武姓侄子，可是將來享受宗廟血食的如何能有她這個當姑姑、姑奶奶的份。大家都明白，已經降為皇嗣的睿宗李旦的地位是不作數的，李武兩姓儲位之爭明里暗裡激烈地進行著。武則天在這件事上舉棋不定，使以武承嗣、武三思為首的武家子侄們躍躍欲試，甚至曾聯合酷吏迫害李氏宗室，在前述酷吏政治情況中已可看出這場鬥爭持續多年。在武則天臨朝稱制時期，凡提出要太后返政復子明辟的都以忤逆罪受到嚴酷處置。
洛陽人王慶之等數百人上表請立武承嗣為皇太子，武則天問他：「皇嗣我子，奈何廢之?」王慶之引用《左傳》晉大夫狐突之言說：「神不歆非類，民不祀非族，今誰有天下，而以李氏為嗣乎!」武則天問宰相，岑長倩以皇嗣在東宮，不宜有此議。宰相格輔元也固稱不可，「由是大忤諸武意」，他倆和宰相歐陽通等數十人下制獄，被來俊臣刑訊逼供後處死。李昭德則假借聖命杖責後撲殺王慶之，宣言：「此賊欲廢我皇嗣，立武承嗣。」雙方爭奪已白熱化到喋血宮門的程度。這時李昭德是反武承嗣派核心，他見武則天有立武承嗣之意，勸說道：「臣聞文武之道，布在方策，豈有侄為天子而為姑立廟乎!以親親言之，則天皇是陛下夫也，皇嗣是陛下子也，陛下正合傳之子孫，為萬代計。況陛下承天皇顧托而有天下，若立承嗣，臣恐天皇不血食矣。」武則天聽取了這意見，放棄了改立武承嗣為皇太子的考慮。李昭德還曾密奏：「承嗣陛下之侄，又是親王，不宜更在機權，以惑眾庶。且自古帝王，父子之間，猶相篡奪，況在姑侄，豈得委權與之?脫若乘便，寶位寧可安乎?」長壽元年(692年)八月武承嗣罷知政事，李昭德入相。武承嗣又反譖李昭德，武則天說：「自我任昭德，每獲高臥，是代我勞苦，非汝所及也。」
但是，在這件事上武則天以後還有反覆，李武兩黨之間的爭奪更沒有就此罷休，反李勢力把鬥爭的矛頭直指皇嗣李旦，在長壽二年初的一場軒然大波中，皇嗣妃劉氏、德妃竇氏被譖殺，竇氏的父母即唐玄宗外公外婆受誅連，由於徐有功捨命相救才減死貶流。皇嗣也被告有異謀，來俊臣奉命鞫審，若非安金藏剖心以明皇嗣不反，他的性命也岌岌可危。當時皇嗣的長子封為皇孫的李成器被降為壽春王，取消了第二儲君的身份。這些事變的原因表面上有些偶然，實際全是以皇嗣地位的動搖為大前提的。
萬歲通天元年(696年)以後，政治形勢有些變化。與契丹入犯河北有關，起用狄仁傑、姚崇、王及善，他們先後拜相，是李昭德之後保皇嗣派的領袖；薛懷義、沈南璆之後，張易之、張昌宗兄弟成為武則天新的男寵，武承嗣、武三思等都候其門庭，爭執鞭轡，這股新的政治勢力的興起，首先使諸武在政治舞台上黯然失色；由於來俊臣羅告諸武和太平公主、皇嗣及廬陵王，迫使他們聯合起來對付令人可怖的來俊臣，結果來俊臣和得罪了諸武的李昭德一起棄市，李武關係發生著微妙的變化。
聖曆元年(698年)三月，廬陵王被秘密接回神都，狄仁傑不知，還為此事「慷慨敷奏，言發流涕」，武則天讓李顯從帳中出來，對狄仁傑說：「還卿儲君」，狄仁傑「降階泣賀」。八月，武承嗣恨不得為太子，怏快而死，九月，皇嗣李旦聰明地「固請遜位」，武則天復立廬陵王李顯為太子。
15年前，武則天廢了唐中宗，他被幽閉在房州，「備嘗艱危，……每聞敕使至，輒惶恐欲自殺」。這時又把他接回來立為皇太子，是不能簡單地以「母子之情」解釋的，更不是什麼「事久而天理定，事過而善心生」。她迷信自己將來「配食」、「祔廟」的後事，更要面對「天下思唐德久矣」的現實，作出合乎士庶民心的決定，從而平息李武兩姓長達八年的爭奪，與結束酷吏政治一起消除不安定因素，開創最後一段新的政治局面。
武則天「恐百歲後為唐宗室躪藉無死所」又「慮身後太子與諸武不相容」，乃命太子、相王、太子公主與武攸暨等「誓明堂，告天地，為鐵券使藏史館」。還放太子、相王諸子復出閣，恢復自由，這些措施立時改善了政治氣氛，無論武則天與李顯、李旦的關係，還是李顯與武三思為首的諸武的關係，一時都融洽起來。外廷交待給狄仁傑、姚崇等人，使未來的權力轉回李氏手裡更有保證。
復立廬陵王的決策對緩和當時緊張的民族關係也起了良好的作用。萬歲通天元年(696年)，契丹人李盡忠、孫萬榮起兵反，先後攻陷營州、檀州、幽州、冀州、趙州，在河北抄掠。騷擾很大，契丹兵圍幽州時檄文中說：「還我廬陵相王來。」聖曆元年八月，突厥默啜可汗拒絕淮陽王武延秀(武承嗣子)前去迎娶其女，說：「我世受李氏恩，欲以女嫁李氏，安用武氏兒。聞李氏惟兩兒在，我將兵輔立之。」默啜這次軍勢很盛，陷定州，圍趙州，河北形勢十分危急，武則天兩次調集45萬大軍窮於應付。復立廬陵王就是那下一個月的事，這樣做可以穩定內部，防止在太子問題上鬧起來，裡應外合，加深危機。薛訥受命出將時對武則天說：「醜虜憑陵，以廬陵為辭。今雖有制升儲，外議猶恐未定，若此命不易，則狂賊自然款伏。」這話揭示了復立廬陵王和默啜進犯事件之間的聯繫。無論如何，儲位問題已成為契丹、突厥起兵的口實，促使武則天要及早加以解決。而廬陵王的復立也確實對軍事形勢有影響，史書記道：「頊初至州募人，略無應者，俄而詔以皇太子為元帥，應募者不可勝數。」「先是，募人月余不滿千人，及聞太子為元帥，應募者雲集，未幾，數盈五萬。」這樣一來，默啜在當月就退兵了。
在李武兩姓中，武則天選定李姓為繼承人與當時階級鬥爭的形勢也不無關係。神功和聖歷年間，河北、山東地區出現「賊徒滋蔓」、「中土不安」的情況，階級關係局部緊張，這和契丹、突厥的侵擾及修明堂、天堂，鑄天樞、九州鼎等勞民傷財的事有關，也和以武懿宗為代表的官吏的腐敗殘暴有關。萬歲通天二年武則天堂侄武懿宗受命抗擊契丹軍，可是他臨陣脫逃，致使趙州失陷被屠。契丹事平後，武懿宗又被派去「安撫河北」，他大殺被契丹裹脅的百姓，河北人仇恨地將他和契丹將何阿小並列，說：「惟此兩何，殺人最多。」人民的情緒反映在王求禮的話里，他說：「請先斬懿宗以謝河北!」這使武則天不能立有民憤的武姓子侄。
太子立李而不立武是有積極意義的，這不僅對當時的民族關係和階級關係有相當大的影響，而且從此阻止了武氏諸王圖謀太子地位的活動，適時地壓抑了諸武的氣焰，使他們在武則天在世時，沒能像在唐中宗時那樣仗勢用事，那樣嚴重地危害政治，危害下層人民。武則天也因此與太子李顯及李唐皇室擁戴者恢復重建了和諧的關係，於是「乾坤交泰，陰陽和而風雨調，遠肅邇安，兵戈戢而烽燧靜」。武則天贏得了最後一段比較安定輕鬆的日子，贏得了她死後的哀榮。無疑，復立廬陵王為太子一事是放棄酷吏政治之後這位女政治家晚年的又一巨大成功。