東漢建立後，劉秀對中央官制進行一些改革，這些改革不僅加強了皇權，維護了封建專制中央集權的統治，而且對「退功臣而進文吏」的順利實施也起到了一定的作用。
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（一）雖置三公、事歸台閣
秦始皇統一天下後，釆用丞相制度。西漢建立後承襲秦制，西漢到成帝時，又將丞相制改成三公制。但鑑於西漢霍光與王莽都是以大司馬、大將軍專權的教訓，東漢建立後，劉秀對三公權力進行了削弱。但實際上，東漢初年，劉秀通過對中樞權力機構的改革，削弱了三公實權，而將軍國大事、典要機密等實權轉歸了尚書。
東漢三公不僅不得預聞選舉誅賞，甚至三公彈劾近臣都遭到尚書的質問。東漢初年，三公的權力雖然被削弱，但其地位仍然很尊貴，皇帝與朝臣會見三公，均加禮敬，其地位權勢依然相當。進一步降低三公地位。此外，劉秀在大司徒侯霸死後，雖然追封其為則鄉侯，但此後對「位三公者，皆不復有茅土之封」，可見，劉秀對三公權勢進行了很大抑制削弱。
在削弱三公權力的同時，劉秀則加強了尚書台的權力。尚書在西漢僅執掌文書，武帝後其權力逐漸增大，東漢初年劉秀鑑於西漢王莽教訓，為獨攬大權，將國家大權集中於尚書台。東漢初年，三公權力受到削弱，而尚書台已成為實際上的最高權力機構。
劉秀將三公權力轉歸尚書台的目的是為了加強皇權，獨攬大政，避免霍光、王莽的事情發生。前文已提到，那些為東漢的建立立下戰功的功臣，如果權勢增大，勢必威脅皇權。因此，東漢建立後，劉秀一方面力圖將功臣排除三公之外，另一方面對於任職三公的功臣，也通過這種削弱三公權力的方式，加以防範控制。
從上面這些人當中可以看出，在東漢劉秀時期，在雲台二十八將當中，任三公的功臣只有鄧禹、吳漢、劉隆、王梁四人，僅占二十八將中的七分之一。鄧禹在建武元年至建武三年任大司徒，吳漢從建武元年到建武二十年任大司馬，劉隆從建武二十到建武二十八年任大司馬，王梁在建武元年到建武二年任大司空。
在這四人當中，鄧禹任大司徒僅兩年，王梁任大司空僅一年。建武之初，劉秀實際上本意想以伏湛為大司徒，只因剛建國，功臣憑戰功而話語權較強，對劉秀有所制約，劉秀才任用鄧禹為大司徒，直到建武三年，鄧禹平定關中失利，劉秀趁機罷免了鄧禹的大司徒職位，以伏湛替之。然而，鄧禹雖然在建武元年到建武三年任大司徒，但由於其領兵在外，其大司徒一職也是僅有虛位，而無實際職權。
可見，建武元年到建武三年，實際行使大司徒權力的是伏湛。鄧禹在建武三年平定關中失利回朝後，被罷大司徒職位。對此，有人認為，這是劉秀賞罰公正的重要表現。如果說，鄧禹因軍事失利，沒有建立戰功，受到處罰而被罷免大司徒，那麼伏湛又有何戰功而當上大司徒的呢？東漢初年的許多功臣名將，如吳漢、寇恂等都是鄧禹給薦舉劉秀的，即使鄧禹在關中失利，繼續留任大司徒也是可以的。
由此，可以看出，劉秀罷免鄧禹而用伏湛為大司徒，鄧禹關中失利只是個理由，而實質用意是限制功臣權勢增大，任用無戰功的文官，不但可以對功臣的軍功在行政上加以牽制制約，而且文官容易操縱控制，有利於皇權的加強。因而，在東漢劉秀朝，自鄧禹後，作為當時國家行政運轉總樞紐的大司徒就再也沒有功臣擔任過。
王梁任大司空僅一年，對於王梁任大司空，可謂頗具戲劇性。可見，劉秀任王梁為大司空是根據讖緯決斷的。而劉秀根據讖緯任命王梁為大司空卻沒有引起「眾咸不悅」。這說明王梁任大司空，除了劉秀以讖緯決事外，還憑的是戰功。熊鐵基先生曾指出「讖緯不會興起得很早，但王莽時'炒價'已很高，是他首先想利用起來為自己的統治服務，劉秀不過是面對即成的現實而加以利用」。
因而，儘管劉秀相信讖緯，但在實際問題上他還是理智的，不用功臣任吏職是其統治方略，王梁任大司空僅一年，就被宋弘代替。劉秀一朝，除王梁外，雲台二十八功臣中再無他人擔任司空一職。劉秀不任功臣為司空，也是為了限制功臣權勢，防止功臣坐大。
東漢初年劉秀一朝的功臣中，只有吳漢從建武元年到建武二十年一直任大司馬，劉隆從建武二十年吳漢死後，接任大司馬到建武二十八年。在《後漢書•百官志》中，范曄將太尉放在大司徒和大司空之前，說明在東漢大司馬位三公之首。然而對這一重要職位，劉秀讓位列雲台二十八將第二的吳漢一直任職到其去世，這4以乎與其限制功臣任吏職，加強皇權的統治方略不符合。對此主要由以下幾個原因。
第一、劉秀稱帝後，天下處於軍閥割據的狀況，戰事頻繁，而大司馬主要「掌四方兵事功課」。為適應戰爭的需要，大司馬一職需要由具有戰功和戰爭經驗的將領來擔任。作為掌管軍事的大司馬是要負責戰爭任務的，吳漢在功臣中，排在前列，戰功赫赫，由其擔任比較合適。
東漢劉秀時期，即使在天下統一後，也是戰事不斷。如建武十三年以後北方邊境有跟軍閥盧芳以及匈奴、烏桓等的戰事，西部有跟羌寇的戰事，南部有交趾、各蠻夷的戰事等。此外，在內部還有建武十七年「妖巫李廣等群起據皖城」。頻繁的戰事都需要掌管兵事的大司馬處理。可見，東漢初年，吳漢是因戰爭的需要而能任職大司馬的。
第二、東漢建立後，劉秀採取「雖置三公，事歸台閣」的改革措施，三公權力大大削弱。另外，前文已提到，建武十三年劉秀對吳漢即沒增封也沒更封，在分封上已經加以限制了。可見，即使吳漢在東漢劉秀時期一直任職大司馬，但其權勢也是受到了很大抑制的。
第三、吳漢個人性格素質方面的原因。儘管由於以上原因，吳漢能夠在東漢劉秀時期一直任職大司馬，但鑑於西漢末年王莽篡漢的教訓，劉秀對吳漢作為功臣任大司馬仍然不放心。建武二十年劉秀在大病初癒後，有以其小舅子陰興代替吳漢任大司馬的想法。這說明，在劉秀真正的內心意識中，還是信任其外戚親屬，而不信任功臣的。
顯然，王夫之對劉秀信任外戚，不信任功臣是持批評態度的。但在當時歷史條件下，劉秀一時找不到一個從制度上解決防止大臣專權的方法，只能靠著這種抑制防範的方式以免一時之患。劉隆是在建武二十年，吳漢去世後，接任大司馬的。其原因：一是與吳漢一樣，劉秀需要一名功臣將領任大司馬；二是劉隆為南陽宗室，並且劉隆任官職經歷起伏，容易控制。
從劉秀對中樞權力機構的改革可以看出，東漢初年劉秀鑑於西漢教訓，為防範三公權勢坐大，威脅皇權，便大力削弱三公的權力，而增加尚書台的權力。同時，在這一過程中，劉秀儘量的將功臣排斥在三公之外，即使是任職三公的功臣也極力地加以防範抑制。
（二）加強監察機構
除了對中樞權力進行改革外，東漢初年劉秀還在西漢的基礎上，改革完善了監察制度，以實現對官員的有效監督，來加強皇權，維護統治。劉秀改革完善監察機構主要包括加強御史中丞、司隸校尉的監察權力，以及在地方復置刺史。東漢建立後，劉秀將西漢（成帝以前）時御史大夫作為全國最高監察長官的職權轉交給御史中丞，御史中丞在秦和西漢（成帝以前）是御史大夫的主要屬丞，其祿秩僅千石。
可見，東漢時期御史中丞掌管的御史台已經成為最高監察機構。劉秀取消地位較高的御史大夫，而任用僅千石的御史中丞來監察百官，與「台閣"一樣，都是釆用以低制高的統治方略，這樣更有利於劉秀對御史中丞的操縱控制，有利於皇權的加強。除了以御史中丞加強監察外，劉秀還恢復了西漢時期的司隸校尉來加強監察。司隸校尉西漢武帝時設置，成帝時廢除，東漢建立後劉秀重新建置。
可見，司隸校尉內查京師百官，外部州郡、並領一州，權力很大，三公以下，無論尊卑、無所不糾。東漢初年，劉秀通過加強御史中丞、司隸校尉的監察權力，形成了從中央到地方強有力的監察系統，這一系統在東漢初年，為打擊外戚、功臣等違法亂紀，穩固統治起到了重要作用。
從「斯固法令整齊，下無作威者」可以看出，劉秀在西漢的基礎上，改革建立起來的這套嚴密的監察制度，對加強對官員的監督，鞏固皇權是相當有作用的。同時，嚴密的監察制度對劉秀在東漢初年，防範功臣坐大，抑制功臣也是有很大的作用的。嚴密的監察，不僅能對任官職的功臣進行有效的監察，以加強對其控制，而且對那些沒有任官職的功臣，也能對他們的違法活動進行監察彈劾，使他們不敢違法亂紀。
東漢初年，劉秀為加強統治，鞏固政權，對中央官職進行了一些改革。這些改革不僅對三公權力進行了削弱，而且還加強了對全國各級官員的監察管理。這些改革，也防範了功臣權勢的增長，有利於「退功臣」的順利實施。