1402年，朱元璋的第四子、燕王朱棣攻入南京，取代自己的侄子建文帝朱允炆成為大明帝國新的統治者，是為明成祖。
朱棣上台後，仿照大封那些跟隨他打「靖難之役」的功臣們，朱棣曾經的燕王舊部成為帝國新的統治中堅力量，是為「靖難勛貴集團」。而當年跟隨朱元璋建立大明帝國的「洪武開國功臣集團」因為朱元璋晚年的「大清洗」以及靖難之役的已經消耗殆盡。於是「靖難勛貴集團」成為了大明帝國最重要的政治力量，特別是他們掌握著大明帝國最重要的軍權，朱棣賴以爭雄天下的京師三大營（五軍營、三千營、神機營）的將官幾乎全部出自「靖難勛貴集團」。
彼時，朱棣剛剛取得政權，再加上北方草原的威脅以及中南半島的戰事（安南之役），使得朱棣無法像朱元璋那樣對功臣們舉起屠刀，況且與朱元璋白手起家不同，朱棣的這幫功臣幾乎都是朱棣一手提拔的，朱棣對他們有絕對的掌控力，朱棣也犯不著對他們進行「大清洗」，落得個屠殺功臣的惡名。於是，大明帝國進入了皇權與功臣相互扶持的難得的蜜月期。
這一時期，大明帝國五征漠北、四征安南、進討遼東、平定西南，唱主角的無一不是靖難勛貴集團。
所謂「窮文富武」，在古代培養一個文官只需要幾本聖賢書，而培養一個武將可是要花血本的，光那些裝備就不是普通人家能負擔的起的，再加上明初極重軍功，所有軍人的地位還是崇高的，靖難功臣的後代們也樂於從軍習武，比如張玉的兒子張輔、朱能的兒子朱勇都是父子相習，也都是一時之名將。如果歷史一直這樣發展下去的話，大明帝國將會形成靖難勛貴集團掌控軍界，文官集團掌控政界，皇帝掌控最高權力居中制衡的文武平衡的良性競爭態勢。然而，後來的一場軍事災難徹底改變了這一切，也徹底改變了大明帝國的國運。
1449年，朱棣的曾孫明英宗朱祁鎮聽信宦官王振的慫恿，倉促之間統率明軍最精銳的京師三大營20萬精銳（對外號稱50萬）征討瓦剌部。因為準備不充分，且朱祁鎮從未經歷過戰事，使得明軍的指揮混亂，瓦剌太師也先利用明軍混亂的時機，在土木堡設伏大敗明軍，生擒朱祁鎮，曾經稱雄天下數十年的京師三大營全軍覆沒，大明帝國軍界的「柱石」靖難勛貴集團也為之一空，是為土木堡之變。
史載：「張輔、朱勇、駙馬井源、兵部尚書鄺埜、戶部尚書王佐、侍郎丁銘、王永和以及內閣成員曹鼎、張益等五十餘名隨行出征的明軍高級將官戰死。」其中最可惜的莫過於四朝元老、四征安南的常勝將軍、明軍的戰神級明軍張輔的陣亡，使得明軍的士氣跌落到了極點。
因為兵部侍郎（國防部副部長）于謙力挽狂瀾，指揮明軍在京師打退了也先的進攻，是為北京保衛戰。之後，于謙因為「奪門之變」的政治傾軋被冤殺，大明帝國的政治更加混亂。
土木堡之變後，靖難勛貴集團被「一鍋端」，大明帝國的文官集團得以接管帝國的軍權，從此大明的軍權和政權全部文官集團控制。而大明的皇帝為了制約膨脹的文官集團不得不重新尋找「幫手」，於是與皇權最親近的宦官被重用，這便是明朝中後期宦官專權的開始。以後明軍出征往往形成了文官主征、宦官監軍的奇怪局面，而無論是文官還是宦官，他們對打仗顯然沒有對搞政治鬥爭專業，曾經強盛一時的明軍也就是在這種奇葩體制下愈來愈弱。