關於商鞅之死，根據《史記·商君列傳》中所說，商鞅變法時，時為太子的贏駟觸犯了新法，將受到「劓刑」的處罰。
又因太子是國君的繼承人，若被割掉鼻子，這也太損一國之君的形象了，但這犯法的責任總要有個人來承擔。
於是，作為太子首傅的公子虔，便因監督不力，代太子受了「劓刑」，而且對於任何人的求情，商鞅都不准。
雖說，這種刑罰傷害性並不大，但對人的面子侮辱性卻極強。事後，公子虔閉門八年不出，徹底恨死了商鞅。
當秦孝公死後，太子贏駟即位，史稱秦惠王。
公子虔看到商鞅的大靠山倒了，再無顧忌，聯合諸多老世族，羅列出商鞅十大罪狀，其中最大的一條罪名就是「欲反」。於是，秦惠王下令逮捕商鞅。
商鞅得知消息後，逃到了前往魏國的邊境一帶，打算先在旅館留宿一夜。然而，由於商鞅沒有身份憑證，店家以「商君之法，舍人無驗者坐之」的律法條款絕對商鞅入住。
當時，商鞅感嘆道：「嗟乎，為法之敝一至此哉!」意思是說，唉！制定新法的遺害竟然到了這樣的地步。難道說，商鞅對自己變法的結果並不滿意，但這樣的結果不更說明他的變法更加徹底嗎，不應該感到欣慰嗎，又怎麼會發出這樣的感嘆？
接著，商鞅想去魏國，但魏國卻以他曾生擒公子卬為由，而拒絕入境。其實，這還不算什麼，最大的仇恨應該是商鞅迫使魏國將河西地區割讓給秦國以做為媾和的條件。同時，魏國為了自身安全，也將國都遷到了遠離秦國邊境的大梁。
可以說，這些仇怨可都是鞅商造成的。事後，魏惠王還很後悔當初沒有聽從公叔痤的意見，殺掉商鞅。
那麼，問題來了。秦魏之間的這些仇恨，可都是商鞅一手造成的，以他的智商，為何放著臨近的齊楚兩國不去，反而要去有仇的魏國呢？是把商鞅當成傻子、莽夫了嗎？
再說，從秦國國都咸陽到達魏國邊城安邑（山西夏縣），以現代的交通條件，也要300多公里。如果，秦國的新法在邊境一帶推行的都如此徹底，而靠近咸陽一帶應該推行的更加徹底才對。那麼，商鞅在沒有身份憑證和在全國通緝他的情況下，他又是如何逃到邊境一帶投宿的？
更何況，從秦魏邊關達到商鞅的封地商於（今陝西商洛市，為古代秦楚邊境地域名，以秦嶺「商」開始，以武關後「於」結束，中間「六百里」地的合稱），也要300多公里，同樣是現代交通條件下的路程，那時他又是如何通過重重關卡潛伏回封地的。
有時，事情不能太深挖，似乎越深挖，漏洞就越多。
按照《史記·商君列傳》的說法：
商君既復入秦，走商邑，與其徒屬發邑兵北出擊鄭。秦發兵攻商君，殺之於鄭黽池。秦惠王車裂商君以徇，曰：「莫如商鞅反者！」遂滅商君之家。
這裡說到，商鞅回到封地商於後，組織封地的邑兵，出兵北向攻打鄭縣（一說鄭國），但無論是鄭國，還是鄭縣，都是站不住腳的。
因為，若是鄭縣，也就是現在的陝西省渭南市華州區，商於到鄭縣的現在距離是130多公里，但當時若想從商於到達鄭縣，需要翻越一座熊耳大山，其路程何至千里。若是鄭國，也就是現的河南省長葛市，現在的距離有500多公里，就更不可能了。
如果，商鞅真想謀反，干麻不直接攻打就近的咸陽，何必跟遠離咸陽的鄭縣或鄭國撒氣。如果是逃向鄭縣，更說過不去。明明放著較為安全的東南方向不逃，卻偏偏要向比較危險的西北方向鄭縣逃，難道商鞅不識方向，不識周邊輿情嗎？
同時，按照司馬遷的描寫，當時的商鞅已成為喪家之犬，住不了店，出不了國，萬般無奈之下，才逃回封地。在這種情況下，封地之民不但沒有將他送交官府，而且還跟著他一起謀反，難道這麼多人不怕家人受連累，謀反可是「滅門」的死罪？重點是，他若真有謀反的念頭，就應該直接逃回封地，策劃謀反，而不是逃往邊關、逃往他國。至少，也可以據守武關、熊耳山等險要，聯合其他受到秦國威脅的諸侯，割地稱王，豈不快哉！
還有關於商鞅死在澠池的說法，商鞅明明在攻打「鄭」，秦國發兵討伐商鞅，商鞅不應該死在「鄭」嗎，咋又會被殺死在200多公里（現在交通里程）外的澠池？如果，是商鞅逃到澠池被殺，至少也應該加上這樣的字詞吧。司馬遷連商鞅逃到邊關與旅店店家的對話，這樣無關痛癢的細節，在近200年後都能如數家珍，而關於商鞅之死這麼重要的環節，難道反而搞不清楚了嗎？
所以說，關於商鞅之死，很大可能，秦惠王只不過給了世人一個較為有說服力的理由罷了。
此外，關於商鞅逃難一節，在《戰國策》中也沒記載。理由只有一個，不知為不知吧。
那麼，有關商鞅逃到邊關與旅店店家的一番精彩對話，近200年過去了，究竟是誰給傳下來的，這也很可能是司馬遷為了《史記·商君列傳》中事件的邏輯性，以「一家之言」給增添上去的。
可是，司馬遷為何要這麼做呢？這一點，或許能從司馬遷對商鞅的評價看出一些端倪：
商君，其天資刻薄人也。跡其欲干孝公以帝王術，挾持浮說，非其質矣。且所因由嬖臣，及得用，刑公子虔，欺魏將昂，不師趙良之言，亦足發明商君之少恩矣。余嘗讀商君開塞耕戰書，與其人行事相類。卒受惡名於秦，有以也夫!
在司馬遷的眼中，商鞅變法的天大功績似乎無關緊要，反而對他並不緊要的一些問題卻是大講其過，這不知究竟何故？
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