靖康二年（1127年）五月初一，趙構在南京應天府(今河南省商丘縣南)即位,改年號為「建炎」。即位後，要解決的第一件大事，就是定都問題。
根據當時金兵不時南侵以及應天府所處的地理位置，南宋朝廷不可能長遠在那裡建都。但是，到哪裡去，這個問題在當時著實經過了一番周折。
建炎元年(1127年)六月，李綱拜相後的第二天，就向趙構提出了巡幸方案，認為「關中為上，襄、鄧(今河南鄧縣)次之，建康(今江蘇南京市)又次之」。他還建議定四都，即長安(今陝西西安市)為西都，襄陽為南都，建康為東都，再加上汴梁(今開封市)，並叫地方官修葺城池，建造宮室，積儲糧草，以備皇帝巡幸。
李綱提出的理由是：「一則藉巡幸之名，使國勢不失於太弱，二則不置定都，使敵國無所窺向，三則四方望幸，使奸臣無所覬覦」。他要趙構在出巡之前先回汴京拜謁宗廟社稷，以安定民心。
趙構同意了這個方案，並叫留守司修治京城，準備車馬還闕款謁宗廟。但由於當時正值即位之初，國事紛繁，一時走不起身，於是就拖了下來。
半個月後，汴京留守使宗澤也上了一道奏疏，表示反對趙構巡幸建康，他認為高宗應該暫時留在應天府，然後直接返回汴京。
到了七月中旬辛丑(十三日)，趙構下了一道詔書：「朕根據時勢並權衡，準備效法古時帝王的巡狩，駐蹕在城郊，號令召集軍馬，以防金人在秋高氣寒時再來犯界。金人來時，朕將親督六師，以援京城及河北、河東諸路，與之決戰。
已詔奉迎元祐太后、津遣六宮及衛士家屬，安置在東南。朕與群臣將士，獨留中原，以為爾京城萬方百姓請命於皇天。這樣，庶幾天意昭答，中國之勢安定下來，再歸宅故都，迎還二聖。」此詔書由李綱頒發到兩京。
可是過了幾天，趙構聽了中書侍郎黃潛善、樞密院事汪伯彥等投降派的意見，準備巡幸東南，親自頒了一份手詔，大意是：為了避開金人的威逼，現在暫時不能去汴京，先去東南巡幸，等到明年春天再回故都。
這份詔書一下，李綱極力反對，他透徹地分析了當時形勢和駐蹕西北與東南的利弊關係之後，希望趙構能夠暫幸襄、鄧，以安天下之心。
他認為，襄陽、鄧州西鄰川、陝，可以召兵；北近京巖，可以進援；南通巴蜀，可以取貨財；東連江、淮，可以運谷粟。而且山川險固，民物淳厚，等到兩河就緒後，即可還汴都。
趙構聽後，覺得很有道理，當場收回了詔書，並在第二天由趙構親自主持，進行了一次定都問題的討論，李綱、黃潛善、汪伯彥等大臣都參加了，最後趙構同意了李綱的意見，決定巡幸南陽(今河南南陽市)，並作了一番部署，定於秋末冬初啟行。
當時，趙構雖然用了李綱議營南陽的意見，但朝中多數大臣都不同意這個方案，衛尉少卿衛膚敏、中書舍人劉珏都提出異議。
衛膚敏說，南陽城不高，池不深，地域不廣，怎能容得下千軍萬馬。而且離河北又近，易受金兵襲擊，而建康負山帶海，是東南要會之地，應該暫時到那裡去，待國勢稍有起色，再回汴京。
劉珏分析得更加透徹，他說：在南陽固然易以號召四方，但今日兵弱財力枯竭，陳、唐諸郡新近遭遇了戰亂，在此補給十分困難，南陽城防薄弱不可依恃。金人擅長的是騎兵，但不習水戰，金陵天險，前據大江，可以固守，東南久安，財力富盛，足以待敵。
這些議論在當時來講，道理是十分充足的，所以黃潛善、汪伯彥以及其他士大夫都同意這些意見，於是定都的去向問題，基本上就這樣定下來了。
以上的事情均發生在建炎元年六、七月中，到了十月初，由於金兵突然南侵，趙構便乘坐御舟沿著大運河，經過泗州(今江蘇泗洪、安徽泗縣一帶)、寶應(今江蘇寶應縣)，十月二十七日到了揚州。
趙構在揚州住了一年零四個月，建炎三年(1129)二月，金兵左副帥宗維驅兵南下，攻下徐州，一口氣衝到了揚州附近。宋高宗匆匆逃難，匹馬渡江，到了鎮江。
第二天，宋高宗便召集大臣計議今後行止，吏部尚書、樞密院事呂頤浩、戶部尚書葉夢得等多數大臣，主張留蹕鎮江，他們認為留守鎮江，可為江北聲援，否則金兵渡過江來，就不可收拾了。
御營都統制王淵卻認為「暫駐鎮江太危險，鎮江只可以擋住正面來的敵人，倘若金兵自通州渡江據守姑蘇，那就糟了，還不如去杭州，杭州有兩道江河相隔，形勢險要，比較安全」。
議論的結果，從內侍到當時的宰執黃潛善都同意這個意見，趙構才決定暫時到杭州避難，這應是定都杭州的最早動議。
宋高宗趙構第一次到杭州是建炎三年(1129)二月壬戌(十三)日。他由海道入杭，聽到這裡的縣名叫仁和，十分高興地說：「此京師門名也。」
當時，汴京有仁和門，宋太祖趙匡胤當年陳橋兵變，披黃袍就是從仁和門入汴京即皇帝位的。這個巧合就更加堅定了他暫時駐蹕杭州的意念。
原來，杭州原名錢塘，五代時梁龍德二年(922年)，吳越錢鏐析割錢塘、鹽官兩縣之部分土地，置錢江縣。「北宋太平興國三年(978年)，錢氏納土歸宋，改錢江為仁和」，取「不動干戈，仁慈和平」之義，至今杭州有仁和路、仁和里等地名。
趙構到了杭州後，本想在杭州的西北、風景秀麗的西溪建造行宮，以便和北宋皇宮建在汴京西北相對稱。西溪在西湖北山之陰，「曲水彎環，群山四繞，名園古剎，前後踵接，又多蘆汀沙漵，重重隔斷」，在這裡建造皇宮，當然十分理想。
但是考慮到財庫拮据以及當時的軍事形勢，只得放棄西溪，利用杭州南面鳳凰山麓的州治暫時居住。於是，當時趙構說：「西溪且留下」，至今這個地段有「留下鎮」和「留下街」等地名。
杭州州治原是五代時吳越國王錢鏐建造的宮城，建築依然完好。這樣不但可以節省人力物力，而且州治面臨錢塘江，背靠鳳凰山，地勢十分有利，風景也不在西溪之下。
趙構到杭州後第二天就下了罪己詔，並採取了幾項措施：提倡節儉，減少宮廷開支；號召軍民推舉有謀略的人才，可直接授以官職；出米十萬斛減價糶給東北流寓之人；罷去黃潛善、汪伯彥的官職。這些措施雖然只是為了掩飾造成揚州屠城慘案的罪責，但在當時也還起到了一定的積極作用。
趙構在杭州住了不到一個月，於建炎三年三月初五，又突然爆發了南宋歷史上有名的「苗劉之變」，這場變亂前後一個月就平息了。趙構復位，處理了變亂引起的遺留問題之後，便下詔移蹕建康。
建康是應天府即位以來多數臣僚認為比較理想的帝都之地。但過不多久，金術又大舉南侵，同年九月十八日，趙構重新返回杭州，並升杭州為「臨安府」。
然而金兵追趕甚急，他只得下海逃難，從越州(今浙江紹興市)到明州(今浙江寧波市)，「術聞帝在明州，遣阿里蒲盧渾帥精兵渡江來追」。
建炎三年十二月，浙東制置使張俊在明州保衛戰中打了個勝仗，殺敵千餘人，這是幾年來第一次打敗金兵，「中興戰功，自明州一捷始，敵自中國以來，未有一人敢嬰其鋒，至此而軍勢稍張矣！」
但是過不多久，張俊從水路退出，明州仍為金兵所陷。趙構下樓船航海，先至定海，然後到昌國，再到台州與溫州。金兵以舟師襲御舟，追300餘里。
但是，金兵一方面因害怕孤軍深入，被韓世忠、岳飛等抗金將領截斷後路，另一方面海上風大浪急，金兵不擅海戰，只得引兵退還。
建炎四年(1130)四月，趙構一行從溫州移還越州，升越州為「紹興府」，取「紹(繼承)祚(皇位)中興」之意，第二年改元為紹興元年。
趙構在紹興住了一年零九個月，於紹興二年正月返回杭州，而後幾次去建康指揮抗金戰事。紹興五年(1135)二月，高宗從建康回到杭州後，開始建太廟，「遣太常少卿張銖迎神主奉安，帝行款謁禮」。
到了紹興七年二月，趙構又去建康，住了一年，於紹興八年(1138)三月移蹕臨安，下詔以臨安為「行在所」，正式定為行都。
宋高宗趙構定都杭州這件事，根據當時中原殘破，政權未穩，盜賊蜂起,而氣焰囂張的金兵和偽齊劉豫的軍隊又不時大舉向南進犯的情況，可以說是一種權宜之計。
建炎三年二月丁巳(初八日)，趙構從揚州逃到鎮江，又從鎮江到無錫縣，雖然暫時移蹕杭州這件事在鎮江已經定下，但趙構心裡還覺得不踏實，放心不下。
於是，在無錫再次召集英殿修撰、提舉杭州洞霄宮衛膚敏入對，因衛膚敏在揚州時曾幾次上言，認為揚州非駐蹕之地，請趙構早到建康建都。
這次入對，衛膚敏對趙構說，眼前金兵追趕甚急，為今之計，只得「暫圖少安於錢塘，徐詣建康」，趙構採納了他的意見，才最後決定移蹕杭州。
其實趙構心裡也很清楚，「餘杭地狹人稠，區區一隅，終非可都之地。」他在杭州住了半個月後，於建炎三年三月初一便下詔：「金兵已退，當進幸江寧府(今南京市)，經理中原。」
可是到初五就發生了苗劉兵變，詔令沒有實行。在「建炎復辟」後，他馬上由杭州移蹕建康，這一次是下了決心的，把太后、六官都帶去了。同年閏八月初一，趙構關於定都這件事，再次徵求臣僚們的意見。
到了中旬，戰爭形勢急轉直下，金兀朮親自率領大軍直撲江南，趙構再次召集諸將，問以駐蹕之地。御前右軍都統制張俊和御營都統制辛企宗勸他退避到長沙去，趙構聽了很不滿意，氣得晚飯都沒有吃。
這一逃跑主張，也遭到了韓世忠、呂頤浩等大臣們的反對，趙構才決定先回到杭州再說，這樣才第二次重返杭州。
建炎四年正月，趙構航海至溫州，降下手詔，關於今後行止徵求大臣們的意見。同年四月回到紹興，逗留了一年多，趙構沒有急於返回杭州，一方面固然是形勢不穩，而主要是今後去向和定都問題沒有最後定下來的緣故。
實際上，根據當時軍事、政治和經濟形勢，以及客觀地理環境，杭州具備的有利條件是：
一是在地理位置上，「錢塘有重江之險」，浙西水路四通八達，進可攻，退可守，金兵雖眾，不易深入。
二是唐代以來，杭州經濟文化迅速發展，唐代宗永泰初(765年)，杭州已是「駢檣二十里，開肆三萬室」。五代時，經吳越國王錢鏐等幾代經營，錢塘「被兵最少，而二百年間，人物日以蕃盛，遂甲於天下」。
北宋時，杭州已是萬物富庶的「東南第一州」了，當時人口已近20萬戶，超過了建康(12萬戶)、平江(15萬戶)，是江南人口最多的一州。
經濟也十分富庶，絲綢、造船、刻書、釀造和手工藝品都十分發達，馳名全國，每年商稅收入高達17萬3千貫，居全國第一位。
三是交通發達，隋朝京杭大運河鑿通之後，使杭州與南北各大城市——揚州、開封、洛陽等聯繫在一起，錢塘江、大運河「舟楫輻輳，望不見首尾」，杭州成了連結中原地區的江海門戶。
唐宋以來，數以萬計的琉球(今屬日本)、阿拉伯等外國友人從杭州進入我國，當時的杭州已發展成僅次於廣州的四大海港之一。
四是西湖「山水之美名天下」，杭州在當時已是「勝甲寰中」的風景旅遊城市。
根據上述情況，宋高宗趙構把杭州暫時作為安身之地，定為「行在」，應該說是形勢使然，並無大錯。至於在杭州暫住多久，這是另一回事。趙構之所以把杭州升為臨安府，又過了八年才定為「行在所」，他似乎也考慮到了這一點。
歷史上對趙構定行都於杭州多有非議，認為都於杭州就不能體現抗金復國的戰略決策，不能為江北之聲援。其實問題實質並不在此，關鍵應取決於抗金還是投降，統一還是偏安的政治方針。
定杭州為行在，並沒有影響韓世忠困金兀朮於黃天盪，金兀朮幾遭擒獲；也沒有影響劉錡在順昌(今安徽阜陽)以8000戰兵，擊敗術精銳10萬大軍的輝煌戰績；更沒有影響岳飛收復建康和郾城大捷。
而且，可以東南為後距，拿充裕的經濟資源去支持抗金戰爭，這已由當時的歷史事實做出了證明。