漠北外喀爾喀蒙古和漠南內喀爾喀五部聯盟均出自達延汗時代分封的喀爾喀萬戶，因為分布於呼倫貝爾草原的喀爾喀河(今稱哈拉哈河)一帶而得名。
河東的部眾由達延汗第五子阿爾楚博羅特統領，河西的部眾由達延汗的幼子格埒森扎統領。達延汗去世後，阿爾楚博羅特所部逐漸南遷，脫離喀爾喀萬戶，形成了內喀爾喀聯盟。
格埒森扎所部則留居故地，後西進到克魯倫河流域。1524—1538年，當時的蒙古大汗阿剌克四次發兵攻打反叛汗庭的兀良哈萬戶，格埒森扎積極參與其中。
兀良哈萬戶敗亡後，大部分部眾被蒙古汗庭和右翼三萬戶瓜分，漠北留下大片無人占據的真空地帶，格埒森扎遂趁機鳩占鵲巢，奪下了杭愛山的原兀良哈萬戶牧場。
格埒森扎死後，他的7個兒子將父親的部眾瓜分，形成了外喀爾喀七部。在很長的一段時間裡，外喀爾喀七部一直替蒙古汗庭和衛拉特四部作戰，並在這個過程中把自己的勢力擴充到了整個漠北草原。
格埒森扎的孫子、外喀爾喀左翼長阿巴岱(出自格埒森扎第三子)更是從14歲起就領軍和衛拉特人作戰。1580年，阿巴岱因為戰功卓著而被漠北各部公推為「賽音汗」，成為外喀爾喀第一位可汗。到阿巴岱的孫子袞布繼位時，自號「土謝圖汗」。
1588年阿巴岱死後，外喀爾喀因汗位繼承人問題發生內部衝突，格埒森扎的曾孫、外喀爾喀右翼長素巴第(出自格埒森扎長子)趁機自立，被其支持者擁戴為「札薩克圖汗」。
到17世紀初，由於漠南蒙古在後金的持續攻略下陷入亂局，不少部眾逃到漠北克魯倫河，使留守克魯倫河故地的格埒森扎第四子阿敏都剌勒的後裔碩壘實力大增。1630年，碩壘被部下擁戴為「共戴馬哈撒嘛諦車臣汗」簡稱「車臣汗」。
漠北外喀爾喀三部並立的局面就這樣形成，因三部首領俱有汗號，故又有「漠北三汗」之稱。其中以土謝圖汗牧地最廣，實力最強。
1639年，土謝圖汗袞布5歲的兒子札那巴札爾被漠北諸汗王認定為長期在喀爾喀傳教的高僧多羅那他轉世，並被西藏教廷確認為第一世哲布尊丹巴活佛。這以後，連續幾代哲布尊丹巴活佛都出自土謝圖汗家族，更加突出了土謝圖汗部在外喀爾喀三部的地位。
外喀爾喀三部形成之時，後金正把林丹汗打得節節敗退。對於尊奉紅教的蒙古大汗，皈依黃教的外喀爾喀三部不但沒盡臣屬的本分給予接納，反而作壁上觀。
只有一位綽克圖台吉響應林丹汗。此公為了效忠林丹汗竟不惜背叛黃教信仰，並且身體力行地率部南下青海，協助林丹汗聯絡青海土默特部、康區白利土司及西藏的藏巴汗，組成反黃教聯盟，但他最後被進入青海的和碩特部擊斬。
不過，不支持林丹汗並不意味著外喀爾喀三部就會倒向清朝。相反，親眼見證了內喀爾喀聯盟同胞的命運之後，漠北蒙古對清廷更加警惕。
1640年，漠北喀爾喀三部選擇和衛拉特人握手言和，其中一個很重要的原因就是想集中精力應付清朝可能發起的軍事行動。
但意識到入關後的清朝正全力對付南方的明朝殘餘力量時，喀爾喀的王公們就不再滿足於守株待兔了。1646年，外喀爾喀策動漠南蒙古蘇尼特旗右翼旗首領——叟塞郡王滕吉思反清，並組織聯軍協助滕吉思作戰。
1646年五月，清攝政王多爾袞以其弟豫親王多鐸為揚威大將軍，率清軍大舉出擊，於該年十月大破喀爾喀-蘇尼特聯軍，使外喀爾喀不敢再輕攝兵鋒。
順治皇帝親政後，對外喀爾喀採取軍事威懾、政治分化和經濟制裁等多管齊下的手段，迫使喀爾喀三部於1655年遣使北京向清朝稱臣。
清廷以開放對漠北的貿易為條件，換取了喀爾喀三部每年向清朝進獻「九白之貢」（八匹白馬和一匹白駱駝）。清朝在外喀爾喀設立了左右兩翼八札薩克，從此確立了和外喀爾喀的宗藩關係。
雖然清廷沒有觸動外喀爾喀內部的政治體制，也無力干涉外喀爾喀的內外事務，但至少在名義上，清朝皇帝也是漠北草原的主人了。
由於漠北三部向清朝稱臣，和西邊的衛拉特各部也已相安無事多年，沒有了一致對外需求的外喀爾喀又開始因為牧地、人畜的歸屬等問題陷入內訌。外喀爾喀的內亂讓強鄰準噶爾看到了插手的機會。
1666年，札薩克圖汗部貴族成袞在準噶爾部暉台吉僧格的支持下登上了汗位。這成為準噶爾正式介入外喀爾喀內部事務的開始。
成袞上台之後，仗著有準噶爾部撐腰，公然向土謝圖汗部索要在本部戰亂期間逃到土謝圖汗部的屬民，土謝圖汗部不願意放掉吃進嘴裡的肥肉，所以成袞的要求遭到了拒絕。
加之土謝圖汗一直不承認成袞的汗號，導致土謝圖汗部和札薩克圖汗部本就不睦的關係裂痕更加明顯，連五世達賴出面都未能調解。
此時，外喀爾喀的宗主清朝正值鰲拜專權，內部權力鬥爭激烈，根本無暇顧及漠北屏藩內部的鈎心鬥角，這就給了準噶爾繼續向外喀爾喀施加自身影響力的機會。
到了噶爾丹上台之後，札薩克圖汗部在事實上已經全面倒向準噶爾。等到17世紀 80年代，清朝終於完成了對內部各種勢力的整合、準備開始處理北方邊境的各種事務時，主政的康熙皇帝才發現：作為漠北喀爾喀三部宗主國的清廷，地位幾乎被邊緣化。
1685年，清朝在東北對沙俄發起反擊作戰的同時，也開始積極介入漠北喀爾喀的內部事務。清廷要求西藏教廷派遣使節前往外喀爾喀，與清朝理藩院尚書阿喇尼一起參加會盟。
1686年八月，喀爾喀三部的各路王公貴族和調解方代表齊聚土謝圖汗部境內的庫倫伯勒齊爾舉行會盟。
由於札薩克圖汗成袞已經於1685年去世，札薩克圖汗部的與會代表變成了成袞的兒子、新任札薩克圖汗沙喇，跟隨他來的還有準噶爾汗國的使者。
清朝代表阿喇尼、西藏代表噶爾賣席勒圖、喀爾喀哲布尊丹巴活佛一世組成了調解團成員。
不過，土謝圖汗察輝多爾濟堅決不願交出已經吞併的札薩克圖汗部屬民，而哲布尊丹巴一世也偏袒土謝圖汗部；西藏代表噶爾亶席勒圖則在準噶爾使者的暗示下，煽動札薩克圖汗沙喇在會場上起鬨。
最後，在阿喇尼的極力斡旋下，土謝圖汗勉強答應和札薩克圖汗簽訂和約。但事后土謝圖汗沒有完全履行承諾，只歸還了向札薩克圖汗承諾的一半人畜。於是，戰爭只有一步之遙。
1687年，札薩克圖汗和噶爾丹在三赫格爾舉行會盟，相約一同進攻土謝圖汗部。土謝圖汗察輝多爾濟不顧康熙皇帝「勿復興兵端」的警告，決定先發制人。
1688年正月二十五日，土謝圖汗部1萬騎兵突襲攻滅了札薩克圖汗部，殺死了沙喇。更嚴重的是，派駐在札薩克圖汗部的準噶爾代表、噶爾丹的親弟弟多爾濟扎布和400名準噶爾騎兵也盡數死在了亂軍之中！
噶爾丹聞訊大怒，立即調集大軍於漠北西部的科布多河，做好了武裝干涉外喀爾喀問題的準備。恰好收拾完札薩克圖汗部的土謝圖汗率軍北上楚庫柏興，和沙俄爭奪布里亞特屬民，土謝圖汗部的老營只有少量部隊留守，這給了噶爾丹發動突然襲擊的好機會。
1688年5月，噶爾丹以伯勒齊爾會盟期間土謝圖汗和哲布尊丹巴一世對西藏教廷發布不敬言論為由，親統3萬人的準噶爾軍團分兵兩路東進，一路上摧枯拉朽一般地殲滅了土謝圖汗的留守部隊。
他隨後又趁勢殺入了克魯倫河流域的車臣汗部，將車臣汗默多克擊敗。察輝多爾濟聞訊親率主力從楚庫柏興回擊噶爾丹，雙方會戰於鄂羅多諾爾。
開始時勝負難分，後來噶爾丹改變戰術，發起夜襲，擊潰了土謝圖汗軍。大勢已去的察輝多爾濟，只好會合車臣汗默多克和在車臣汗部避難的哲布尊丹巴一世，收攏殘餘部眾十餘萬退到漠南蒙古蘇尼特旗邊境，尋求清朝的保護。
這場突如其來的大亂導致原本定於色楞格河展開的中俄邊境談判被迫延遲。1688年9月，清朝政府開始收容外喀爾喀殘餘部眾入境並給予物資賑濟。
噶爾丹向清朝提出交出土謝圖汗和哲布尊丹巴一世，遭到康熙皇帝的拒絕。噶爾丹本欲興兵繼續追剿喀爾喀人，但最後卻停止了軍事行動——準噶爾汗國大後方出現了內亂。
當時被羈押在伊犁的葉爾羌汗國貴族發動暴亂，噶爾丹不得不回師平叛。然而他剛回到科布多，伊犁方面就傳來消息，叛亂已被喝爾丹的侄子策旺阿拉布坦平息。
不過這個捷報卻使鳴爾丹開始猜忌這個表現果敢的侄子。原因在於策旺阿拉布坦是僧格的長子，如果按照正常的接班情況，僧格死後準噶爾部的首領應是策旺阿拉布坦。
然而僧格死時策旺阿拉布坦只是個7歲的孩子，這才使噶爾丹能夠越俎代庖執掌權柄。如今策旺阿拉布坦已經24歲，難道他會甘心讓叔叔占據本應屬於自己的位置？
再加上身邊的親隨不斷傳播謠言，終於使噶爾丹走了一步昏著：他遣人下毒，企圖毒死策旺阿拉布坦，不料毒酒竟然錯被策旺阿拉布坦的弟弟索諾木阿拉布坦飲下。之後，事情很快敗露。
1689年春，策旺阿拉布坦聯合父親的舊部5000人出走，並且在烏蘭烏蘇地區(今新疆沙灣縣境內)擊敗了噶爾丹的追兵，阿爾泰山以西的準噶爾地區都被策旺阿拉布坦控制。
準噶爾汗國剛剛達到鼎盛期，就在噶爾丹的錯誤決斷下走向了分裂。噶爾丹只能與部眾2.5萬人滯留在科布多地區。準噶爾的內部變動使清朝有了足夠的時間按部就班地採取行動。
中俄邊境談判以極快的速度完成，雙方簽訂《尼布楚條約》，清廷穩住了沙俄，同時得到沙俄官方絕不支持噶爾丹軍事物資的保證。
另外，康熙皇帝深知要維持漠北地區的穩定和秩序，噶爾丹的態度相當重要，此時正可以趁機向噶爾丹施加壓力。1689年八月初七，理藩院尚書阿喇尼奉康熙旨意前往科布多的噶爾丹大帳，通告清朝的態度：
清朝方面承認土謝圖汗和哲布尊丹巴一世歷年來侵吞札薩克圖汗部眾的行為是導致喀爾喀內亂的原因，清朝會以宗主國的身份對外喀爾喀問題採取必要的處理措施，但在此之前，準噶爾人必須退出喀爾喀三部的土地，否則斷絕每年進貢貿易。
這相當於是對噶爾丹下了最後通牒。然而，為了保住在外喀爾喀的既得利益，博碩克圖汗噶爾丹不惜要和大清皇帝兵戎相見！
噶爾丹敢於叫板清朝的底氣，來源於手頭的槍桿子。他所率領的軍隊，不但其有輕騎兵騎射、重騎兵集群突擊等遊牧民族傳統軍事優勢，更是草原上火器裝備率最高的武裝力量！
由於某些歷史原因，一直以來主流史學界都認為準噶爾軍隊所裝備的槍炮火藥等全為俄國人提供，然而事實卻並非如此。
以火繩槍為代表的近代火器傳入衛拉特四部的時間大約是17世紀初。當時為了對付喀爾喀、哈薩克等眾多外部敵對勢力，衛拉特封建主們積極通過走私貿易等途徑四處搜羅各式火藥武器，但這些火器的主要來源並不是俄國，而是中亞地區。
16世紀初，奧斯曼帝國的火器部隊加尼沙里軍團(即土耳其新軍)在恰爾迪蘭會戰中大敗強悍的薩菲波斯「紅頭軍」，在中亞掀起了一股「火器化」風潮。
來自奧斯曼帝國的槍炮製作者，將火器製作工藝傳入中亞各地。撒馬爾罕一帶的昔班尼汗國為了對抗薩菲波斯也向奧斯曼帝國請求火器增援。1542年，奧斯曼蘇萊曼大帝為牽制薩菲波斯，一次就派遣500名加尼沙里軍團士兵，攜帶相當數量的火繩槍和輕型火炮前往昔班尼汗國。
到了17世紀初葉，撒馬爾罕和布哈拉等城市的火器工匠已經能仿製火繩槍和輕型火炮，安集延、塔什干就是當時著名的火器走私貿易中心。這些情況不可能不被經常騷擾中亞各城的衛拉特人所知。
衛拉特四部中以準噶爾的巴圖爾琿台吉最為重視火器部隊的建設。1637年，和碩特部遠征青海時，衛拉特各部都起兵相助，巴圖爾琿台吉竟然一次就派遭了700名火繩槍兵支援和碩特部！
17世紀70、80年代，準噶爾汗國加劇版圖擴張，這時的準噶爾占據了大部分中亞地區，擁有自產槍炮的能力。在噶爾丹歷年進獻給清朝的禮品里就有「厄魯特鳥槍」。
準噶爾軍所用的火器，最有特色的就是「贊巴拉克」輕型炮和「沙圖納爾」騎兵用火繩槍。
「贊巴拉克」輕型炮全長約2米，口徑最大者可達20多厘米。炮身中段有炮耳，可以使用普通木質炮架和可轉動射擊的迴旋式炮架搭載，該炮的有效射程可達200步左右(相當於約300米)。
「沙圖納爾」騎兵火繩槍全長介於80厘米一1米之間，口徑在9—15毫米之間，長度適中，極為輕便。
相比之下，準噶爾軍中天山南路回部步兵用的火繩槍就相對長些。其槍身全長可達1.6-2米，形制上沿襲了中亞地區火繩槍的風格，有的在槍身下方還有木質或鐵質的叉子狀支架。
1643年，被哈薩克的揚吉爾汗以600名火繩槍兵擊敗之後，巴圖爾琿台吉希望從槍炮犀利的俄國獲得槍枝等軍需物資，畢竟俄國人的槍炮質量要優於中亞那些城邦的產品。
1644年巴圖爾暉台吉給沙皇的信，其中就有「請賜優等槍炮」的內容，但是沙俄方面拒絕了這一請求。為了維護本國的利益，減少在西伯利亞地區擴張時的阻力，沙俄官方一直嚴禁向喀爾喀、衛拉特、哈薩克各部走私火器，沙皇甚至在1620年頒布了嚴禁向蒙古人輸出火器的法令。
噶爾丹上任後，一改歷代準噶爾領導人對俄國的強硬態度，其中一個原因就是希望能促使俄國放開關於火器貿易的禁令。
但熟知遊牧集團首領習性的俄國人，根本不理會這一點，只是象徵性地給了噶爾丹一些奢侈品和少量華而不實的火槍作為饋贈物品搪塞過去。
雖然部分俄國官員(比如戈洛文)依然希望通過武裝噶爾丹來牽制清朝，但是俄國上層普遍認為噶爾丹的利用價值不大。
1689年《尼布楚條約》簽訂後，為了維護能從清朝獲得的長遠貿易利益，沙俄更是徹底斷絕了對噶爾丹的走私通道。
儘管如此，噶爾丹在科布多的兩萬多軍隊中仍至少擁有一萬名以上的火器兵，和同時代薩菲波斯的皇家禁衛火槍兵數字基本相當！
手裡有這麼一支裝備精良、久經沙場的虎狼之師，即使兵力不多，在清朝邊境上製造麻煩也算是足夠了。
其時，噶爾丹的恩師五世達賴已經於1682年圓寂，這時西藏教廷的當家人是五世達賴的門生之一——第巴(藏語意為頭人，此處特指和碩特汗國的行政官)桑傑嘉措。
這位精於權術、野心極大的西藏貴族為了保持自己的權位，向外界和藏區內部隱瞞了五世達賴去世的消息，只對外宣稱佛爺閉關修煉。
就這樣，桑傑嘉措一直以五世達賴的名義處理各種事務，包括噶爾丹在內的政要都不清楚這一內情。倘若五世達賴尚在，依他老辣的政治手段和穩重的做派，恐怕不會讓噶爾丹這麼輕易地開罪清朝這個龐然大物。
桑傑嘉措的眼光遠不如五世達賴。1689年年底，康熙皇帝派遣總管北京城喇嘛廟的班第札薩克喇嘛——伊拉古克三活佛前往西藏，希望西藏教廷出面勸阻噶爾丹。
但伊拉古克三活佛和桑傑嘉措既是同學又是政見相同的密友，結果是兩人一見面就商討好要唆使噶爾丹武裝擴大事態，康熙的旨意則被拋到了九霄雲外。
12月，伊拉古克三活佛前往科布多傳達「達賴喇嘛」的諭旨，要噶爾丹立即領兵東征，逼迫清朝交出土謝圖汗和哲布尊丹巴一世。伊拉古克三活佛甚至還信誓旦旦地表示，自己在北京的一眾弟子可以為噶爾丹充當間諜，刺探清廷軍事情報。
對於噶爾丹而言，時局已經極其不利，但他卻選擇放著背叛的策旺阿拉布坦不管，忽視與富庶中亞地區聯繫的隔斷所造成的賦稅、兵員、軍火物資等供應鏈斷裂的嚴重性，孤注一擲地選擇「先外後內」的方略。一場大戰已不可避免。
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