那些憑藉軍功上升的新軍官當然不可能全是優點，事實上他們的驕悍程度一點也不亞於他們的前輩，因而軍官們身上先進性與落後性的調和，以及他們意志和行動的統一仍需要帝國政府加以切實的政治領導。

行政權與軍事權力的鬥爭

革命早期，曾經有拉法耶特逃亡、迪穆里埃投敵的軍人與政府惡劣超豁的事件，雅各賓通過極端的政治措施，包括恐怖統治、特派員、清洗異端等手段，首次幾乎絕對地馴服了軍隊，軍隊在雅各賓時期成為政治得心應手的工具。

可熱月和督政府時期，因為政治結構的先天缺陷，政府與軍人勢力陷入了你爭我奪的權力之爭中，最後拿破崙聯合各派勢力，也包括軍隊內部的各派勢力，以霧月政變的形式結束了行政權與軍事權力的纏鬥。

霧月政變標誌著文官與軍人須在拿破崙劃定的各自的職權範圍內各司其職並互相配合的時代的到來。

拿破崙剛剛掌權之時，軍隊名望隆盛可以與波拿巴分庭抗禮者並非沒有，例如桑布爾-默茲軍團司令茹爾當、接替波拿巴擔任義大利軍團司令的謝雷、摩澤爾-萊茵軍團司令莫羅、前戰爭部長貝爾納多特、荷蘭的法軍指揮布呂內、里品第十五軍區司令蒙塞等軍人勢力中的頭面人物。

但他取得了實力派中最大多數的支持，或者至少是中立。這些將軍們在霧月政變中未對他進行干預，是霧月政變成功的重要前提。執政府和帝國時期，拿破崙更是謀求了和軍人中的優勢人物的合作，帝國的元帥中很多人與拿破崙就是這種合作關係。這種合作關係的重要標誌物，就是帝國元帥的授予冊封。

元帥的軍旅生涯和政治立場都得到了充分的考量和照顧：萊茵軍團和義大利軍團的老人是元帥中的大頭，然後是桑布爾-默茲軍團的老人，最後是共和國舊軍團和曾經的雅各賓支持者(茹爾當、蒙塞和布呂內)。

但是，這種皇帝與軍隊實力派之間的合作關係並非一成不變，實際上不少將領或元帥都與拿破崙有著各種各樣的鬥爭，而拿破崙則採取了一切可能的措施來壓抑或貶逐反對者:如與拿破崙無法調和的霍恩林登戰役的指揮者莫羅將軍因捲入卡達社爾陰謀而遭審判和流放：貝爾納多特元帥與拿破崙始終不和，後來便前往瑞典擔當王儲，並在打敗拿破崙的戰鬥中發揮了重要作用。

茹爾當元帥因不支持霧月，而成為26個元帥中，唯一沒有被封為貴族的；馬塞納元帥則因為在葡萄牙的戰鬥中指揮不利而被派往土倫，而葡萄牙戰敗的原因他始終歸咎於拿破崙的掣肘和增援不繼，他也在拿破崙倒台時第一時間選擇了背離1804年因為堅持共和信仰而反對拿破崙稱帝的布呂內元帥。

在1807年因為政治錯誤而被拿破崙免了職。除了元帥與拿破崙的矛盾。各元帥之間也有對立：如聖西爾對馬賽納的強烈不滿蘇爾特和內伊的始終不和。同時還應注意到，在拿破崙執政的十五年間，政變陰謀屢見不鮮，其中有軍人主導和參與的也不乏其數。

如卡達杜爾陰謀中的皮什格魯將軍和莫羅將軍；"再如征俄期間在巴黎發動政變的克洛德-弗朗索瓦·德·馬萊將軍等。

由此可見，即便在穩定妥協的大環境下，包括皇帝本人在內的軍人勢力內也充滿若較量，只是在帝國的大部分時間裡，在拿破的團結政策下，軍人們仍然是可以維持團結工作的大局的，且事實證明這種團結局面的工作效率也是極高的。

這種團結之所以能夠維持，在於除了對革命的認同外，將軍們還都獲得了大量的現實利益。首先是在統治核心中占有一席之地的證明一一貴族頭銜和土地：繆拉被封為那不勒斯國王、貝爾蒂埃為納沙泰爾親王、貝爾納多特為蓬泰科爾沃親王、馬賽納為埃斯林親王、貝西埃為伊斯特拉公爵、達武為埃科米爾親王等，這些貴族將軍們都有權統轄管理自己的領地。

其次，將軍們還從帝國領有大量的現金以支持自己奢華的生活。拿破崙曾賜予24位元帥贈款：貝爾蒂埃受贈100萬法郎、馬賽納93.3萬、達武81.7萬、內伊72.9萬其餘元帥也獲贈不等。

然後是薪資，貝爾蒂埃的年為1254945法郎，內伊100萬、達武90萬法郎其餘如少將每月1250法郎，戰時另加312法郎補貼及糧食配給：准將833法郎加208法郎戰時補貼；上校562法郎，加168法郎戰時補貼，上尉233法郎、中尉140法郎。

將軍們可以享受相當奢華的生活，例如單就達武元帥坐落於西埃耶的聖多米克大街的埃克米爾大、小公館而言，達武以22.5萬法郎的價格將其買下，在裝修和擴建上就花費了588875法郵，公館內部充斥著大量的家具和藝術品。」由此可見，榮譽頭銜和物質利益是拿破崙與將軍合作的重要保證。

為了提高軍官們的專業知識，職業教育必不可少，等到帝國的大局穩定下來後，拿破崙便開始開辦軍官學校。他先建立了一所陸軍中學，接著在聖日耳曼建立了一所騎兵學校，然後又在楓丹白露創辦了一所軍官學校，後來此校遷至聖西爾。

然而創辦軍事教育的過程並不順利，這源於大軍官對軍事教育的不配合與教育本身缺乏相應的內容體系兩個方面。

儘管軍事教育的創辦並不順利，但接受過軍校教育的軍官的比例還是有很大上升的，帝成立到1809年，軍校畢業生在軍官中的比例由1%上升到15%，可見軍官的職業化還是成績斐然的。

軍官教育的成果在波旁王朝復辟時期才由拿破冊封的元帥、當時的戰爭部長聖西爾加以總結，他成功地為法軍軍官樹立了職業化的原則，只有通過軍校教育或士兵中的競爭的人才有資格成為軍官。到那時，法國軍官制度的更新才告一段落，而這一系列的行動也是符合全歐洲軍官職業化不斷提高的總體趨勢的。