按柱子說明書的方法去做即可，進口柱一般都有詳細說明。不同品牌的柱子可能不盡相同。我的phenomenex色譜柱說明書上把氰基柱列為正相柱（其實也可用於反相色譜），保存時用異丙醇或正己烷。柱效下降時的清洗程序為：用做正相柱時其清洗過程為氯仿、異丙醇、二氯甲烷10倍柱體積依次沖洗；用做反相柱時其清洗過程為5%乙腈水溶液、四氫呋喃、95%乙腈10倍柱體積依次沖洗。
氨基柱的使用：
需要注意的是，氨基柱的鍵合官能團氨丙基要比C18，C8柱的鍵合官能團C18，C8要容易水解，所以首先要做好其使用壽命稍遜的心理準備，特別是當你的使用條件是反相條件下時。反相條件下使用時，要特別注意控制PH值範圍，PH值越低越有發生水解的危險，流動相中水的比例越高當然也越有發生水解的危險。所以，在使用後以及準備長時間放置該柱時，必要的清洗和將氨基柱保存於純的有機溶劑中是很好的保養措施。
有一種情況是，當使用氨基柱進行酸性物質如果汁的分析時（分析其中的糖份），酸性物質的存在意味著質子的存在，可能會使略帶負電荷的氨基官能團質子化，導致使用一段時間後對於某些類的分析物保留性質有所改變或表現在柱效下降。這時，Kromasil專家所給的建議是：用5～10倍的柱體積的含0.5～1.0%NH3的50-50乙腈-水溶液沖洗該柱（沖洗後當然要再用不含鹼的流動相洗去多餘氨），之後再進行分析這類酸性分析物時建議在流動相中略微添加少許氨如0.1%。
氨基柱的清洗：
簡單說起來，正相條件下使用的氨基柱你就參照矽膠柱的清洗方法；反相條件下使用的氨基柱你就參照C18的清洗方法。
平時在正相條件下使用：
首先用50倍柱體積的異丙醇清洗，因異丙醇粘度較大可適當放低流速；之後，用50倍的甲醇清洗；之後，用異丙醇過渡回到平常使用的正相流動相，即可。
平時在反相條件下使用：
緩衝鹽應及時沖洗，以及不能直接用純甲醇沖洗緩衝鹽等，屬常識就不作特別交待了。
用50倍純甲醇沖洗；之後，用異丙醇過渡後，用二氯甲烷沖洗色譜柱；之後，再用異丙醇過渡回來到甲醇條件下。
這些清洗方法，主要是針對當樣品中有雜質逐步吸附累積到填料上時的處理方法，色譜柱表現行為為諸如柱壓增高柱效降低等。
其他一些通用小技巧如調轉柱子低流速沖洗，在污染物累積在柱頭時是比較有效的，不再贅述。
最後，仍然建議：在實驗室中做好定期柱效檢測工作，是重要而有意義的。