莖腐病是金線蓮最容易得的病，一般認為金線蓮在通風不良，濕度過大的環境中最容易得莖腐病。
金線蓮莖腐病是由尖孢鐮刀菌引起的病原菌由金線蓮表皮、根毛或根莖侵入莖基部是金線蓮人工栽培中最主要的病害之一。發病時植株莖基部先出現黃褐色水漬狀病斑病斑擴大至繞莖周病部組織腐爛乾枯縊縮呈線狀植株葉片黃化，病勢發展迅速幼苗迅速倒伏死亡出現大面積猝倒。在林下和大棚都非常容易發生，也可侵染根部主要表現為根系端部的幼嫩部分呈現深褐色腐爛，組織逐漸壞死；植株葉片尖端變黃，病害嚴重時導致植株死亡。
生物防治：可用枯草芽孢桿菌在發病前或初期進行防治。配合益富源藥材專用營養液（1：:200倍稀釋液）葉面噴灑。抑制有害微生物的生存與繁殖，減輕蟲害對植株的侵害，有效抑制雜菌害菌的不良作用。提高光合作用，增加葉面肥力，減少根莖腐爛及葉面枯黃等。
農業防治：種植產地應輪作倒茬，及時清除病殘體，以減少菌源；選育壯苗、改進栽培管理，合理施肥，防止偏施氮肥，做到科學平衡施肥，使植株生長健壯，提高抗病能力；合理密植改善通風透氣條件，乾旱時及時灌水，改善植株水分狀況；林下採用起高壠栽培防止大水漫灌，雨後及時排水。