小魔女叫kiki，到了13歲，她就要和其他魔女一樣去修行。
kiki在一個夜晚騎上掃帚就要出發，但剛飛不久，就下起了雨。她只好急忙躲雨，第二天趕路的她，說想要去一個有海的城市地方修煉。
心懷夢想的她，來到了一個有海的城市，並順利在一家開麵包店的老闆娘家住了下來。
她到超市買生活用品，但是和她同齡的孩子們都並不喜歡她，認為她穿一身黑裙就是一個土包子。
kiki很不開心，慢慢的，她幫麵包店老闆娘送快遞，生活每天過得充實。
有一天，小男孩看到在天上飛的kiki很感興趣。因為小男孩也嚮往自己可以和魔女一樣在天上飛。
小男孩向kiki介紹了自己的飛行自行車，他們也就此認識。他也成為kiki在這個有海城市的第一位朋友。
kiki一直把媽媽的話謹記，她要來修養自己的美好的心靈。
但現實往往殘酷，城市的人也沒有像她想像的那麼友好。
她為了完成老奶奶想送一鍋香噴噴的魚給她孫女的心願，冒著雨，用自己的裙子擋住雨水，不顧小貓咪吉吉的阻攔，也要準時把魚送到孫女手裡。
但是孫女看到禮物後，一臉嫌棄。還嫌棄kiki濕噠噠的，和土包子一樣。這讓kiki對座城市的人情冷暖產生質疑。
回到房間，kiki直接倒床不起，發起了高燒。麵包老闆娘知道kiku生病後，也趕忙來照顧她。
這天，kiki和往常一樣去送快遞。然後…