惠能由黃梅到九江驛站，乘船緣贛江南下，至大庾嶺，與惠明辭別後繼續南行至曹溪。
曹溪，曹溪山下一條悠悠流淌的河，這條溪流名字不同一般，因禪宗六祖惠能在曹溪南華禪寺弘法而得名，是禪宗南宗的代稱，曹溪之水常喻指佛法。相傳在南北朝時期，梁朝天監元年(公元502年），也是梁武帝時期，天竺婆羅門三藏智藥大師到曹溪口，飲用曹溪水，甘甜可口，說道：此水乃是我西天之水，其上必是聖地。於是溯流而上，發現此山宛似西國的寶林山，於是勸說村里人建設寺院，並取名叫「寶林寺」，後又稱「南華禪寺」。
簡要介紹一下天竺婆羅門三藏智藥大師，婆羅門是執行祈禱活動的祭司，祭司地位崇高，被人們敬仰如神一般的存在，認為其祈禱的語言具有咒力，可以使善人得福，惡人受罰。佛教典籍分為經、律、論三藏，經是記錄釋迦牟尼言教的彙編，律是相關戒律的典籍，論是對經、律等教義的解釋。精通經藏的叫經師，精通律藏的叫律師，精通論藏的叫論師，三門皆通的叫三藏法師，例如唐朝年間的唐僧玄奘，因精通三藏又稱為唐三藏。智藥大師稱為婆羅門三藏，可見在當時造詣之深，地位之高。
寺院建成後，智藥大師在寶林寺戒壇旁種下了一株菩提樹，並預言：後一百七十年，有肉身菩薩，於此樹下開演上乘，度無量眾，真傳佛心印法主也。一百七十年後，果如讖語所言，惠能在此戒壇出家受戒，在此弘揚佛法，在此學徒雲集，禪宗在此法道大振，今天在寺中六祖殿內存有禪宗六祖惠能肉身像，其身軀歷經千年而不腐，仍保原形而栩栩如生，真乃肉身菩薩。
剛到曹溪的時候，沒有人知道惠能這個人。後來相識了一個儒士名叫劉志略，對惠能優禮有加，生活上非常照顧，惠能也經常給劉志略講經說法，劉志略對其頗為信服。
劉志略有個姑姑出家為尼，名無盡藏，常常誦讀《大涅槃經》。有次惠能聽見無盡藏誦讀《大涅槃經》，聽了一遍，便知經中妙義，於是為無盡藏解說。
無盡藏手持經卷詢問裡面的文字，惠能說：我不認識字，如要問經中義理的話儘管問。
無盡藏說：文字尚且不認識，怎麼能夠懂得義理呢。
惠能說：諸佛妙理，非關文字。
無盡藏聽聞非常驚異，肅然起敬，遍告鄉里德高望重者：這是有道之士，應該請來好好供養。
有魏武侯玄孫曹叔良及附近的居民，競相前來瞻仰禮敬惠能。此時，梁朝時期建立起來的寶林寺因隋朝末年兵火戰亂早已荒廢，當地人想起智藥大師的預言，於是在原地重新修建寶林寺，請惠能居住在那裡，開緣說法。
惠能在這裡弘法九個多月，因名聲大振，後面聞訊的人又追逐而至，惠能隱藏在山中，這些人苦於尋覓不見，便放火燒山，以逼惠能下山露面。惠能躲身在石縫才倖免於難。石頭上留下了惠能結跏趺座的膝蓋痕跡和衣服上的布紋，後來稱之為「避難石」。
在這種形勢下，惠能想起了五祖說的懷止會藏的囑咐，於是起身前往懷集、四會。