乙丑，詔襄州道行台僕射趙郡王孝恭以舟師趣江州，嶺南道大使李靖以交、廣、泉、桂之眾趣宣州，懷州總管黃君漢出譙、亳，齊州總管李世勣出淮、泗，以討輔公祏。孝恭將發，與諸將宴集，命取水，忽變為血，在坐皆失色，孝恭舉止自若，曰：「此乃公祏授首之徵也！」飲而盡之，眾皆悅服。
唐朝幽州總管李藝請求入朝；庚午（二十四日），唐朝任命李藝為左翊衛大將軍。唐廢除武德二年設置的參旗等十二軍。
三月癸未（初七），高開道掠奪文安、魯城，唐朝驃騎將軍平善政阻截並打敗他。庚子（二十四日），梁師都的將領賀遂、索同以所管轄的十二個州降唐。
乙巳（二十九日），前洪州總管張善安反叛，唐朝派遣舒州總管張鎮周等人攻打張善安。
夏季四月，吐谷渾侵犯芳州，唐朝芳州刺史房當樹逃奔松州。
張善安攻陷孫州，捉住總管王戎後撤軍。乙丑（二十日），唐朝州道行軍總管段德操攻打梁師都，到夏州，虜獲梁師都的百姓牲畜後回軍。
丙寅（二十一日），吐谷渾侵犯洮、岷二州。丁卯（二十二日），唐朝南州刺史龐孝恭、南越州百姓寧道明、高州首領馮暄均反叛，攻陷南越州，進而又攻打姜州；唐朝合州刺史寧純率軍救姜州。
壬申（二十七日），唐朝立皇子李元軌為蜀王、李鳳為豳王、李元慶為漢王。癸酉（二十八日），唐朝任命裴寂為左僕射，蕭瑀為右僕射，楊恭仁為吏部尚書兼中書令，封德彝為中書令。
五月庚辰（初五），唐朝派遣岐州刺史柴紹救岷州。庚寅（十五日），吐谷渾以及党項侵犯河州，唐朝河州刺史盧士良擊敗來敵。丙申（二十一日），梁師都的將領辛獠兒帶突厥侵犯林州。
戊戌（二十三日），苑君璋的將領高滿政侵犯代州，唐朝驃騎軍林寶言擊退來敵。癸卯（二十八日），高開道帶奚族騎兵侵犯幽州，唐朝幽州長史王詵打敗他。劉黑闥反叛時，突地稽帶兵協助唐朝，將他的部落遷到幽州的昌平城；高開道帶突厥侵犯幽州，突地稽帶兵阻截，打敗高開道等人。
六月戊午（十四日），高滿政以馬邑降唐朝。此前，前并州總管劉世讓調任廣州總管，即將赴任，高祖向他詢問防邊的策略，劉世讓回答道：「突厥近來多次入侵，實在是因為有馬邑作為中途休整基地的緣故。希望派勇將戍守崞城，多貯藏物資，招到投降的人就給予厚賞，經常派兵掠奪馬邑城下，毀掉他們的莊稼，破壞他們的謀生之業，不出一年，敵人沒有糧食，必然會投降。」高祖很贊同他的計策，說道：「除了卿，還有誰是勇將！」當即命令劉世讓戌守崞城，馬邑人很怵（害怕）他。當時，馬邑人大多不願意隸屬於突厥，高祖又派人招諭苑君璋。高滿政勸苑君璋殺死所有的突厥守軍投降唐朝，苑君璋不聽。高滿政利用人心所向，半夜襲擊苑君璋，苑君璋發覺後，逃入突厥，高滿政殺死苑君璋的兒子以及突厥的二百名守軍，投降唐朝。
壬戌（十八日），梁師都率突厥軍隊侵犯匡州。丁卯（二十三日），苑君璋與突厥的吐屯設侵犯馬邑，高滿政和他們交戰，打敗來敵。唐朝任命高滿政為朔州總管，封爵榮國公。
唐朝瓜州總管賀若懷廣巡視到沙州，恰遇沙州人張護、李通反叛，賀若懷廣率幾百人保衛子城；唐朝涼州總管楊恭仁派兵救援，被張護等人打敗。
癸酉（二十九日），柴紹與吐谷渾作戰，被吐谷渾包圍，敵軍占據高處射擊柴紹的軍隊，箭羽猶如下雨一樣密集。柴紹讓人彈奏胡琵琶，兩名女子相對起舞，敵軍覺得很奇怪，放下弓箭一起圍觀，柴紹觀察敵軍沒有防備，暗中派精銳騎兵繞到敵軍背後，攻打敵軍，吐谷渾軍隊大敗。
秋季，七月丙子（初二），苑君璋率突厥軍隊侵犯馬邑，唐右武候大將軍李高遷及高滿政迎擊來敵，在臘河谷交戰，打敗苑君璋。張護、李通殺死賀若懷廣，立汝州別駕竇伏明為首領，進逼瓜州，被瓜州長史趙孝倫擊退。
高開道掠奪赤岸鎮以及靈壽、九門、行唐三個縣之後離去。
丁丑（初三），岡州刺史馮士占據新會反叛，唐朝廣州刺史劉感領兵討伐，馮士投降，劉感恢復了他的職位。
辛巳（初七），高開道所統領的弘陽、統漢二鎮降唐朝。
癸未（初九），突厥侵犯原州；乙酉（十一日），又侵犯朔州。李高遷被突厥打敗，行軍總管尉遲敬德帶兵救援。己亥（二十五日），唐派遣太子李建成統率軍隊駐紮在北部邊境，秦王李世民駐紮在并州，防備突厥。八月丙辰，突厥侵犯真州，又侵犯馬邑。
壬子（初九），唐朝淮南道行台僕射輔公祏反叛。當初，杜伏威與輔公祏很要好，輔公祏年紀大，杜伏威像對兄長一樣對他，軍中稱輔公祏為伯父，敬畏他同敬畏杜伏威一樣。後來杜伏威逐漸猜忌他，於是任命自己的養子闞棱為左將軍，王雄誕為右將軍，暗中奪輔公祏的兵權。輔公祏知道後，很不服氣，假裝和他的老相識左遊仙學道、辟穀掌掩飾自己。等杜伏威入朝，留輔公祏守衛丹楊，命王雄誕掌握軍隊作輔公祏的副手，私下對王雄誕說：「我到了長安，假如沒有失去職位，千萬不要讓輔公祏發生變故。」杜伏威走了以後，左遊仙勸輔公祏反叛，但是王雄誕掌握兵權，輔公祏無法動手。於是他假稱收到杜伏威的來信，懷疑王雄誕有二心，王雄誕聽說後很不高興，聲稱有病不到衙門治事，輔公祏趁機奪取王雄誕的兵權，讓自己的黨羽西門君儀告訴王雄誕反叛的計劃。王雄誕這才醒悟並後悔不已，說道：「如今天下剛剛平定，吳王又在京師長安，大唐軍隊威力，所向無敵，怎麼可以無緣無故自找滅族呢？我王雄誕唯有一死相報，恕不能聽從命令。現在跟著您倒行逆施，也不過是延長一百天的性命罷了，大丈夫怎能因為捨不得片刻之死而陷自己於不義呢？」輔公祏知道不能說服他，便勒死王雄誕。王雄誕很會體恤部下，能讓士兵為他賣命，而且紀律嚴明，每次攻下城鎮，都秋毫無犯，他死的那天，江南軍中的將士以及民間百姓都失聲痛哭。輔公祏又假稱杜伏威無法返回江南，送來書信命輔公祏起兵，於是輔公祏大肆裝備武器，運糧儲備。隨即在丹楊稱帝，國號為宋，修復陳朝的舊宮殿居住，設置百官，任命左遊仙為兵部尚書、東南道大使、越州總管，和張善安聯合，以張善安為西南道大行台。
己未（十六日），突厥侵犯原州。
乙丑（二十二日），唐高祖下詔命襄州道行台僕射趙郡王李孝恭率水軍開赴江州，嶺南道大使李靖帶交、廣、泉、桂等州兵力開赴宣州，懷州總管黃君漢取道譙州、亳州，齊州總管李世勣取道淮水、泗水，討伐輔公祏。李孝恭出發前和眾將領會餐，命人取水，忽然水變成血，在坐的人都嚇得變了臉色，李孝恭卻神色自如地說道：「這是輔公祏滅亡的徵兆！」喝光血水，眾人都從心裡佩服他。
丙寅（二十三日），吐谷渾歸附唐朝。辛未（二十八日），突厥攻陷原州的善和鎮；癸酉（三十日），突厥又侵犯渭州。
高開道率奚族軍隊侵犯幽州，唐幽州軍隊擊退來敵。
九月，太子李建成班師回朝。戊子（十五日），輔公祏派遣他的將領徐紹宗攻打海州，陳政道攻打壽陽。邛州獠民反叛，唐朝派遣沛公鄭元璹前往討伐。 庚寅（十七日），突厥侵犯幽州。
壬辰（十九日），唐高祖下詔任命秦王李世民為江州道行軍元帥。乙未（二十二日），竇伏明以沙州投降。高昌王伯雅去世，他的兒子文泰繼立為王。
丙申（二十三日），渝州人張大智反叛，唐朝渝州刺史薛敬仁放棄城池逃跑。壬寅（二十九日），高開道帶二萬突厥騎兵侵犯幽州。
突厥恨弘農公劉世讓成為他們的威脅，派大臣曹般來唐，說劉世讓和突厥可汗交通密謀，準備叛亂，高祖相信這些話。冬季，十月丙午（初四），唐朝殺死劉世讓，沒收他的家產。
秦王李世民還停留在并州，己未（十七日），詔命李世民率軍返回長安。唐高祖駕臨華陰。
張大智侵犯涪州，唐涪州刺史田世康等人討伐他，張大智帶領人馬投降。
當初，高祖派遣右武候大將軍李高遷協助朔州總管高滿政守衛馬邑，苑君璋帶著一萬多突厥騎兵到馬邑城下，高滿政打敗苑君璋。頡利可汗發怒，出動大軍攻打馬邑。李高遷害怕，帶領二千名部下衝破關卡連夜逃跑，遭到突厥阻截，損失一半兵力。頡利可汗親自率領大軍攻馬邑，高滿政出兵抵抗，有時一天打十幾仗。高祖命令行軍總管劉世讓救援馬邑，劉世讓到達松子嶺，不敢再前進，回軍保守崞城。恰好頡利派遣使節向唐求婚，高祖說：「先撤了馬邑的圍，才能夠談論婚姻。」頡利想撤軍，隋義成公主堅持要求攻打馬邑。頡利因為高開道擅長製作攻城武器，便召來高開道，和他一起猛攻馬邑。頡利誘勸高滿政投降，高滿政大罵頡利。馬邑城中糧食即將耗盡，救兵未到，高滿政想突圍去朔州，右虞候杜士遠見突厥兵力強大，恐怕突圍不成，壬戌（二十日），杜士遠殺死高滿政投降突厥，苑君璋又殺死城中與高滿政同謀的豪傑三十多人。高祖任命高滿政的兒子高玄積為上柱國，承襲高滿政的爵位。丁卯（二十五日），突厥再次向唐請求和親，把馬邑歸還給唐朝；高祖任命將軍秦武通為朔州總管。
突厥屢次為禍邊境，唐朝并州大總管府長史竇靜上表請求在太原設置屯田以省軍糧的運輸，議政者認為過於麻煩，不批准。竇靜不停地極力論說此事，高祖下敕令征竇靜入朝，讓他與裴寂、蕭、封德彝等人在皇上面前辯論此事，裴寂等人無法說服竇靜，於是聽從竇靜的建議，每年收穫數千斛糧食，高祖很讚賞他，命竇靜為檢校并州大總管。竇靜是竇抗的兒子。十一月辛巳（初九），秦王李世民又請求在并州境內增設屯田，高祖批准他的請求。
唐朝黃州總管周法明帶兵攻打輔公祏，張善安占據夏口抵抗周法明。周法明駐紮在荊口鎮，壬午（初十），周法明登上戰船飲酒，張善安派遣幾名刺客偽裝漁民乘著漁船到荊口鎮，見到的人沒有產生懷疑，於是他們殺了周法明後離去。
甲申（十二日），唐朝舒州總管張鎮周等在猷州的黃沙攻打輔公祏的將領陳當世，大敗陳軍。
丁亥（十五日），高祖在華陰圍獵。己丑（十七日），在忠武頓迎接慰問秦王李世民。
十二月癸卯（初二），唐朝安撫使李大亮在洪州攻打張善安，與張善安隔水列陣，遙相對話。李大亮向張善安說明禍福利害關係，張善安說：「善安最初沒有反叛的意思，被部下將士們所誤，想投降又怕不能免罪。」李大亮說：「張總管有投降的心意，和我就是一家人了。」於是一個人騎馬渡過河進入張善安的陣地，和張善安拉著手交談，表示相互沒有猜忌。張善安十分喜悅，於是答應李大亮投降。不久張善安帶領幾十名騎兵到李大亮的營地，李大亮讓隨行的騎兵停在營門之外，帶張善安入營，和他交談。過了很長時間，張善安告辭，李大亮命令武士把他捉起來，張善安隨行的騎兵全部逃走。張善安的軍隊聞訊，十分氣憤，全部出動，準備攻打李大亮。李大亮派人對他們說：「不是我留住張總管，是總管忠心歸附朝廷，對我說：『如果返回營地，恐怕將士們有不同意見，會受他們鉗制。』因此自己留下來不走，你們這些人為什麼生我的氣？」張善安的部下又大罵道：「張總管出賣我們，自己去討好別人。」隨即潰散而去。李大亮出兵追擊，俘虜許多人。李大亮送張善安到長安，張善安自己聲稱和輔公祏並沒有來往，高祖赦免他的罪過，對他很好；待到輔公祏失敗後，得到他們相互往來的信件，於是殺了張善安。
甲寅（十三日），唐高祖回到長安。己巳（二十八日），突厥入侵定州，定州軍隊擊退來敵。庚申，白簡、白狗羌均派遣使節到唐朝進獻貢品。
春季，正月，唐朝按照北周、北齊的舊制度，每州設置大中正一人，掌管了解州內人物、品評衡量家族的等級，由本州家族資望高的人擔任，沒有品級俸祿。
壬午（十一日），趙郡王李孝恭在樅陽打敗輔公祏的別將。庚寅（十九日），鄒州人鄧同穎殺死唐朝鄒州刺史李士衡，反叛。丙申（二十五日），唐朝在白狗等羌族地區設置維、恭二州。
二月，輔公祏派兵圍攻猷州，唐朝猷州刺史左難當環城自衛。安撫使李大亮帶兵打敗輔公祏。趙郡王李孝恭攻克輔公祏的鵲頭鎮。
丁未（初七），高麗王建武派遣使節來唐朝，請求頒賜曆法。唐朝派遣使節冊封建武為遼東郡王、高麗王；冊封百濟王扶餘璋為帶方郡王，新羅王金真平為樂浪郡王。
始州獠民反叛，唐朝派行台僕射竇軌討伐叛獠。
己酉（初九），唐朝頒布詔令：「各州有通曉一種以上經書而沒有入仕的，均將姓名上報奏聞；州縣及鄉均設置學校。」
壬子（十二日），唐朝行軍副總管權文誕在猷州打敗輔公祏的黨羽，攻克枚洄等四鎮。
丁巳（十七日），唐高祖親臨國子監，行釋奠禮；下詔命諸王公子弟分別入學。
戊午（十八日），唐朝改大總管為大都督府。
己未（十九日），高開道的將領張金樹殺死高開道來降唐。高開道見天下全部得到平安，想投降，但認為自己幾次降而復叛，所以不敢來降；而且依仗突厥的勢力，便打消投降的念頭。高開道手下的將士都是山東人，思念故鄉，都想逃走。高開道挑選幾百名勇士，稱為義子，經常在閣內值班，由張金樹統領。原劉黑闥的將領張君立逃到高開道處，和張金樹密謀殺高開道。張金樹派他的幾名同党進入閣內，和高開道的義子們玩耍，臨近黃昏，暗中搞斷義子們的弓弦，把刀槍藏到床下，到就寢時，張金樹的幾名同黨抱著刀槍迅速離去，張金樹又帶領同黨大聲喧譁，攻打高開道的閣房，義子們準備抵抗，但弓弦已斷，刀槍已失，於是爭相投降；張君立也在外放火作為呼應，內外惶惶不安。高開道知道逃不脫，於是身披鎧甲手持兵器坐在堂上，和妻妾們奏樂暢飲，眾人害怕他的英勇，不敢靠近，天快亮時，高開道勒死妻妾和兒子們，然後自殺身亡。張金樹列陣，捉住高開道所有義子，全部殺死，並殺死張君立，一共死了五百多人。張金樹派人向唐朝投降，唐朝下詔於原地設置媯州。壬戌（二十二日），任命張金樹為北燕州都督。
戊辰（二十八日），洋、集二州獠民反叛，攻陷隆州晉城。
當月，太保吳王杜伏威去世。輔公祏反叛時，詐稱杜伏威的命令欺騙部下，待到輔公祏被平定，趙郡王李孝恭不知輔公祏使詐，把情況上報朝廷；唐下詔追免杜伏威官職，沒收他的妻兒為官奴。等到太宗即位，知道杜伏威被冤杜，赦免並恢復杜伏威的官爵。
三月，唐朝初次定令，以太尉、司徒、司空為三公，其次是尚書、門下、中書、秘書、殿中、內侍六個省，其次是御史台，其次太常至太府等九個寺，其次是將作監，其次國子學，其次天策上將府，其次左、右衛至左、右領衛等十四衛；東宮設置三師、三少、詹事以及兩坊、三寺、十率府；王、公設置府佐、國官，公主設置邑司，以上部門官員均為京職事官。州、縣、鎮、戍的官員為外職事官。從開府儀同三司到將仕郎，共二十八階，為文散官；驃騎大將軍至陪戎副尉，共三十一階，為武散官；上柱國到武騎尉，共十二等，為勛官。
丙戌（十六日），趙郡王李孝恭在蕪湖打敗輔公祏，攻克梁山等三鎮。辛卯（二十一日），唐朝安撫使任瑰攻克揚子城，廣陵城主龍龕投降唐軍。
丁酉（二十七日），突厥侵犯原州。
戊戌（二十八日），趙郡王李孝恭攻克丹楊。
在此之前，輔公祏派遣手下將領馮慧亮、陳當世率領三萬水兵駐紮在博望山，陳正通、徐紹宗率領三萬步兵騎兵駐紮在青林山，又在梁山用鎖鏈切斷江中航道，修築卻月城，延綿十多里，又在長江之西構築工事抵抗唐軍。李孝恭與李靖率領水軍停泊在舒州，李世勣率領一萬步兵渡過淮河，攻下壽陽，駐紮在硤石。馮慧亮等人堅壁不戰，李孝恭派奇兵切斷敵軍的糧食運輸線，馮慧亮等軍缺乏軍糧，半夜，派兵逼近李孝恭的軍營，李孝恭堅持不出戰。李孝恭召集諸位將領商議軍事行動，各位將領都說：「馮慧亮等人擁有強大的軍隊，占據水陸兩方面的險要，我軍進攻不能很快奏效，不如直接進逼丹楊，出其不備襲擊輔公祏的老巢，丹楊潰敗後，馮慧亮等人自然會投降！」李孝恭準備採納眾將領的意見，李靖說：「輔公祏的精銳部隊雖然在這裡有水陸兩支軍隊，但是他自己統率的軍隊也不少，如今博望的各個敵營尚且不能攻克，輔公祏憑藉石頭城自保，又豈是容易攻克的！進軍攻打丹楊，十天半個月攻不下，馮慧亮等人緊隨在我軍背後，我軍腹背受敵，這很危險。馮慧亮、陳正通都是身經百戰的老將，並非他們不想出戰，而是因為輔公祏定下的計策讓他們按兵不動，想以此拖垮我軍罷了。我們現在主動挑戰攻城，可一舉破敵！」李孝恭表示贊同，用老弱殘兵先進攻敵人的營壘，自己統領著精兵嚴陣以待。攻打敵人營壘的部隊失敗逃跑，敵軍出兵追擊，走出幾里地，遇到唐大軍，雙方交戰，唐軍大敗敵軍。闞棱摘下頭盔對敵軍說道：「你們不認識我嗎？怎麼膽敢來與我交戰！」敵軍中有很多闞棱的舊部下，均喪失鬥志，也有一些人向闞棱行禮，敵軍因此潰敗。李孝恭、李靖乘勝追擊逃敵，轉戰一百多里，敵軍博山、青林兩處部隊均潰敗，馮慧亮、陳正通等人逃回丹楊，被唐軍殺傷及淹死的敵軍有一萬多人。李靖的部隊先到達丹楊，輔公祏大為驚慌，帶著幾萬兵馬，放棄丹楊城向東逃跑，打算到會稽投靠左遊仙，李世勣在後面追擊他。輔公祏到句容，隨從的軍隊能跟上他的才五百人，夜晚，在常州宿營，他手下的將領吳騷等人謀劃把他逮起來。輔公祏覺察到吳騷等人的意圖，丟下妻兒，獨身帶領幾十名心腹，衝破關卡逃走。輔公祏到武康，受到農民的攻擊，西門君儀戰死，農民捉住輔公祏，送到丹楊處死，懸首示眾，唐軍分別搜捕輔公祏的餘黨，全部處決，江南地區全部平定。
己亥（二十九日）唐朝任命李孝恭為東南道行台右僕射，李靖為行台兵部尚書。不久，又廢除東南道行台，任命李孝恭為揚州大都督，李靖為大都督府長史。高祖深深地讚美李靖的功勞，說道：「李靖是蕭銑、輔公祏的克星。」
闞棱立了功勳，頗自傲。輔公祏誣陷闞棱與自己合謀。恰好趙郡王李孝恭查封沒收輔公祏黨羽的田地房產，闞棱以及杜伏威、王雄誕在輔公境內的田地房產，李孝恭也一起沒收；闞棱自己申訴說明，觸犯了孝恭，李孝恭很生氣，以謀反的罪名殺了闞棱。
夏季，四月庚子朔（初一），唐朝大赦天下。當天，頒布新的律令，新律比隋朝開皇的舊制增加五十三條新法規。
唐朝初次制定均田制與租、庸、調的辦法：每位成年丁男及十六歲以上二十以下的中男，給一頃田，有嚴重疾病者減去十分之六，寡妻、寡妾減去十分之七，所有授田均以其中十分之二為世業田，十分之八為口分田。每一成年男子每年交納的租是二石粟。調按照當地物產情況，分別交納綾、絹、絁、布。每年勞役二十日，不服勞役則收取，每天三尺；有事增加勞役者，加十五日勞役，免除應交之調；加三十日勞役，應交納的租、調均予免除。如遇水、旱、蟲、霜等自然災害，收成損失十分之四以上，免除租；損失十分之六以上，免除調；損失在十分之七以上，免去全部應交納的租調及應服勞役。百姓的資產分為九等。一百戶為一里，五個里成為一鄉，四家為鄰，四個鄰成一保。在城鎮居住區為坊，在鄉村居住區為村。官宦之家有國家俸祿，不准與百姓爭奪利益；工商雜色人等，不准加入士人階層。男女初生為黃，四歲以上為小，十六歲以上為中，二十歲以上為丁，六十歲以上為老。每年編制計帳，每三年編造一次戶籍。
丁未（初八），党項侵犯松州。庚申（二十一日），唐朝通事舍人李鳳起攻打並平定萬州反叛的獠民。五月辛未（初二），突厥侵犯朔州。甲戌（初五），羌族與吐谷渾一同侵犯松州，唐朝派遣益州行台左僕射竇軌從翼州道，扶州刺史蔣善合從芳州道攻擊羌與吐谷渾。丁亥（十八日），竇軌在方山打敗反叛的獠民，俘虜二萬多人。
丙戌（十七日），唐朝在宜君縣修建仁智宮。
六月，辛丑（初三），高祖前往仁智宮避暑。辛亥（十三日），瀧州、扶州獠人發生叛亂，高祖派遣南尹州都督李光度等人進擊並平定他們。
丙辰（十八日），吐谷渾侵犯扶州，扶州刺史蔣善合將他們擊退。壬戌（二十四日），慶州都督楊文反叛朝廷。
當初，齊王李元吉勸說太子李建成除去秦王李世民，他說：「我自當替哥哥親手將他殺掉！」李世民隨從高祖前往李元吉的府第，李元吉將護軍宇文寶埋伏在寢室裡面，準備刺殺李世民，李建成生性頗為仁愛寬厚，連忙制止他。元吉惱怒地說：「我這是為哥哥著想，對我有什麼好處！」
李建成擅自召募長安及各地的驍勇之士兩千多人，充當東宮衛士，讓他們分別在東宮左右長林門駐紮下來，號稱長林兵。李建成還暗中讓右虞候率可達志，從燕王李藝那裡調集來幽州驍勇精銳的騎兵三百人，將他們安置在東宮東面的各個坊市中，準備用他們來補充在東宮擔任警衛的低級軍官，結果被人告發。於是，高祖把李建成叫去責備一番，將可達志流放到巂州。
楊文幹曾經在東宮擔任警衛，李建成親近並厚待他，私下裡讓他募集勇士，送往長安。高祖準備前往仁智宮，命令李建成留守京城，李世民與李元吉一起隨行。李建成讓李元吉乘機圖謀李世民，他說：「無論我們的打算是平安無事還是面臨危險，都要在今年決定下來。」李建成又指使郎將爾朱煥和校尉橋公山將盔甲贈給楊文幹。兩人來到豳州的時候，上報發生變故，告發太子指使楊文幹起兵，讓他與自己內外呼應。還有一位寧州人杜風舉也前往仁智宮講了這一情形。高祖大怒，藉口別的事情，以親筆詔書傳召李建成，讓他前往仁智宮。李建成心中害怕，不敢前去。太子舍人徐師謨勸他占據京城，發兵起事；詹事主簿趙弘智勸他免去太子的車駕章服，屏除隨從人員，到高祖那裡去承認罪責。於是，李建成決定前往仁智宮。還沒有走完六十里的路程，李建成便將所屬官員，全部留在北魏毛鴻賓遺留下來的堡柵中，帶領十多個人騎馬前去進見皇帝，向皇帝伏地叩頭，承認罪責，把身子猛然用力撞了出去，弄得幾乎暈死過去。但是，高祖的怒氣仍然沒有消除。這一天夜裡，高祖將他放在帳篷里，給他麥飯充飢，讓殿中監陳福看守著他，派遣司農卿宇文穎速去傳召楊文幹。宇文穎來到慶州，將情況告訴楊文幹。於是，楊文幹起兵造反。高祖派遣左武衛將軍錢九隴和靈州都督楊師道進擊楊文幹。
甲子（二十六日），高祖傳召秦王李世民商量此事。李世民說：「楊文幹這小子竟敢做這種狂妄叛逆的勾當，想來他幕府的僚屬應當已經將他擒獲並殺掉了。如果不是這樣，就應當派遣一員將領去討伐他。」高祖說：「不能這樣，楊文幹的事情關連著建成，恐怕響應他的人為數眾多。你最好親自前往，回來以後，我便將你立為太子。我不願意效法隋文帝去誅殺自己的兒子，屆時就把李建成封為蜀王。蜀中兵力薄弱，如果以後他能夠事奉你，你應該保全他的性命；如果他不肯事奉你，你要捉拿他也容易一些啊。」
仁智宮建造在山中，高祖擔心盜兵突然發難，便連夜率領擔任警衛的軍隊從南面開出山來。走了數十里地的時候，太子東宮所屬的官員相繼到來，高祖讓大家一概以三十人為一隊，分派軍隊包圍、看守著他們。第二天，高祖才又返回仁智宮。
李世民出發以後，李元吉與嬪妃輪番替李建成講情，封德彝又在外朝設法解救李建成。於是，高祖改變原意，又讓李建成回去駐守京城。高祖只以兄弟關係不睦責備他，將罪責推給太子中允王珪、左衛率韋挺和天策兵曹參軍杜淹，將他們一併流放到巂州。韋挺是韋沖的兒子。當初，洛陽平定以後，杜淹長時間沒有得到升遷，打算謀求事奉李建成。房玄齡認為杜淹狡詐的招數很多，擔心他會教唆引導李建成，越發對李世民不利，便向李世民進言，將杜淹推薦到天策府任職。
突厥侵犯代州的武周城，代州兵馬打敗他們。
秋季七月，己巳（初一），苑君璋帶領突厥兵馬侵犯朔州，總管秦武通擊退他們。
楊文幹掩襲並攻陷寧州，驅趕劫掠官吏與百姓出城，占據百家堡。秦王李世民的軍隊來到寧州以後，楊文幹的黨羽便全部潰散。癸酉（初五），楊文幹被自己的部下殺死，他的頭顱被傳送到京城。李世民捉獲宇文穎，將他殺掉。
丁丑（初九），梁師都的行台白伏願前來投降。戊寅（初十），突厥侵犯原州，高祖派遣寧州刺史鹿大師前去援救，又派遣楊師道奔赴大木根山。庚辰，（十二日），突厥侵犯隴州，高祖派遣護軍尉遲敬德進擊突厥。
吐谷渾侵犯岷州。辛巳（十三日），吐谷渾與党項侵犯松州。癸未（十五日），突厥侵犯陰盤。甲申（十六日），扶州刺史蔣善合在松州赤磨鎮進擊吐谷渾，並打敗他們。
己丑（二十一日），突厥吐利設與苑君璋侵犯并州。
甲子，高祖返回京城。有人勸高祖說：「突厥之所以屢次侵犯關中地區，是由於我們的人口與財富都集中在長安的緣故。如果燒毀長安，不在這裡定都，那麼胡人的侵犯便會自然平息下來了。」高祖認為所言有理，便派遣中書侍郎宇文士及越過終南山，來到樊州、鄧州一帶，巡視可以居留的地方，準備將都城遷徙到那裡去。太子李建成、齊王李元吉和裴寂都贊成這一策略，蕭等人雖然知道不應當如此，但沒有諫阻的膽量。秦王李世民勸諫說：「戎狄造成禍患，從古時候起，就時有發生。陛下憑著自己的聖明英武，創建新的王朝，統轄著中國的領土，擁有上百萬的精銳兵馬，所向無敵，怎麼能夠因有胡人攪擾邊境，便連忙遷徙都城來躲避他們，給舉國臣民留下羞辱，讓後世來譏笑陛下呢？那霍去病不過是漢朝的一員將領，尚且決心消滅匈奴，何況我還愧居藩王之位呢！希望陛下給我幾年時間，請讓我把繩索套在頡利的脖子上，將他送到宮闕之下。如果不能獲得成功，那時再遷徙都城，也為時不晚。」高祖說：「講得好。」李建成說：「當年樊噲打算率領十萬兵馬在匈奴人中間縱橫馳騁，秦王的話該不會是與樊噲相似的吧！」李世民說：「面對的情況各有區別，採取軍事行動的方法也不相同。樊噲那小子有什麼值得稱道的呢！不會超過十年時間，我肯定能夠將沙漠以北地區平定下來，這可並不是憑空妄言的啊！」於是，高祖不再遷徙都城。李建成與嬪妃因而共同誣陷李世民說：「雖然突厥屢次造成邊疆上的禍患，但是只要他們得到財物就會撤退。秦王表面上假託抵禦突厥的名義，實際上是打算總攬兵權，成就他篡奪帝位的陰謀罷了！」
高祖在京城南面設場圍獵，太子李建成、秦王李世民和齊王李元吉都隨同前往，高祖讓這三個兒子騎馬射獵，角逐勝負。李建成有一匹胡馬，膘肥體壯，但是喜歡尥蹶子，李建成將這匹胡馬交給李世民說：「這匹馬跑得很快，能夠越過幾丈寬的澗水。弟弟善於騎馬，騎上它試一試吧。」李世民騎著這匹胡馬追逐野鹿，胡馬忽然尥起後蹶，李世民躍身而起，跳到數步以外立定，胡馬站起來以後，李世民便再次騎到這匹馬上，這樣連續發生了三次。李世民回過頭來看著宇文士及說：「他打算藉助這匹胡馬殺害我，但是生死是命運主宰著的，難道他能夠傷害我什麼嗎？」李建成聽到此言，於是讓嬪妃向高祖誣陷李世民說：「秦王自稱：上天授命於我，正要讓我去當天下的共主哩，怎麼會白白死去呢！」高祖非常生氣，先將李建成和李元吉二人叫來，然後又把李世民叫來，責備他說：「誰是天子，自然會有上天授命於他，不是人的智力所能夠謀求的。你謀求帝位怎麼這般急切呢！」李世民摘去王冠，伏地叩頭，請求將自己交付執法部門查訊證實，高祖仍然怒氣不息。適逢有關部門奏稱突厥前來侵擾，高祖這才改變生氣的臉色，轉而勸勉李世民，讓他戴上王冠，系好腰帶，與他商議對付突厥的辦法。閏七月，己未（二十一日），高祖頒詔命令李世民與李元吉率領兵馬由豳州進發，前去抵禦突厥，在蘭池為他們餞行。每當發生敵情，高祖總是命令李世民前去討伐敵人，但在戰事平息以後，高祖對李世民的猜疑卻越發嚴重了。
當初，隋朝末年京兆人韋仁壽擔任蜀郡的司法參軍，經他定罪處死的囚犯在綁赴鬧市行刑的時候，還要面向西方替韋仁壽拜佛求福以後，才肯受死。唐朝興起以後，爨弘達率領西南地區的夷人歸附朝廷。朝廷派出安撫西南夷人的使者，大都貪婪無度，邊地的百姓將使者視為禍患，還發生叛離朝廷的事件。當時，韋仁壽擔任巂州都督長史，高祖得知他的名聲以後，便任命他為檢校南寧州都督，將官署所在地暫設在越巂，讓他每年一次，前往南寧州撫慰當地的夷人。韋仁壽性情寬和仁厚，既有見識，又有度量。他接受任命以後，帶領士兵五百人來到西洱河，走遍轄境內的數千里地，當地蠻人、夷人豪強的首領紛紛向望風采，表示歸附，前來會見韋仁壽。韋仁壽遵照制命在當地設置七個州，下轄十五個縣，分別任命當地豪強的首領為刺史和縣令。他實行的法令清明整肅，蠻人與夷人都心悅誠服。韋仁壽準備返回越巂時，豪強的首領們都說：「天子派遣您擔任南寧州的都督，您為什麼忙著離去？」韋仁壽托稱南寧州並沒有修築城池。蠻人、夷人當即聚合起來，為韋仁壽修築南寧州城，建造韋仁壽的官署與住處，只用了十天時間，便竣工。韋仁壽這才說：「根據我所接受的詔命，只讓我前來巡視撫慰，所以我不敢擅自留在這裡。」蠻人、夷人哭泣著為他送行，於是分別派遣子弟入朝進貢。壬戌（二十四日），韋仁壽回到朝廷，高祖非常高興，便命令韋仁壽遷移到南寧州坐鎮，並帶兵戌守南寧州城。
苑君璋引領突厥侵犯朔州。八月，戊辰（初一），突厥侵犯原州。己巳（初二），吐谷渾侵犯鄯州。壬申（初五），突厥侵犯忻州。丙子（初九），突厥侵犯并州，京城嚴密防備。戊寅（十一日），突厥侵犯綏州，綏州刺史劉大俱將突厥擊退。
這時候，頡利、突利兩可汗率領全國兵馬前來侵犯，兵營相互連接著向南進軍，秦王李世民帶領兵馬抵禦敵兵。適逢關中地區多日降雨不止，糧食運輸被隔斷，將士們因行軍跋涉而疲憊不堪，軍用器械鈍損破敗，朝廷百官與軍中將領都為此擔憂。李世民在豳州與突厥遭遇，準備率領兵馬接戰。己卯（十二日），突厥可汗率領騎兵一萬多人突然來到豳州城的西面，在五隴阪布成陣勢，唐軍將士驚恐不安。李世民對李元吉說：「現在突厥進逼我軍，我軍不能夠向他們顯示出畏縮不前的樣子，應當與他們大戰一場，你能夠與我一同前去迎敵嗎？」李元吉害怕地說：「突厥軍隊的陣勢這樣盛大，怎麼能夠輕易出擊呢？萬一交戰失利，後悔還來得及嗎！」李世民說：「既然你不敢前去，我就獨自前往，你留在這裡看我的吧。」於是，李世民便率領騎兵疾馳到突厥的軍陣前面，告訴他們說：「我國與可汗議和，結為姻親，為什麼違背盟約，深入到我國的領土中來！我就是秦王，如果可汗能夠比武，就獨自出來與我比武；倘若可汗讓大家一齊上，我就只有用這一百名騎兵來抵擋。」頡利摸不清李世民的底細，只是笑了一笑，並不回答。李世民又向前推進，派遣騎兵告訴突利說：「以往你與我訂有盟約，約定在發生急難的時候互相援救。現在你卻率領兵馬攻打我，怎麼連一點盟誓的情份都不講呢！」突利也沒有回答。李世民再次向前推進，準備渡過一條河溝，頡利看到李世民輕易出戰，又聽到他關於訂盟立誓的話，懷疑突利與李世民另有計謀，便派人阻止李世民說：「秦王不必渡過河溝，我沒有別的意思，只是打算與秦王重申並加強原有的盟約罷了。」於是，頡利率領兵馬略微後退。此後，連綿大雨愈發落個不停，李世民對各位將領說：「突厥所仗恃著的是弓箭，現在雨水經久不息，筋弦鬆弛，膠性失粘，弓就不能夠使用，這使他們像飛鳥折斷翅膀一樣。我們居住在房屋裡，吃熟食，兵器銳利，可以養精蓄銳，相機制服疲乏的敵軍。假如對這一時機都不加利用，還準備等待什麼樣的時機呢！」於是，李世民在夜間暗中出兵，冒雨前進，突厥大為震驚。李世民又派人向突利陳述利弊得失，突利很高興，願意服從命令。頡利打算出戰，突利不同意，頡利這才派遣突利和他的夾畢特勒阿史那思摩前來會見李世民，請求通和修好，李世民答應他們。阿史那思摩是頡利的堂叔。突利於是主動依託李世民，請求與李世民結拜成兄弟。李世民也以恩情安撫他，與他立下盟約，突利這才離去。
庚寅（二十三日），岐州刺史柴紹在杜陽穀打敗突厥。
壬申（五日），突厥阿史那思摩入京朝見，高祖招他到御榻前面，好言安慰他。阿史那思摩的相貌很像胡人，而不像突厥人，所以處羅可汗懷疑他不是出於阿史那種族。阿史那思摩歷經處羅可汗和頡利可汗兩代，經常擔任夾畢特勒，終竟沒有能夠掌管軍事，設立牙帳。阿史那思摩入京朝見以後，高祖賜給他和順王的爵位。
丁酉（三十日），高祖派遣左僕射裴寂出使突厥。九月，癸卯（初六），日南人姜子路反叛朝廷，交州都督王志遠將他打敗。癸卯（初六），突厥侵犯綏州，綏州都督劉大俱打敗他們，捉獲三名特勒。
冬季十月，己巳（初三），突厥侵犯甘州。辛未（初五），高祖在縣境內的終南山下設場圍獵。癸酉（初七），高祖前往終南山。
吐谷渾與羌人侵犯疊州，攻陷合川。
丙子（初十），高祖前往樓觀，拜謁老子祠。癸未（十七日），用牛、羊、豕三牲祭祀隋文帝的陵墓。
太子詹事裴矩代理檢校侍中。春季，正月，丙辰（二十一日），高祖任命壽州都督張鎮周為舒州都督。張鎮周因舒州本是自己的家鄉，所以在來到舒州以後，便回到往日的住宅中，買來許多酒菜，叫來親戚朋友，與他們盡情宴飲。張鎮周解開頭髮，箕踞而坐，就像他身為平民的時候一樣，總共這樣度過十天。接著，張鎮周將金銀布帛分別贈送給親戚朋友，哭泣著向他們告別說：「今天我張鎮周還能夠與往日的朋友們歡樂地飲酒，明天以後，我就是治理百姓的舒州都督，官府與百姓之間的禮法上下懸隔，我就不能夠再與大家交往。」從這以後，如果親戚朋友觸犯法令，他全不肯縱容。於是，轄境之內，風氣整肅。
丁巳（二十二日），高祖派遣右武衛將軍段德操奪取夏州地區。吐谷渾侵犯疊州。本月，突厥與吐谷渾分別請求與唐建立貿易關係，高祖都下詔答應他們的要求。在此之前，中原地區歷經喪亡禍亂，百姓缺少耕牛。至此，藉助與突厥吐谷渾開展邊疆貿易，中原的各種牲畜又遍布原野了。
夏季四月，乙亥（十二日），党項侵犯渭州。甲申（二十一日），高祖前往縣，在甘谷設場圍獵，於終南山營建太和宮。丙戌（二十三日），高祖回宮。
西突厥的統葉護可汗派遣使者請求通婚，高祖對裴矩說：「西突厥與我們相距甚為遙遠，一旦發生危急，無法前來援助。現在西突厥請求通婚，應當怎樣對待？」裴矩回答說：「現在北狄正在強盛，為國家當前的利益著想，應當姑且交好遠邦，攻伐近國，臣認為應當答應與西突厥通婚，以便威懾頡利。待到數年以後，中原地區完好殷實，足以抵禦北狄族的時候，然後再從容不迫地考慮適宜的對策。」高祖聽從他的建議，派遣高平王李道立前往西突厥國，統葉護非常高興。李道立是高祖的侄子。
當初，高祖認為天下完全平定，便罷除十二軍的建制。不久，由於突厥不停地前來侵犯，辛亥（疑誤），又重新設置十二軍，任命太常卿竇誕等人為將軍，選擇操練兵馬，計議大規模地進擊突厥。
甲寅，涼州胡人睦伽陀帶領突厥襲擊涼州都督府，攻入小城，涼州長史劉君傑將他們擊敗。
六月，甲子（初二），高祖來到太和宮。丙子（十四日），高祖派遣燕郡王李藝在華亭縣及彈箏峽駐兵，派遣水部郎中姜行本切斷石嶺的通路，以便防備突厥。
丙戌（二十四日），頡利可汗侵犯靈州。丁亥（二十五日），高祖任命右衛大將軍張瑾為行軍總管，抵禦突厥，任命中書侍郎溫彥博為行軍長史。在此之前，高祖寫給突厥的國書，用的是地位相當的國家間的禮節。秋季，七月，甲辰（十二日），高祖對隨侍的官員說：「突厥貪得無厭，朕準備征討他們。從現在起，對他們不要再寫國書，一概採用詔書敕令。」
丙午，高祖的車駕返回宮中。己酉（十七日），突厥頡利可汗侵犯相州。睦伽陀進攻武興。
丙辰（二十四日），代州都督藺謩在新城與突厥交戰失利。高祖又命令行軍總管張瑾在石嶺駐兵。命令李高遷奔赴大谷，抵禦突厥。丁巳（二十五日），高祖命令秦王李世民前往蒲州駐兵，以便防備突厥。
八月，壬戌（初一），突厥越過石嶺，侵犯并州；癸亥（初二），侵犯靈州；丁卯（初六），侵犯潞、沁、韓三州。左武候大將軍安修仁在且渠川進擊睦伽陀，並將他打敗。
高祖頒詔命令大都督李靖由潞州道出兵，命令行軍總管任瑰在太行山駐兵，以便抵禦突厥。頡利可汗率領十多萬兵馬大規模地虜掠朔州。壬申（十一日），并州道行軍總管張瑾在太谷與突厥交戰，全軍覆沒，張瑾逃脫出來，投奔李靖。行軍長史溫彥博被突厥俘獲，突厥認為溫彥博的職務處於機密近要的地位，便向他詢問國家的兵力與糧儲情況，溫彥博不肯回答，突厥便將他流放到陰山。庚辰（十九日），突厥侵犯靈武。甲申（二十三日），靈州都督任城王李道宗將突厥擊敗。丙戌（二十五日），突厥侵犯綏州。丁亥（二十六日），頡利可汗派遣使者請求講和，於是便撤退了。
九月，癸巳（初二），突厥的沒賀咄設攻陷并州的一個縣。丙申（初五），代州都督藺謩將突厥擊敗。
癸卯（十二日），高祖初次命令太府檢查核實各州的度量衡器具。丙午（十五日），右領軍將軍王君廓在豳州打敗突厥，俘獲斬殺兩千多人。
突厥侵犯藺州。冬季十月，壬申（十一日），吐谷渾侵犯疊州，高祖派遣扶州刺史蔣善合援救疊州。
戊寅（十七日），突厥侵犯鄯州，高祖派遣霍公柴紹援救鄯州。十一月，辛卯朔（初一），高祖前往宜州。代理檢校侍中裴矩被罷免為判黃門侍郎。戊戌（初八），突厥侵犯彭州。
庚子（初十），高祖任命天策司馬宇文士及為代理檢校侍中。辛丑（十一日），高祖將蜀王李元軌改封為吳王，將漢王李元慶改封為陳王。癸卯（十三日），高祖加封秦王李世民為中書令，加封齊王李元吉為侍中。丙午（十六日），吐谷渾侵犯岷州。戊申（十六日），眉州山獠反叛朝廷。
十二月，辛酉（初一），高祖回到京城。庚辰（二十日），高祖在鳴犢泉設場圍獵。辛巳（二十一日），高祖回宮。
高祖任命襄邑王李神符為檢校揚州大都督。開始將州府及居民從丹楊遷移到長江北岸。春季正月，己亥（初十），高祖頒詔，命令太常少卿祖孝孫等人重新制定雅樂。
甲寅（二十五日），高祖任命左僕射裴寂為司空，每天派遣一名員外郎輪番到他的宅第中值班。
二月，庚申（初一），高祖任命齊王李元吉為司徒。丙子（十七日），高祖初次讓州縣祭祀土地五穀之神，還讓百姓以鄉里為單位，設立土地神廟，分別舉行春祈豐年、秋報神功的祭祀活動，用以協調鄉里百姓的樂趣。戊寅（十九日），高祖祭祀土地五穀之神。
丁亥（二十八日）突厥侵犯原州，高祖派遣折威將軍楊毛進擊突厥。三月，庚寅（初二），高祖來到昆明池。壬辰，高祖回宮。癸巳（初五），吐谷渾與党項侵犯岷州。戊戌（初十），益州道行台尚書郭行方進擊眉州反叛朝廷的獠人，並且打敗他們。
壬寅（十四日），梁師都侵犯邊疆地區，攻陷靜難鎮。丙午（二十八日），高祖來到周氏陂。辛亥（二十三日），突厥侵犯靈州。乙卯（二十七日），高祖的車駕返回宮中。癸丑（二十五日），南海公歐陽胤奉命出使，正在突厥，他率領屬下五十人謀劃突然襲擊可汗的牙帳，結果事情泄露，突厥將他囚禁起來。
丁巳（二十九日），突厥侵犯涼州，涼州都督長樂王李幼良反擊並趕走他們。戊午（三十日），郭行方在洪州與雅州兩地進擊反叛朝廷的獠人，並大敗獠人，俘獲獠人男女五千口。夏季四月，丁卯（初九），突厥侵犯朔州。庚午（十二日），突厥侵犯原州。癸酉（十五日），突厥侵犯涇州。
戊寅（二十日），安州大都督李靖與突厥頡利可汗在靈州的硤口交戰，從早晨起，直打到申時，突厥才回軍撤退。
太史令傅奕進上奏疏，請求廢除佛法，說：「佛祖生在西域，言詞怪誕，遠離中國，所以漢朝譯佛經，任意假託。佛教讓不忠於君主、不孝敬父母的人落髮為僧，於是對君主與父母僅僅拱手行禮；使懶散遊蕩、不務正業的人改穿僧裝，因而就可以逃脫租稅負擔。佛教虛假地開啟地獄、餓鬼、畜牲三惡道的教義，又錯誤地加入人、天、阿修羅，擴充為六道輪迴之說，以此恫嚇愚昧無知的男子，欺騙平庸鄙陋的人們。於是佛教讓人們追悔已往的罪過，憑空規劃未來的福緣；讓人們布施一萬錢，便希望得到一萬倍的回報；讓人們持守齋戒一天，便企圖得到一百天的口糧。這就使愚蠢迷惘的人們虛誕地追求功德之舉，對科條禁令肆無忌憚，輕率地觸犯典章制度。有些人起初去做大惡大逆的事情，待到自已落入法網以後，這才在監牢中禮拜佛祖，圖謀免除自己的罪惡。況且，生存與死亡，長壽與短命由自然法則主宰，施行刑罰或恩德的權柄由君主掌握，貧窮與富有、高貴與卑賤由人們建立的功勞業績所招致。然而，愚蠢的僧人假託名義，進行詐騙，一概說成是由佛造成的。可見，佛教竊取君主的權威，獨攬自然創造化育的偉力，他們的作為損害朝政，這實在是令人可悲的了！自伏羲、神農以下，以至於漢朝，從來沒有佛法存在，但君主賢明，臣下忠誠，國運長遠，歷時經久。漢明帝在位時期開始設立佛像這一胡人的神明，西域的僧人自然就要傳播佛法。在西晉以前，國家設有嚴厲的法令條規，不允許中國百姓擅自去做剃髮為僧的事情。及至前秦苻氏、後趙石氏在位時期以來，羌人與胡人攪亂中華的秩序，君主昏庸，臣下奸佞，朝政殘暴，國運短促，梁武帝、北齊文襄帝的下場，值得借鑑。現在，全國的僧人與尼姑的數量，超過十萬人，他們剪裁文繒彩帛，裝飾打扮泥土製作的佛像，爭相以詛咒之術壓伏鬼魅，以此迷惑百姓。請讓僧人與尼姑各自婚配，就會成為十萬多戶人家。他們生男育女，經過十年的生長養育，十二年的教育訓導，可以使兵源充足。全國免除資財逐漸遭受侵吞的禍殃，百姓懂得權力掌握在誰的手中，妖言惑眾的風氣就會自然革除，淳厚質樸的習俗就會重新興起。臣私下裡看到北齊朝章仇子佗的表章說：『僧人與尼姑人數眾多，就會浪費損耗國家的資財；建造寺塔揮霍無度，就會白白耗費金銀布帛。』由於諸僧人依附宰相，在朝廷上公然惡言詆毀章仇子佗，諸尼姑倚傍王妃與公主，偷偷地非議埋怨章仇子佗，章仇子佗竟然被囚禁起來，結果在都城的鬧市中被殺害。北周武帝平定北齊以後，頒布制書為他的墳墓培土。臣自愧不才，私下裡還是仰慕他的行為的。」
高祖下詔令百官計議這件事情，只有太僕卿張道源聲稱傅奕講得合乎道理。蕭瑀說：「佛是聖人，傅奕卻要非難（批評）佛，非難聖人的人目無法紀，應當懲治他的罪過。」傅奕說：「人們的倫常大道，沒有比君主與父親更為重要的了。佛作為嫡長世子卻背叛自己的父親，作為一個平民卻拒不執行天子的命令。蕭瑀並不是從空桑中無父而生，卻遵從目無父親的宗教。非難孝道的人目無父母，說的就是蕭瑀這樣的人。」蕭瑀無言以對，只好兩手合十說：「設置地獄，正是為了此人！」
高祖也憎惡僧人和道士逃避賦稅和徭役，不遵守本教的戒律，完全像傅奕所講的那樣。再加上寺院、道觀與市肆民居相連，與屠戶酒店混雜在一起，辛巳（二十三日），高祖頒詔，命令有關部門淘汰全國的僧人、尼姑和男女道士，將那些專心勤奮修行的人，遷居到較大的寺院道觀中去，供給他們衣服與食品，不要使他們缺少什麼。對那些庸俗猥瑣、粗疏醜惡的人，勒令他們全部停止修行，強制他們返回家鄉。京城保留寺院三所、道觀兩所，各州分別保留寺院道觀各一所，其餘的寺院道觀一律罷除。
傅奕生性謹慎細密，在擔任觀測天象的職務以後，斷絕與朋友的交往。他奏報的自然災害與自然的反常現象，底稿全部焚毀，沒有人能夠知道。