藥師佛與其他法相金碧輝煌的佛菩薩不同，佛身非金非黃，而是與眾不同的藍色，甚至連他散發出來的佛光都是藍色。為什麼諸佛中，唯獨藥師佛的法身是藍色？
藍色法身的來歷
對於藥師佛藍色法身的來歷，眾說紛紜。主要有兩種說法，即與天同色、與十二大願有關。
與天同色
據說藥師法身上的藍色並非尋常的藍色，而是與天空顏色相同的天藍色。天空在藏傳佛教里，一直象徵著光明，象徵著可以趕走一切黑暗的邪魅，所以天藍色代表著藥師佛的法身光明，對芸芸眾生有著十分重要的導向作用。
另外，藍色還象徵著平息、消除。大自然的色彩變化多端，每種物體都會發生改變，只有一種物體不會變，那就是天空的顏色，所以說藥師佛顯現的是天藍色。
藍色本身就給人一種穩定、穩固之感，因此象徵了藥師佛可以消除所有眾生的疾病跟各種的痛苦，並且還能夠穩固地消除，保持健康。
與十二大願有關
另一種說法是，與藥師佛許下的十二大願有關。藥師佛十二大願的第二願「願我來世得菩提時，身如琉璃」，而琉璃色也就是藥師佛法身的顏色。
琉璃二字包含尊貴、富貴、七寶俱足。光是光明，包含相好光明、居住環境優越光明。藥師佛長劫修行，萬德莊嚴聖號。令我們稱念南無藥師琉璃光如來，就會得以上果報。
據說在秦漢時期，琉璃色指藍色。在漢代，琉璃製品非常昂貴，價格甚至超出了黃金幾倍。此時，琉璃的色彩以藍色為主，僅有皇室、貴族才有資格使用藍色的琉璃器物。
因為製成藍色琉璃器物需要添加鈷元素，而提取鈷元素的方法極其複雜，只有為數不多的高級工匠會這種工藝。因此，大家就自然地將琉璃光轉換為藍色光，藥師佛的法身和佛光也變成了藍色。
藥師妙法
藥師佛大願無涯、悲心無盡，利益安樂一切有情眾生。藥師，本用以比喻能治眾生貪、瞋、痴的醫師；後來寓意佛德，即無病不療之清涼，無苦不救之慈悲。明淨清澄的琉璃光象徵佛智，即無所不徹之智慧，無所不被之溫暖。
藥師佛手中，或捧藥缽或托藥塔，又或者捏著一支藥草，皆表示藥師度救度眾生之願。若我們時常念誦藥師佛名號或心咒，不僅福慧增長，功德無量，更重要的是能夠令我們在有病苦纏身時，獲得藥師佛慈悲護佑，解除疾病痛苦，身心安泰，消災延壽。因此，藥師佛不僅護佑身體的安康，其佛法更是醫治內心的良藥。
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