明初，藍玉案和空印案、郭桓案、胡惟庸案合稱為「洪武四大案」。其中，藍玉案和胡惟庸案都是謀反案，受牽連的都是跟隨朱元璋打天下的功臣，前後十餘年間，屠戮了數萬人。
胡惟庸是文官，而藍玉卻是統兵大將，屢立戰功。謀反案都是要凌遲處死的，朱元璋顧念他是兒女親家，特批免去碎刮，改為剝皮，算是給藍玉留了個全屍。
藍玉的所謂三大罪狀，頗為牽強，此案疑點重重。
藍玉是大將常遇春的小舅子，參加起義軍後就一直在常遇春指揮下作戰，作戰勇猛。他姐夫自然是很照顧他，時不常在朱元璋跟前誇讚藍玉。
明洪武20年，藍玉授征虜左副將軍，跟隨大將軍馮勝出征，征討納哈出。
這位納哈出可是名臣之後，他是成吉思汗手下四傑之一，教過郭靖打仗的木華黎嫡傳子孫。1355年時，朱元璋攻克太平俘獲了納哈出，勸降，不從。考慮他是名人之後，給予銀兩放走。之後，元順帝封他為丞相，又加封為太尉。元朝滅亡後，納哈出退到吉林雙遼市一帶，繼續高舉抗明大旗。
繼第一次被俘32年後，納哈出再次被打敗，終於接受了招降，封海西侯。第二年隨大將傅友德遠征雲南，途中病亡。
大將軍馮勝在勛臣中排名第三，雖然立了大功，但是很快就被朱元璋找了個理由撤職了。
洪武21年，藍玉在軍中被授予大將軍，行使總兵官的權力。而這位馮勝，到了洪武28年，無罪被賜死，也未能進功臣廟。比馮勝早一年，征雲南的大將傅友德已經被朱元璋殺了。
直到崇禎朝，方才追封馮勝為寧陵王，比徐達、常遇春封王晚了二百多年，但老朱家總算對他的功績予以認可。
這個時候，元順帝崩，他的孫子繼位。當年，新上任的藍玉大將軍就率領十五萬大軍遠征逃至漠北的北元。著名的捕魚兒海大戰，明軍大獲全勝，僅有元帝等少數人逃脫。
這個捕魚兒海，就是貝爾湖，是呼倫湖的姊妹湖，呼倫貝爾大草原的稱呼就是這麼來的。這一片也是古代多個遊牧民族如匈奴、東胡、蒙古等繁衍生息然後發展壯大起來的地方。
上方呼倫湖，下方貝爾湖，烏爾遜河將兩湖南北相連。
捕魚兒海大戰551年後，蘇軍和日軍展開了諾門坎大戰，戰場就在貝爾湖周邊。由於日軍戰敗，如今只有15分之1的湖面屬於我國，不過，面積更大的呼倫湖（第四大淡水湖）全在我國境內。
捕魚兒海戰役後，藍玉的第一個罪狀就有了。據說藍玉把俘獲的元妃強行那個了，致使有的元妃自盡。
大軍回還，到達喜峰口，又一個罪狀也有了。據說是守關的關吏開門慢了，大將軍就慫恿部下炮轟關門。遠征歸來的將士們的心情可以理解，估計就是士兵們叫門的聲音大了些，是否開了炮還不是靠人嘴說的，說不定把拍門聲聽成了炮聲。
這兩個罪狀合二為一，成為了致藍玉於死地的第一大罪狀——飛揚跋扈。
藍玉的第二大罪狀是他的義子多達幾百人，他的家人還到處侵占民田。這個罪狀也不足以致死吧，然後又加進一些內容——藍玉遠征歸來仍任總司令，朱元璋還封他為太子太傅，可是藍玉不領情，大放厥詞，說給的官小了，應該升半級，給個太子太師噹噹。
常遇春的女兒嫁給了太子朱標，成了太子的老丈人。按照這個親戚關係，朱標得喊藍玉一聲舅舅。
有了這麼一層親戚，不比太子太傅香嗎？
當年，朱元璋著力培養太子朱標，左丞相李善長兼太子少師，右丞相徐達兼太子少傅，中書平章錄軍國重事常遇春兼太子少保。一個是太，一個是少，藍玉的官可比他們仨的大，不過爵位上，徐達、常遇春都封王了，藍玉還是公。
問題出在兩方面，一是此時徐達常遇春已死，朱元璋早早安排的留給太子的超豪華大明武將集團的統領成了藍玉。第二個原因才是真正致命的，因為被朱元璋寄予厚望，朝堂、軍中、民間，威望極高的太子朱標沒能熬過他70歲的老爹。
朱元璋有兩個計劃，第一，留給太子最強大的文臣武將集團，將來太子繼位後統帥大明徹底掃滅北元，締造盛世。第二，遷都長安。
長安地處關中盆地，東有潼關，西有隴山、南有秦嶺，北有黃河，易守南攻，且能威逼塞北，威逼西域。而北京雖然自古就是軍事重鎮，但是地利上要求在京師周圍囤積重兵。
太子朱標死後，朱元璋一下子沒了心勁。朱元璋寫道：「朕經營天下數十年，事事按古就緒。維宮城前昂後窪，形勢不稱。本欲遷都，今朕年老，精力已倦，又天下初定，不欲勞民。且興廢有數，只得聽天。惟願鑒朕此心，福其子孫。」
這時候朱元璋的寄託就全放在他年幼的太孫朱允炆身上。朱標威信高，朱標在，誰敢不從！可年幼的太孫能壓得服那些功高權重的勛貴嗎？能壓得住他那些虎視眈眈的叔叔嗎？
朱元璋大概是這樣想的，先從跟前的動手，然後再收拾自己在外面的那些兒子們。可以說，如果朱標不死，藍玉就不會死，他可是朱元璋特意留給自己的好太子用來護國的棟樑。也可以說，如果藍玉不死，也就沒燕王朱棣什麼事兒了。
然而，朱元璋還沒來得及收拾自己那些野心勃勃的兒子們，就駕崩了。這個事只能交給自己的孫子去辦了。
可朱元璋也不想想，像藍玉、傅友德等等一大批猛將都不在了，剩下的也都被殺寒了心，誰還管你們老朱家自己的家事。後面的事實也是如此，朱元璋親手打造的大明最強武人集團的指揮官們，像大將郭英、平安、盛庸、梅殷、何福、房昭、楊文等等都先後順服了燕王，後來的明成祖。
既然要藍玉死，只靠前面兩條大罪狀是不能服眾的，必須找到第三條罪狀。君要臣死，這事好辦得很。
很快，錦衣衛都指揮使蔣瓛（讀(huán）就找到了藍玉謀反的證據，還有造反的同謀，連造反起事的日期都查出來了。只是，那一串證人證言，以及捕獲的反賊口供，關於造反日期說得都不一樣。只有一條是一致的，那就是總兵官藍玉要謀反。
於是，在「完整的證據鏈」支持下，藍玉被劊子手剝下了一張皮。之所以給「完整」打引號，因為藍玉至死都未承認謀反，缺少了主犯的口供。
藍玉一案，族誅一公、十三侯、二伯，牽連被殺一萬五千多人，「元功宿將，相繼盡矣！」
朱元璋後來派人把藍玉的皮送到四川，賜給了自己的兒媳蜀王妃，讓她留個念想。明末，張獻忠入川，據說，農民起義軍曾經在王府的一個祭堂見到過藍玉大將軍完整的一張皮。