一、菌肥的作用和功能
1、作用
（1）減輕病害：施用菌肥之後，優勢菌群便得以形成，隨後便會減少病原入侵和繁殖機會，從而達到減輕作物病害的目的。
（2）改良土壤：菌肥能夠刺激有機質釋放營養，通過微生物的活動，有機質能夠不斷的釋放出植物生長所需要的營養元素，從而便可達到肥效持久的目的，同時有機質還能改善土壤物理性狀，增加土壤團粒結構，使得土壤變疏鬆，降低土壤發生板結的機率，促使作物能夠更好的生長。
2、功能
（1）增強作物的抗逆性與抗病性：因為菌肥中的部分菌種具有分泌抗菌素和多種活性酶的功能，可以抑制或者殺死致病真菌和細菌，因此它能夠增強作物的抗逆性，減輕病害的發生，同時它還提升作物的抗旱、耐寒、抗倒伏以及抗鹽鹼的能力，從而便增加了作物的抗病性。
（2）改善農產品的質量：施用菌肥後，農產品中的維生素C、胺基酸以及糖分的含量便會得到提高，使得農產品變得更好吃。
二、菌肥正確的使用方法
1、使用方法
（1）可以採用穴施或者開溝施用的方法，將菌肥施入土壤中，每穴的用量一般為0.5-1.5kg。
（2）需注意，一般只有在菌群集聚後才能夠發揮出更好的效果，因此不宜沖施或者撒施菌肥，避免菌群被衝散，使得施用效果不好。
2、使用注意事項
（1）菌肥不能與殺菌劑混合使用，因為容易將活性菌殺死，使得菌肥無法發揮出原本的效果。
（2）若在溫室大棚中使用，便需要注意不可有紫外線燈，因為紫外線也會殺死生物活性菌。
（3）在施用菌肥之後需要合理的進行灌水，以在晴天上午澆小水為宜，並在澆水後適當的進行劃鋤，增強土壤通透性，提高菌肥的使用效果。之所以要在施用後澆水，是因為大部分的生物菌為好氧菌，在見干見濕的土壤中通常很活躍，因此澆水能夠使得生物菌可以更活躍，確保施用效果。