格列佛是一個小莊園主的兒子，從小喜歡旅行，為了實現自己的願望，他讓父親把自己培養成一個醫生，為的是能夠隨船出海週遊世界。作為船上的醫生，格列佛很少呆在陸上，大半生都在海上度過。他有許許多多奇特的經歷，但最奇的要算1699年那一次了。
起初幾個月，航行十分順利，船已繞過了半個地球，可到了蘇門答臘時，遇上了可怕的風暴，船被颶風吹到礁石上撞成碎片，大半水手都喪了生，只有6人駕一小舟逃脫性命，格列佛便是其中之一。但他們僅僅劃了數海里，小船又被巨浪掀翻。格列佛好不容易才游到岸上，他發現自己來到了一個陌生、荒涼、杳無人跡的地方。這時，他又累又乏，顧不得這許多，倒在草地上便睡著了。
醒來時已是早晨。格列佛想翻身起來，但發覺四肢像被綁在地上一樣不能動彈，甚至連頭也不能轉動，只聽得一陣細小的嗡嗡之聲，仿佛四周有人，但除了頭上的天穹，什麼也未看見。正在驚訝之際，格列佛忽然覺得左腿上有什麼東西在移動，就像是一隻大蟲子朝他身上爬來。直到那東西進人視線，他才看見那是一個不足6英寸高的小人兒，握著弓箭，走在他的胸膛上。緊接著，又有幾十個小人，排著戰鬥隊列走了上來。格列佛嚇得大叫一聲，所有的小人便都跑開了，但沒多時又重新跑了回來，登上了他的身體。格列佛掙扎了一下，想要移動軀體，接著便有無數支小箭，如雨般地向他射來，像針刺般地作痛。他只好靜靜躺著，不敢輕舉妄動了。這時，他的頭已略可轉動，他轉過頭來，看見有數百小人，在他右耳旁邊建起一個8英寸高的平台。一個衣著華麗的官員登上台去，對著他的耳朵說了一些什麼。格列佛自然是一句也聽不懂，只是重複地聽到一個名字「利立普特」。
他猜想，或許就是這個小人國的國名。那官員的友好態度使格列佛放了心。他忽覺非常飢餓，便用手指著自己的嘴，表示要吃東西，接著就有無數扶梯搭在他身上，上百個小人抬著一筐筐的食物和一桶桶清水倒進他的嘴裡。
格列佛哪裡知道，小人們在食物里放了催眠藥，吃過東西之後，他便昏昏入睡了。就在他熟睡的時候，小人國的500個民工和工程師趕造了一部巨大的馬車，由1500匹駿馬拉著，把格列佛運到了利立普特的首都密爾登都。密爾登都是一座美麗的城市，街道、建築、草地、花園，全都像木偶戲院的布景。市民們萬人空巷，趕來觀看格列佛這位「巨人」。
經過國王親自觀察，認定此人沒有危害性後，才決定留下他來，並下令讓市郊的村莊每天供應60頭牛、40頭羊和許多麵包、牛奶，以此作為巨人的食品。國王還派了6名教師，專格列佛學習利立普特語言。作為恢復自由的條件，格列佛必須替國王遞送快信，幫助工人搬運石頭修建王宮。
漸漸地，格列佛才知道，在這個小人國里同樣有著煩惱和危險。原來利立普特有兩大政黨－－高跟黨和低跟黨，經常為了鞋跟的高低而爭論不休。此外，在隔利立普特不遠的海島上，還有另一個小人國，名叫不來夫斯古，這兩個相鄰的國家結下了世代的冤讎，時常發生戰爭。利立普特的國王考慮到格列佛的力量，便決定派他去摧毀他們的敵人。
不來夫斯古帝國位於利立普特的東南，兩島間隔著一片水域，水深約六七英尺。格列佛隔海觀望，只見不來夫斯古的15艘戰船如同兒童玩具排列在岸邊。格列佛潛入水中，用一根長繩套了15個鉤子，把15艘戰船一齊拉到了利立普特這邊。這襲擊來得十分突然，不來夫斯古的兵士紛紛棄船跳水逃走。這一戰，利立普特未發一兵一卒就大獲全勝，格列佛成了利立普特舉國稱頌的英雄。
可是，國王的野心有增無減，他命格列佛要滅掉不來夫斯古，使之成為殖民地。格列佛拒絕了這一要求，他說：「我不願讓一個自由勇敢的民族淪為奴隸。」國王大怒，說他不忠。
幾天後，格列佛從一位朋友處得知，國王正與幾個親信密謀，準備先弄瞎他的眼睛，然後將他慢慢餓死。他只得給國王留下一封信，說是要離開幾天，然後就神秘地奔向不來夫斯古，把他擄來的15艘戰艦也一併帶了過去。不來夫斯古的國王熱情地歡迎了他。
在不來夫斯古沒住幾天，格列佛得到了一個天賜的良機，使他得以重返故里。那天，當他正悶悶不樂地在沙灘上散步時，忽見水面上浮起一件東西，走近一看，原來是一隻小船（不是小人國的小船，而是足以載下格列佛的小船）底兒朝天位將軍指揮，好不容易才幫助格列佛把船拖上岸，將船修好，在一個順風的早晨，格列佛告別了國王和不來夫斯古人，乘船到了海上。3天後，又幸運地搭上了一艘去英國的大船，回到了家鄉。當他向人們講起這次奇特的經歷時，誰也不相信。
幸好他離開不來夫斯古時帶有幾頭活牛、活羊，人們見了這些實物，才相信世界上真有小人國的存在。
在家裡沒住上兩月，格列佛又想念起海上的生活，渴望到新的地方去，很快他便作為「冒險號」的醫生，再次乘船出海。不料他這一次的遭遇又較前一次更險更奇。
冒險號經過印度時，遇到海洋上的季風風暴，船在海上忽東忽西，最後不知漂到了什麼地方。風暴平息後，為了補充淡水，大船駛向一塊不知名的陸地。船長在近岸處拋了錨，派遣12人駕一小舟上岸找水，格列佛志願參加這個小組。上了岸他就單獨行動，東走西瞧，除了光禿禿和連綿起伏的山巒外，什麼也未發現，也未找到水源。格列佛敗興而返，來到岸邊，遠遠看見小船已離岸向大船駛去。一陣狂呼大叫，船上的夥伴連頭也不回。格列佛正感驚疑，忽見一個無比高大的巨人，在後面追趕小船，深深的海水只淹到他的膝部。要不是海邊峭拔的山崖有所妨礙的話，小船早就被他抓在手裡了。見此情景，格列佛哪敢怠慢，轉身就朝陸上跑去。
他奔上一座小山，這才把當地的景象看得比較清楚：前面顯然是一片田園，但並不像家鄉的田園那樣，這裡的淺草足有一丈多深，田裡的穀物比這更為高大。為了躲避巨人，格列佛直朝那片田地跑去，足足花了半個小時才跑到田邊。這時他又看見一夥前來收割莊稼的巨人，每個人都有教堂的尖塔那樣高，講起話來像是天上打雷。格列佛連忙鑽進莊稼地里，躺在地上不敢動彈。那伙人開始收割，很快就到了他身邊。一隻大腳迎面朝他踏來，眼見就要變成一團肉泥，格列佛嚇得大叫一聲，那腳又縮了回去。一個農民好奇地看了看他，然後用兩根手指夾著他的腰部，把他從地上拾起來，他覺得自己好像立刻升到了半空中。這時他心裡充滿了恐懼，深怕那人一鬆手，自己就會跌得粉身碎骨。不過還好，那農民沒有把他摔下，而是用一張手巾把他從頭到腳地包裹起來，提回了家裡。
農民的妻子見到格列佛時，就像格列佛的妻子見到一隻小老鼠時那樣，嚇得尖叫了一聲。可是，沒有多久，她就喜歡上這個小東西了。吃飯時，他們坐在30多英尺高、20多英尺見方的桌子旁，把格列佛放在桌上，用指尖掐了一小塊麵包放在他面前。格列佛從懷中掏出刀子，費了好大的勁才把麵包切開吃了起來。正在這時，忽聽一聲巨吼，像是10個工廠一起開工一樣，原來是1隻比公牛大3倍的小花貓跳到了女主人膝上。格列佛大吃一驚，深怕那貓會傷害自己。飯後，農民外出幹活去了，女主人把格列佛放在自己的床上，用一張比船帆更大、更粗糙的手巾蓋著他。正當格列佛睡得正熟時，兩隻像獒犬一樣大的小老鼠爬上床來東嗅西嗅，他被驚醒了，站起來用刀子同老鼠戰鬥。幸虧女主人及時趕到，才把老鼠嚇跑。
那農民受了別人的慫恿，決定將格列佛帶到市場上去展覽賣錢。每到趕集的日子，他就用一個小盒子把格列佛裝在裡面，帶到集市上去，強迫他做各種姿勢的表演。農民因此而賺了不少的錢，格列佛卻感到受了莫大的侮辱。但那農民還不滿足，後來又把他帶到首都去，引起全城轟動。王后見了這個彬彬有禮的小人兒，感到非常高興。她問起格列佛的家鄉和來歷，格列佛回答得十分得體。於是，她用一千個金幣從農民那裡把他買了下來。
王后把格列佛托在手上去見國王，國王起初還以為他是某個智者製造的機器人，經過一番仔細地盤問，才相信他確實是人類。王后非常喜歡和格列佛在一起，每餐飯都讓他陪伴著自己。她在桌上為他準備了一張小桌，常常把一小塊一小塊的食物賞賜給他。王后喜歡看他一口一口吃東西的樣子，而她自己吃起東西來卻像一個粗魯的英國農民。在國王的寢室里，國王常常向他問起歐洲。可是，每當格列佛興高采烈地介紹著歐洲或美國的一切時，國王總要嘲笑他，說他是個自命不凡的小東西。對于格列佛講到的政府、宗教、法律、風俗，國王都嗤之以鼻。他對火藥的發明、武器的製作尤其不感興趣，他認為，誰要能使本來只出產一串谷穗的土地長出兩串谷穗，那才真正是對人類的貢獻。
格列佛在大人國一住就是3年。他多次想到家鄉、懷念親人，可是要逃走卻非常困難。有一次他陪同國王和王后巡視邊疆，被裝在小木箱裡被人帶到海邊上呼吸新鮮空氣。當他在小木箱裡睡得正熟時，天空中的鷹錯把木箱當成烏龜叼了起來，幾隻鷹在天上爭奪，木箱掉進海里。格列佛躺在木箱裡在海上漂流了一段時間，才被路過的一艘船打撈上去，得以重返英國。