太和二十二年（南齊永泰元年，公元498年）七月己酉日（三十日），南齊皇帝蕭鸞駕崩。對北魏來說這無疑是個好消息，但元宏卻在這年九月己亥日（二十一日）以「禮不伐喪」為由，下令撤兵。
北魏撤兵也是無奈之舉，他們的後方此時問題頻出。除了先前提到的元宏留守洛陽的李沖和李彪內鬥，高車那邊也出了狀況。在元宏調兵發動對齊戰爭時曾派遣使者去向高車調兵，誰知車人害怕遠途勞役，因此擁奉袁紇樹者為頭領，率眾叛變向北逃跑。得知消息的元宏派遣征北將軍宇文福前去討伐，結果大敗而歸，宇文福因此被黜官。無奈的元宏只得又命令平北將軍、江陽王元繼為都督北討諸軍事，負責討伐高車，並且下令自懷朔以東全部歸他掌管調遣，並攝鎮平城。
後方問題頻出只得讓元宏班師回朝，誰知此時更大的問題出現，元宏身體出現了狀況。元宏這次的病情來勢洶洶，十多天時間裡除了彭城王元勰等幾人在旁照料外，其他人根本沒法見到元宏。好在元宏還有元勰，除了照料元宏的身體，元勰還要總管國家事務，能力出眾的他把所有事處理的井井有條，讓元宏可以安心養病。
對自己哥哥的病情，元勰可以說是比誰都急。得知在洛陽的右軍將軍徐謇擅長醫術，元勰就急忙把他召來為元宏看病。同時又秘密地讓人在汝水之濱築了一座祭壇，學著當年的周公一樣親自去禱告，乞求以自己的身體代替元宏，讓他快快痊癒。或許是元勰的行為感動了上天，元宏的病情有所好轉，能夠召見群臣了。大部隊也開始行動，十一月辛巳日（初四），元宏一行到達鄴城。
見元宏身體好轉，元繼就高車的問題向元宏上書提出意見，認為應當恩威並施，追究罪魁禍首即可，其餘的加以撫慰。元宏批准了元繼的意見，高車的問題果然得到了妥善解決。元宏對此十分滿意，直夸元繼可以委以大任。
太和二十三年（南齊永元元年，公元499年）年初，元宏回到了洛陽。他先是去祭拜了李沖，之後又開始檢查自己漢化的成果。看見車上坐的婦女們不少還戴著鮮卑人的服飾，元宏很是生氣，連忙責問任城王元澄等人，使得這些人趕忙免冠向元宏謝罪。好在作為仁慈君主的元宏也沒有對他們實施太多責罰。不久後御史台令史龍文觀就李彪先前隱瞞廢太子元恂自辯的書信一事向元宏報告，元宏竟然不信，李彪也借著大赦天下的機會得以倖免。
處理完這些事元宏本可以安心養病了，誰知他的皇后馮氏再出么蛾子。仗著元宏的寵愛，馮氏干出了很多出格的事。在元宏立次子元恪為太子後，元恪之母就突然暴斃，所有矛頭都指向了馮氏，因為無子的她想把元恪當成自己的兒子。由於北魏本就有子貴母死的制度，元宏也沒深究此事，可誰知馮氏卻毫不收斂。
在元宏率軍出戰的時候，不甘寂寞的馮氏竟然毫不掩飾地與自己的男寵們公然通姦，礙於元宏對他的寵愛，底下之人都不敢向元宏稟報此事。誰知這馮氏又把目光瞄準了元宏的妹妹彭城公主。見她死了丈夫，馮氏就想逼彭城公主嫁給自己的同母弟馮夙，以此加強馮家的地位，誰知彭城公主也不是好惹的主，冒雨去找元宏告發了馮氏通姦和逼婚的事。元宏得知後很是震驚，卻也暫未表態。
元宏此舉明顯還有要放過馮氏的意味，哪成想馮氏繼續作妖。她竟然和自己母親常氏行巫蠱之事來詛咒元宏早日死去，這樣自己就可以像馮太后那樣臨朝稱制。這下子事情沒有挽回的餘地了，元宏連忙回到洛陽，將馮氏的男寵們一網打盡。至於馮氏本人，元宏因為所謂看在馮太后的面子沒有將其廢黜，只是將其打入冷宮，並不准元恪再去朝見。可這馮氏還不識相，依舊擺著皇后的架子以為元宏會回心轉意，結果讓元宏震怒，命令常氏進宮打了馮氏一百多棒。
經過如此折騰，元宏的病情再度加重，可他根本沒有養病的時間，因為前線戰事再起，元宏又該如何處置呢？