正常來說，一個地方的軍分區（或警備區）和同一個地方的武警支隊一定是在隸屬範圍上保持一致的。例如，金華軍分區隸屬浙江省軍區、武警金華支隊那就一定隸屬武警浙江總隊，綿陽軍分區隸屬四川省軍區、那武警綿陽支隊也就一定隸屬武警四川總隊。不過，凡事都有例外，西藏的阿里就是這個「例外」，目前阿里軍分區隸屬新疆軍區下轄的南疆軍區，而武警阿里支隊卻隸屬武警西藏總隊，二者在隸屬範圍上明顯不一致。這樣特殊安排的原因，其實就是為了確保國防鞏固、邊疆安穩。
眾所周知，阿里軍分區地處西部邊境，是典型的邊防軍分區、作戰型軍分區，軍改中更是轉入了陸軍序列，所以其首先就是代表著國防，側重於面向外敵。相比之下，武警阿里支隊更多的是承擔維穩、執勤、處突之類的任務，偏向於「對內」。而既然任務職能不同、側重點不同，那麼阿里軍分區、武警阿里支隊的領導指揮體系設置就非常有講究了。
首先，介紹一下阿里軍分區的大致情況。阿里軍分區成立於1968年4月1日，目前為正師級建制，防區包括「阿里地區以及中印、中尼邊境地帶」，邊境線綿長、且存在一定的邊境戰爭風險，因此配屬有戰鬥力很強的邊防部隊。
從地理位置上看，阿里軍分區所處的位置是在西藏自治區西部、青藏高原北部，平均海拔超過4500米，地勢陡峭、群山環繞，素有「世界屋脊的屋脊」、「生命禁區」之稱，這也導致阿里地區和西藏腹地的交通聯繫極為不便。而從交通和物資補給上看，阿里地區反倒是和新疆更近更方便，再加上阿里地區還是新疆軍區部隊解放的，新疆軍區對於阿里最熟悉；所以從有利於阿里邊防建設的實際出發，自阿里解放以來，阿里地區在軍事上就一直服從新疆軍區領導。
實際上，這種「不拘泥於常規、特殊情況特殊對待」的做法非常正確，要知道不論是守邊防還是打仗，講究的都是部署效率、後勤保障和精確指揮，而這三點只有將阿里軍分區交給新疆軍區領導才能真正做到。
接下來，說一說正團級的武警阿里支隊。作為武警部隊派駐在阿里地區的「鋼鐵之師」，阿里支隊堅持紮根高原，發揚「吃苦不言苦、苦中有作為」的精神，獲得了武警部隊「基層建設先進支隊」榮譽稱號。自進駐阿里執行勤務以來，武警阿里支隊時刻擔負著執勤、處突、警衛、反恐、巡邏、押送、搶險救援、交通樞紐守衛等任務，並做到偏遠縣、重要點位都有兵力駐守。而上述這些任務相較於國防和備戰而言，明顯更緩和、更輕鬆、更常態化，因此哪怕阿里和西藏腹地聯繫不便，但由武警西藏總隊自己領導管理阿里支隊也是完全可行的，不會影響任務執行。
綜上所述，正是出於任務性質、後勤保障、備戰需求等多方面的考慮，才會有西藏阿里軍分區非常特殊的隸屬新疆軍區、而武警阿里支隊按常規隸屬西藏總隊的做法。
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